# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.92895 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.035 0.038 0.028 0.068 0.076 0.094 0.165 0.147 0.147 0.114 0.087 2 G 0.254 0.180 0.065 0.151 0.108 0.075 0.063 0.034 0.029 0.022 0.020 3 L 0.008 0.015 0.009 0.031 0.045 0.061 0.120 0.148 0.196 0.185 0.182 4 P 0.100 0.108 0.040 0.138 0.152 0.145 0.136 0.070 0.052 0.033 0.026 5 A 0.046 0.020 0.011 0.038 0.051 0.067 0.157 0.147 0.169 0.156 0.139 6 G 0.053 0.045 0.029 0.087 0.085 0.097 0.142 0.110 0.120 0.111 0.120 7 L 0.007 0.011 0.013 0.028 0.028 0.041 0.090 0.127 0.193 0.221 0.240 8 Y 0.009 0.011 0.018 0.035 0.044 0.072 0.154 0.162 0.178 0.164 0.153 9 A 0.011 0.013 0.023 0.033 0.035 0.047 0.119 0.133 0.172 0.191 0.224 10 F 0.013 0.012 0.016 0.036 0.040 0.047 0.105 0.140 0.200 0.197 0.194 11 N 0.029 0.039 0.033 0.086 0.093 0.117 0.160 0.125 0.135 0.098 0.087 12 S 0.088 0.067 0.069 0.085 0.074 0.085 0.126 0.107 0.116 0.103 0.080 13 G 0.101 0.069 0.038 0.100 0.100 0.105 0.143 0.108 0.096 0.078 0.061 14 G 0.108 0.088 0.044 0.094 0.087 0.090 0.114 0.092 0.100 0.090 0.092 15 I 0.030 0.028 0.019 0.045 0.050 0.063 0.113 0.125 0.168 0.172 0.188 16 S 0.086 0.082 0.046 0.111 0.102 0.100 0.129 0.099 0.093 0.074 0.078 17 L 0.042 0.025 0.020 0.046 0.053 0.066 0.117 0.133 0.169 0.161 0.167 18 D 0.109 0.107 0.074 0.153 0.137 0.122 0.114 0.064 0.053 0.036 0.032 19 L 0.030 0.027 0.023 0.048 0.046 0.059 0.110 0.115 0.165 0.184 0.193 20 G 0.136 0.107 0.050 0.104 0.097 0.089 0.113 0.082 0.085 0.069 0.069 21 I 0.039 0.033 0.018 0.046 0.047 0.056 0.114 0.121 0.160 0.162 0.203 22 N 0.182 0.148 0.063 0.144 0.127 0.100 0.091 0.050 0.039 0.028 0.028 23 D 0.176 0.139 0.048 0.142 0.128 0.102 0.103 0.061 0.046 0.033 0.024 24 P 0.352 0.153 0.045 0.122 0.096 0.069 0.059 0.035 0.028 0.022 0.018 25 V 0.054 0.042 0.019 0.051 0.063 0.076 0.129 0.120 0.158 0.146 0.142 26 P 0.197 0.192 0.070 0.167 0.115 0.081 0.080 0.038 0.028 0.018 0.014 27 F 0.103 0.041 0.018 0.056 0.060 0.073 0.129 0.124 0.135 0.130 0.130 28 N 0.140 0.145 0.079 0.181 0.148 0.107 0.082 0.044 0.033 0.021 0.019 29 T 0.127 0.129 0.060 0.131 0.118 0.110 0.115 0.071 0.058 0.045 0.037 30 V 0.103 0.108 0.042 0.120 0.108 0.095 0.120 0.093 0.084 0.074 0.053 31 G 0.263 0.156 0.065 0.117 0.108 0.084 0.090 0.046 0.036 0.021 0.015 32 S 0.314 0.177 0.114 0.168 0.086 0.048 0.039 0.019 0.015 0.010 0.011 33 Q 0.124 0.143 0.104 0.166 0.140 0.122 0.106 0.044 0.027 0.015 0.010 34 F 0.071 0.065 0.070 0.098 0.082 0.084 0.134 0.108 0.112 0.098 0.079 35 G 