# TARGET T0205 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.152 0.163 0.062 0.020 0.310 0.010 0.014 0.088 0.061 0.078 0.042 2 E 0.079 0.163 0.077 0.025 0.169 0.030 0.038 0.237 0.106 0.046 0.030 3 E 0.162 0.165 0.087 0.007 0.235 0.004 0.011 0.171 0.034 0.053 0.071 4 I 0.182 0.179 0.064 0.011 0.165 0.012 0.011 0.240 0.050 0.038 0.048 5 T 0.031 0.269 0.128 0.035 0.107 0.031 0.032 0.275 0.067 0.018 0.008 6 D 0.030 0.033 0.039 0.038 0.031 0.008 0.013 0.537 0.189 0.061 0.022 7 G 0.009 0.018 0.014 0.014 0.014 0.024 0.049 0.587 0.152 0.110 0.010 8 V 0.062 0.078 0.024 0.019 0.100 0.019 0.053 0.453 0.102 0.066 0.026 9 N 0.025 0.040 0.034 0.060 0.046 0.068 0.089 0.371 0.130 0.115 0.022 10 N 0.131 0.083 0.025 0.022 0.148 0.014 0.039 0.190 0.109 0.173 0.065 11 M 0.136 0.205 0.036 0.008 0.367 0.009 0.013 0.084 0.048 0.057 0.038 12 N 0.240 0.071 0.022 0.013 0.336 0.013 0.034 0.122 0.044 0.046 0.058 13 L 0.237 0.111 0.025 0.018 0.362 0.023 0.023 0.075 0.040 0.043 0.042 14 A 0.206 0.126 0.029 0.011 0.415 0.012 0.019 0.044 0.021 0.058 0.059 15 T 0.229 0.170 0.067 0.021 0.307 0.014 0.013 0.029 0.019 0.052 0.079 16 D 0.084 0.317 0.148 0.039 0.232 0.021 0.030 0.047 0.022 0.026 0.033 17 S 0.120 0.102 0.070 0.054 0.137 0.060 0.069 0.149 0.112 0.077 0.050 18 Q 0.038 0.121 0.119 0.134 0.084 0.072 0.107 0.133 0.086 0.086 0.021 19 K 0.034 0.108 0.138 0.155 0.074 0.086 0.086 0.112 0.085 0.094 0.027 20 K 0.091 0.156 0.044 0.033 0.150 0.055 0.109 0.106 0.115 0.095 0.046 21 N 0.129 0.096 0.038 0.036 0.222 0.032 0.031 0.043 0.060 0.200 0.112 22 R 0.176 0.128 0.008 0.001 0.657 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.015 23 I 0.207 0.071 0.004 0.001 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 24 Q 0.256 0.108 0.012 0.001 0.592 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 25 V 0.215 0.166 0.055 0.026 0.319 0.025 0.011 0.009 0.008 0.040 0.126 26 S 0.031 0.322 0.302 0.134 0.092 0.026 0.029 0.025 0.017 0.011 0.009 27 N 0.027 0.035 0.027 0.028 0.024 0.054 0.136 0.133 0.218 0.272 0.046 28 T 0.037 0.372 0.146 0.032 0.175 0.016 0.034 0.082 0.067 0.027 0.012 29 K 0.065 0.044 0.040 0.070 0.055 0.061 0.064 0.071 0.104 0.310 0.115 30 K 0.016 0.242 0.430 0.113 0.056 0.027 0.028 0.048 0.021 0.012 0.008 31 P 0.128 0.144 0.062 0.018 0.152 0.020 0.045 0.210 0.097 0.061 0.064 32 L 0.078 0.084 0.068 0.049 0.105 0.042 0.046 0.231 0.143 0.119 0.037 33 F 0.029 0.093 0.046 0.040 0.055 0.078 0.099 0.390 0.090 0.059 0.020 34 F 0.094 0.058 0.022 0.009 0.107 0.004 0.014 0.420 0.100 0.089 0.084 35 Y 0.012 0.037 0.020 0.009 0.027 0.007 0.011 0.748 0.100 0.024 0.004 36 V 0.025 0.015 0.002 0.001 0.040 0.001 0.004 0.833 0.073 0.003 0.004 37 N 0.004 0.005 0.002 0.003 0.006 0.006 0.014 0.891 0.064 0.003 0.002 38 L 0.007 0.005 0.003 0.001 0.010 0.002 0.009 0.896 0.054 0.010 0.004 39 A 0.011 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.835 0.109 0.016 0.005 40 K 0.002 0.011 0.003 0.003 0.009 0.006 0.027 0.777 0.152 0.009 0.001 41 R 0.011 0.010 0.004 0.003 0.014 0.007 0.107 0.708 0.105 0.026 0.006 42 Y 0.025 0.027 0.012 0.006 0.035 0.027 0.141 0.485 0.155 0.070 0.016 43 M 0.085 0.038 0.007 0.007 0.077 0.015 0.055 0.343 