# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.91129 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.036 0.384 0.163 0.046 0.125 0.028 0.059 0.050 0.036 0.049 0.024 2 G 0.051 0.039 0.088 0.176 0.032 0.056 0.021 0.029 0.040 0.334 0.134 3 L 0.059 0.402 0.237 0.018 0.157 0.007 0.017 0.041 0.023 0.021 0.019 4 P 0.051 0.393 0.185 0.028 0.168 0.016 0.020 0.072 0.027 0.020 0.021 5 A 0.031 0.086 0.043 0.039 0.055 0.078 0.142 0.284 0.172 0.051 0.019 6 G 0.047 0.116 0.133 0.073 0.091 0.034 0.023 0.198 0.091 0.154 0.040 7 L 0.219 0.052 0.008 0.007 0.197 0.013 0.024 0.208 0.103 0.097 0.073 8 Y 0.134 0.095 0.027 0.026 0.235 0.027 0.042 0.208 0.086 0.070 0.051 9 A 0.128 0.131 0.041 0.015 0.266 0.016 0.039 0.202 0.068 0.053 0.040 10 F 0.077 0.156 0.036 0.030 0.176 0.043 0.094 0.232 0.073 0.056 0.027 11 N 0.187 0.067 0.061 0.030 0.113 0.020 0.039 0.100 0.067 0.164 0.153 12 S 0.054 0.124 0.059 0.067 0.103 0.081 0.121 0.196 0.099 0.073 0.023 13 G 0.017 0.154 0.174 0.232 0.040 0.063 0.068 0.065 0.060 0.104 0.022 14 G 0.078 0.080 0.072 0.124 0.084 0.058 0.028 0.044 0.040 0.278 0.115 15 I 0.190 0.166 0.023 0.007 0.424 0.006 0.012 0.039 0.037 0.039 0.057 16 S 0.277 0.093 0.020 0.004 0.499 0.005 0.014 0.019 0.010 0.012 0.047 17 L 0.215 0.148 0.022 0.007 0.391 0.010 0.016 0.059 0.053 0.033 0.044 18 D 0.350 0.074 0.025 0.005 0.379 0.005 0.019 0.036 0.016 0.025 0.066 19 L 0.115 0.199 0.038 0.020 0.171 0.033 0.044 0.098 0.095 0.119 0.068 20 G 0.150 0.109 0.088 0.054 0.172 0.030 0.026 0.057 0.049 0.172 0.092 21 I 0.129 0.122 0.046 0.036 0.181 0.039 0.062 0.131 0.102 0.100 0.053 22 N 0.036 0.076 0.081 0.186 0.052 0.091 0.068 0.097 0.093 0.177 0.043 23 D 0.043 0.323 0.301 0.037 0.181 0.011 0.016 0.036 0.018 0.020 0.014 24 P 0.172 0.230 0.117 0.008 0.301 0.007 0.014 0.024 0.028 0.043 0.055 25 V 0.022 0.442 0.340 0.014 0.134 0.006 0.014 0.018 0.004 0.002 0.004 26 P 0.126 0.342 0.114 0.009 0.288 0.006 0.015 0.035 0.015 0.014 0.035 27 F 0.087 0.151 0.033 0.024 0.177 0.052 0.062 0.117 0.173 0.079 0.046 28 N 0.117 0.113 0.062 0.027 0.202 0.024 0.033 0.102 0.103 0.138 0.079 29 T 0.137 0.223 0.095 0.013 0.257 0.008 0.023 0.097 0.046 0.066 0.035 30 V 0.076 0.159 0.068 0.046 0.112 0.043 0.103 0.133 0.088 0.122 0.050 31 G 0.063 0.123 0.086 0.095 0.101 0.068 0.042 0.084 0.088 0.150 0.101 32 S 0.062 0.164 0.088 0.026 0.133 0.025 0.035 0.193 0.143 0.092 0.039 33 Q 0.082 0.103 0.049 0.014 0.103 0.018 0.058 0.305 0.121 0.111 0.036 34 F 0.040 0.168 0.068 0.045 0.078 0.027 0.043 0.280 0.111 0.112 0.029 35 G 0.045 0.046 0.033 