# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.3404 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.355 0.138 0.251 0.095 0.078 0.017 0.022 0.022 0.006 0.014 0.001 2 E 0.552 0.141 0.158 0.066 0.048 0.009 0.008 0.005 0.010 0.003 0.001 3 E 0.394 0.151 0.294 0.074 0.033 0.032 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 4 I 0.370 0.261 0.169 0.084 0.025 0.058 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 5 T 0.336 0.357 0.103 0.091 0.068 0.016 0.004 0.001 0.021 0.003 0.001 6 D 0.332 0.139 0.247 0.085 0.095 0.024 0.045 0.010 0.018 0.004 0.002 7 G 0.318 0.100 0.155 0.112 0.096 0.024 0.037 0.119 0.010 0.029 0.001 8 V 0.205 0.489 0.134 0.082 0.025 0.023 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 9 N 0.363 0.155 0.141 0.126 0.057 0.024 0.074 0.011 0.018 0.030 0.001 10 N 0.108 0.055 0.067 0.246 0.027 0.077 0.353 0.017 0.048 0.002 0.002 11 M 0.133 0.420 0.272 0.083 0.045 0.021 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 12 N 0.057 0.365 0.308 0.025 0.031 0.135 0.021 0.001 0.053 0.001 0.002 13 L 0.080 0.612 0.204 0.029 0.028 0.025 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 14 A 0.093 0.430 0.284 0.037 0.067 0.052 0.007 0.002 0.026 0.002 0.001 15 T 0.169 0.384 0.164 0.106 0.104 0.031 0.007 0.003 0.028 0.003 0.001 16 D 0.171 0.157 0.290 0.098 0.135 0.047 0.034 0.009 0.041 0.018 0.001 17 S 0.374 0.070 0.172 0.227 0.046 0.036 0.026 0.017 0.017 0.012 0.004 18 Q 0.308 0.113 0.189 0.249 0.039 0.019 0.040 0.013 0.022 0.008 0.001 19 K 0.292 0.141 0.283 0.108 0.023 0.037 0.056 0.014 0.034 0.008 0.003 20 K 0.272 0.156 0.312 0.152 0.023 0.022 0.035 0.007 0.013 0.006 0.001 21 N 0.033 0.085 0.118 0.162 0.043 0.076 0.424 0.021 0.035 0.002 0.001 22 R 0.026 0.650 0.221 0.027 0.044 0.016 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 23 I 0.007 0.718 0.198 0.003 0.011 0.031 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 24 Q 0.007 0.557 0.333 0.001 0.005 0.072 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 25 V 0.040 0.548 0.209 0.030 0.007 0.090 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 26 S 0.057 0.237 0.208 0.021 0.368 0.018 0.010 0.012 0.013 0.055 0.001 27 N 0.169 0.082 0.098 0.280 0.058 0.102 0.133 0.013 0.058 0.005 0.003 28 T 0.325 0.156 0.209 0.243 0.039 0.015 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 29 K 0.236 0.060 0.106 0.438 0.016 0.046 0.057 0.011 0.025 0.003 0.001 30 K 0.016 0.459 0.290 0.003 0.047 0.013 0.016 0.001 0.153 0.001 0.001 31 P 0.033 0.011 0.886 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 32 L 0.228 0.361 0.306 0.031 0.021 0.028 0.005 0.003 0.014 0.001 0.001 33 F 0.277 0.445 0.162 0.022 0.045 0.027 0.006 0.002 0.010 0.004 0.001 34 F 0.530 0.206 0.160 0.031 0.024 0.022 0.008 0.002 0.014 0.002 0.001 35 Y 0.757 0.120 0.063 0.009 0.010 0.025 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 36 V 0.951 0.018 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 N 0.984 0.004 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.975 0.005 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.980 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 K 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.969 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Y 0.866 0.003 0.004 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.830 0.011 0.021 0.088 0.003 0.010 0.027 0.004 0.006 0.001 0.001 44 Q 0.708 0.044 0.068 0.142 0.012 0.009 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 45 Q 0.395 0.039 0.059 0.372 0.011 0.023 0.069 0.013 0.015 0.003 0.001 46 Y 0.188 0.256 0.333 0.065 0.038 0.045 0.020 0.006 0.046 0.004 0.001 47 N 0.454 0.022 0.029 0.429 0.005 0.017 0.036 0.002 0.005 0.001 0.001 48 D 0.090 0.344 0.127 0.160 0.215 0.013 0.032 0.006 0.009 0.004 0.001 49 V 0.009 0.797 0.140 0.003 0.023 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 50 E 0.025 0.581 0.292 0.001 0.004 0.057 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 51 L 0.063 0.440 0.326 0.005 0.011 0.124 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 52 S 0.100 0.512 0.213 0.014 0.032 0.074 0.004 0.001 0.048 0.001 0.001 53 A 0.284 0.314 0.171 0.021 0.107 0.048 0.019 0.003 0.025 0.006 0.002 54 L 0.459 0.154 0.209 0.110 0.016 0.033 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 55 G 0.510 0.049 0.077 0.037 0.098 0.010 0.055 0.110 0.006 0.048 0.001 56 M 0.814 0.042 0.043 0.059 0.015 0.012 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 57 A 0.889 0.031 0.040 0.021 0.004 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 58 I 0.982 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.982 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 T 0.970 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.975 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.909 0.044 0.029 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 T 0.974 0.007 