(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0206 BclA, Bacilus anthracis
                                   10                   20             
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   1 ...M...A...FD.P....N...L..V.G.P....T.LP..PI.PPFT...LPTGPTG...P...
   2 ...L...QanaFN.S....N...L..I.G.P....T.LP..PI.PPFT...LPTGPTGgtgP...
   3 nk.G...M...IG.P....E...N..I.G.P....T.FP..IL.PPIY...IPTGATG...P...
   4 ...LsstL...IN.P....D...L..L.G.P....T.LP..AI.PPFT...LPTGPTG...S...
   5 ...-...-...--.-....P...Q..G.D.I....G.PT..GP.QGIQ...GPQGPQG...I...
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  76 ...-...-...--.-....-...-..-.P.Q....G.VQ..GP.AGAT...GATGPQG...V...
  77 ...-...-...--.-....-...-..G.P.Q....G.AQ..GN.TGAT...GATGPQG...V...
  78 ...-...-...--.-....-...-..G.P.Q....G.AQ..GN.TGAT...GATGPQG...V...
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  80 ...-...-...--.-....-...-..-.-.-....-.-I..GA.TGPE...GPQGVQG...A...
  81 ...-...-...--.-....-...-..-.-.T....G.AT..GA.TGPQ...GNTGATG...A...
  82 ...-...-...--.-....-...-..-.-.-....-.--..--.TGAT...GPQGVQG...L...
  83 egnL...V...DA.H....R...V..L.P.A....E.LD..SL.EPII...GPTGETG...A...
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 110 ...-...-...--.-....-...-..-.-.G....G.PP..GP.TGAT...GATGATG...V...
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   1 TG.PTGPT....GP..TGPT....GPTG...D...T...GTT.GPT...GPTGP...TGP...TG
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  57 QG.AQGNT....GA..TGPQ....GAQG...N...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
  58 QG.AQGNT....GA..TGPQ....GAQG...N...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
  59 QG.AQGNT....GA..TGPQ....GAQG...N...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
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  69 QG.NTGAT....GA..TGPR....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GPQGN...TGA...TG
  70 TG.PTGPAgspgGP..TGPT....GATG...A...T...GAT.GAT...GATGI...QGV...QG
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  75 TG.ATGAT....GP..QGPQ....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GPQGN...TGA...TG
  76 QG.NTGAT....GA..TGPQ....GAQG...PagaT...GAT.GPQ...GVQGN...TGA...TG
  77 QG.NTGAT....GP..QGAQ....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
  78 QG.NTGAT....GP..QGAQ....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
  79 QG.AIGPT....GP..MGPQ....GVQG...V...Q...GIQ.GAT...GAQGV...QGP...QG
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  81 TG.PRGNT....GA..TGPQ....GAQG...N...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
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  85 QG.AIGPT....GP..MGAQ....GVQG...I...Q...GIQ.GAT...GAQGV...QGP...QG
  86 QG.AIGPT....GP..MGAQ....GVQG...V...Q...GIQ.GPT...GAQGV...QGP...QG
  87 QG.NTGAT....GP..QGAQ....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
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  89 TG.NTGPT....GE..TGAT....GSAG...I...T...GST.GPT...GNTGG...TGS...TG
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  95 QG.NTGAT....GA..TGPQ....GVQG...N...T...GAT.GAT...GPQGV...QGN...TG
  96 QG.NTGAT....GP..QGAQ....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GAQGN...TGA...TG