0.063 0.059 0.045 0.039 0.369 0.130 0.116 0.054 36 T 0.039 0.101 0.061 0.019 0.086 0.019 0.038 0.469 0.112 0.041 0.016 37 A 0.046 0.062 0.031 0.011 0.068 0.008 0.023 0.542 0.126 0.063 0.019 38 I 0.066 0.027 0.006 0.004 0.058 0.010 0.042 0.403 0.275 0.078 0.031 39 S 0.039 0.114 0.034 0.013 0.104 0.029 0.071 0.350 0.173 0.055 0.018 40 Q 0.114 0.091 0.026 0.003 0.162 0.005 0.032 0.223 0.108 0.193 0.041 41 L 0.091 0.232 0.081 0.028 0.170 0.038 0.062 0.108 0.061 0.090 0.039 42 D 0.244 0.148 0.080 0.011 0.368 0.005 0.010 0.027 0.018 0.021 0.068 43 A 0.016 0.030 0.011 0.002 0.026 0.005 0.017 0.344 0.467 0.071 0.011 44 D 0.033 0.063 0.018 0.007 0.067 0.017 0.111 0.268 0.174 0.214 0.027 45 T 0.181 0.171 0.037 0.011 0.269 0.006 0.023 0.055 0.056 0.130 0.062 46 F 0.152 0.233 0.058 0.008 0.440 0.006 0.006 0.025 0.013 0.022 0.039 47 V 0.173 0.219 0.028 0.003 0.497 0.002 0.005 0.022 0.009 0.010 0.032 48 I 0.269 0.127 0.036 0.015 0.344 0.015 0.015 0.043 0.020 0.029 0.088 49 S 0.066 0.109 0.088 0.061 0.106 0.087 0.164 0.184 0.072 0.033 0.029 50 E 0.128 0.051 0.031 0.025 0.089 0.035 0.085 0.205 0.127 0.154 0.071 51 T 0.035 0.282 0.177 0.124 0.091 0.049 0.043 0.044 0.042 0.085 0.029 52 G 0.037 0.056 0.100 0.263 0.040 0.078 0.023 0.058 0.055 0.226 0.064 53 F 0.214 0.133 0.033 0.014 0.300 0.014 0.030 0.084 0.064 0.054 0.061 54 Y 0.077 0.260 0.067 0.024 0.301 0.031 0.042 0.144 0.027 0.011 0.015 55 K 0.342 0.067 0.009 0.004 0.432 0.006 0.022 0.058 0.011 0.010 0.041 56 I 0.297 0.062 0.006 0.005 0.557 0.009 0.011 0.026 0.006 0.004 0.018 57 T 0.208 0.083 0.004 0.004 0.616 0.006 0.010 0.040 0.007 0.004 0.018 58 V 0.297 0.088 0.006 0.002 0.517 0.003 0.008 0.047 0.004 0.004 0.024 59 I 0.279 0.063 0.006 0.009 0.315 0.019 0.049 0.128 0.020 0.037 0.075 60 A 0.139 0.160 0.026 0.028 0.235 0.052 0.057 0.199 0.040 0.023 0.041 61 N 0.088 0.107 0.037 0.032 0.134 0.041 0.064 0.244 0.075 0.109 0.070 62 T 0.087 0.120 0.040 0.029 0.119 0.024 0.049 0.233 0.110 0.140 0.048 63 A 0.053 0.101 0.037 0.018 0.092 0.017 0.035 0.399 0.156 0.066 0.025 64 T 0.068 0.073 0.016 0.010 0.093 0.013 0.040 0.449 0.142 0.066 0.030 65 A 0.056 0.081 0.018 0.014 0.138 0.017 0.035 0.447 0.143 0.032 0.020 66 S 0.057 0.067 0.021 0.010 0.107 0.022 0.083 0.477 0.117 0.024 0.016 67 V 0.101 0.033 0.019 0.011 0.063 0.022 0.132 0.400 0.103 0.080 0.037 68 L 0.058 0.130 0.069 0.093 0.088 0.078 0.101 0.168 0.067 0.113 0.036 69 G 0.017 0.129 0.180 0.302 0.031 0.089 0.055 0.045 0.028 0.098 0.026 70 G 0.067 0.077 0.088 0.138 0.072 0.050 0.022 0.040 0.050 0.288 0.108 