# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.91129 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.006 0.022 0.287 0.010 0.059 0.080 0.002 0.001 0.005 0.189 0.281 0.033 0.025 2 G 0.006 0.022 0.353 0.005 0.038 0.056 0.002 0.001 0.004 0.179 0.294 0.011 0.030 3 L 0.003 0.025 0.466 0.003 0.014 0.046 0.001 0.001 0.004 0.354 0.041 0.033 0.011 4 P 0.002 0.014 0.566 0.006 0.045 0.099 0.001 0.001 0.006 0.086 0.123 0.008 0.044 5 A 0.009 0.020 0.162 0.020 0.104 0.144 0.003 0.002 0.009 0.138 0.345 0.015 0.028 6 G 0.045 0.030 0.196 0.020 0.114 0.138 0.007 0.004 0.017 0.085 0.208 0.079 0.056 7 L 0.088 0.023 0.177 0.012 0.091 0.191 0.014 0.007 0.026 0.050 0.050 0.051 0.218 8 Y 0.148 0.012 0.092 0.066 0.048 0.197 0.023 0.019 0.034 0.051 0.073 0.151 0.087 9 A 0.196 0.015 0.076 0.009 0.049 0.147 0.034 0.034 0.039 0.035 0.068 0.108 0.190 10 F 0.146 0.042 0.106 0.014 0.033 0.162 0.036 0.030 0.043 0.060 0.071 0.071 0.184 11 N 0.057 0.020 0.239 0.054 0.043 0.135 0.010 0.007 0.026 0.118 0.121 0.087 0.083 12 S 0.015 0.007 0.200 0.016 0.067 0.085 0.002 0.001 0.007 0.144 0.392 0.023 0.042 13 G 0.007 0.008 0.141 0.008 0.051 0.051 0.002 0.001 0.007 0.179 0.512 0.014 0.019 14 G 0.034 0.025 0.238 0.017 0.032 0.032 0.006 0.004 0.014 0.200 0.292 0.045 0.059 15 I 0.041 0.047 0.408 0.006 0.015 0.038 0.015 0.014 0.049 0.135 0.038 0.099 0.097 16 S 0.071 0.052 0.270 0.022 0.020 0.045 0.024 0.043 0.072 0.042 0.031 0.068 0.240 17 L 0.097 0.027 0.143 0.070 0.091 0.159 0.024 0.027 0.039 0.067 0.084 0.072 0.099 18 D 0.069 0.018 0.130 0.020 0.165 0.173 0.019 0.013 0.042 0.063 0.108 0.063 0.116 19 L 0.029 0.019 0.110 0.038 0.165 0.131 0.012 0.016 0.031 0.075 0.273 0.043 0.057 20 G 0.053 0.026 0.160 0.012 0.079 0.057 0.014 0.013 0.027 0.078 0.356 0.059 0.065 21 I 0.051 0.041 0.342 0.015 0.040 0.026 0.012 0.013 0.018 0.125 0.157 0.044 0.117 22 N 0.026 0.044 0.368 0.041 0.030 0.014 0.009 0.004 0.022 0.243 0.110 0.035 0.053 23 D 0.001 0.005 0.439 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.434 0.056 0.023 0.011 24 P 0.001 0.014 0.571 0.019 0.011 0.002 0.001 0.001 0.010 0.209 0.114 0.002 0.044 25 V 0.001 0.026 0.396 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.044 0.268 0.008 0.245 0.005 26 P 0.002 0.034 0.680 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.056 0.031 0.009 0.002 0.173 27 F 0.013 0.117 0.382 0.035 0.029 0.031 0.019 0.033 0.117 0.057 0.052 0.083 0.033 28 N 0.036 0.026 0.259 0.046 0.054 0.044 0.020 0.025 0.055 0.152 0.112 0.057 0.116 29 T 0.039 0.026 0.236 0.009 0.082 0.091 0.021 0.028 0.095 0.091 0.112 0.069 0.101 30 V 0.025 0.061 0.126 0.015 0.049 0.162 0.013 0.024 0.053 0.129 0.208 0.063 0.072 31 G 0.013 0.027 0.224 0.024 0.032 0.106 0.003 0.007 0.025 0.200 0.261 0.034 0.043 32 S 0.007 0.020 0.307 0.008 0.050 0.210 0.002 0.003 0.011 0.139 0.193 0.014 0.036 33 Q 0.014 0.033 0.162 0.007 0.078 0.271 0.004 0.002 0.008 0.119 0.250 0.015 0.036 34 F 0.028 0.028 0.139 0.013 0.063 0.328 0.007 0.006 0.012 0.103 0.209 0.029 