  97 QG.PPGPA....GP..TGPQ....GNQG...I...Q...GEP.GPE...GPTGP...QGN...QG
  98 LG.VTGPT....GA..EGPK....GIQG...I...Q...GVI.GPT...GAQGM...VGI...QG
  99 TG.DTGPT....GS..TGPT....GDTG...P...T...GST.GPT...GDTGP...TGS...TG
 100 TG.ATGPQ....GA..QGPA....GATG...A...T...GAT.GPQ...GPQGN...TGA...TG
 101 TG.VTSLT....GI..TSLT....GITS...L...T...GIT.SLT...GVTSL...TGItslTG
 102 QG.NTGAT....GA..TGPR....GNTG...A...T...GAT.GPQ...GNTGA...TGA...TG
 103 QG.PIGPT....GP..TGSQ....GIQG...E...Q...GPM.GPQ...GETGV...QGL...QG
 104 SGgPAGAT....GP..QGPQ....GNTG...A...T...GPQ.GIQ...GPAGA...TGA...TG
 105 SGgPAGAT....GP..QGPQ....GNTG...A...T...GPQ.GIQ...GPAGA...TGA...TG
 106 QG.EIGPT....GP..TGIQ....GIQG...I...P...GSI.GPT...GPTGI...QGV...QG
 107 TG.VTGDT....GA..TGST....GVTG...A...T...GAT.GVT...GLQGP...QGI...QG
 108 TG.PTGTT....GV..TGPT....GDTG...L...A...GAT.GPT...GATGL...AGA...TG
 109 QG.LQGDT....GP..QGPQ....GLQG...E...Q...GLQ.GPQ...GLPGA...DGA...DG
 110 TG.DTGAT....GS..TGVT....GATG...E...T...GAT.GVT...GLQGP...QGI...QG
 111 QG.EIGPT....GP..RRPE....GCRGrkrI...Q...GVQ.GPV...GATGP...EGP...QG
 112 QG.PQGVT....GA..TGAT....GATG...V...T...GAT.GPT...GIQGI...QGI...TG
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 114 TG.NTGAT....GE..TGPT....GNTG...A...T...GNT.GPT...GETGV...TGS...TG
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 116 AG.VTGPSg...GP..PGPT....GATG...A...T...GVT.GDT...GATGS...TGV...TG
 117 AG.VTGPSg...GP..PGPT....GATG...A...T...GVT.GDT...GATGS...TGV...TG
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 119 TG.ATGAT....GA..TGPQ....GIQG...P...Q...GIQ.GPQ...GIQGP...TGA...TG
 120 QG.ITGEE....GP..QGAQ....GIQG...E...V...GPT.GST...GMQGA...QGI...SG
 121 SG.--GPP....GP..TGPT....GATG...P...G...G--.GPS...GSTGA...TGA...TG
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 123 QG.ETGAA....GT..QGPQ....GVQG...I...Q...GTT.GLT...GTQGA...QGP...QG
 124 SG.--GPA....GP..TGPT....GPSG...P...A...GVT.GPS...G--GP...PGP...TG
 125 QG.PIGPT....GA..TGAQ....GIQG...I...Q...GLQ.GPI...GATGP...EGS...QG
 126 TG.ITGPS....G-..-GPP....GPTG...P...T...GAT.GPG...G--GP...SGS...TG
 127 TG.ITGPS....G-..-GPP....GPTG...P...T...GAT.GPG...G--GP...SGS...TG
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 134 TG.STGPT....GS..TGAT....GVTG...N...T...GPT.GST...GATGA...TGS...TG
 135 TG.ATGAT....GS..TGPT....GATG...I...T...GAT.GST...GATGS...TGA...TG
 136 PGgPTGPT....GA..TGST....GVSG...G...I...GPI.GGQ...GVQGI...TGP...TG
 137 PGgPTGPT....GE..TGAR....GVTG...G...T...GAI.GAQ...GLQGI...TGP...PG
 138 TG.PTGAT....GF..TG-I....GITG...P...T...GVT.GPT...GI-GI...TGP...TG
 139 TG.ETGGT....GS..TGVT....GSTG...A...T...GST.GVT...GSTGV...TGE...TG
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 142 AG.ATGAT....GP..QGPQ....GIQG...P...A...GAT.GAQ...GAQGP...AGA...TG
 143 QG.ITGQA....GP..TGPT....GATG...P...T...GAT.GPQ...GPQGI...QGP...QG
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 145 TG.ETGAT....GA..TGET....GATG...A...T...GET.GAT...GATGE...TGP...TG


                  70                    80                       90    
                  |                     |                        |    
   1 PTGATG...L...TGPTG...P...T...GP..S.G..L...GLP...A...G...LY.AF....
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   3 PTGITG...PtgaTGPTG...I...T...GP..T.G..A...TGP...T...G...ET.GP....
