# TARGET T0206 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 72 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.311 0.219 0.194 0.140 0.080 0.045 0.011 2 A 0.276 0.138 0.125 0.159 0.168 0.109 0.026 3 F 0.215 0.128 0.102 0.137 0.162 0.178 0.079 4 D 0.223 0.156 0.152 0.183 0.152 0.100 0.034 5 P 0.235 0.271 0.202 0.138 0.086 0.043 0.024 6 N 0.242 0.222 0.183 0.172 0.103 0.054 0.024 7 L 0.199 0.116 0.125 0.172 0.184 0.157 0.047 8 V 0.228 0.217 0.158 0.135 0.117 0.110 0.035 9 G 0.258 0.264 0.205 0.149 0.079 0.035 0.010 10 P 0.179 0.235 0.216 0.185 0.116 0.056 0.012 11 T 0.218 0.261 0.180 0.171 0.110 0.052 0.008 12 L 0.134 0.176 0.219 0.260 0.157 0.047 0.007 13 P 0.413 0.304 0.159 0.087 0.029 0.007 0.001 14 P 0.315 0.243 0.178 0.160 0.077 0.024 0.002 15 I 0.194 0.191 0.171 0.198 0.158 0.078 0.010 16 P 0.247 0.306 0.213 0.139 0.066 0.025 0.004 17 P 0.212 0.251 0.220 0.182 0.093 0.037 0.004 18 F 0.086 0.129 0.160 0.249 0.246 0.118 0.013 19 T 0.168 0.324 0.278 0.152 0.059 0.017 0.002 20 L 0.115 0.141 0.183 0.277 0.205 0.073 0.006 21 P 0.195 0.245 0.206 0.198 0.115 0.036 0.004 22 T 0.315 0.310 0.204 0.111 0.045 0.013 0.001 23 G 0.220 0.234 0.207 0.200 0.104 0.033 0.003 24 P 0.238 0.253 0.196 0.176 0.099 0.033 0.004 25 T 0.318 0.295 0.198 0.120 0.054 0.014 0.001 26 G 0.342 0.320 0.186 0.108 0.036 0.008 0.001 27 P 0.318 0.289 0.192 0.136 0.052 0.012 0.001 28 T 0.423 0.326 0.154 0.069 0.023 0.005 0.001 29 G 0.327 0.269 0.196 0.142 0.054 0.011 0.001 30 P 0.335 0.318 0.189 0.115 0.036 0.006 0.001 31 T 0.425 0.335 0.156 0.063 0.017 0.003 0.001 32 G 0.316 0.278 0.205 0.150 0.044 0.006 0.001 33 P 0.403 0.345 0.161 0.072 0.017 0.002 0.001 34 T 0.503 0.324 0.121 0.042 0.010 0.001 0.001 35 G 0.375 0.262 0.179 0.136 0.042 0.006 0.001 36 P 0.395 0.328 0.164 0.084 0.024 0.004 0.001 37 T 0.457 0.310 0.146 0.064 0.019 0.003 0.001 38 G 0.428 0.285 0.154 0.096 0.031 0.006 0.001 39 P 0.380 0.282 0.176 0.113 0.040 0.008 0.001 40 T 0.497 0.294 0.127 0.058 0.019 0.004 0.001 41 G 0.481 0.266 0.136 0.081 0.028 0.006 0.001 42 P 0.380 0.280 0.171 0.115 0.042 0.009 0.002 43 T 0.481 0.295 0.135 0.063 0.021 0.005 0.001 44 G 0.465 0.261 0.138 0.092 0.034 0.008 0.001 45 D 0.376 0.292 0.171 0.108 0.040 0.011 0.002 46 T 0.393 0.299 0.170 0.091 0.036 0.009 0.002 47 G 0.358 0.267 0.172 0.128 0.055 0.017 0.002 48 T 0.236 0.236 0.204 0.189 0.097 0.032 0.006 49 T 0.340 0.315 0.193 0.102 0.039 0.010 0.002 50 G 0.273 0.245 0.201 0.177 0.080 0.022 0.002 51 P 0.245 0.261 0.203 0.176 0.085 0.026 0.004 52 T 0.374 0.314 0.174 0.092 0.036 0.009 0.001 53 G 0.263 0.253 0.213 0.183 0.072 0.015 0.001 54 P 0.291 0.299 0.199 0.138 0.058 0.014 0.002 55 T 0.393 0.321 0.168 0.084 0.028 0.006 0.001 56 G 0.372 0.283 0.181 0.120 0.038 0.006 0.001 57 P 0.381 0.299 0.168 0.104 0.038 0.008 0.001 58 T 0.439 0.315 0.150 0.068 0.022 0.005 0.001 59 G 0.341 0.264 0.185 0.139 0.056 0.014 0.001 60 P 0.283 0.249 0.191 0.165 0.083 0.025 0.004 61 T 0.370 0.302 0.175 0.098 0.042 0.012 0.002 62 G 0.291 0.243 0.185 0.163 0.084 0.030 0.003 63 P 0.237 0.227 0.191 0.188 0.108 0.041 0.007 64 T 0.331 0.288 0.182 0.118 0.059 0.020 0.003 65 G 0.257 0.252 0.206 0.171 0.084 0.027 0.003 66 A 0.233 0.261 0.204 0.178 0.094 0.028 0.003 67 T 0.322 0.335 0.193 0.104 0.036 0.008 0.001 68 G 0.274 0.264 0.213 0.168 0.066 0.013 0.001 69 L 0.354 0.320 0.180 0.106 0.034 0.006 0.001 70 T 0.516 0.330 0.108 0.036 0.009 0.001 0.001 71 G 0.302 0.280 0.215 0.151 0.046 0.006 0.001 72 P 0.348 0.333 0.184 0.101 0.030 0.005 0.001 73 T 0.400 0.367 0.156 0.059 0.015 0.002 0.001 74 G 0.261 0.285 0.231 0.167 0.049 0.006 0.001 75 P 0.334 0.350 0.185 0.097 0.028 0.004 0.001 76 T 0.342 0.365 0.182 0.082 0.025 0.004 0.001 77 G 0.170 0.223 0.239 0.248 0.102 0.017 0.001 78 P 0.202 0.275 0.230 0.185 0.085 0.020 0.002 79 S 0.371 0.331 0.168 0.091 0.031 0.007 0.001 80 G 0.350 0.282 0.177 0.129 0.050 0.011 0.001 81 L 0.325 0.290 0.173 0.129 0.063 0.018 0.002 82 G 0.411 0.291 0.154 0.094 0.039 0.011 0.001 83 L 0.264 0.216 0.193 0.180 0.103 0.041 0.004 84 P 0.226 0.196 0.190 0.188 0.130 0.060 0.010 85 A 0.247 0.222 0.194 0.174 0.113 0.040 0.009 86 G 0.216 0.160 0.135 0.171 0.162 0.127 0.029 87 L 0.165 0.133 0.144 0.176 0.166 0.161 0.055 88 Y 0.228 0.165 0.137 0.150 0.128 0.134 0.059 89 A 0.255 0.155 0.125 0.165 0.158 0.115 0.027 90 F 0.220 0.142 0.129 0.158 0.175 0.136 0.039