# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.9415 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.013 0.026 0.026 0.188 0.659 2 A 0.157 0.029 0.030 0.033 0.188 0.564 3 F 0.093 0.066 0.022 0.027 0.187 0.605 4 D 0.047 0.041 0.024 0.019 0.506 0.363 5 P 0.011 0.005 0.259 0.056 0.556 0.114 6 N 0.016 0.006 0.279 0.052 0.567 0.080 7 L 0.043 0.047 0.207 0.066 0.560 0.077 8 V 0.061 0.074 0.047 0.072 0.390 0.356 9 G 0.042 0.042 0.024 0.033 0.572 0.287 10 P 0.022 0.013 0.033 0.024 0.612 0.297 11 T 0.035 0.037 0.025 0.014 0.471 0.419 12 L 0.040 0.055 0.014 0.005 0.374 0.511 13 P 0.033 0.038 0.007 0.004 0.258 0.660 14 P 0.036 0.051 0.008 0.005 0.270 0.629 15 I 0.051 0.048 0.008 0.005 0.285 0.602 16 P 0.058 0.043 0.011 0.006 0.423 0.460 17 P 0.046 0.029 0.024 0.008 0.524 0.369 18 F 0.087 0.038 0.029 0.013 0.461 0.373 19 T 0.146 0.072 0.031 0.019 0.495 0.238 20 L 0.085 0.052 0.016 0.011 0.557 0.279 21 P 0.070 0.042 0.016 0.016 0.520 0.335 22 T 0.063 0.061 0.021 0.023 0.540 0.292 23 G 0.045 0.044 0.016 0.015 0.573 0.307 24 P 0.066 0.042 0.026 0.044 0.455 0.367 25 T 0.057 0.084 0.030 0.046 0.508 0.276 26 G 0.047 0.041 0.016 0.024 0.546 0.325 27 P 0.050 0.029 0.022 0.071 0.442 0.386 28 T 0.044 0.053 0.029 0.091 0.456 0.327 29 G 0.038 0.041 0.019 0.052 0.475 0.374 30 P 0.044 0.037 0.024 0.120 0.424 0.351 31 T 0.044 0.059 0.032 0.109 0.472 0.285 32 G 0.043 0.037 0.022 0.068 0.541 0.288 33 P 0.040 0.022 0.032 0.102 0.495 0.308 34 T 0.035 0.042 0.042 0.110 0.480 0.290 35 G 0.049 0.031 0.021 0.028 0.472 0.399 36 P 0.069 0.023 0.035 0.061 0.420 0.392 37 T 0.077 0.059 0.047 0.064 0.436 0.318 38 G 0.102 0.044 0.022 0.024 0.454 0.354 39 P 0.094 0.030 0.024 0.051 0.414 0.388 40 T 0.075 0.044 0.033 0.065 0.452 0.330 41 G 0.073 0.033 0.035 0.079 0.490 0.291 42 P 0.090 0.023 0.067 0.154 0.434 0.232 43 T 0.080 0.053 0.066 0.124 0.482 0.195 44 G 0.082 0.041 0.052 0.101 0.583 0.141 45 D 0.062 0.014 0.052 0.099 0.598 0.174 46 T 0.047 0.017 0.062 0.099 0.616 0.159 47 G 0.119 0.034 0.029 0.029 0.573 0.216 48 T 0.211 0.036 0.029 0.052 0.364 0.309 49 T 0.239 0.065 0.030 0.049 0.385 0.231 50 G 0.216 0.038 0.016 0.020 0.443 0.267 51 P 0.161 0.026 0.022 0.024 0.437 0.330 52 T 0.118 0.047 0.029 0.032 0.456 0.319 53 G 0.084 0.043 0.019 0.025 0.502 0.328 54 P 0.101 0.030 0.027 0.044 0.447 0.351 55 T 0.082 0.061 0.031 0.040 0.493 0.293 56 G 0.080 0.043 0.019 0.028 0.529 0.300 57 P 0.078 0.022 0.025 0.048 0.461 0.366 58 T 0.071 0.053 0.029 0.054 0.479 0.314 59 G 0.085 0.042 0.019 0.036 0.516 0.303 60 P 0.075 0.031 0.023 0.083 0.461 0.328 61 T 0.075 0.047 0.028 0.091 0.466 0.293 62 G 0.084 0.034 0.030 0.093 0.484 0.276 63 P 0.082 0.020 0.067 0.178 0.433 0.221 64 T 0.078 0.042 0.082 0.161 0.456 0.181 65 G 0.120 0.041 0.073 0.130 0.449 0.187 66 A 0.109 0.019 0.073 0.138 0.427 0.233 67 T 0.082 0.030 0.078 0.131 0.462 0.218 68 G 0.110 0.035 0.033 0.044 0.507 0.270 69 L 0.112 0.032 0.028 0.072 0.442 0.314 70 T 0.105 0.053 0.028 0.075 0.454 0.285 71 G 0.095 0.037 0.020 0.042 0.547 0.260 72 P 0.084 0.026 0.026 0.063 0.527 0.273 73 T 0.074 0.049 0.033 0.059 0.545 0.240 74 G 0.088 0.034 0.024 0.042 0.561 0.251 75 P 0.087 0.024 0.036 0.062 0.479 0.312 76 T 0.072 0.062 0.040 0.057 0.473 0.297 77 G 0.082 0.047 0.026 0.030 0.517 0.297 78 P 0.076 0.021 0.045 0.059 0.494 0.306 79 S 0.078 0.033 0.063 0.071 0.501 0.255 80 G 0.137 0.046 0.043 0.045 0.450 0.279 81 L 0.178 0.039 0.033 0.064 0.369 0.317 82 G 0.159 0.039 0.029 0.060 0.430 0.282 83 L 0.128 0.028 0.035 0.051 0.483 0.274 84 P 0.095 0.026 0.041 0.040 0.521 0.276 85 A 0.091 0.040 0.073 0.082 0.486 0.229 86 G 0.108 0.023 0.081 0.059 0.409 0.319 87 L 0.174 0.027 0.165 0.086 0.263 0.285 88 Y 0.157 0.052 0.136 0.125 0.179 0.350 89 A 0.122 0.033 0.033 0.104 0.168 0.540 90 F 0.031 0.004 0.003 0.014 0.082 0.866