0.167 0.152 0.054 44 Q 0.016 0.120 0.073 0.049 0.061 0.069 0.122 0.295 0.153 0.037 0.006 45 Q 0.072 0.028 0.022 0.017 0.048 0.024 0.031 0.080 0.105 0.465 0.108 46 Y 0.142 0.306 0.035 0.006 0.348 0.006 0.009 0.041 0.055 0.026 0.024 47 N 0.010 0.006 0.005 0.027 0.010 0.074 0.243 0.314 0.176 0.120 0.015 48 D 0.095 0.299 0.069 0.008 0.349 0.003 0.007 0.050 0.038 0.061 0.021 49 V 0.293 0.074 0.004 0.001 0.598 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.020 50 E 0.197 0.101 0.015 0.005 0.574 0.009 0.016 0.043 0.007 0.007 0.026 51 L 0.371 0.055 0.005 0.003 0.401 0.002 0.005 0.050 0.012 0.011 0.085 52 S 0.207 0.100 0.041 0.037 0.228 0.066 0.065 0.138 0.031 0.022 0.064 53 A 0.158 0.117 0.046 0.023 0.184 0.022 0.023 0.269 0.066 0.032 0.059 54 L 0.021 0.029 0.024 0.053 0.021 0.047 0.074 0.430 0.169 0.109 0.024 55 G 0.014 0.084 0.137 0.101 0.026 0.027 0.023 0.330 0.134 0.110 0.017 56 M 0.024 0.045 0.018 0.011 0.034 0.011 0.032 0.611 0.146 0.042 0.027 57 A 0.011 0.061 0.026 0.009 0.030 0.013 0.056 0.673 0.090 0.027 0.004 58 I 0.020 0.006 0.001 0.001 0.026 0.004 0.019 0.758 0.136 0.019 0.010 59 A 0.009 0.018 0.005 0.009 0.017 0.023 0.027 0.756 0.124 0.008 0.005 60 T 0.008 0.009 0.005 0.001 0.017 0.002 0.025 0.760 0.100 0.064 0.010 61 V 0.027 0.010 0.002 0.001 0.024 0.001 0.012 0.735 0.139 0.038 0.011 62 V 0.003 0.029 0.005 0.003 0.018 0.006 0.031 0.812 0.091 0.004 0.001 63 T 0.008 0.011 0.005 0.001 0.011 0.001 0.010 0.886 0.052 0.010 0.005 64 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.897 0.091 0.004 0.001 65 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.071 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.050 0.002 0.001 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.925 0.050 0.007 0.001 68 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 0.794 0.150 0.015 0.002 69 K 0.002 0.013 0.004 0.006 0.004 0.016 0.160 0.673 0.100 0.019 0.001 70 N 0.014 0.109 0.040 0.019 0.045 0.030 0.176 0.275 0.094 0.180 0.018 71 N 0.142 0.073 0.034 0.021 0.103 0.021 0.049 0.094 0.079 0.226 0.158 72 G 0.129 0.202 0.075 0.024 0.259 0.014 0.023 0.069 0.046 0.096 0.063 73 F 0.158 0.166 0.032 0.015 0.333 0.017 0.036 0.098 0.046 0.057 0.042 74 A 0.269 0.119 0.034 0.016 0.310 0.014 0.014 0.042 0.027 0.071 0.082 75 V 0.087 0.225 0.072 0.039 0.261 0.059 0.097 0.082 0.026 0.030 0.021 76 E 0.426 0.050 0.011 0.006 0.316 0.004 0.004 0.013 0.010 0.042 0.118 77 K 0.085 0.252 0.070 0.085 0.296 0.072 0.048 0.036 0.018 0.020 0.018 78 K 0.337 0.095 0.022 0.003 0.430 0.003 0.006 0.014 0.007 0.020 0.063 79 I 0.254 0.168 0.030 0.021 0.363 0.026 0.018 0.023 0.014 0.022 0.061 80 M 0.259 0.102 0.039 0.030 0.317 0.024 0.028 0.023 0.016 0.059 0.105 81 T 0.221 0.185 0.059 0.045 0.292 0.018 0.010 0.023 0.028 0.052 0.067 82 S 0.105 0.155 0.048 0.054 0.271 0.055 0.067 0.099 0.057 0.054 0.034 83 I 0.386 0.060 0.009 0.003 0.400 0.003 0.005 0.014 0.011 0.030 0.079 84 V 0.207 0.172 0.017 0.007 0.537 0.006 0.006 0.008 0.004 0.007 0.029 85 D 0.306 0.103 0.033 0.010 0.371 0.009 0.008 0.010 0.008 0.033 0.108 86 I 0.147 0.229 0.115 0.053 0.256 0.016 0.016 0.038 0.032 0.044 0.054 87 K 0.075 0.205 0.113 0.078 0.129 0.051 0.052 0.078 0.066 