71 L 0.226 0.183 0.027 0.004 0.468 0.003 0.005 0.012 0.011 0.019 0.041 72 T 0.233 0.113 0.018 0.002 0.574 0.004 0.010 0.006 0.005 0.008 0.027 73 I 0.273 0.137 0.009 0.001 0.553 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.016 74 Q 0.371 0.045 0.016 0.003 0.519 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.031 75 V 0.134 0.050 0.026 0.098 0.123 0.285 0.085 0.101 0.030 0.028 0.041 76 N 0.024 0.200 0.189 0.294 0.070 0.024 0.044 0.047 0.022 0.059 0.028 77 G 0.023 0.048 0.067 0.204 0.026 0.047 0.007 0.031 0.057 0.429 0.060 78 V 0.003 0.655 0.251 0.003 0.074 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 79 P 0.241 0.204 0.071 0.003 0.337 0.004 0.010 0.012 0.007 0.019 0.091 80 V 0.035 0.251 0.305 0.066 0.133 0.056 0.087 0.030 0.014 0.009 0.012 81 P 0.071 0.124 0.140 0.058 0.099 0.086 0.100 0.108 0.075 0.077 0.063 82 G 0.057 0.068 0.105 0.075 0.065 0.036 0.019 0.035 0.084 0.385 0.071 83 T 0.047 0.169 0.173 0.092 0.118 0.064 0.110 0.068 0.051 0.077 0.032 84 G 0.061 0.060 0.067 0.079 0.076 0.023 0.017 0.060 0.098 0.328 0.131 85 S 0.100 0.213 0.037 0.011 0.262 0.010 0.022 0.110 0.091 0.106 0.037 86 S 0.156 0.123 0.028 0.008 0.327 0.011 0.031 0.130 0.080 0.073 0.033 87 L 0.296 0.083 0.012 0.006 0.420 0.013 0.021 0.059 0.028 0.021 0.041 88 I 0.176 0.137 0.016 0.020 0.389 0.027 0.037 0.097 0.031 0.024 0.048 89 S 0.184 0.127 0.071 0.017 0.269 0.017 0.029 0.148 0.033 0.043 0.061 90 L 0.019 0.039 0.028 0.040 0.025 0.109 0.212 0.353 0.103 0.054 0.019 91 G 0.020 0.028 0.068 0.155 0.015 0.044 0.031 0.124 0.134 0.336 0.046 92 A 0.017 0.215 0.144 0.017 0.065 0.009 0.015 0.391 0.104 0.019 0.006 93 P 0.035 0.109 0.018 0.002 0.112 0.005 0.030 0.612 0.063 0.005 0.009 94 I 0.056 0.037 0.006 0.002 0.106 0.005 0.029 0.702 0.047 0.003 0.007 95 V 0.028 0.012 0.001 0.001 0.045 0.003 0.012 0.858 0.033 0.002 0.003 96 I 0.025 0.014 0.001 0.002 0.044 0.004 0.010 0.850 0.043 0.003 0.004 97 Q 0.013 0.009 0.001 0.001 0.018 0.004 0.025 0.885 0.037 0.005 0.003 98 A 0.016 0.016 0.003 0.002 0.024 0.004 0.028 0.844 0.048 0.011 0.004 99 I 0.030 0.013 0.002 0.003 0.029 0.013 0.059 0.705 0.101 0.030 0.013 100 T 0.041 0.059 0.010 0.010 0.062 0.027 0.069 0.480 0.154 0.068 0.020 101 Q 0.065 0.044 0.017 0.008 0.080 0.018 0.096 0.460 0.123 0.063 0.026 102 I 0.067 0.096 0.021 0.020 0.121 0.045 0.111 0.247 0.131 0.105 0.035 103 T 0.115 0.140 0.059 0.024 0.177 0.020 0.061 0.174 0.099 0.082 0.048 104 T 0.066 0.170 0.115 0.030 0.130 0.034 0.079 0.148 0.096 0.097 0.036 105 T 0.051 0.319 0.222 0.033 0.151 0.014 0.040 0.082 