# TARGET T0205 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.009 0.284 0.008 0.067 0.355 0.001 0.001 0.003 0.116 0.121 0.008 0.026 2 E 0.011 0.017 0.211 0.004 0.082 0.424 0.001 0.001 0.007 0.098 0.072 0.032 0.040 3 E 0.017 0.020 0.200 0.002 0.057 0.467 0.002 0.002 0.012 0.051 0.045 0.032 0.091 4 I 0.034 0.016 0.133 0.009 0.043 0.536 0.003 0.004 0.010 0.038 0.073 0.025 0.077 5 T 0.024 0.017 0.199 0.017 0.060 0.307 0.003 0.003 0.009 0.112 0.134 0.062 0.053 6 D 0.012 0.009 0.177 0.012 0.064 0.179 0.001 0.001 0.004 0.177 0.286 0.031 0.047 7 G 0.018 0.018 0.182 0.004 0.055 0.122 0.001 0.002 0.004 0.211 0.298 0.032 0.051 8 V 0.022 0.024 0.354 0.011 0.036 0.068 0.001 0.003 0.008 0.193 0.160 0.033 0.087 9 N 0.037 0.013 0.232 0.085 0.025 0.047 0.002 0.003 0.007 0.282 0.137 0.085 0.044 10 N 0.078 0.012 0.316 0.028 0.037 0.057 0.004 0.003 0.016 0.164 0.051 0.059 0.177 11 M 0.186 0.021 0.184 0.017 0.051 0.058 0.018 0.006 0.019 0.084 0.053 0.116 0.187 12 N 0.318 0.020 0.090 0.009 0.019 0.021 0.032 0.011 0.025 0.014 0.025 0.244 0.171 13 L 0.292 0.009 0.098 0.012 0.028 0.018 0.024 0.004 0.015 0.025 0.022 0.086 0.366 14 A 0.344 0.016 0.108 0.060 0.018 0.020 0.024 0.001 0.014 0.038 0.027 0.165 0.166 15 T 0.159 0.019 0.264 0.027 0.028 0.019 0.010 0.001 0.010 0.073 0.030 0.136 0.225 16 D 0.031 0.016 0.366 0.008 0.018 0.012 0.003 0.001 0.008 0.130 0.034 0.158 0.216 17 S 0.008 0.029 0.394 0.012 0.038 0.007 0.002 0.001 0.004 0.141 0.135 0.038 0.192 18 Q 0.003 0.016 0.277 0.016 0.038 0.007 0.001 0.001 0.002 0.325 0.222 0.044 0.049 19 K 0.001 0.035 0.447 0.021 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.275 0.134 0.016 0.031 20 K 0.003 0.008 0.278 0.017 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.330 0.272 0.021 0.026 21 N 0.012 0.005 0.257 0.031 0.035 0.005 0.003 0.001 0.005 0.214 0.361 0.026 0.045 22 R 0.214 0.034 0.173 0.004 0.012 0.005 0.076 0.006 0.029 0.041 0.024 0.101 0.281 23 I 0.451 0.013 0.058 0.023 0.006 0.003 0.166 0.010 0.018 0.008 0.004 0.094 0.144 24 Q 0.526 0.006 0.029 0.002 0.001 0.002 0.105 0.008 0.031 0.007 0.001 0.187 0.094 25 V 0.331 0.022 0.096 0.018 0.006 0.004 0.064 0.005 0.040 0.009 0.008 0.052 0.347 26 S 0.049 0.016 0.403 0.038 0.014 0.007 0.007 0.002 0.032 0.161 0.070 0.126 0.076 27 N 0.009 0.017 0.203 0.020 0.019 0.006 0.001 0.001 0.003 0.294 0.374 0.009 0.047 28 T 0.002 0.013 0.253 0.005 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.329 0.305 0.040 0.022 29 K 0.001 0.010 0.319 0.008 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.399 0.189 0.010 0.035 30 K 0.002 0.013 0.516 0.002 0.006 0.056 0.001 0.001 0.002 0.303 0.049 0.038 0.014 31 P 0.004 0.029 0.582 0.003 0.009 0.116 0.002 0.001 0.004 0.057 0.043 0.006 0.146 32 L 0.032 0.024 0.295 0.008 0.024 0.399 0.008 