# TARGET T0205 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.110 0.018 0.024 0.077 0.177 0.594 2 E 0.289 0.036 0.042 0.118 0.146 0.369 3 E 0.397 0.039 0.046 0.090 0.156 0.271 4 I 0.310 0.030 0.040 0.091 0.195 0.334 5 T 0.196 0.029 0.052 0.070 0.495 0.160 6 D 0.110 0.009 0.083 0.067 0.616 0.115 7 G 0.090 0.007 0.073 0.051 0.650 0.129 8 V 0.183 0.015 0.080 0.028 0.574 0.120 9 N 0.339 0.025 0.039 0.024 0.336 0.237 10 N 0.449 0.014 0.023 0.014 0.219 0.281 11 M 0.671 0.011 0.010 0.009 0.137 0.161 12 N 0.827 0.008 0.004 0.006 0.053 0.102 13 L 0.915 0.005 0.002 0.003 0.024 0.051 14 A 0.898 0.003 0.002 0.004 0.030 0.063 15 T 0.879 0.004 0.003 0.003 0.037 0.073 16 D 0.789 0.008 0.004 0.003 0.082 0.113 17 S 0.579 0.010 0.012 0.003 0.210 0.186 18 Q 0.321 0.017 0.033 0.005 0.448 0.176 19 K 0.174 0.022 0.053 0.006 0.611 0.135 20 K 0.102 0.009 0.050 0.008 0.683 0.147 21 N 0.174 0.006 0.033 0.008 0.503 0.275 22 R 0.668 0.018 0.010 0.006 0.128 0.170 23 I 0.831 0.015 0.004 0.006 0.041 0.103 24 Q 0.865 0.015 0.003 0.004 0.029 0.084 25 V 0.759 0.022 0.004 0.005 0.058 0.152 26 S 0.387 0.012 0.008 0.007 0.283 0.304 27 N 0.114 0.022 0.010 0.009 0.459 0.386 28 T 0.037 0.019 0.004 0.008 0.415 0.518 29 K 0.045 0.040 0.004 0.023 0.323 0.566 30 K 0.043 0.012 0.004 0.050 0.233 0.657 31 P 0.052 0.012 0.051 0.333 0.274 0.279 32 L 0.062 0.014 0.084 0.628 0.126 0.085 33 F 0.094 0.006 0.077 0.685 0.077 0.060 34 F 0.095 0.009 0.040 0.702 0.053 0.101 35 Y 0.019 0.003 0.019 0.934 0.012 0.013 36 V 0.010 0.001 0.013 0.966 0.006 0.005 37 N 0.012 0.001 0.016 0.955 0.010 0.007 38 L 0.023 0.001 0.017 0.938 0.012 0.008 39 A 0.029 0.001 0.007 0.938 0.013 0.013 40 K 0.038 0.002 0.010 0.928 0.017 0.005 41 R 0.024 0.001 0.017 0.905 0.042 0.011 42 Y 0.008 0.001 0.024 0.895 0.049 0.023 43 M 0.010 0.002 0.050 0.744 0.142 0.051 44 Q 0.007 0.002 0.051 0.567 0.246 0.127 45 Q 0.017 0.008 0.016 0.070 0.460 0.429 46 Y 0.024 0.004 0.005 0.005 0.597 0.365 47 N 0.035 0.001 0.005 0.001 0.437 0.520 48 D 0.819 0.005 0.001 0.001 0.085 0.090 49 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 50 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 51 L 0.985 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 52 S 0.911 0.003 0.002 0.002 0.023 0.059 53 A 0.545 0.003 0.032 0.014 0.216 0.190 54 L 0.299 0.009 0.048 0.054 0.357 0.233 55 G 0.140 0.009 0.084 0.107 0.410 0.251 56 M 0.188 0.019 0.050 0.259 0.298 0.186 57 A 0.178 0.028 0.057 0.425 0.201 0.111 58 I 0.082 0.006 0.057 0.638 0.137 0.080 59 A 0.027 0.002 0.112 0.649 0.140 0.070 60 T 0.020 0.002 0.154 0.653 0.099 0.072 61 V 0.041 0.004 0.024 0.816 0.054 0.061 62 V 0.036 0.006 0.009 0.815 0.041 0.094 63 T 0.054 0.009 0.003 0.750 0.027 0.157 64 V 0.002 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 65 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 