# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.9415 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.157 0.098 0.067 0.113 0.092 0.093 0.109 0.085 0.082 0.063 0.041 2 A 0.176 0.168 0.078 0.161 0.123 0.084 0.083 0.049 0.038 0.024 0.015 3 F 0.051 0.049 0.031 0.068 0.086 0.105 0.160 0.148 0.134 0.099 0.069 4 D 0.115 0.174 0.064 0.145 0.133 0.103 0.112 0.067 0.046 0.027 0.014 5 P 0.346 0.133 0.089 0.144 0.100 0.067 0.051 0.028 0.021 0.014 0.008 6 N 0.319 0.180 0.076 0.159 0.098 0.057 0.050 0.025 0.018 0.011 0.007 7 L 0.035 0.039 0.029 0.070 0.078 0.098 0.172 0.153 0.147 0.105 0.074 8 V 0.089 0.101 0.045 0.104 0.105 0.109 0.146 0.104 0.084 0.062 0.051 9 G 0.198 0.189 0.080 0.143 0.110 0.079 0.080 0.047 0.037 0.023 0.014 10 P 0.294 0.098 0.042 0.095 0.079 0.072 0.093 0.070 0.065 0.053 0.040 11 T 0.259 0.192 0.061 0.158 0.113 0.067 0.065 0.034 0.026 0.016 0.010 12 L 0.051 0.046 0.022 0.070 0.085 0.106 0.160 0.142 0.141 0.104 0.071 13 P 0.242 0.184 0.064 0.130 0.103 0.075 0.075 0.049 0.037 0.024 0.016 14 P 0.407 0.120 0.049 0.109 0.080 0.065 0.070 0.042 0.030 0.017 0.010 15 I 0.046 0.034 0.013 0.052 0.072 0.095 0.173 0.167 0.148 0.124 0.077 16 P 0.192 0.234 0.062 0.156 0.108 0.071 0.063 0.042 0.034 0.024 0.016 17 P 0.227 0.077 0.034 0.098 0.097 0.097 0.123 0.094 0.075 0.050 0.030 18 F 0.099 0.049 0.025 0.071 0.074 0.089 0.154 0.130 0.125 0.107 0.076 19 T 0.099 0.215 0.075 0.205 0.146 0.083 0.070 0.042 0.031 0.020 0.013 20 L 0.081 0.068 0.025 0.092 0.105 0.101 0.135 0.133 0.116 0.084 0.059 21 P 0.198 0.093 0.052 0.108 0.105 0.110 0.124 0.073 0.058 0.044 0.035 22 T 0.127 0.203 0.072 0.204 0.147 0.081 0.076 0.039 0.026 0.016 0.009 23 G 0.190 0.118 0.039 0.128 0.110 0.090 0.102 0.077 0.062 0.047 0.035 24 P 0.190 0.111 0.068 0.125 0.104 0.100 0.104 0.059 0.052 0.045 0.042 25 T 0.130 0.226 0.072 0.182 0.126 0.080 0.076 0.041 0.031 0.021 0.014 26 G 0.097 0.071 0.027 0.092 0.101 0.094 0.133 0.120 0.108 0.084 0.073 27 P 0.190 0.101 0.049 0.116 0.104 0.102 0.116 0.062 0.054 0.049 0.055 28 T 0.124 0.191 0.073 0.190 0.145 0.089 0.077 0.041 0.032 0.022 0.015 29 G 0.108 0.072 0.028 0.094 0.098 0.097 0.126 0.108 0.104 0.087 0.077 30 P 0.321 0.142 0.069 0.126 0.083 0.068 0.071 0.035 0.030 0.027 0.029 31 T 0.113 0.144 0.048 0.137 0.131 0.105 0.119 0.071 0.060 0.044 0.029 32 G 0.112 0.085 0.032 0.098 0.095 0.087 0.110 0.101 0.104 0.087 0.089 33 P 0.280 0.119 0.059 0.126 0.098 0.088 0.086 0.042 0.036 0.032 0.035 34 T 0.144 0.167 0.061 0.160 0.139 0.098 0.096 0.054 0.039 0.026 0.015 35 G 0.135 0.089 0.033 0.109 0.111 0.102 0.119 0.095 0.085 0.066 0.056 36 P 0.171 0.103 0.055 0.124 0.101 0.101 0.111 0.062 0.057 0.053 0.062 37 T 0.148 0.181 0.057 0.158 0.136 0.094 0.091 0.052 0.038 0.028 0.017 38 G 0.105 0.060 0.019 0.074 0.083 0.079 0.121 0.121 0.122 0.107 0.110 39 P 0.143 0.079 0.039 0.107 0.102 0.107 0.130 0.077 0.074 0.069 0.075 40 T 0.117 0.163 0.065 0.167 0.145 0.103 0.097 0.053 0.040 0.029 0.020 41 G 0.113 0.074 0.031 0.105 0.097 0.093 0.118 0.103 0.097 0.088 0.080 42 P 0.149 0.086 0.051 0.103 0.095 0.104 0.125 0.076 0.071 0.068 0.074 43 T 0.078 0.141 0.059 0.143 0.120 0.090 0.115 0.079 0.072 0.057 0.046 44 G 0.093 0.055 0.024 0.075 0.081 0.084 0.119 0.114 0.118 0.114 0.122 45 D 0.254 0.152 0.074 