# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.0144 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.090 0.056 0.107 0.094 0.100 0.124 0.101 0.103 0.079 0.055 2 A 0.080 0.061 0.038 0.078 0.072 0.073 0.116 0.113 0.134 0.125 0.110 3 F 0.076 0.075 0.043 0.101 0.118 0.119 0.146 0.112 0.099 0.066 0.046 4 D 0.083 0.137 0.058 0.136 0.128 0.109 0.127 0.089 0.069 0.041 0.023 5 P 0.301 0.116 0.068 0.134 0.109 0.085 0.069 0.042 0.034 0.025 0.016 6 N 0.243 0.155 0.068 0.157 0.111 0.074 0.075 0.045 0.035 0.023 0.014 7 L 0.049 0.044 0.029 0.073 0.080 0.102 0.174 0.145 0.140 0.097 0.067 8 V 0.042 0.047 0.029 0.067 0.073 0.093 0.155 0.137 0.130 0.115 0.112 9 G 0.148 0.190 0.073 0.154 0.123 0.088 0.087 0.053 0.041 0.026 0.016 10 P 0.345 0.114 0.047 0.098 0.080 0.069 0.075 0.056 0.051 0.039 0.028 11 T 0.203 0.148 0.046 0.138 0.120 0.082 0.103 0.060 0.048 0.032 0.021 12 L 0.032 0.037 0.019 0.066 0.084 0.105 0.163 0.147 0.149 0.115 0.083 13 P 0.224 0.195 0.068 0.147 0.112 0.077 0.069 0.042 0.032 0.021 0.013 14 P 0.351 0.102 0.043 0.106 0.083 0.078 0.095 0.058 0.042 0.026 0.016 15 I 0.067 0.052 0.020 0.064 0.078 0.095 0.162 0.152 0.132 0.108 0.070 16 P 0.232 0.261 0.066 0.151 0.093 0.058 0.048 0.031 0.026 0.019 0.014 17 P 0.208 0.093 0.039 0.116 0.111 0.104 0.119 0.083 0.062 0.041 0.025 18 F 0.077 0.048 0.024 0.067 0.074 0.084 0.159 0.141 0.139 0.111 0.077 19 T 0.112 0.200 0.102 0.233 0.146 0.077 0.059 0.030 0.021 0.012 0.008 20 L 0.068 0.072 0.034 0.102 0.112 0.112 0.145 0.132 0.107 0.073 0.044 21 P 0.334 0.159 0.069 0.120 0.087 0.070 0.067 0.037 0.027 0.018 0.012 22 T 0.146 0.153 0.050 0.148 0.128 0.097 0.112 0.067 0.051 0.031 0.017 23 G 0.132 0.100 0.028 0.090 0.088 0.079 0.111 0.109 0.108 0.086 0.068 24 P 0.262 0.143 0.055 0.121 0.095 0.082 0.083 0.051 0.045 0.034 0.029 25 T 0.152 0.116 0.038 0.109 0.109 0.097 0.123 0.091 0.075 0.056 0.034 26 G 0.221 0.141 0.041 0.120 0.107 0.082 0.091 0.073 0.058 0.039 0.027 27 P 0.224 0.092 0.040 0.093 0.086 0.092 0.112 0.077 0.071 0.061 0.052 28 T 0.162 0.156 0.056 0.142 0.118 0.090 0.096 0.065 0.050 0.039 0.026 29 G 0.149 0.103 0.035 0.100 0.101 0.093 0.119 0.101 0.085 0.064 0.050 30 P 0.225 0.111 0.050 0.107 0.088 0.086 0.103 0.066 0.059 0.054 0.050 31 T 0.175 0.176 0.058 0.147 0.119 0.085 0.088 0.053 0.042 0.033 0.025 32 G 0.101 0.075 0.026 0.082 0.090 0.083 0.117 0.116 0.117 0.099 0.093 33 P 0.311 0.155 0.068 0.126 0.089 0.072 0.067 0.035 0.028 0.024 0.024 34 T 0.134 0.137 0.060 0.149 0.134 0.107 0.112 0.062 0.047 0.034 0.023 35 G 0.109 0.081 0.030 0.095 0.102 0.098 0.125 0.110 0.099 0.082 0.069 36 P 0.295 0.156 0.070 0.129 0.085 0.068 0.071 0.036 0.031 0.028 0.031 37 T 0.116 0.108 0.047 0.124 0.114 0.104 0.127 0.083 0.072 0.060 0.045 38 G 0.115 0.081 0.023 0.079 0.087 0.082 0.113 0.112 0.110 0.098 0.099 39 P 0.283 0.140 0.057 0.129 0.094 0.077 0.075 0.040 0.037 0.032 0.035 40 T 0.107 0.098 0.040 0.115 0.123 0.117 0.138 0.087 0.072 0.059 0.043 41 G 0.094 0.076 0.028 0.090 0.093 0.088 0.112 0.109 0.110 0.098 0.101 42 P 0.198 0.114 0.056 0.115 0.095 0.093 0.099 0.058 0.055 0.054 0.061 43 T 0.112 0.109 0.050 0.124 0.113 0.099 0.129 0.084 0.072 0.059 0.048 44 G 0.119 0.066 0.028 0.077 0.085 0.088 0.118 0.111 0.109 0.099 0.100 45 D 0.231 0.164 0.079 