0.036 35 G 0.032 0.020 0.158 0.009 0.067 0.379 0.004 0.003 0.009 0.121 0.119 0.038 0.040 36 T 0.027 0.021 0.130 0.009 0.061 0.516 0.006 0.003 0.008 0.071 0.067 0.020 0.062 37 A 0.034 0.023 0.127 0.007 0.071 0.539 0.008 0.003 0.009 0.026 0.063 0.031 0.059 38 I 0.041 0.018 0.100 0.015 0.108 0.462 0.006 0.002 0.005 0.040 0.124 0.018 0.060 39 S 0.023 0.013 0.122 0.017 0.121 0.344 0.004 0.002 0.006 0.075 0.193 0.048 0.032 40 Q 0.017 0.016 0.169 0.005 0.117 0.192 0.002 0.002 0.006 0.143 0.247 0.024 0.059 41 L 0.007 0.042 0.351 0.011 0.026 0.095 0.002 0.001 0.005 0.293 0.108 0.018 0.042 42 D 0.001 0.019 0.681 0.007 0.015 0.013 0.001 0.001 0.002 0.195 0.036 0.015 0.015 43 A 0.001 0.004 0.130 0.008 0.232 0.059 0.001 0.001 0.002 0.111 0.440 0.002 0.011 44 D 0.008 0.006 0.130 0.029 0.220 0.030 0.002 0.001 0.008 0.175 0.360 0.018 0.013 45 T 0.052 0.011 0.194 0.031 0.172 0.051 0.018 0.016 0.073 0.141 0.079 0.041 0.121 46 F 0.241 0.021 0.115 0.010 0.015 0.024 0.090 0.069 0.130 0.023 0.015 0.103 0.143 47 V 0.311 0.024 0.062 0.009 0.004 0.010 0.111 0.068 0.085 0.008 0.004 0.171 0.133 48 I 0.241 0.010 0.101 0.036 0.004 0.007 0.061 0.034 0.074 0.010 0.008 0.073 0.344 49 S 0.115 0.006 0.199 0.085 0.008 0.005 0.017 0.005 0.040 0.046 0.028 0.273 0.175 50 E 0.062 0.009 0.171 0.026 0.029 0.008 0.005 0.001 0.015 0.166 0.132 0.093 0.285 51 T 0.026 0.011 0.138 0.071 0.042 0.013 0.003 0.001 0.007 0.223 0.265 0.082 0.120 52 G 0.019 0.008 0.164 0.030 0.049 0.015 0.002 0.001 0.005 0.185 0.368 0.079 0.076 53 F 0.138 0.017 0.159 0.020 0.014 0.012 0.018 0.002 0.010 0.095 0.136 0.046 0.333 54 Y 0.398 0.010 0.055 0.007 0.002 0.003 0.034 0.002 0.007 0.033 0.010 0.334 0.106 55 K 0.482 0.002 0.036 0.008 0.001 0.004 0.040 0.003 0.010 0.013 0.006 0.053 0.343 56 I 0.579 0.001 0.028 0.015 0.001 0.007 0.074 0.006 0.012 0.007 0.002 0.189 0.078 57 T 0.711 0.001 0.007 0.013 0.001 0.005 0.091 0.009 0.006 0.007 0.001 0.062 0.086 58 V 0.650 0.001 0.009 0.004 0.001 0.006 0.135 0.019 0.013 0.001 0.001 0.067 0.093 59 I 0.585 0.003 0.016 0.021 0.002 0.026 0.179 0.018 0.014 0.002 0.005 0.044 0.086 60 A 0.361 0.004 0.087 0.062 0.005 0.042 0.113 0.027 0.026 0.016 0.022 0.075 0.159 61 N 0.142 0.008 0.143 0.076 0.012 0.055 0.029 0.012 0.048 0.102 0.087 0.189 0.097 62 T 0.038 0.012 0.286 0.019 0.031 0.119 0.008 0.005 0.043 0.123 0.112 0.031 0.173 63 A 0.072 0.012 0.305 0.057 0.033 0.134 0.011 0.003 0.015 0.111 0.059 0.108 0.081 64 T 0.133 0.018 0.163 0.030 0.037 0.111 0.019 0.007 0.020 0.046 0.029 0.087 0.298 65 A 0.229 0.008 0.108 0.054 0.040 0.130 0.023 0.009 0.016 0.035 0.017 0.138 0.194 66 S 0.227 0.007 0.093 0.037 0.042 0.153 0.031 0.014 0.026 0.041 0.043 0.185 0.102 67 V 0.232 0.010 0.060 0.008 0.046 0.117 0.033 0.019 0.029 0.020 0.049 0.049 0.329 68 L 0.217 0.012 0.086 0.065 0.028 0.090 0.023 0.008 0.016 0.030 0.115 0.215 0.096 69 G 0.065 0.007 0.106 0.080 0.020 0.031 0.008 0.003 0.012 0.187 0.350 0.059 0.073 70 G 0.092 0.004 0.165 0.043 0.018 0.016 0.009 0.002 0.020 0.144 