# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.3404 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.417 0.173 0.058 0.122 0.083 0.055 0.040 0.021 0.016 0.010 0.006 2 E 0.207 0.111 0.048 0.121 0.120 0.108 0.128 0.073 0.049 0.025 0.012 3 E 0.110 0.150 0.081 0.191 0.159 0.109 0.094 0.049 0.030 0.017 0.011 4 I 0.026 0.028 0.023 0.057 0.072 0.089 0.152 0.160 0.154 0.133 0.106 5 T 0.075 0.069 0.073 0.133 0.160 0.141 0.138 0.083 0.064 0.038 0.026 6 D 0.200 0.197 0.178 0.218 0.100 0.050 0.031 0.013 0.008 0.004 0.003 7 G 0.099 0.083 0.051 0.113 0.107 0.117 0.161 0.099 0.075 0.059 0.036 8 V 0.034 0.033 0.042 0.061 0.070 0.083 0.150 0.127 0.150 0.132 0.117 9 N 0.167 0.192 0.172 0.212 0.108 0.067 0.045 0.016 0.011 0.006 0.004 10 N 0.063 0.085 0.089 0.150 0.132 0.121 0.136 0.082 0.065 0.045 0.032 11 M 0.073 0.031 0.026 0.043 0.053 0.073 0.149 0.145 0.162 0.138 0.107 12 N 0.092 0.159 0.121 0.261 0.168 0.093 0.062 0.021 0.013 0.006 0.004 13 L 0.017 0.022 0.033 0.042 0.042 0.056 0.114 0.127 0.184 0.196 0.168 14 A 0.122 0.135 0.102 0.182 0.149 0.107 0.101 0.043 0.030 0.018 0.011 15 T 0.091 0.086 0.061 0.110 0.095 0.091 0.153 0.105 0.096 0.068 0.045 16 D 0.247 0.181 0.097 0.139 0.098 0.078 0.069 0.035 0.028 0.017 0.011 17 S 0.359 0.157 0.065 0.118 0.081 0.063 0.066 0.034 0.025 0.017 0.014 18 Q 0.302 0.171 0.067 0.119 0.088 0.070 0.074 0.041 0.032 0.023 0.013 19 K 0.354 0.158 0.096 0.167 0.092 0.060 0.040 0.015 0.009 0.005 0.003 20 K 0.307 0.192 0.146 0.213 0.085 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 21 N 0.016 0.022 0.022 0.068 0.092 0.150 0.264 0.179 0.114 0.054 0.019 22 R 0.023 0.102 0.110 0.355 0.248 0.109 0.038 0.009 0.004 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.045 0.116 0.260 0.304 0.257 24 Q 0.005 0.034 0.050 0.312 0.300 0.167 0.093 0.024 0.009 0.003 0.001 25 V 0.001 0.005 0.003 0.008 0.009 0.014 0.059 0.120 0.247 0.284 0.250 26 S 0.028 0.039 0.021 0.153 0.189 0.185 0.175 0.097 0.066 0.030 0.017 27 N 0.131 0.159 0.047 0.154 0.141 0.117 0.125 0.062 0.038 0.018 0.008 28 T 0.051 0.051 0.016 0.089 0.088 0.087 0.150 0.139 0.139 0.114 0.075 29 K 0.373 0.289 0.064 0.157 0.070 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 30 K 0.185 0.119 0.027 0.130 0.145 0.114 0.129 0.072 0.044 0.025 0.010 31 P 0.099 0.133 0.047 0.161 0.147 0.145 0.141 0.064 0.039 0.018 0.007 32 L 0.007 0.011 0.008 0.038 0.065 0.104 0.255 0.178 0.170 0.110 0.054 33 F 0.020 0.035 0.041 0.141 0.160 0.163 0.162 0.116 0.085 0.052 0.026 34 F 0.007 0.015 0.027 0.065 0.086 0.132 0.223 0.189 0.139 0.080 0.036 35 Y 0.001 0.002 0.008 0.009 0.009 0.014 0.073 0.151 0.259 0.285 0.188 36 V 0.001 0.002 0.011 0.018 0.023 0.041 0.141 0.167 0.211 0.225 0.160 37 N 0.010 0.021 0.142 0.129 0.127 0.116 0.159 0.112 0.100 0.056 0.028 38 L 0.001 0.003 0.018 0.032 0.041 0.082 0.268 0.219 0.180 0.114 0.044 39 A 0.001 0.001 0.014 0.007 0.005 0.006 0.036 0.092 0.233 0.334 0.270 40 K 0.001 0.003 0.033 0.077 0.132 0.205 0.284 0.125 0.085 0.038 0.017 41 R 0.003 0.016 0.238 0.139 0.141 0.159 0.160 0.073 0.047 0.019 0.006 42 Y 0.002 0.003 0.010 0.017 0.023 0.055 0.205 0.199 0.218 0.179 0.088 43 M 0.009 0.008 0.017 0.032 0.033 0.052 0.164 0.194 0.222 0.168 0.101 44 Q 0.024 0.055 0.180 0.185 0.186 0.142 0.119 0.056 0.032 0.015 0.007 45 