# TARGET T0205 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.114 0.022 0.075 0.076 0.171 0.144 0.398 2 E 0.135 0.019 0.126 0.232 0.139 0.138 0.211 3 E 0.174 0.030 0.105 0.251 0.120 0.092 0.227 4 I 0.177 0.035 0.078 0.327 0.077 0.081 0.226 5 T 0.138 0.019 0.074 0.278 0.098 0.072 0.320 6 D 0.085 0.010 0.101 0.255 0.134 0.275 0.140 7 G 0.090 0.015 0.076 0.167 0.078 0.454 0.119 8 V 0.210 0.040 0.058 0.080 0.137 0.162 0.313 9 N 0.248 0.018 0.047 0.068 0.221 0.121 0.278 10 N 0.382 0.015 0.054 0.061 0.124 0.115 0.250 11 M 0.564 0.020 0.036 0.055 0.054 0.057 0.214 12 N 0.719 0.013 0.017 0.037 0.046 0.037 0.131 13 L 0.793 0.010 0.011 0.024 0.033 0.018 0.111 14 A 0.750 0.014 0.011 0.021 0.029 0.020 0.156 15 T 0.584 0.023 0.011 0.012 0.066 0.024 0.280 16 D 0.355 0.022 0.011 0.005 0.168 0.045 0.393 17 S 0.215 0.020 0.025 0.006 0.179 0.123 0.431 18 Q 0.122 0.015 0.050 0.009 0.253 0.226 0.326 19 K 0.127 0.017 0.054 0.006 0.324 0.128 0.344 20 K 0.162 0.011 0.063 0.004 0.296 0.191 0.272 21 N 0.341 0.005 0.014 0.001 0.207 0.061 0.370 22 R 0.850 0.006 0.002 0.001 0.036 0.005 0.101 23 I 0.966 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 24 Q 0.978 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 25 V 0.929 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.054 26 S 0.445 0.017 0.004 0.001 0.072 0.065 0.396 27 N 0.054 0.008 0.007 0.001 0.209 0.480 0.241 28 T 0.013 0.017 0.005 0.002 0.471 0.229 0.262 29 K 0.002 0.004 0.002 0.003 0.792 0.048 0.149 30 K 0.003 0.005 0.004 0.044 0.716 0.042 0.187 31 P 0.030 0.102 0.013 0.317 0.069 0.068 0.401 32 L 0.024 0.009 0.019 0.851 0.011 0.029 0.058 33 F 0.011 0.002 0.007 0.950 0.005 0.008 0.017 34 F 0.003 0.001 0.005 0.981 0.003 0.004 0.003 35 Y 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.003 0.002 36 V 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.001 37 N 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 38 L 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 39 A 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 40 K 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.008 0.001 41 R 0.003 0.001 0.008 0.950 0.003 0.033 0.003 42 Y 0.005 0.001 0.017 0.849 0.015 0.102 0.012 43 M 0.023 0.006 0.077 0.564 0.054 0.183 0.094 44 Q 0.019 0.002 0.087 0.277 0.091 0.466 0.058 45 Q 0.023 0.005 0.056 0.126 0.137 0.581 0.073 46 Y 0.071 0.007 0.012 0.033 0.332 0.055 0.491 47 N 0.135 0.005 0.008 0.010 0.316 0.072 0.453 48 D 0.730 0.010 0.009 0.029 0.060 0.030 0.132 49 V 0.911 0.005 0.004 0.021 0.005 0.005 0.049 50 E 0.886 0.002 0.005 0.034 0.008 0.003 0.063 51 L 0.772 0.012 0.013 0.052 0.016 0.008 0.128 52 S 0.497 0.015 0.033 0.076 0.083 0.031 0.265 53 A 0.266 0.013 0.069 0.159 0.092 0.074 0.326 54 L 0.273 0.018 0.052 0.179 0.100 0.136 0.241 55 G 0.316 0.006 0.061 0.229 0.150 0.116 0.122 56 M 0.377 0.006 0.056 0.372 0.062 0.022 0.104 57 A 0.165 0.005 0.066 0.635 0.036 0.028 0.064 58 I 0.091 0.004 0.059 0.765 0.013 0.041 0.026 59 A 0.017 0.001 0.028 0.870 0.016 0.054 0.015 60 T 0.014 0.001 0.013 0.860 0.012 0.083 0.017 61 V 0.013 0.001 0.003 0.906 0.014 0.031 0.032 62 V 0.016 0.002 0.001 0.920 0.016 0.006 0.039 63 T 0.006 0.001 0.002 0.962 0.008 0.006 0.016 64 V 0.002 0.001 0.002 0.984 0.002 0.006 0.003 