0.292 0.060 0.134 71 L 0.215 0.007 0.208 0.011 0.004 0.004 0.026 0.009 0.038 0.044 0.013 0.254 0.168 72 T 0.266 0.009 0.046 0.065 0.003 0.004 0.080 0.062 0.099 0.028 0.005 0.076 0.260 73 I 0.324 0.004 0.022 0.025 0.002 0.002 0.140 0.090 0.086 0.005 0.002 0.193 0.107 74 Q 0.389 0.006 0.041 0.014 0.003 0.005 0.132 0.075 0.120 0.006 0.008 0.047 0.155 75 V 0.263 0.021 0.107 0.021 0.005 0.007 0.115 0.023 0.083 0.010 0.015 0.170 0.160 76 N 0.021 0.009 0.145 0.073 0.007 0.006 0.007 0.004 0.034 0.075 0.473 0.077 0.067 77 G 0.007 0.003 0.215 0.081 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.188 0.440 0.006 0.047 78 V 0.005 0.014 0.358 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.080 0.005 0.490 0.029 79 P 0.004 0.105 0.330 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.041 0.006 0.007 0.480 80 V 0.001 0.028 0.557 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.099 0.012 0.262 0.008 81 P 0.001 0.010 0.266 0.010 0.013 0.005 0.002 0.001 0.003 0.230 0.348 0.003 0.108 82 G 0.004 0.017 0.271 0.007 0.027 0.005 0.002 0.001 0.006 0.344 0.249 0.053 0.016 83 T 0.013 0.038 0.331 0.011 0.024 0.007 0.003 0.001 0.007 0.316 0.127 0.033 0.091 84 G 0.021 0.029 0.491 0.015 0.025 0.010 0.004 0.001 0.009 0.174 0.114 0.027 0.079 85 S 0.073 0.026 0.414 0.027 0.026 0.019 0.011 0.002 0.017 0.131 0.042 0.109 0.103 86 S 0.118 0.029 0.282 0.054 0.026 0.028 0.026 0.006 0.031 0.120 0.032 0.085 0.164 87 L 0.267 0.034 0.096 0.013 0.017 0.044 0.078 0.043 0.059 0.017 0.014 0.100 0.216 88 I 0.306 0.020 0.074 0.016 0.023 0.064 0.080 0.050 0.051 0.018 0.041 0.159 0.098 89 S 0.168 0.024 0.203 0.020 0.015 0.041 0.051 0.030 0.048 0.038 0.053 0.063 0.246 90 L 0.040 0.022 0.289 0.034 0.022 0.041 0.014 0.011 0.025 0.120 0.173 0.108 0.102 91 G 0.007 0.009 0.252 0.031 0.023 0.037 0.001 0.001 0.007 0.257 0.315 0.012 0.047 92 A 0.003 0.005 0.353 0.016 0.017 0.076 0.001 0.001 0.007 0.410 0.064 0.030 0.016 93 P 0.018 0.010 0.416 0.042 0.025 0.121 0.008 0.004 0.018 0.179 0.054 0.018 0.088 94 I 0.158 0.020 0.099 0.005 0.008 0.152 0.095 0.081 0.085 0.032 0.011 0.142 0.112 95 V 0.223 0.008 0.018 0.013 0.005 0.273 0.138 0.146 0.060 0.005 0.007 0.034 0.068 96 I 0.269 0.002 0.022 0.032 0.004 0.217 0.127 0.163 0.075 0.002 0.005 0.037 0.044 97 Q 0.277 0.002 0.024 0.060 0.005 0.190 0.096 0.105 0.086 0.012 0.012 0.070 0.061 98 A 0.251 0.006 0.059 0.031 0.010 0.130 0.099 0.062 0.092 0.016 0.019 0.082 0.145 99 I 0.208 0.012 0.094 0.024 0.014 0.144 0.071 0.058 0.099 0.009 0.012 0.059 0.197 100 T 0.155 0.012 0.101 0.135 0.021 0.184 0.041 0.024 0.060 0.038 0.025 0.108 0.096 101 Q 0.113 0.008 0.100 0.040 0.057 0.254 0.024 0.029 0.037 0.096 0.077 0.056 0.107 102 I 0.061 0.015 0.210 0.012 0.059 0.184 0.023 0.029 0.049 0.081 0.120 0.056 0.103 103 T 0.043 0.029 0.286 0.014 0.033 0.089 0.013 0.010 0.022 0.153 0.172 0.052 0.084 104 T 0.012 0.023 0.340 0.013 0.022 0.071 0.003 0.003 0.010 0.275 0.142 0.022 0.064 105 T 0.002 0.010 0.459 0.007 0.015 0.044 0.001 0.001 0.003 