0.155 0.103 0.077 0.070 0.035 0.030 0.026 0.028 46 T 0.079 0.087 0.042 0.110 0.111 0.110 0.142 0.098 0.088 0.074 0.059 47 G 0.109 0.072 0.026 0.078 0.085 0.085 0.114 0.107 0.110 0.103 0.111 48 T 0.128 0.103 0.050 0.123 0.105 0.100 0.117 0.070 0.069 0.065 0.071 49 T 0.086 0.089 0.036 0.111 0.116 0.107 0.130 0.095 0.087 0.077 0.067 50 G 0.091 0.063 0.021 0.067 0.079 0.078 0.115 0.117 0.124 0.117 0.127 51 P 0.217 0.123 0.052 0.123 0.098 0.089 0.096 0.055 0.051 0.048 0.049 52 T 0.101 0.088 0.032 0.104 0.113 0.109 0.136 0.093 0.084 0.076 0.064 53 G 0.090 0.071 0.025 0.072 0.075 0.074 0.109 0.112 0.121 0.118 0.133 54 P 0.286 0.125 0.060 0.114 0.084 0.074 0.081 0.045 0.042 0.041 0.048 55 T 0.126 0.120 0.047 0.126 0.117 0.105 0.122 0.077 0.064 0.053 0.042 56 G 0.127 0.088 0.031 0.089 0.093 0.089 0.114 0.102 0.095 0.085 0.087 57 P 0.313 0.141 0.066 0.126 0.084 0.066 0.066 0.035 0.033 0.032 0.039 58 T 0.116 0.116 0.046 0.126 0.122 0.108 0.127 0.080 0.066 0.053 0.040 59 G 0.113 0.080 0.026 0.082 0.086 0.086 0.112 0.107 0.108 0.098 0.102 60 P 0.191 0.106 0.047 0.117 0.097 0.091 0.100 0.061 0.061 0.058 0.070 61 T 0.112 0.097 0.039 0.106 0.108 0.098 0.125 0.093 0.088 0.074 0.061 62 G 0.124 0.078 0.028 0.088 0.087 0.086 0.110 0.105 0.106 0.095 0.094 63 P 0.135 0.085 0.042 0.111 0.101 0.105 0.122 0.077 0.075 0.071 0.076 64 T 0.095 0.092 0.040 0.103 0.104 0.099 0.126 0.100 0.093 0.082 0.066 65 G 0.139 0.085 0.036 0.100 0.093 0.088 0.109 0.094 0.090 0.082 0.083 66 A 0.103 0.063 0.037 0.088 0.082 0.095 0.128 0.089 0.097 0.101 0.117 67 T 0.107 0.134 0.051 0.135 0.123 0.099 0.111 0.076 0.066 0.054 0.044 68 G 0.104 0.066 0.026 0.071 0.076 0.073 0.110 0.106 0.117 0.115 0.137 69 L 0.125 0.088 0.047 0.116 0.102 0.101 0.120 0.071 0.072 0.073 0.085 70 T 0.118 0.145 0.051 0.142 0.139 0.108 0.111 0.063 0.051 0.040 0.031 71 G 0.087 0.058 0.024 0.074 0.079 0.080 0.118 0.113 0.121 0.116 0.130 72 P 0.266 0.130 0.068 0.119 0.094 0.081 0.089 0.043 0.037 0.034 0.039 73 T 0.172 0.197 0.076 0.168 0.120 0.085 0.077 0.039 0.029 0.021 0.016 74 G 0.083 0.059 0.023 0.080 0.096 0.100 0.134 0.116 0.108 0.099 0.101 75 P 0.293 0.164 0.074 0.140 0.090 0.067 0.063 0.031 0.026 0.023 0.028 76 T 0.107 0.126 0.053 0.140 0.138 0.114 0.125 0.070 0.056 0.041 0.029 77 G 0.066 0.048 0.017 0.067 0.078 0.086 0.125 0.122 0.127 0.123 0.141 78 P 0.201 0.137 0.061 0.140 0.113 0.094 0.088 0.047 0.042 0.036 0.040 79 S 0.148 0.134 0.058 0.145 0.134 0.103 0.108 0.062 0.048 0.034 0.024 80 G 0.169 0.082 0.030 0.100 0.091 0.093 0.107 0.086 0.083 0.076 0.082 81 L 0.102 0.092 0.048 0.126 0.116 0.112 0.133 0.079 0.070 0.061 0.062 82 G 0.202 0.182 0.062 0.136 0.104 0.078 0.080 0.049 0.044 0.035 0.028 83 L 0.055 0.039 0.014 0.047 0.058 0.069 0.106 0.123 0.156 0.162 0.172 84 P 0.170 0.135 0.050 0.142 0.131 0.108 0.104 0.052 0.045 0.033 0.030 85 A 0.113 0.076 0.040 0.102 0.095 0.100 0.140 0.099 0.098 0.080 0.057 86 G 0.092 0.058 0.030 0.084 0.076 0.085 0.117 0.104 0.118 0.118 0.118 87 L 0.034 0.036 0.034 0.070 0.062 0.081 0.132 0.129 0.154 0.142 0.125 88 Y 0.036 0.041 0.048 0.088 0.092 0.115 0.168 0.134 0.123 0.094 0.060 89 A 0.068 0.061 0.060 0.104 0.098 0.097 0.137 0.109 0.110 0.089 0.067 90 F 0.070 0.059 0.032 0.097 0.103 0.096 0.133 0.117 0.127 0.098 0.068