65 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.002 66 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.009 0.002 67 I 0.002 0.001 0.004 0.963 0.005 0.024 0.003 68 L 0.005 0.001 0.009 0.939 0.006 0.033 0.007 69 K 0.006 0.002 0.014 0.886 0.013 0.067 0.011 70 N 0.009 0.001 0.016 0.665 0.049 0.226 0.034 71 N 0.013 0.003 0.030 0.302 0.060 0.525 0.067 72 G 0.063 0.019 0.021 0.091 0.166 0.234 0.407 73 F 0.280 0.014 0.024 0.062 0.097 0.070 0.452 74 A 0.468 0.008 0.019 0.060 0.069 0.041 0.336 75 V 0.674 0.017 0.019 0.041 0.051 0.020 0.178 76 E 0.764 0.007 0.013 0.024 0.038 0.016 0.140 77 K 0.783 0.006 0.012 0.014 0.048 0.017 0.119 78 K 0.818 0.010 0.008 0.008 0.037 0.013 0.106 79 I 0.851 0.006 0.007 0.006 0.032 0.016 0.082 80 M 0.837 0.009 0.006 0.004 0.025 0.022 0.096 81 T 0.747 0.007 0.013 0.006 0.062 0.028 0.137 82 S 0.750 0.004 0.010 0.006 0.091 0.028 0.111 83 I 0.879 0.011 0.005 0.003 0.027 0.009 0.066 84 V 0.793 0.015 0.002 0.003 0.022 0.006 0.159 85 D 0.645 0.027 0.003 0.002 0.038 0.016 0.269 86 I 0.464 0.032 0.009 0.005 0.084 0.050 0.355 87 K 0.231 0.035 0.020 0.009 0.246 0.141 0.318 88 D 0.111 0.012 0.031 0.012 0.253 0.106 0.474 89 D 0.103 0.015 0.045 0.020 0.218 0.417 0.181 90 A 0.135 0.026 0.039 0.031 0.191 0.378 0.200 91 R 0.184 0.013 0.021 0.017 0.310 0.205 0.249 92 G 0.159 0.012 0.008 0.011 0.305 0.141 0.364 93 R 0.385 0.020 0.003 0.003 0.269 0.015 0.307 94 P 0.559 0.009 0.002 0.001 0.055 0.008 0.366 95 V 0.808 0.009 0.002 0.001 0.027 0.004 0.150 96 Q 0.814 0.009 0.002 0.001 0.023 0.003 0.147 97 K 0.787 0.010 0.026 0.002 0.051 0.008 0.116 98 A 0.746 0.008 0.022 0.002 0.044 0.006 0.173 99 K 0.857 0.002 0.008 0.001 0.025 0.006 0.102 100 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 101 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 102 I 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 103 T 0.942 0.003 0.002 0.002 0.009 0.001 0.041 104 L 0.854 0.008 0.012 0.006 0.015 0.006 0.098 105 V 0.684 0.008 0.021 0.009 0.058 0.029 0.191 106 K 0.350 0.017 0.015 0.014 0.203 0.040 0.360 107 S 0.071 0.006 0.006 0.013 0.100 0.011 0.792 108 E 0.010 0.002 0.167 0.471 0.106 0.177 0.067 109 K 0.004 0.002 0.176 0.598 0.056 0.131 0.034 110 F 0.001 0.002 0.145 0.749 0.030 0.045 0.027 111 D 0.002 0.002 0.050 0.845 0.021 0.048 0.032 112 E 0.003 0.001 0.050 0.805 0.015 0.103 0.022 113 L 0.002 0.002 0.058 0.770 0.019 0.121 0.028 114 M 0.002 0.003 0.041 0.763 0.052 0.072 0.066 115 A 0.002 0.002 0.048 0.785 0.044 0.072 0.047 116 A 0.001 0.001 0.041 0.754 0.047 0.084 0.072 117 A 0.001 0.003 0.032 0.758 0.030 0.107 0.070 118 N 0.001 0.004 0.023 0.599 0.045 0.233 0.095 119 E 0.002 0.002 0.025 0.555 0.046 0.275 0.096 120 E 0.003 0.003 0.026 0.508 0.094 0.183 0.185 121 K 0.005 0.005 0.021 0.574 0.123 0.066 0.206 122 E 0.008 0.004 0.021 0.708 0.055 0.043 0.161 123 D 0.005 0.003 0.018 0.854 0.019 0.037 0.063 124 A 0.009 0.001 0.016 0.846 0.018 0.040 0.070 125 E 0.011 0.002 0.016 0.863 0.016 0.051 0.042 126 T 0.009 0.002 0.014 0.852 0.027 0.043 0.052 127 Q 0.011 0.003 0.014 0.810 0.036 0.077 0.049 128 V 0.019 0.003 0.015 0.578 0.066 0.213 0.107 129 Q 0.011 0.008 0.016 0.366 0.004 0.292 0.303 130 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.996