0.156 0.097 0.093 0.112 0.108 0.121 0.129 0.069 0.053 0.036 0.026 36 T 0.098 0.123 0.161 0.244 0.148 0.094 0.064 0.028 0.019 0.012 0.008 37 A 0.048 0.049 0.060 0.068 0.074 0.092 0.178 0.133 0.120 0.102 0.077 38 I 0.032 0.030 0.079 0.096 0.082 0.083 0.134 0.098 0.122 0.122 0.123 39 S 0.048 0.064 0.169 0.134 0.134 0.123 0.148 0.074 0.054 0.033 0.020 40 Q 0.048 0.088 0.158 0.219 0.145 0.121 0.101 0.051 0.033 0.022 0.014 41 L 0.025 0.021 0.036 0.030 0.039 0.056 0.139 0.133 0.173 0.184 0.165 42 D 0.090 0.149 0.109 0.216 0.152 0.100 0.094 0.040 0.026 0.015 0.011 43 A 0.246 0.145 0.138 0.149 0.108 0.073 0.068 0.031 0.022 0.013 0.008 44 D 0.250 0.168 0.101 0.184 0.111 0.072 0.059 0.025 0.015 0.009 0.006 45 T 0.044 0.083 0.058 0.162 0.153 0.147 0.160 0.084 0.056 0.034 0.019 46 F 0.019 0.021 0.017 0.039 0.055 0.083 0.165 0.170 0.189 0.141 0.101 47 V 0.021 0.028 0.027 0.073 0.075 0.095 0.180 0.149 0.149 0.118 0.085 48 I 0.009 0.018 0.018 0.051 0.057 0.071 0.134 0.149 0.185 0.168 0.140 49 S 0.047 0.059 0.039 0.129 0.123 0.113 0.147 0.120 0.111 0.067 0.045 50 E 0.103 0.063 0.034 0.119 0.112 0.128 0.163 0.110 0.082 0.054 0.033 51 T 0.070 0.099 0.050 0.153 0.141 0.121 0.135 0.085 0.071 0.049 0.026 52 G 0.132 0.099 0.036 0.145 0.126 0.112 0.142 0.087 0.063 0.038 0.019 53 F 0.044 0.048 0.034 0.107 0.121 0.134 0.161 0.109 0.104 0.081 0.057 54 Y 0.023 0.028 0.038 0.076 0.078 0.098 0.200 0.162 0.142 0.099 0.056 55 K 0.028 0.060 0.055 0.208 0.205 0.169 0.140 0.067 0.039 0.020 0.010 56 I 0.009 0.010 0.015 0.017 0.016 0.022 0.085 0.148 0.243 0.265 0.171 57 T 0.018 0.049 0.073 0.223 0.220 0.174 0.123 0.058 0.037 0.017 0.009 58 V 0.007 0.014 0.029 0.023 0.021 0.031 0.111 0.149 0.216 0.229 0.171 59 I 0.010 0.017 0.040 0.094 0.099 0.092 0.156 0.152 0.153 0.112 0.076 60 A 0.026 0.033 0.066 0.056 0.052 0.070 0.176 0.137 0.166 0.127 0.091 61 N 0.045 0.040 0.097 0.163 0.149 0.135 0.145 0.086 0.074 0.043 0.023 62 T 0.034 0.059 0.074 0.098 0.087 0.104 0.163 0.121 0.118 0.084 0.058 63 A 0.067 0.038 0.075 0.073 0.066 0.074 0.122 0.114 0.137 0.127 0.107 64 T 0.107 0.085 0.113 0.122 0.107 0.112 0.151 0.076 0.063 0.038 0.025 65 A 0.067 0.068 0.135 0.124 0.093 0.093 0.111 0.082 0.088 0.076 0.064 66 S 0.130 0.102 0.104 0.109 0.098 0.099 0.111 0.073 0.071 0.057 0.048 67 V 0.052 0.040 0.061 0.070 0.054 0.063 0.115 0.109 0.144 0.142 0.151 68 L 0.025 0.032 0.051 0.060 0.071 0.088 0.139 0.126 0.155 0.137 0.118 69 G 0.077 0.066 0.062 0.111 0.102 0.105 0.147 0.094 0.092 0.073 0.070 70 G 0.105 0.069 0.067 0.112 0.104 0.108 