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 I 0.977 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.925 0.010 0.009 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.868 0.022 0.027 0.059 0.009 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 70 N 0.330 0.014 0.022 0.566 0.010 0.008 0.038 0.006 0.005 0.001 0.001 71 N 0.057 0.010 0.023 0.154 0.012 0.011 0.634 0.085 0.011 0.004 0.001 72 G 0.166 0.090 0.173 0.052 0.155 0.006 0.038 0.178 0.004 0.138 0.001 73 F 0.207 0.265 0.244 0.146 0.059 0.042 0.016 0.003 0.013 0.004 0.001 74 A 0.121 0.434 0.211 0.035 0.148 0.022 0.006 0.003 0.013 0.006 0.001 75 V 0.150 0.601 0.081 0.079 0.060 0.013 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 76 E 0.050 0.427 0.391 0.014 0.039 0.047 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 77 K 0.119 0.539 0.164 0.046 0.045 0.033 0.014 0.001 0.038 0.001 0.001 78 K 0.046 0.428 0.323 0.014 0.037 0.064 0.029 0.001 0.058 0.001 0.001 79 I 0.059 0.596 0.256 0.028 0.022 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 80 M 0.044 0.457 0.236 0.049 0.080 0.095 0.008 0.001 0.028 0.002 0.001 81 T 0.041 0.561 0.085 0.067 0.229 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 82 S 0.030 0.503 0.139 0.023 0.270 0.008 0.004 0.002 0.017 0.003 0.001 83 I 0.025 0.483 0.390 0.015 0.028 0.036 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 84 V 0.023 0.671 0.161 0.019 0.060 0.033 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 85 D 0.010 0.359 0.421 0.010 0.048 0.106 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 86 I 0.342 0.331 0.161 0.093 0.023 0.026 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 87 K 0.497 0.138 0.131 0.144 0.027 0.019 0.012 0.005 0.020 0.008 0.001 88 D 0.264 0.109 0.142 0.246 0.039 0.067 0.071 0.004 0.056 0.002 0.001 89 D 0.576 0.041 0.129 0.182 0.016 0.014 0.021 0.009 0.008 0.003 0.001 90 A 0.557 0.086 0.113 0.176 0.017 0.016 0.010 0.011 0.011 0.004 0.001 91 R 0.216 0.103 0.215 0.378 0.017 0.010 0.041 0.002 0.014 0.003 0.001 92 G 0.051 0.007 0.084 0.052 0.036 0.005 0.121 0.518 0.002 0.122 0.001 93 R 0.015 0.415 0.462 0.002 0.025 0.010 0.005 0.001 0.065 0.001 0.001 94 P 0.030 0.008 0.890 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 95 V 0.103 0.479 0.265 0.050 0.049 0.025 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 96 Q 0.043 0.449 0.301 0.025 0.066 0.073 0.012 0.002 0.027 0.001 0.001 97 K 0.015 0.802 0.086 0.012 0.053 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 98 A 0.040 0.465 0.248 0.057 0.150 0.020 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 99 K 0.001 0.759 0.078 0.003 0.151 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 100 I 0.001 0.870 0.075 0.001 0.039 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 101 E 0.001 0.794 0.170 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 102 I 0.001 0.923 0.042 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.001 0.824 0.123 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 104 L 0.003 0.646 0.273 0.001 0.014 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 105 V 0.013 0.711 0.124 0.009 0.087 0.024 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 106 K 0.051 0.279 0.541 0.048 0.024 0.041 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 107 S 0.022 0.172 0.481 0.007 0.252 0.019 0.005 0.003 0.023 0.017 0.001 108 E 0.945 0.004 0.014 0.027 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 109 K 0.847 0.036 0.040 0.052 0.009 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 110 F 0.981 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 M 0.974 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.987 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.951 0.001 0.005 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.864 0.003 0.019 0.103 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.783 0.012 0.034 0.107 0.004 0.017 0.031 0.005 0.005 0.002 0.001 119 E 0.789 0.029 0.050 0.096 0.010 0.005 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 120 E 0.706 0.024 0.070 0.137 0.012 0.018 0.017 0.008 0.007 0.002 0.001 121 K 0.689 0.062 0.074 0.113 0.011 0.021 0.012 0.003 0.013 0.001 0.001 122 E 0.721 0.071 0.115 0.042 0.015 0.015 0.008 0.002 0.009 0.003 0.001 123 D 0.725 0.023 0.128 0.081 0.007 0.021 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 124 A 0.844 0.023 0.052 0.055 0.009 0.005 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 125 E 0.835 0.024 0.041 0.079 0.005 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 126 T 0.707 0.069 0.082 0.089 0.028 0.007 0.006 0.004 0.006 0.003 0.001 127 Q 0.627 0.118 0.100 0.091 0.024 0.017 0.009 0.002 0.010 0.001 0.001 128 V 0.446 0.236 0.175 0.073 0.020 0.024 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 129 Q 0.391 0.195 0.190 0.124 0.018 0.034 0.016 0.002 0.026 0.002 0.001 130 N 0.217 0.124 0.170 0.161 0.058 0.060 0.134 0.020 0.045 0.011 0.001