67 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 68 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 69 K 0.001 0.001 0.003 0.965 0.021 0.009 70 N 0.002 0.001 0.005 0.851 0.090 0.051 71 N 0.013 0.002 0.006 0.491 0.225 0.262 72 G 0.024 0.005 0.009 0.075 0.275 0.613 73 F 0.154 0.017 0.016 0.055 0.284 0.476 74 A 0.404 0.007 0.029 0.073 0.226 0.261 75 V 0.550 0.009 0.029 0.070 0.147 0.196 76 E 0.740 0.006 0.025 0.039 0.082 0.109 77 K 0.717 0.007 0.021 0.043 0.100 0.111 78 K 0.721 0.008 0.011 0.028 0.102 0.129 79 I 0.724 0.012 0.007 0.021 0.109 0.127 80 M 0.678 0.012 0.007 0.020 0.111 0.172 81 T 0.555 0.011 0.022 0.034 0.180 0.198 82 S 0.576 0.010 0.030 0.043 0.160 0.181 83 I 0.700 0.016 0.021 0.029 0.090 0.143 84 V 0.752 0.018 0.011 0.022 0.074 0.123 85 D 0.632 0.015 0.011 0.023 0.130 0.189 86 I 0.410 0.025 0.022 0.032 0.222 0.290 87 K 0.163 0.012 0.041 0.030 0.441 0.313 88 D 0.113 0.015 0.061 0.027 0.575 0.210 89 D 0.092 0.015 0.090 0.051 0.546 0.206 90 A 0.089 0.022 0.090 0.062 0.562 0.174 91 R 0.084 0.007 0.035 0.034 0.576 0.262 92 G 0.104 0.010 0.013 0.014 0.440 0.419 93 R 0.240 0.026 0.009 0.006 0.310 0.408 94 P 0.372 0.024 0.010 0.005 0.193 0.395 95 V 0.396 0.014 0.008 0.004 0.153 0.426 96 Q 0.403 0.019 0.005 0.002 0.100 0.470 97 K 0.489 0.009 0.006 0.003 0.098 0.395 98 A 0.630 0.003 0.005 0.002 0.066 0.296 99 K 0.943 0.003 0.001 0.001 0.012 0.040 100 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 101 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 102 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 103 T 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 104 L 0.897 0.002 0.001 0.001 0.019 0.081 105 V 0.624 0.017 0.001 0.001 0.100 0.257 106 K 0.204 0.025 0.001 0.003 0.145 0.622 107 S 0.016 0.003 0.001 0.006 0.116 0.859 108 E 0.003 0.003 0.009 0.774 0.107 0.104 109 K 0.001 0.001 0.010 0.931 0.040 0.017 110 F 0.001 0.001 0.015 0.945 0.030 0.008 111 D 0.001 0.001 0.007 0.969 0.015 0.007 112 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.008 0.003 113 L 0.002 0.001 0.004 0.980 0.009 0.004 114 M 0.002 0.001 0.003 0.968 0.014 0.012 115 A 0.003 0.002 0.004 0.930 0.028 0.033 116 A 0.001 0.001 0.005 0.915 0.034 0.044 117 A 0.001 0.001 0.003 0.915 0.033 0.047 118 N 0.001 0.001 0.005 0.869 0.059 0.065 119 E 0.001 0.001 0.005 0.830 0.076 0.088 120 E 0.001 0.001 0.004 0.772 0.082 0.141 121 K 0.001 0.001 0.004 0.852 0.067 0.075 122 E 0.001 0.001 0.003 0.878 0.046 0.071 123 D 0.001 0.001 0.003 0.955 0.017 0.024 124 A 0.001 0.001 0.004 0.970 0.011 0.013 125 E 0.002 0.001 0.005 0.965 0.015 0.013 126 T 0.002 0.001 0.006 0.963 0.012 0.016 127 Q 0.004 0.001 0.013 0.893 0.030 0.059 128 V 0.005 0.003 0.013 0.822 0.043 0.113 129 Q 0.005 0.002 0.009 0.576 0.043 0.365 130 N 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.973