   4 PTGPTG...P...TGPTG...P...T...GP..T.G..S...TGL...T...G...PT.GPnsd.
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   6 MQGENG...P...TGPTG...L...T...GP..Q.G..S...QGN...Q...G...PM.GErgp.
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   8 PQGIQG...P...TGATGatgA...T...GP..Q.G..I...QGP...Q...G...IQ.GP....
   9 PTGVTG...I...TGATG...P...T...GV..T.G..S...TGA...T...G...IT.GA....
  10 VQGENG...P...TGPTG...L...T...GP..Q.G..S...QGN...Q...G...PM.GErgp.
  11 ATGATG...P...QGIQG...P...Q...GI..Q.G..P...QGI...Q...G...PT.GAtga.
  12 ATGATG...P...QGAQG...P...A...GA..T.G..A...TGP...Q...G...AQ.GPaga.
  13 ATGATG...P...QGAQG...P...A...GA..T.G..A...TGP...Q...G...AQ.GPaga.
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  16 EQGVRG...A...TGPTG...L...Q...GL..Q.G..I...QGP...S...G...PT.GPqgv.
  17 SVGPIG...A...TGPEG...Q...Q...GP..Q.G..L...RGP...Q...G...ET.GAtgp.
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  19 IQGVQG...I...TGATG...A...Q...GA..T.G..I...QGI...Q...G...EI.GAtgp.
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  21 KTGVTG...P...TGDTG...S...T...GI..T.G..P...TGV...T...G...PA.GVglt.
  22 SVGPIG...A...TGPEG...Q...Q...GS..Q.G..L...RGP...Q...G...ET.GAtgp.
  23 IQGVQG...I...TGATG...V...Q...GA..T.G..I...QGI...Q...G...EI.GAtgp.
  24 PTGITG...P...TGATG...P...TgetGP..T.G..I...TGP...T...G...AT.GP....
  25 IQGVQG...I...TGATG...V...Q...GA..T.G..I...QGI...Q...G...EI.GAtgp.
  26 VTGSTGig.I...TGPTG...V...T...GS..T.GigI...TGP...T...G...VT.GS....
  27 LQGPEG...L...AGATG...P...Q...GV..E.G..L...QGP...EgppG...PT.GP....
  28 IQGPIG...P...TGPQG...I...Q...GI..Q.G..V...QGP...Q...G...PT.GQ....
  29 IQGIQG...P...TGPQG...I...Q...GP..Q.G..I...TGP...T...G...AT.GPtga.
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  33 IQGIQG...A...TGAQG...V...Q...GP..Q.G..I...QGV...Q...G...PT.GAtgd.
  34 PEGLAG...A...TGPQG...V...E...GL..Q.G..P...EGP...E...G...PT.GPqgv.
  35 PTGATG...I...TGATG...P...T...GA..T.G..P...TGA...T...G...ST.GAtga.
  36 ATGATG...A...TGATG...A...T...GP..Q.G..P...QGI...Q...G...PA.GA....
  37 LQGIQG...P...QGIQG...P...Q...GI..Q.G..P...TGA...T...G...AT.GAtgs.
  38 IQGVQG...I...TGATG...V...Q...GA..T.G..I...QGI...Q...G...EI.GAtgp.
  39 SQGIQG...A...TGGTG...A...Q...GP..Q.G..I...QGP...QgdvG...PT.GP....
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  42 PKGDTG...S...QGPQG...P...K...GD..T.G..P...TGP...A...G...PT.GPqgp.