0.102 0.051 88 D 0.106 0.212 0.134 0.036 0.255 0.019 0.025 0.065 0.062 0.048 0.036 89 D 0.081 0.080 0.052 0.032 0.109 0.023 0.044 0.212 0.206 0.114 0.048 90 A 0.081 0.130 0.068 0.036 0.130 0.055 0.096 0.131 0.085 0.145 0.043 91 R 0.079 0.196 0.100 0.060 0.178 0.040 0.062 0.093 0.067 0.087 0.037 92 G 0.129 0.123 0.084 0.059 0.145 0.035 0.034 0.061 0.071 0.155 0.103 93 R 0.060 0.341 0.208 0.032 0.215 0.015 0.022 0.036 0.028 0.026 0.017 94 P 0.240 0.162 0.041 0.007 0.299 0.010 0.024 0.056 0.048 0.042 0.070 95 V 0.134 0.219 0.058 0.018 0.330 0.028 0.037 0.048 0.041 0.047 0.039 96 Q 0.194 0.155 0.047 0.008 0.415 0.008 0.016 0.032 0.023 0.061 0.041 97 K 0.427 0.066 0.014 0.005 0.318 0.004 0.006 0.015 0.012 0.026 0.106 98 A 0.070 0.338 0.075 0.037 0.384 0.024 0.016 0.017 0.007 0.020 0.012 99 K 0.329 0.072 0.007 0.001 0.554 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.024 100 I 0.284 0.070 0.003 0.002 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 101 E 0.170 0.087 0.005 0.002 0.712 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 102 I 0.352 0.039 0.002 0.001 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 103 T 0.236 0.073 0.007 0.005 0.605 0.011 0.008 0.008 0.002 0.005 0.040 104 L 0.353 0.066 0.021 0.008 0.399 0.009 0.005 0.008 0.005 0.018 0.108 105 V 0.125 0.282 0.091 0.011 0.380 0.006 0.013 0.021 0.016 0.021 0.034 106 K 0.127 0.241 0.107 0.030 0.158 0.018 0.023 0.034 0.044 0.133 0.084 107 S 0.024 0.526 0.197 0.014 0.192 0.003 0.003 0.017 0.014 0.005 0.005 108 E 0.002 0.006 0.005 0.010 0.005 0.016 0.030 0.536 0.369 0.019 0.003 109 K 0.003 0.009 0.009 0.003 0.005 0.005 0.043 0.628 0.195 0.093 0.007 110 F 0.007 0.010 0.004 0.002 0.009 0.003 0.006 0.612 0.222 0.116 0.010 111 D 0.002 0.008 0.004 0.002 0.005 0.003 0.019 0.789 0.159 0.008 0.001 112 E 0.001 0.008 0.003 0.002 0.003 0.002 0.025 0.864 0.082 0.010 0.001 113 L 0.004 0.009 0.003 0.001 0.006 0.004 0.032 0.819 0.083 0.038 0.003 114 M 0.009 0.021 0.008 0.002 0.012 0.002 0.006 0.785 0.111 0.033 0.012 115 A 0.004 0.012 0.008 0.003 0.006 0.004 0.007 0.861 0.083 0.008 0.005 116 A 0.002 0.009 0.006 0.004 0.005 0.005 0.018 0.849 0.075 0.023 0.003 117 A 0.007 0.019 0.009 0.003 0.011 0.006 0.022 0.734 0.130 0.052 0.007 118 N 0.013 0.104 0.023 0.010 0.030 0.009 0.028 0.579 0.112 0.081 0.010 119 E 0.019 0.184 0.041 0.018 0.055 0.038 0.078 0.366 0.057 0.122 0.022 120 E 0.089 0.073 0.029 0.018 0.102 0.027 0.038 0.266 0.046 0.189 0.124 121 K 0.059 0.077 0.034 0.010 0.071 0.019 0.037 0.516 0.072 0.063 0.041 122 E 0.018 0.084 0.034 0.008 0.028 0.007 0.007 0.701 0.061 0.039 0.015 123 D 0.011 0.023 0.006 0.003 0.016 0.004 0.006 0.853 0.061 0.013 0.005 124 A 0.005 0.022 0.013 0.003 0.012 0.004 0.006 0.854 0.071 0.008 0.002 125 E 0.008 0.006 0.006 0.003 0.012 0.003 0.005 0.848 0.086 0.020 0.004 126 T 0.011 0.023 0.010 0.006 0.024 0.006 0.009 0.767 0.113 0.028 0.005 127 Q 0.011 0.016 0.006 0.004 0.025 0.005 0.014 0.695 0.158 0.058 0.008 128 V 0.015 0.029 0.014 0.007 0.039 0.011 0.043 0.670 0.120 0.044 0.008 129 Q 0.022 0.085 0.033 0.020 0.064 0.038 0.118 0.442 0.102 0.064 0.013 130 N 0.118 0.079 0.042 0.018 0.148 0.018 0.041 0.201 0.078 0.173 0.084