0.126 0.087 0.084 0.073 0.065 71 L 0.020 0.020 0.024 0.041 0.039 0.049 0.111 0.123 0.183 0.194 0.197 72 T 0.043 0.107 0.092 0.207 0.163 0.125 0.110 0.056 0.041 0.029 0.028 73 I 0.006 0.005 0.006 0.009 0.011 0.018 0.053 0.094 0.204 0.268 0.325 74 Q 0.030 0.082 0.063 0.236 0.233 0.151 0.115 0.044 0.024 0.012 0.010 75 V 0.008 0.012 0.012 0.023 0.028 0.038 0.100 0.129 0.209 0.213 0.228 76 N 0.076 0.077 0.044 0.200 0.200 0.155 0.139 0.053 0.029 0.015 0.012 77 G 0.433 0.225 0.065 0.132 0.062 0.034 0.024 0.010 0.007 0.004 0.003 78 V 0.018 0.029 0.012 0.044 0.057 0.070 0.126 0.134 0.161 0.165 0.183 79 P 0.414 0.298 0.054 0.124 0.055 0.025 0.015 0.006 0.004 0.002 0.003 80 V 0.055 0.032 0.008 0.034 0.053 0.078 0.144 0.136 0.163 0.152 0.147 81 P 0.134 0.186 0.057 0.183 0.128 0.088 0.083 0.047 0.038 0.026 0.029 82 G 0.141 0.069 0.032 0.099 0.107 0.128 0.129 0.078 0.078 0.067 0.073 83 T 0.134 0.192 0.088 0.186 0.129 0.091 0.077 0.040 0.028 0.021 0.015 84 G 0.080 0.071 0.036 0.137 0.145 0.149 0.158 0.086 0.061 0.042 0.034 85 S 0.071 0.069 0.043 0.107 0.108 0.104 0.123 0.094 0.098 0.085 0.098 86 S 0.073 0.122 0.073 0.216 0.168 0.118 0.117 0.049 0.031 0.018 0.014 87 L 0.016 0.010 0.007 0.021 0.028 0.042 0.095 0.124 0.187 0.213 0.258 88 I 0.010 0.017 0.012 0.054 0.076 0.093 0.157 0.141 0.154 0.134 0.152 89 S 0.053 0.081 0.080 0.142 0.126 0.123 0.135 0.081 0.080 0.051 0.047 90 L 0.048 0.031 0.028 0.071 0.074 0.097 0.171 0.129 0.127 0.120 0.105 91 G 0.249 0.192 0.067 0.159 0.112 0.073 0.064 0.032 0.023 0.015 0.012 92 A 0.035 0.055 0.032 0.075 0.077 0.084 0.154 0.138 0.142 0.119 0.089 93 P 0.172 0.155 0.086 0.175 0.156 0.122 0.076 0.025 0.016 0.009 0.007 94 I 0.055 0.036 0.036 0.056 0.058 0.087 0.208 0.147 0.133 0.100 0.084 95 V 0.029 0.041 0.076 0.111 0.088 0.082 0.139 0.111 0.117 0.111 0.095 96 I 0.032 0.030 0.081 0.048 0.035 0.050 0.128 0.123 0.168 0.158 0.149 97 Q 0.040 0.055 0.199 0.276 0.187 0.111 0.071 0.030 0.016 0.009 0.005 98 A 0.036 0.047 0.149 0.075 0.075 0.091 0.193 0.118 0.098 0.072 0.046 99 I 0.017 0.021 0.151 0.110 0.075 0.060 0.116 0.098 0.130 0.123 0.098 100 T 0.033 0.060 0.171 0.123 0.136 0.141 0.190 0.070 0.042 0.023 0.012 101 Q 0.050 0.094 0.272 0.231 0.150 0.091 0.060 0.025 0.014 0.008 0.004 102 I 0.032 0.034 0.065 0.051 0.063 0.079 0.175 0.130 0.145 0.129 0.096 103 T 0.101 0.135 0.163 0.201 0.140 0.093 0.085 0.034 0.023 0.013 0.010 104 T 0.187 0.144 0.109 0.132 0.120 0.086 0.094 0.049 0.037 0.027 0.016 105 T 0.163 0.242 0.103 0.212 0.116 0.065 0.052 0.022 0.013 0.007 0.004 