  43 PEGLEG...P...TGPQG...V...Q...GI..Q.G..P...EGP...P...G...PT.GD....
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  47 PQGATG...P...TGPQG...P...Q...GN..Q.G..P...AGP...Q...G...PV.GPqgp.
  48 PQGIQG...P...AGATG...A...T...GA..Q.G..A...QGP...A...G...AT.GA....
  49 PAGATG...A...TGAQG...P...Q...GI..Q.G..P...AGA...T...G...AT.GA....
  50 PTGATG...I...TGATG...P...T...GA..T.G..V...TGA...T...G...PT.GAtgi.
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  52 PQGAQG...N...TGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGPagaT...G...AT.GP....
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  54 PRGTTG...A...QGIQG...A...I...GD..T.G..E...QGI...T...G...PT.GL....
  55 PQGAQG...N...TGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGN...T...G...AT.GPqga.
  56 PQGAQG...N...TGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGN...T...G...AT.GPqga.
  57 PQGAQG...N...TGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGN...T...G...AT.GPqga.
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  67 IQGATG...A...TGDQG...P...Q...GI..Q.G..A...IGP...Q...G...AT.GAtgd.
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  69 PQGAQG...N...TGATG...P...Q...GA..Q.G..N...TGA...T...G...AT.GPqga.
  70 IQGPTG...A...TGVTG...L...Q...GV..Q.G..P...MGA...T...G...PT.GD....
  71 IQGVQG...L...PGATG...P...Q...GI..Q.G..A...QGI...Q...G...PQ.GPsgn.
  72 ATGATG...P...QGAQG...PagaT...GA..T.G..P...QGV...Q...G...NT.GA....
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  75 ATGPQG...A...QGPAG...A...T...GA..T.G..P...QGN...T...G...AT.GIgvt.
  76 ATGPQG...A...QGNTG...A...T...GA..T.G..P...QGA...Q...G...PA.GA....
  77 ATGPQG...A...QGNTG...A...T...GP..Q.G..A...QGN...T...G...AT.GA....
  78 ATGPQG...A...QGNTG...A...T...GP..Q.G..A...QGN...T...G...AT.GA....
  79 IQGIQG...P...TGATG...D...M...GA..T.G..A...TGEgt.T...G...PT.GV....
  80 IQGIQG...I...QGIQG...P...T...GA..T.G..D...TGA...T...G...AT.GEgtt.
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  82 IQGVQG...L...PGATG...P...Q...GI..Q.G..A...QGM...Q...G...LQ.GPsgn.
  83 ATGATG...E...TGATG...A...T...GE..T.G..A...TGA...T...G...ET.GAtga.
  84 ATGETG...A...TGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGV...Q...G...IT.GIqgi.
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  86 IQGIQG...P...TGGTG...D...T...GA..T.G..A...TGEgt.T...G...PT.GV....