0.163 0.111 0.081 0.071 0.031 0.024 0.019 0.020 46 T 0.090 0.117 0.052 0.146 0.139 0.114 0.124 0.078 0.063 0.048 0.029 47 G 0.148 0.092 0.038 0.106 0.098 0.088 0.102 0.083 0.086 0.078 0.082 48 T 0.144 0.100 0.057 0.126 0.101 0.102 0.120 0.065 0.063 0.060 0.063 49 T 0.123 0.163 0.046 0.146 0.142 0.105 0.102 0.062 0.049 0.037 0.027 50 G 0.107 0.073 0.025 0.080 0.085 0.075 0.105 0.104 0.116 0.105 0.125 51 P 0.243 0.106 0.051 0.120 0.099 0.094 0.099 0.051 0.046 0.043 0.047 52 T 0.158 0.163 0.057 0.163 0.145 0.099 0.089 0.048 0.036 0.026 0.016 53 G 0.126 0.088 0.037 0.108 0.100 0.095 0.117 0.096 0.088 0.076 0.068 54 P 0.193 0.092 0.062 0.117 0.090 0.088 0.108 0.061 0.059 0.060 0.071 55 T 0.096 0.146 0.054 0.144 0.125 0.100 0.117 0.074 0.063 0.048 0.032 56 G 0.122 0.083 0.029 0.095 0.095 0.087 0.115 0.104 0.099 0.086 0.085 57 P 0.213 0.087 0.042 0.112 0.098 0.091 0.108 0.061 0.059 0.057 0.071 58 T 0.145 0.187 0.061 0.168 0.141 0.093 0.085 0.046 0.035 0.024 0.015 59 G 0.121 0.091 0.033 0.115 0.106 0.095 0.112 0.091 0.089 0.075 0.073 60 P 0.194 0.096 0.051 0.115 0.094 0.097 0.106 0.062 0.060 0.058 0.068 61 T 0.158 0.188 0.063 0.156 0.135 0.089 0.085 0.048 0.037 0.025 0.016 62 G 0.131 0.088 0.036 0.114 0.105 0.094 0.112 0.093 0.087 0.072 0.069 63 P 0.140 0.086 0.048 0.122 0.113 0.116 0.127 0.069 0.061 0.055 0.063 64 T 0.120 0.178 0.074 0.176 0.141 0.094 0.084 0.049 0.038 0.028 0.018 65 G 0.114 0.072 0.030 0.100 0.098 0.093 0.117 0.099 0.098 0.091 0.089 66 A 0.130 0.084 0.051 0.117 0.099 0.103 0.121 0.072 0.072 0.069 0.083 67 T 0.067 0.117 0.044 0.136 0.142 0.114 0.127 0.086 0.072 0.056 0.040 68 G 0.125 0.084 0.032 0.099 0.092 0.077 0.099 0.089 0.096 0.094 0.112 69 L 0.080 0.044 0.026 0.072 0.076 0.090 0.138 0.094 0.106 0.119 0.155 70 T 0.101 0.149 0.058 0.165 0.150 0.107 0.100 0.059 0.048 0.036 0.028 71 G 0.119 0.080 0.032 0.098 0.092 0.087 0.112 0.096 0.096 0.092 0.095 72 P 0.237 0.092 0.051 0.101 0.076 0.077 0.101 0.059 0.060 0.065 0.080 73 T 0.120 0.138 0.049 0.133 0.122 0.099 0.113 0.073 0.064 0.051 0.038 74 G 0.094 0.074 0.027 0.090 0.087 0.082 0.108 0.098 0.105 0.106 0.129 75 P 0.171 0.089 0.052 0.118 0.095 0.094 0.108 0.063 0.063 0.064 0.083 76 T 0.140 0.155 0.057 0.149 0.139 0.099 0.098 0.059 0.047 0.034 0.023 77 G 0.098 0.073 0.027 0.098 0.094 0.092 0.114 0.100 0.102 0.098 0.104 78 P 0.143 0.092 0.050 0.120 0.103 0.100 0.111 0.067 0.068 0.066 0.080 79 S 0.129 0.126 0.056 0.134 0.125 0.098 0.112 0.074 0.065 0.047 0.034 80 G 0.180 0.097 0.040 0.120 0.098 0.088 0.099 0.075 0.072 0.065 0.066 81 L 0.084 0.069 0.039 0.110 0.103 0.104 0.139 0.091 0.090 0.083 0.087 82 G 0.178 0.186 0.063 0.136 0.114 0.084 0.080 0.052 0.047 0.034 0.024 83 L 0.089 0.057 0.022 0.071 0.072 0.075 0.100 0.107 0.132 0.131 0.143 84 P 0.182 0.109 0.044 0.109 0.102 0.097 0.120 0.070 0.066 0.052 0.049 85 A 0.208 0.145 0.059 0.126 0.104 0.082 0.092 0.063 0.055 0.040 0.025 86 G 0.196 0.091 0.033 0.093 0.080 0.073 0.090 0.080 0.089 0.088 0.086 87 L 0.096 0.084 0.053 0.119 0.099 0.104 0.125 0.090 0.089 0.075 0.066 88 Y 0.136 0.114 0.060 0.113 0.102 0.097 0.126 0.089 0.076 0.055 0.031 89 A 0.236 0.103 0.043 0.095 0.082 0.073 0.091 0.076 0.079 0.066 0.055 90 F 0.202 0.103 0.036 0.094 0.087 0.078 0.103 0.081 0.083 0.072 0.061