Q 0.095 0.146 0.156 0.200 0.135 0.113 0.092 0.033 0.019 0.008 0.004 46 Y 0.030 0.037 0.025 0.072 0.102 0.131 0.231 0.156 0.115 0.070 0.031 47 N 0.504 0.197 0.059 0.109 0.055 0.034 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 48 D 0.054 0.082 0.062 0.217 0.222 0.184 0.109 0.038 0.020 0.009 0.003 49 V 0.018 0.008 0.009 0.016 0.017 0.029 0.106 0.162 0.227 0.225 0.182 50 E 0.019 0.059 0.090 0.298 0.245 0.153 0.088 0.027 0.013 0.005 0.003 51 L 0.019 0.031 0.092 0.047 0.032 0.037 0.104 0.141 0.190 0.183 0.123 52 S 0.038 0.097 0.120 0.307 0.237 0.116 0.055 0.018 0.008 0.003 0.002 53 A 0.081 0.046 0.066 0.045 0.040 0.053 0.148 0.122 0.157 0.129 0.113 54 L 0.023 0.049 0.121 0.240 0.207 0.139 0.120 0.048 0.029 0.015 0.007 55 G 0.137 0.120 0.125 0.093 0.065 0.080 0.160 0.083 0.071 0.042 0.025 56 M 0.119 0.087 0.135 0.232 0.177 0.111 0.075 0.030 0.017 0.010 0.006 57 A 0.073 0.095 0.120 0.090 0.096 0.116 0.201 0.086 0.062 0.039 0.021 58 I 0.023 0.028 0.109 0.088 0.066 0.067 0.136 0.109 0.149 0.131 0.094 59 A 0.060 0.041 0.143 0.109 0.128 0.140 0.195 0.080 0.053 0.033 0.017 60 T 0.057 0.069 0.297 0.220 0.128 0.088 0.075 0.034 0.017 0.009 0.004 61 V 0.013 0.025 0.161 0.036 0.027 0.035 0.126 0.136 0.181 0.164 0.098 62 V 0.009 0.017 0.121 0.069 0.061 0.064 0.145 0.135 0.148 0.136 0.096 63 T 0.028 0.080 0.362 0.183 0.143 0.086 0.072 0.022 0.013 0.006 0.003 64 V 0.003 0.008 0.055 0.033 0.025 0.028 0.095 0.128 0.231 0.236 0.158 65 T 0.012 0.018 0.080 0.065 0.071 0.109 0.256 0.137 0.136 0.075 0.041 66 E 0.028 0.036 0.168 0.128 0.101 0.121 0.205 0.096 0.061 0.035 0.019 67 I 0.007 0.018 0.111 0.083 0.099 0.113 0.185 0.142 0.117 0.082 0.043 68 L 0.006 0.012 0.059 0.040 0.030 0.029 0.071 0.104 0.200 0.231 0.219 69 K 0.010 0.016 0.041 0.097 0.153 0.164 0.226 0.137 0.096 0.043 0.017 70 N 0.076 0.099 0.205 0.197 0.132 0.118 0.093 0.040 0.024 0.011 0.004 71 N 0.075 0.090 0.081 0.146 0.137 0.128 0.155 0.087 0.055 0.034 0.013 72 G 0.253 0.129 0.056 0.089 0.057 0.060 0.092 0.071 0.075 0.067 0.053 73 F 0.117 0.127 0.083 0.142 0.131 0.110 0.129 0.067 0.049 0.029 0.016 74 A 0.065 0.063 0.050 0.071 0.063 0.079 0.132 0.118 0.145 0.118 0.097 75 V 0.103 0.143 0.114 0.197 0.159 0.107 0.090 0.041 0.025 0.013 0.009 76 E 0.316 0.138 0.090 0.157 0.110 0.070 0.056 0.029 0.019 0.010 0.006 77 K 0.123 0.118 0.104 0.215 0.174 0.122 0.082 0.034 0.017 0.008 0.004 78 K 0.145 0.186 0.127 0.244 0.150 0.079 0.045 0.013 0.006 0.003 0.002 79 I 0.004 0.004 0.006 0.013 0.020 0.037 0.110 0.143 0.215 0.242 0.206 80 M 0.053 0.128 0.081 0.235 0.192 0.124 0.110 0.038 0.021 0.011 0.007 81 T 0.013 0.021 0.019 0.045 0.052 0.061 0.135 0.151 0.195 0.165 0.144 82 S 0.112 0.140 0.105 0.202 0.155 0.113 0.095 0.037 0.020 0.011 0.009 83 I 0.064 0.116 0.075 0.270 0.203 0.127 0.086 0.031 0.016 0.008 0.003 84 V 0.004 0.004 0.004 0.011 0.020 0.039 0.108 0.134 0.229 0.245 0.200 85 D 0.061 0.207 0.151 0.325 0.162 0.057 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 86 I 0.025 0.041 0.026 0.052 0.064 0.084 0.187 0.160 0.147 0.128 0.086 87 K 0.240 0.267 0.140 0.214 0.088 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 88 D 0.382 0.220 0.072 0.130 0.076 0.048 0.042 0.015 0.009 0.004 0.002 89 D 0.374 0.191 0.077 0.158 0.084 0.044 0.036 0.016 0.011 0.006 0.003 90 