# TARGET T0205 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.800 0.153 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 2 E 0.591 0.237 0.102 0.052 0.016 0.002 0.001 3 E 0.431 0.256 0.159 0.099 0.045 0.009 0.001 4 I 0.456 0.244 0.117 0.093 0.057 0.029 0.004 5 T 0.309 0.266 0.219 0.136 0.051 0.015 0.003 6 D 0.394 0.257 0.158 0.107 0.056 0.022 0.005 7 G 0.469 0.197 0.105 0.099 0.082 0.042 0.006 8 V 0.478 0.200 0.127 0.110 0.058 0.023 0.004 9 N 0.364 0.310 0.183 0.106 0.029 0.007 0.001 10 N 0.379 0.234 0.152 0.135 0.074 0.023 0.003 11 M 0.203 0.150 0.149 0.206 0.177 0.095 0.019 12 N 0.225 0.247 0.230 0.186 0.083 0.025 0.003 13 L 0.133 0.102 0.123 0.202 0.250 0.159 0.032 14 A 0.203 0.287 0.200 0.157 0.096 0.048 0.008 15 T 0.083 0.137 0.200 0.284 0.199 0.087 0.010 16 D 0.189 0.299 0.232 0.160 0.084 0.031 0.004 17 S 0.404 0.313 0.157 0.090 0.030 0.006 0.001 18 Q 0.479 0.288 0.143 0.068 0.019 0.003 0.001 19 K 0.497 0.326 0.128 0.042 0.006 0.001 0.001 20 K 0.522 0.365 0.088 0.022 0.004 0.001 0.001 21 N 0.044 0.127 0.218 0.330 0.226 0.052 0.002 22 R 0.023 0.131 0.286 0.338 0.178 0.041 0.003 23 I 0.009 0.013 0.027 0.090 0.239 0.467 0.154 24 Q 0.010 0.041 0.087 0.188 0.288 0.307 0.078 25 V 0.012 0.026 0.057 0.131 0.224 0.390 0.161 26 S 0.026 0.066 0.102 0.173 0.258 0.274 0.101 27 N 0.110 0.170 0.178 0.209 0.183 0.120 0.029 28 T 0.125 0.159 0.178 0.219 0.171 0.115 0.033 29 K 0.244 0.266 0.208 0.152 0.080 0.041 0.010 30 K 0.129 0.160 0.165 0.186 0.197 0.130 0.033 31 P 0.116 0.189 0.182 0.207 0.164 0.114 0.029 32 L 0.059 0.086 0.117 0.191 0.250 0.245 0.052 33 F 0.069 0.137 0.176 0.246 0.226 0.124 0.024 34 F 0.058 0.137 0.168 0.228 0.214 0.149 0.046 35 Y 0.017 0.025 0.042 0.111 0.255 0.415 0.135 36 V 0.018 0.031 0.053 0.122 0.234 0.398 0.145 37 N 0.057 0.161 0.224 0.275 0.170 0.094 0.019 38 L 0.023 0.063 0.127 0.265 0.293 0.194 0.035 39 A 0.017 0.019 0.023 0.073 0.231 0.487 0.149 40 K 0.058 0.153 0.197 0.278 0.213 0.089 0.011 41 R 0.126 0.357 0.300 0.158 0.049 0.009 0.001 42 Y 0.049 0.118 0.201 0.312 0.238 0.079 0.003 43 M 0.091 0.177 0.219 0.282 0.182 0.047 0.002 44 Q 0.402 0.369 0.149 0.059 0.016 0.004 0.001 45 Q 0.436 0.377 0.134 0.044 0.008 0.001 0.001 46 Y 0.084 0.214 0.294 0.288 0.104 0.015 0.001 47 N 0.346 0.386 0.166 0.071 0.026 0.005 0.001 48 D 0.108 0.215 0.258 0.250 0.134 0.032 0.003 49 V 0.022 0.035 0.060 0.156 0.300 0.363 0.065 50 E 0.020 0.077 0.158 0.316 0.256 0.139 0.033 51 L 0.011 0.015 0.022 0.063 0.207 0.465 0.217 52 S 0.027 0.073 0.166 0.269 0.249 0.166 0.049 53 A 0.048 0.083 0.089 0.169 0.237 0.259 0.114 54 L 0.079 0.112 0.135 0.183 0.192 0.235 0.064 55 G 0.129 0.144 0.141 0.186 0.201 0.169 0.030 56 M 0.166 0.237 0.227 0.192 0.120 0.048 0.011 57 A 0.158 0.165 0.160 0.212 0.184 0.105 0.016 58 I 0.193 0.133 0.109 0.164 0.192 0.180 0.029 59 A 0.149 0.155 0.172 0.247 0.187 0.078 0.011 60 T 0.191 0.227 0.213 0.201 0.117 0.044 0.007 61 V 0.114 0.069 0.074 0.135 0.248 0.290 0.069 62 V 0.073 0.085 0.106 0.176 0.240 0.250 0.071 63 T 0.094 0.146 0.176 0.227 0.188 0.132 0.037 64 V 0.063 0.049 0.065 0.122 0.190 0.326 0.185 65 T 0.065 0.058 0.062 0.141 0.223 0.311 0.140 66 E 0.083 0.091 0.114 0.176 0.218 0.207 0.111 67 I 0.069 0.064 0.095 0.159 0.223 0.275 0.116 68 L 0.061 0.059 0.067 0.129 0.191 0.333 0.160 69 K 0.086 0.089 0.119 0.198 