0.353 0.059 0.029 0.018 106 P 0.002 0.007 0.421 0.015 0.030 0.104 0.001 0.001 0.002 0.206 0.171 0.004 0.037 107 S 0.021 0.047 0.349 0.015 0.041 0.105 0.005 0.001 0.008 0.172 0.129 0.060 0.046 108 L 0.087 0.020 0.076 0.007 0.102 0.318 0.019 0.006 0.022 0.040 0.094 0.033 0.176 109 V 0.246 0.003 0.077 0.095 0.031 0.271 0.040 0.011 0.028 0.020 0.028 0.070 0.080 110 E 0.522 0.002 0.016 0.032 0.007 0.116 0.064 0.022 0.018 0.012 0.004 0.103 0.082 111 V 0.530 0.002 0.011 0.003 0.002 0.065 0.085 0.030 0.018 0.004 0.002 0.057 0.191 112 I 0.630 0.003 0.014 0.017 0.002 0.063 0.104 0.025 0.014 0.002 0.003 0.061 0.063 113 V 0.450 0.005 0.049 0.028 0.003 0.050 0.088 0.022 0.025 0.005 0.006 0.088 0.182 114 T 0.285 0.004 0.118 0.089 0.011 0.052 0.024 0.006 0.014 0.061 0.074 0.117 0.146 115 G 0.093 0.009 0.228 0.031 0.020 0.044 0.007 0.002 0.013 0.191 0.176 0.070 0.116 116 L 0.031 0.016 0.318 0.020 0.024 0.096 0.005 0.002 0.016 0.199 0.152 0.046 0.074 117 G 0.077 0.027 0.206 0.023 0.028 0.099 0.013 0.007 0.024 0.127 0.173 0.058 0.139 118 L 0.219 0.019 0.126 0.024 0.028 0.129 0.024 0.012 0.020 0.067 0.064 0.145 0.122 119 S 0.273 0.016 0.098 0.021 0.031 0.117 0.035 0.016 0.033 0.039 0.044 0.085 0.193 120 L 0.300 0.009 0.083 0.024 0.045 0.125 0.029 0.009 0.018 0.038 0.055 0.118 0.148 121 A 0.285 0.014 0.076 0.015 0.035 0.129 0.029 0.006 0.013 0.030 0.107 0.066 0.194 122 L 0.077 0.017 0.085 0.017 0.035 0.134 0.013 0.005 0.011 0.078 0.348 0.105 0.074 123 G 0.029 0.009 0.169 0.015 0.013 0.043 0.003 0.001 0.004 0.163 0.465 0.031 0.055 124 T 0.029 0.018 0.349 0.007 0.010 0.054 0.004 0.001 0.004 0.267 0.145 0.042 0.070 125 S 0.042 0.019 0.314 0.013 0.023 0.114 0.004 0.001 0.006 0.159 0.153 0.040 0.112 126 A 0.037 0.004 0.118 0.007 0.035 0.531 0.010 0.003 0.014 0.079 0.075 0.037 0.049 127 S 0.102 0.004 0.052 0.024 0.015 0.617 0.026 0.010 0.009 0.046 0.026 0.024 0.045 128 I 0.152 0.003 0.015 0.001 0.003 0.654 0.038 0.020 0.012 0.005 0.004 0.052 0.041 129 I 0.051 0.001 0.003 0.001 0.001 0.906 0.010 0.005 0.003 0.001 0.003 0.005 0.011 130 I 0.079 0.001 0.007 0.007 0.002 0.853 0.013 0.006 0.004 0.001 0.004 0.007 0.017 131 E 0.064 0.001 0.013 0.009 0.004 0.848 0.006 0.002 0.003 0.005 0.009 0.017 0.018 132 K 0.042 0.003 0.021 0.002 0.011 0.823 0.004 0.001 0.006 0.008 0.018 0.025 0.036 133 V 0.041 0.007 0.045 0.005 0.023 0.763 0.004 0.001 0.005 0.010 0.029 0.019 0.048 134 A 0.025 0.010 0.049 0.014 0.041 0.721 0.002 0.001 0.003 0.019 0.062 0.020 0.034 135 H 0.018 0.007 0.052 0.006 0.078 0.583 0.002 0.001 0.001 0.043 0.164 0.022 0.025 136 H 0.006 0.005 0.102 0.002 0.089 0.426 0.001 0.001 0.002 0.064 0.279 0.010 0.016 137 H 0.005 0.012 0.204 0.002 0.111 0.259 0.001 0.001 0.002 0.115 0.261 0.010 0.018 138 H 0.002 0.014 0.252 0.002 0.079 0.148 0.001 0.001 0.002 0.135 0.337 0.011 0.017 139 H 0.002 0.018 0.420 0.004 0.042 0.072 0.001 0.001 0.002 0.170 0.246 0.008 0.016 140 H 0.001 0.010 0.800 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.124 0.025 0.005 0.006