0.001 0.006 0.039 0.045 0.082 0.038 33 F 0.028 0.010 0.081 0.004 0.025 0.685 0.005 0.001 0.005 0.047 0.037 0.027 0.046 34 F 0.017 0.003 0.043 0.001 0.035 0.793 0.004 0.001 0.004 0.016 0.060 0.009 0.015 35 Y 0.012 0.002 0.014 0.001 0.015 0.899 0.004 0.001 0.003 0.006 0.032 0.004 0.008 36 V 0.010 0.001 0.007 0.001 0.011 0.941 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.002 0.005 37 N 0.007 0.001 0.007 0.001 0.011 0.943 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.005 0.003 38 L 0.004 0.001 0.005 0.001 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.005 39 A 0.009 0.002 0.005 0.001 0.007 0.942 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 0.002 0.006 40 K 0.004 0.001 0.010 0.001 0.009 0.924 0.002 0.001 0.002 0.007 0.028 0.007 0.004 41 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.860 0.001 0.001 0.001 0.006 0.096 0.001 0.005 42 Y 0.001 0.002 0.031 0.001 0.033 0.835 0.001 0.001 0.001 0.022 0.067 0.002 0.005 43 M 0.001 0.006 0.047 0.001 0.051 0.648 0.001 0.001 0.001 0.045 0.182 0.007 0.010 44 Q 0.001 0.003 0.086 0.004 0.037 0.392 0.001 0.001 0.001 0.114 0.350 0.002 0.010 45 Q 0.001 0.010 0.258 0.002 0.027 0.153 0.001 0.001 0.001 0.155 0.380 0.006 0.008 46 Y 0.001 0.003 0.539 0.003 0.012 0.020 0.001 0.001 0.001 0.267 0.144 0.003 0.007 47 N 0.001 0.001 0.193 0.018 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.521 0.231 0.010 0.004 48 D 0.116 0.018 0.230 0.002 0.023 0.016 0.045 0.014 0.116 0.078 0.055 0.055 0.232 49 V 0.437 0.005 0.057 0.010 0.008 0.022 0.200 0.075 0.055 0.007 0.007 0.039 0.077 50 E 0.591 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 0.206 0.044 0.050 0.001 0.001 0.057 0.034 51 L 0.488 0.002 0.043 0.010 0.004 0.036 0.110 0.081 0.061 0.003 0.003 0.029 0.131 52 S 0.382 0.004 0.127 0.049 0.008 0.102 0.052 0.013 0.104 0.029 0.019 0.056 0.056 53 A 0.268 0.007 0.125 0.005 0.012 0.177 0.029 0.005 0.065 0.053 0.020 0.097 0.137 54 L 0.068 0.006 0.098 0.012 0.041 0.424 0.006 0.001 0.022 0.052 0.113 0.017 0.138 55 G 0.038 0.002 0.043 0.012 0.107 0.487 0.004 0.001 0.006 0.047 0.190 0.046 0.017 56 M 0.025 0.003 0.073 0.008 0.083 0.632 0.003 0.001 0.003 0.064 0.060 0.015 0.030 57 A 0.017 0.005 0.031 0.001 0.047 0.715 0.005 0.001 0.004 0.026 0.089 0.013 0.046 58 I 0.011 0.003 0.017 0.012 0.030 0.862 0.003 0.001 0.003 0.013 0.031 0.003 0.011 59 A 0.009 0.001 0.018 0.013 0.072 0.805 0.002 0.001 0.001 0.015 0.053 0.006 0.006 60 T 0.002 0.001 0.010 0.002 0.047 0.854 0.001 0.001 0.001 0.016 0.063 0.001 0.003 61 V 0.001 0.003 0.009 0.001 0.016 0.913 0.001 0.001 0.002 0.007 0.044 0.001 0.004 62 V 0.002 0.001 0.025 0.001 0.003 0.940 0.001 0.001 0.002 0.011 0.008 0.004 0.003 63 T 0.002 0.002 0.019 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.002 0.004 64 