  87 PQGAQG...N...TGATG...A...T...GP..Q.G..A...QGN...T...G...AT.GPqga.
  88 ATGPQG...V...QGNTG...A...T...GA..T.G..P...QGA...Q...G...PA.GA....
  89 STGNTG...A...TGSTG...V...T...GS..T.G..VtgsTGV...T...G...ST.GV....
  90 PQGNTG...A...TGATG...P...Q...GP..Q.G..N...TGA...T...G...AT.GPrgn.
  91 MQGEIG...P...TGPTG...I...Q...GI..Q.G..V...QGE...I...G...PT.GPtgn.
  92 PTGATG...V...TGATG...V...T...GA..T.G..V...TGA...T...G...--.--....
  93 PQGAQG...P...AGATG...A...T...GP..Q.G..I...QGP...T...G...AT.GIgvt.
  94 IQGATG...A...TGDQG...P...Q...GI..Q.G..V...IGP...Q...G...VT.GAtgd.
  95 ATGPQG...A...QGNTG...A...T...GA..T.G..P...QGA...Q...G...NT.G-....
  96 PQGAQG...N...TGATG...A...T...GP..Q.G..A...QGN...T...G...AT.GPqga.
  97 IQGPAG...A...RGPTG...P...Q...GP..Q.G..I...QGPagaR...G...PT.GP....
  98 IAGPVG...V...TGAEG...A...Q...GA..Q.G..I...RGA...T...G...PA.GAqgi.
  99 PTGDTG...P...TGSTG...P...T...GD..T.G..P...TGS...T...G...PT.GPgci.
 100 ATGATG...P...QGIQG...P...T...GA..T.G..I...-GV...T...G...PT.GPsgg.
 101 ITSLTG...I...TSLTG...V...T...SL..T.G..I...TSL...T...G...IT.SLtgv.
 102 PRGNTG...A...TGATG...A...T...GP..Q.G..I...QGN...T...G...--.--....
 103 PQGEMGqvgP...TGIQG...I...Q...GV..Q.G..V...IGP...T...G...PT.GL....
 104 PQGAQG...P...AGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGP...T...G...AT.GIgvt.
 105 PQGAQG...P...AGATG...A...T...GP..Q.G..V...QGP...T...G...AT.GIgvt.
 106 VQGEIG...P...TGPTG...I...Q...GI..Q.G..V...QGE...I...G...PT.GPtgn.
 107 VQGEIG...P...TGPQG...I...Q...GP..Q.G..I...QGV...T...G...AT.GAqgp.
 108 PTGDTG...A...TGPTG...A...T...GL..A.G..A...TGP...T...G...AT.GLtga.
 109 AQGPQG...I...QGEQG...L...Q...GP..Q.G..L...PGA...D...G...AD.STvpg.
 110 VQGEIG...P...TGPQG...I...Q...GP..Q.G..I...QGV...T...G...AT.GAqgp.
 111 IQGIQG...V...QGATG...P...Q...GP..Q.G..I...QG-...-...-...--.--....
 112 ATGGTG...V...TGPTG...A...T...GP..T.G..L...TGA...T...G...SS.AIstg.
 113 ATGDTG...A...TGSTG...V...T...GA..T.G..S...IGA...T...G...VT.GL....
 114 PTGETG...V...TGSTG...P...T...GN..T.G..A...TGE...T...G...AT.GStgv.
 115 IQGIQG...I...NGSTG...F...Q...GA..K.G..I...RGI...T...G...AT.GPtgt.
 116 ATGETG...A...TGVTG...L...Q...GP..Q.G..I...QGV...Q...G...EI.G-....
 117 ATGETG...A...TGVTG...L...Q...GP..Q.G..I...QGV...Q...G...EI.G-....
 118 PTGITG...P...TGSVG...A...T...GA..-.-..-...-GF...Q...S...TT.TF....
 119 ATGSQG...P...TGDTG...P...T...GA..-.G..A...TGA...T...G...AT.GVstt.
 120 IKGITG...A...IGLQG...P...Q...GV..Q.G..I...QGI...T...G...AT.GF....
 121 NTGATG...S...TGVTG...S...T...GV..T.G..A...TGS...T...G...PT.GS....
 122 DTGEQG...I...TGPTG...L...Q...GA..Q.G..LignQGL...I...G...DI.GV....
 123 VQGIIG...P...TGAIG...L...Q...GP..Q.G..L...QGI...T...G...PT.GAqgv.
 124 ATGATG...V...TGDTG...A...T...GS..T.G..V...TGA...T...G...AT.GV....
 125 IQGVQG...L...PGATG...P...Q...GI..Q.G..A...QGI...Q...G...TP.GPsgn.
 126 ATGATG...N...TGATG...S...T...GV..T.G..A...TGS...T...G...PT.GS....
 127 ATGATG...N...TGATG...S...T...GV..T.G..A...TGT...T...G...PT.GS....
 128 LQGPKG...D...RGERG...P...Q...GP..M.P..S...---...-...-...--.--....
 129 ATGATG...P...QGPQG...N...T...GA..T.G..P...QGV...Q...G...NT.G-....
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