A 0.352 0.126 0.060 0.084 0.068 0.069 0.093 0.049 0.046 0.032 0.021 91 R 0.267 0.204 0.098 0.186 0.096 0.060 0.049 0.020 0.012 0.005 0.002 92 G 0.504 0.151 0.065 0.088 0.056 0.047 0.037 0.021 0.015 0.010 0.007 93 R 0.102 0.193 0.059 0.160 0.127 0.104 0.116 0.064 0.040 0.024 0.010 94 P 0.681 0.127 0.046 0.073 0.033 0.019 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 95 V 0.117 0.105 0.068 0.153 0.149 0.122 0.143 0.067 0.046 0.021 0.009 96 Q 0.248 0.120 0.141 0.180 0.083 0.074 0.083 0.040 0.019 0.008 0.003 97 K 0.017 0.047 0.119 0.287 0.266 0.150 0.076 0.023 0.010 0.003 0.001 98 A 0.040 0.022 0.073 0.050 0.047 0.102 0.278 0.200 0.112 0.051 0.023 99 K 0.005 0.022 0.135 0.415 0.268 0.107 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 100 I 0.006 0.005 0.021 0.008 0.008 0.015 0.117 0.182 0.256 0.241 0.139 101 E 0.002 0.023 0.188 0.465 0.231 0.068 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 102 I 0.004 0.012 0.053 0.015 0.020 0.034 0.191 0.184 0.229 0.176 0.082 103 T 0.009 0.043 0.184 0.445 0.224 0.064 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 104 L 0.011 0.016 0.037 0.015 0.020 0.033 0.183 0.163 0.239 0.184 0.101 105 V 0.024 0.078 0.138 0.363 0.251 0.087 0.040 0.012 0.005 0.002 0.001 106 K 0.046 0.186 0.123 0.121 0.101 0.117 0.167 0.074 0.041 0.019 0.006 107 S 0.101 0.200 0.187 0.261 0.147 0.061 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 108 E 0.755 0.123 0.067 0.033 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.099 0.132 0.193 0.286 0.145 0.076 0.048 0.014 0.005 0.002 0.001 110 F 0.009 0.015 0.105 0.030 0.033 0.072 0.222 0.177 0.176 0.110 0.051 111 D 0.013 0.029 0.330 0.300 0.161 0.094 0.050 0.014 0.005 0.002 0.001 112 E 0.024 0.046 0.718 0.137 0.047 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.007 0.014 0.439 0.065 0.049 0.067 0.146 0.084 0.070 0.040 0.019 114 M 0.004 0.005 0.332 0.040 0.041 0.077 0.289 0.114 0.062 0.028 0.008 115 A 0.002 0.008 0.885 0.071 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.005 0.017 0.780 0.059 0.050 0.046 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 117 A 0.015 0.022 0.493 0.066 0.059 0.072 0.131 0.056 0.046 0.028 0.011 118 N 0.046 0.078 0.688 0.076 0.037 0.028 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 119 E 0.048 0.051 0.754 0.105 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.164 0.094 0.632 0.048 0.022 0.016 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 121 K 0.015 0.027 0.649 0.110 0.073 0.056 0.052 0.011 0.005 0.002 0.001 122 E 0.075 0.056 0.762 0.052 0.024 0.015 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 123 D 0.012 0.030 0.702 0.146 0.069 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 124 A 0.048 0.034 0.714 0.040 0.031 0.037 0.059 0.020 0.011 0.004 0.001 125 E 0.013 0.024 0.653 0.179 0.079 0.030 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 126 T 0.011 0.030 0.738 0.050 0.046 0.042 0.053 0.018 0.008 0.003 0.001 127 Q 0.019 0.045 0.648 0.154 0.075 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 128 V 0.036 0.048 0.590 0.056 0.058 0.053 0.089 0.033 0.021 0.011 0.004 129 Q 0.069 0.129 0.485 0.166 0.083 0.033 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 130 N 0.364 0.183 0.196 0.091 0.067 0.035 0.032 0.014 0.009 0.006 0.002