0.043 0.025 0.020 106 P 0.046 0.191 0.074 0.018 0.095 0.021 0.054 0.314 0.138 0.032 0.017 107 S 0.028 0.190 0.077 0.006 0.120 0.017 0.060 0.327 0.120 0.042 0.011 108 L 0.193 0.043 0.007 0.004 0.193 0.007 0.036 0.311 0.134 0.035 0.037 109 V 0.078 0.128 0.015 0.012 0.282 0.019 0.022 0.331 0.074 0.024 0.015 110 E 0.194 0.032 0.002 0.003 0.273 0.005 0.031 0.387 0.034 0.009 0.030 111 V 0.164 0.079 0.005 0.004 0.508 0.006 0.016 0.178 0.018 0.008 0.015 112 I 0.161 0.070 0.005 0.004 0.333 0.009 0.026 0.333 0.030 0.006 0.025 113 V 0.157 0.070 0.011 0.007 0.213 0.010 0.024 0.382 0.040 0.028 0.057 114 T 0.015 0.023 0.012 0.018 0.014 0.037 0.194 0.485 0.122 0.062 0.017 115 G 0.041 0.058 0.037 0.057 0.037 0.052 0.071 0.346 0.112 0.164 0.024 116 L 0.024 0.205 0.079 0.042 0.084 0.040 0.054 0.237 0.147 0.064 0.025 117 G 0.126 0.059 0.036 0.047 0.099 0.030 0.043 0.146 0.073 0.240 0.101 118 L 0.124 0.131 0.026 0.008 0.221 0.011 0.023 0.237 0.123 0.060 0.037 119 S 0.204 0.080 0.015 0.006 0.355 0.012 0.049 0.167 0.041 0.026 0.046 120 L 0.151 0.067 0.011 0.007 0.157 0.016 0.035 0.250 0.189 0.071 0.045 121 A 0.135 0.106 0.049 0.020 0.206 0.027 0.075 0.208 0.072 0.068 0.035 122 L 0.056 0.211 0.064 0.069 0.103 0.049 0.068 0.135 0.080 0.118 0.046 123 G 0.074 0.060 0.053 0.140 0.052 0.065 0.041 0.075 0.069 0.279 0.092 124 T 0.036 0.234 0.154 0.034 0.111 0.030 0.043 0.133 0.099 0.095 0.031 125 S 0.129 0.089 0.036 0.013 0.146 0.014 0.040 0.250 0.111 0.081 0.092 126 A 0.120 0.098 0.018 0.007 0.191 0.008 0.012 0.264 0.175 0.076 0.032 127 S 0.091 0.045 0.010 0.006 0.190 0.017 0.055 0.505 0.050 0.014 0.016 128 I 0.181 0.095 0.011 0.003 0.378 0.003 0.008 0.270 0.019 0.009 0.022 129 I 0.159 0.052 0.004 0.002 0.268 0.003 0.008 0.456 0.022 0.007 0.018 130 I 0.129 0.032 0.003 0.004 0.137 0.005 0.011 0.597 0.037 0.014 0.030 131 E 0.040 0.046 0.006 0.005 0.093 0.009 0.032 0.714 0.038 0.007 0.011 132 K 0.053 0.030 0.009 0.005 0.054 0.012 0.052 0.729 0.035 0.012 0.009 133 V 0.029 0.016 0.007 0.010 0.024 0.017 0.041 0.699 0.098 0.044 0.015 134 A 0.034 0.072 0.017 0.016 0.045 0.037 0.080 0.528 0.121 0.035 0.015 135 H 0.036 0.097 0.038 0.024 0.056 0.035 0.091 0.406 0.112 0.075 0.029 136 H 0.057 0.084 0.047 0.030 0.085 0.039 0.105 0.271 0.112 0.124 0.045 137 H 0.089 0.113 0.049 0.032 0.112 0.037 0.072 0.193 0.127 0.117 0.058 138 H 0.081 0.085 0.036 0.029 0.101 0.032 0.070 0.208 0.145 0.154 0.060 139 H 0.073 0.123 0.060 0.032 0.122 0.028 0.057 0.177 0.126 0.150 0.052 140 H 0.094 0.151 0.079 0.029 0.155 0.023 0.043 0.163 0.100 0.112 0.053