0.219 0.202 0.086 70 N 0.167 0.145 0.144 0.153 0.189 0.160 0.041 71 N 0.157 0.191 0.206 0.224 0.139 0.072 0.012 72 G 0.152 0.136 0.120 0.182 0.193 0.185 0.033 73 F 0.124 0.166 0.204 0.239 0.183 0.076 0.007 74 A 0.168 0.166 0.163 0.209 0.209 0.080 0.005 75 V 0.272 0.304 0.230 0.138 0.045 0.010 0.001 76 E 0.240 0.240 0.195 0.188 0.103 0.032 0.003 77 K 0.251 0.337 0.212 0.130 0.053 0.015 0.001 78 K 0.220 0.295 0.234 0.158 0.069 0.021 0.002 79 I 0.047 0.070 0.133 0.235 0.290 0.198 0.026 80 M 0.088 0.145 0.192 0.262 0.209 0.096 0.008 81 T 0.102 0.146 0.208 0.237 0.189 0.102 0.016 82 S 0.126 0.201 0.231 0.220 0.144 0.069 0.009 83 I 0.100 0.202 0.270 0.255 0.128 0.042 0.004 84 V 0.028 0.049 0.108 0.262 0.371 0.168 0.013 85 D 0.191 0.357 0.278 0.126 0.041 0.007 0.001 86 I 0.166 0.221 0.232 0.240 0.118 0.022 0.001 87 K 0.543 0.297 0.113 0.039 0.007 0.001 0.001 88 D 0.700 0.213 0.062 0.020 0.005 0.001 0.001 89 D 0.731 0.182 0.059 0.022 0.005 0.001 0.001 90 A 0.656 0.177 0.088 0.057 0.018 0.003 0.001 91 R 0.804 0.149 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 92 G 0.692 0.208 0.067 0.027 0.005 0.001 0.001 93 R 0.493 0.301 0.115 0.066 0.020 0.004 0.001 94 P 0.486 0.338 0.124 0.041 0.009 0.001 0.001 95 V 0.205 0.309 0.219 0.175 0.075 0.017 0.001 96 Q 0.087 0.182 0.239 0.271 0.171 0.047 0.002 97 K 0.020 0.099 0.181 0.326 0.258 0.110 0.007 98 A 0.019 0.069 0.116 0.196 0.318 0.232 0.049 99 K 0.007 0.068 0.189 0.331 0.224 0.143 0.039 100 I 0.001 0.002 0.009 0.044 0.234 0.556 0.154 101 E 0.009 0.068 0.196 0.339 0.277 0.100 0.011 102 I 0.003 0.010 0.019 0.046 0.158 0.533 0.230 103 T 0.003 0.029 0.200 0.455 0.228 0.079 0.006 104 L 0.025 0.042 0.063 0.182 0.429 0.248 0.011 105 V 0.090 0.302 0.354 0.201 0.047 0.007 0.001 106 K 0.276 0.201 0.192 0.210 0.094 0.026 0.001 107 S 0.706 0.207 0.062 0.017 0.005 0.002 0.001 108 E 0.880 0.100 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 109 K 0.764 0.178 0.046 0.009 0.002 0.001 0.001 110 F 0.552 0.198 0.097 0.111 0.038 0.005 0.001 111 D 0.707 0.219 0.061 0.011 0.001 0.001 0.001 112 E 0.816 0.157 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 113 L 0.784 0.120 0.054 0.031 0.009 0.001 0.001 114 M 0.828 0.105 0.042 0.021 0.004 0.001 0.001 115 A 0.813 0.160 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 116 A 0.851 0.119 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 117 A 0.793 0.137 0.043 0.021 0.005 0.001 0.001 118 N 0.886 0.091 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 119 E 0.933 0.058 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.879 0.096 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 121 K 0.887 0.088 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 122 E 0.911 0.075 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 123 D 0.883 0.092 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 124 A 0.841 0.112 0.033 0.012 0.002 0.001 0.001 125 E 0.889 0.095 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 126 T 0.866 0.099 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.846 0.119 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 128 V 0.872 0.094 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.924 0.064 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 130 N 0.901 0.079 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001