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 65 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 68 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.930 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.001 0.001 70 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.738 0.001 0.001 0.001 0.012 0.227 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.050 0.001 0.014 0.286 0.001 0.001 0.001 0.065 0.579 0.001 0.002 72 G 0.002 0.005 0.282 0.003 0.032 0.261 0.002 0.001 0.005 0.145 0.241 0.013 0.009 73 F 0.006 0.013 0.311 0.015 0.057 0.160 0.009 0.008 0.033 0.200 0.112 0.026 0.050 74 A 0.016 0.016 0.280 0.016 0.033 0.138 0.018 0.076 0.138 0.098 0.037 0.042 0.093 75 V 0.017 0.012 0.192 0.088 0.012 0.039 0.032 0.079 0.249 0.090 0.019 0.115 0.055 76 E 0.016 0.012 0.167 0.024 0.006 0.011 0.051 0.056 0.375 0.021 0.007 0.020 0.236 77 K 0.012 0.009 0.132 0.157 0.003 0.005 0.045 0.057 0.380 0.029 0.004 0.129 0.038 78 K 0.011 0.010 0.126 0.057 0.005 0.003 0.074 0.043 0.411 0.032 0.011 0.036 0.180 79 I 0.018 0.013 0.196 0.051 0.005 0.004 0.101 0.052 0.329 0.035 0.010 0.087 0.098 80 M 0.017 0.014 0.208 0.033 0.005 0.003 0.073 0.045 0.306 0.038 0.020 0.136 0.101 81 T 0.018 0.011 0.246 0.046 0.019 0.010 0.056 0.024 0.208 0.087 0.039 0.020 0.216 82 S 0.037 0.007 0.192 0.030 0.014 0.020 0.036 0.012 0.142 0.068 0.027 0.361 0.053 83 I 0.038 0.023 0.189 0.033 0.017 0.028 0.038 0.006 0.102 0.047 0.031 0.026 0.420 84 V 0.043 0.026 0.237 0.022 0.008 0.033 0.021 0.004 0.064 0.080 0.013 0.341 0.108 85 D 0.025 0.034 0.398 0.013 0.008 0.032 0.009 0.001 0.035 0.061 0.023 0.048 0.314 86 I 0.014 0.023 0.414 0.013 0.034 0.086 0.003 0.001 0.014 0.144 0.120 0.045 0.090 87 K 0.004 0.011 0.455 0.009 0.057 0.069 0.001 0.001 0.005 0.167 0.158 0.023 0.040 88 D 0.003 0.017 0.329 0.008 0.109 0.077 0.001 0.001 0.006 0.260 0.139 0.015 0.036 89 D 0.006 0.016 0.239 0.003 0.157 0.111 0.001 0.001 0.004 0.141 0.263 0.022 0.038 90 A 0.008 0.020 0.182 0.006 0.139 0.112 0.001 0.001 0.004 0.173 0.307 0.015 0.033 91 R 0.006 0.013 0.215 0.007 0.069 0.093 0.001 0.001 0.002 0.162 0.381 0.026 0.026 92 G 0.006 0.011 0.301 0.007 0.019 0.052 0.001 0.001 0.001 0.287 0.245 0.012 0.059 93 R 0.002 0.011 0.489 0.006 0.006 0.039 0.001 0.001 0.002 0.309 0.047 0.064 0.025 94 P 0.006 0.022 0.488 0.009 0.011 0.038 0.001 0.001 0.006 0.056 0.035 0.015 0.314 95 V 0.046 0.020 0.354 0.036 0.011 0.056 0.006 0.001 0.021 0.067 0.026 0.259 0.096 96 Q 0.089 0.020 0.173 0.012 0.007 0.023 0.010 0.001 0.029 0.061 0.019 0.171 0.386 97 K 0.124 0.008 0.107 0.033 0.008 0.017 0.030 0.001 0.042 0.018 0.008 0.065 0.540 98 A 0.147 0.002 0.046 0.475 0.003 0.012 0.024 0.004 0.018 0.012 0.004 0.191 0.063 99 K 0.469 0.002 0.020 0.006 0.004 0.007 0.079 0.002 0.019 0.009 0.003 