106 P 0.230 0.152 0.077 0.121 0.113 0.100 0.105 0.041 0.032 0.018 0.012 107 S 0.360 0.176 0.077 0.155 0.089 0.056 0.051 0.017 0.010 0.005 0.004 108 L 0.024 0.038 0.035 0.122 0.128 0.141 0.189 0.117 0.099 0.070 0.037 109 V 0.013 0.016 0.028 0.041 0.046 0.071 0.173 0.169 0.205 0.145 0.093 110 E 0.017 0.045 0.083 0.298 0.220 0.158 0.095 0.046 0.022 0.011 0.005 111 V 0.007 0.012 0.027 0.028 0.034 0.053 0.141 0.191 0.209 0.186 0.112 112 I 0.009 0.014 0.034 0.082 0.080 0.071 0.133 0.148 0.172 0.140 0.117 113 V 0.005 0.011 0.026 0.029 0.037 0.053 0.144 0.148 0.204 0.187 0.156 114 T 0.020 0.045 0.085 0.179 0.163 0.128 0.150 0.097 0.071 0.039 0.022 115 G 0.129 0.109 0.080 0.121 0.097 0.100 0.129 0.090 0.071 0.046 0.027 116 L 0.039 0.041 0.036 0.078 0.084 0.088 0.152 0.135 0.139 0.115 0.094 117 G 0.148 0.143 0.091 0.149 0.114 0.095 0.095 0.055 0.048 0.032 0.031 118 L 0.031 0.024 0.019 0.039 0.043 0.053 0.114 0.131 0.183 0.177 0.187 119 S 0.096 0.106 0.059 0.122 0.115 0.115 0.132 0.084 0.074 0.050 0.047 120 L 0.046 0.035 0.025 0.055 0.054 0.068 0.107 0.110 0.149 0.161 0.191 121 A 0.060 0.053 0.037 0.073 0.086 0.099 0.136 0.105 0.120 0.107 0.124 122 L 0.064 0.055 0.039 0.073 0.060 0.063 0.112 0.106 0.133 0.140 0.156 123 G 0.203 0.110 0.059 0.105 0.102 0.092 0.101 0.063 0.060 0.049 0.055 124 T 0.118 0.114 0.077 0.131 0.106 0.096 0.112 0.071 0.065 0.055 0.056 125 S 0.247 0.218 0.101 0.141 0.107 0.075 0.057 0.022 0.015 0.010 0.008 126 A 0.048 0.026 0.019 0.041 0.044 0.061 0.144 0.128 0.166 0.167 0.156 127 S 0.135 0.129 0.105 0.179 0.141 0.120 0.100 0.036 0.025 0.016 0.012 128 I 0.030 0.035 0.059 0.080 0.074 0.099 0.183 0.129 0.126 0.101 0.085 129 I 0.011 0.017 0.031 0.061 0.060 0.073 0.137 0.137 0.156 0.170 0.148 130 I 0.010 0.017 0.060 0.048 0.047 0.061 0.152 0.143 0.178 0.160 0.125 131 E 0.039 0.049 0.247 0.232 0.161 0.099 0.086 0.041 0.027 0.013 0.006 132 K 0.036 0.062 0.151 0.145 0.135 0.150 0.177 0.071 0.041 0.021 0.009 133 V 0.018 0.027 0.108 0.078 0.057 0.058 0.117 0.121 0.166 0.155 0.093 134 A 0.049 0.053 0.104 0.104 0.120 0.140 0.203 0.102 0.073 0.036 0.016 135 H 0.119 0.135 0.240 0.193 0.114 0.074 0.064 0.032 0.018 0.009 0.003 136 H 0.119 0.142 0.116 0.142 0.124 0.102 0.110 0.065 0.043 0.027 0.010 137 H 0.205 0.143 0.096 0.133 0.098 0.078 0.093 0.057 0.047 0.031 0.018 138 H 0.255 0.136 0.095 0.120 0.098 0.075 0.089 0.054 0.041 0.026 0.011 139 H 0.255 0.176 0.088 0.138 0.098 0.071 0.072 0.044 0.032 0.018 0.008 140 H 0.329 0.170 0.066 0.116 0.087 0.062 0.064 0.042 0.033 0.020 0.010