# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.9415 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.348 0.241 0.171 0.133 0.074 0.029 0.004 2 A 0.350 0.259 0.170 0.122 0.068 0.027 0.004 3 F 0.251 0.192 0.190 0.202 0.119 0.042 0.004 4 D 0.352 0.284 0.189 0.113 0.047 0.014 0.002 5 P 0.469 0.261 0.145 0.078 0.034 0.011 0.002 6 N 0.345 0.285 0.187 0.110 0.053 0.018 0.003 7 L 0.102 0.134 0.200 0.263 0.208 0.085 0.008 8 V 0.133 0.187 0.227 0.231 0.150 0.064 0.008 9 G 0.244 0.278 0.221 0.154 0.075 0.025 0.003 10 P 0.213 0.188 0.193 0.206 0.144 0.050 0.006 11 T 0.298 0.274 0.191 0.130 0.071 0.030 0.005 12 L 0.102 0.124 0.188 0.263 0.213 0.099 0.011 13 P 0.265 0.291 0.212 0.143 0.065 0.022 0.003 14 P 0.261 0.277 0.206 0.144 0.077 0.030 0.005 15 I 0.118 0.141 0.190 0.247 0.201 0.090 0.014 16 P 0.199 0.268 0.239 0.167 0.084 0.036 0.008 17 P 0.182 0.227 0.205 0.180 0.124 0.068 0.014 18 F 0.067 0.098 0.147 0.235 0.268 0.157 0.029 19 T 0.135 0.265 0.270 0.187 0.093 0.040 0.011 20 L 0.074 0.122 0.166 0.239 0.225 0.146 0.030 21 P 0.096 0.155 0.198 0.232 0.198 0.101 0.020 22 T 0.173 0.289 0.257 0.164 0.076 0.032 0.008 23 G 0.119 0.153 0.184 0.235 0.190 0.102 0.017 24 P 0.135 0.190 0.221 0.214 0.154 0.072 0.015 25 T 0.182 0.299 0.244 0.156 0.076 0.034 0.009 26 G 0.127 0.173 0.197 0.223 0.175 0.090 0.016 27 P 0.121 0.170 0.210 0.230 0.176 0.078 0.015 28 T 0.193 0.317 0.250 0.145 0.062 0.026 0.006 29 G 0.136 0.161 0.190 0.239 0.188 0.077 0.009 30 P 0.200 0.242 0.239 0.183 0.097 0.033 0.006 31 T 0.218 0.325 0.241 0.140 0.055 0.018 0.003 32 G 0.178 0.188 0.194 0.217 0.154 0.062 0.007 33 P 0.203 0.253 0.242 0.179 0.091 0.028 0.005 34 T 0.263 0.341 0.228 0.114 0.039 0.012 0.002 35 G 0.249 0.219 0.187 0.184 0.115 0.041 0.005 36 P 0.193 0.224 0.234 0.196 0.109 0.037 0.007 37 T 0.202 0.336 0.254 0.135 0.052 0.018 0.003 38 G 0.166 0.200 0.202 0.211 0.145 0.063 0.012 39 P 0.101 0.134 0.181 0.239 0.208 0.112 0.026 40 T 0.154 0.286 0.261 0.170 0.080 0.039 0.010 41 G 0.105 0.140 0.169 0.225 0.203 0.127 0.030 42 P 0.111 0.170 0.198 0.221 0.177 0.097 0.027 43 T 0.113 0.202 0.226 0.210 0.141 0.085 0.023 44 G 0.116 0.143 0.170 0.215 0.198 0.130 0.028 45 D 0.150 0.226 0.246 0.200 0.116 0.050 0.013 46 T 0.154 0.237 0.237 0.195 0.111 0.053 0.012 47 G 0.179 0.188 0.177 0.189 0.156 0.093 0.019 48 T 0.116 0.141 0.182 0.224 0.199 0.112 0.025 49 T 0.185 0.285 0.244 0.161 0.077 0.038 0.010 50 G 0.123 0.131 0.154 0.230 0.218 0.122 0.022 51 P 0.179 0.221 0.218 0.194 0.121 0.054 0.013 52 T 0.226 0.313 0.235 0.138 0.059 0.024 0.005 53 G 0.165 0.170 0.184 0.212 0.169 0.085 0.016 54 P 0.167 0.198 0.215 0.200 0.137 0.065 0.017 55 T 0.162 0.254 0.241 0.181 0.100 0.050 0.012 56 G 0.128 0.157 0.172 0.211 0.188 0.119 0.026 57 P 0.101 0.143 0.192 0.233 0.197 0.107 0.027 58 T 0.147 0.261 0.251 0.183 0.096 0.050 0.013 59 G 0.115 0.139 0.168 0.230 0.209 0.118 0.022 60 P 0.152 0.180 0.207 0.213 0.155 0.074 0.018 61 T 0.220 0.297 0.231 0.144 0.067 0.032 0.008 62 G 0.182 0.179 0.173 0.203 0.158 0.088 0.018 63 P 0.154 0.187 0.205 0.211 0.148 0.075 0.019 64 T 0.183 0.278 0.239 0.163 0.084 0.042 0.011 65 G 0.125 0.134 0.156 0.204 0.198 0.145 0.037 66 A 0.103 0.141 0.182 0.219 0.194 0.124 0.038 67 T 0.116 0.196 0.224 0.204 0.139 0.092 0.029 68 G 0.121 0.140 0.143 0.182 0.192 0.169 0.052 69 L 0.056 0.076 0.117 0.197 0.257 0.218 0.078 70 T 0.133 0.228 0.233 0.187 0.115 0.075 0.029 71 G 0.110 0.123 0.142 0.205 0.214 0.160 0.046 72 P 0.157 0.177 0.191 0.198 0.156 0.090 0.031 73 T 0.163 0.237 0.230 0.182 0.107 0.060 0.019 74 G 0.153 0.147 0.151 0.197 0.185 0.132 0.036 75 P 0.142 0.163 0.180 0.208 0.173 0.101 0.033 76 T 0.189 0.260 0.227 0.166 0.091 0.052 0.016 77 G 0.127 0.137 0.156 0.205 0.198 0.140 0.037 78 P 0.135 0.166 0.199 0.213 0.163 0.094 0.029 79 S 0.146 0.219 0.224 0.191 0.124 0.075 0.022 80 G 0.158 0.161 0.154 0.178 0.168 0.135 0.046 81 L 0.074 0.097 0.144 0.214 0.232 0.175 0.063 82 G 0.117 0.201 0.220 0.194 0.134 0.098 0.036 83 L 0.102 0.103 0.121 0.190 0.222 0.197 0.065 84 P 0.166 0.185 0.188 0.192 0.149 0.091 0.028 85 A 0.207 0.246 0.221 0.167 0.093 0.053 0.014 86 G 0.206 0.149 0.135 0.171 0.169 0.135 0.035 87 L 0.169 0.156 0.172 0.197 0.167 0.111 0.027 88 Y 0.249 0.211 0.182 0.160 0.109 0.070 0.019 89 A 0.344 0.206 0.156 0.137 0.092 0.052 0.015 90 F 0.346 0.215 0.169 0.135 0.082 0.040 0.013