0.093 0.288 100 I 0.551 0.001 0.014 0.011 0.002 0.004 0.143 0.005 0.036 0.003 0.001 0.104 0.124 101 E 0.587 0.001 0.010 0.035 0.001 0.004 0.195 0.005 0.014 0.002 0.002 0.033 0.112 102 I 0.682 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.160 0.005 0.012 0.001 0.001 0.082 0.044 103 T 0.630 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.104 0.002 0.022 0.003 0.001 0.104 0.119 104 L 0.338 0.004 0.044 0.029 0.002 0.008 0.094 0.005 0.046 0.007 0.003 0.048 0.373 105 V 0.176 0.008 0.166 0.088 0.007 0.017 0.051 0.006 0.086 0.049 0.014 0.208 0.127 106 K 0.032 0.050 0.298 0.010 0.012 0.021 0.008 0.002 0.052 0.148 0.018 0.058 0.293 107 S 0.002 0.013 0.656 0.005 0.025 0.063 0.001 0.001 0.008 0.127 0.023 0.018 0.058 108 E 0.001 0.002 0.143 0.001 0.052 0.432 0.001 0.001 0.002 0.244 0.118 0.003 0.004 109 K 0.001 0.002 0.059 0.001 0.033 0.717 0.001 0.001 0.001 0.056 0.131 0.001 0.001 110 F 0.001 0.001 0.038 0.001 0.027 0.882 0.001 0.001 0.001 0.024 0.025 0.001 0.001 111 D 0.001 0.001 0.042 0.001 0.022 0.890 0.001 0.001 0.002 0.023 0.017 0.001 0.001 112 E 0.001 0.002 0.020 0.001 0.017 0.912 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.001 0.001 113 L 0.001 0.004 0.012 0.001 0.010 0.917 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 114 M 0.001 0.001 0.018 0.001 0.009 0.909 0.001 0.001 0.001 0.011 0.048 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.041 0.001 0.011 0.889 0.001 0.001 0.001 0.025 0.031 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.031 0.001 0.018 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 0.001 0.001 117 A 0.001 0.002 0.026 0.001 0.029 0.877 0.001 0.001 0.001 0.020 0.044 0.001 0.001 118 N 0.001 0.001 0.021 0.001 0.021 0.867 0.001 0.001 0.001 0.013 0.075 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.041 0.001 0.019 0.770 0.001 0.001 0.001 0.020 0.148 0.001 0.001 120 E 0.001 0.001 0.085 0.001 0.009 0.748 0.001 0.001 0.001 0.056 0.100 0.001 0.001 121 K 0.001 0.004 0.108 0.001 0.015 0.762 0.001 0.001 0.001 0.049 0.059 0.001 0.001 122 E 0.001 0.004 0.084 0.001 0.009 0.838 0.001 0.001 0.001 0.042 0.019 0.001 0.001 123 D 0.001 0.001 0.037 0.001 0.013 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.019 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.021 0.914 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 126 T 0.001 0.001 0.023 0.001 0.019 0.889 0.001 0.001 0.001 0.015 0.050 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.041 0.001 0.012 0.845 0.001 0.001 0.001 0.027 0.069 0.002 0.001 128 V 0.001 0.005 0.117 0.001 0.016 0.613 0.001 0.001 0.001 0.070 0.168 0.001 0.005 129 Q 0.001 0.010 0.412 0.001 0.012 0.298 0.001 0.001 0.004 0.049 0.201 0.006 0.006 130 N 0.001 0.001 0.972 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001