# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.064 0.007 0.014 0.060 0.166 0.690 2 E 0.255 0.012 0.037 0.159 0.184 0.354 3 E 0.447 0.020 0.034 0.121 0.131 0.247 4 I 0.492 0.034 0.035 0.158 0.100 0.181 5 T 0.467 0.015 0.028 0.142 0.164 0.185 6 D 0.324 0.007 0.046 0.132 0.264 0.228 7 G 0.241 0.012 0.060 0.143 0.300 0.243 8 V 0.361 0.029 0.073 0.128 0.293 0.115 9 N 0.397 0.013 0.061 0.092 0.284 0.152 10 N 0.307 0.009 0.056 0.130 0.283 0.215 11 M 0.445 0.013 0.025 0.069 0.212 0.236 12 N 0.525 0.012 0.016 0.055 0.140 0.253 13 L 0.485 0.025 0.025 0.078 0.138 0.249 14 A 0.463 0.025 0.025 0.050 0.185 0.253 15 T 0.375 0.029 0.049 0.048 0.301 0.198 16 D 0.151 0.014 0.064 0.026 0.593 0.152 17 S 0.066 0.013 0.089 0.036 0.639 0.157 18 Q 0.048 0.009 0.061 0.020 0.686 0.175 19 K 0.092 0.018 0.053 0.013 0.509 0.315 20 K 0.164 0.022 0.029 0.013 0.348 0.425 21 N 0.279 0.012 0.023 0.008 0.255 0.424 22 R 0.642 0.017 0.011 0.004 0.072 0.254 23 I 0.861 0.015 0.005 0.004 0.026 0.089 24 Q 0.872 0.020 0.006 0.003 0.023 0.077 25 V 0.660 0.032 0.008 0.006 0.121 0.173 26 S 0.246 0.016 0.019 0.006 0.597 0.116 27 N 0.042 0.003 0.019 0.005 0.826 0.105 28 T 0.029 0.006 0.015 0.006 0.809 0.136 29 K 0.188 0.085 0.011 0.013 0.463 0.241 30 K 0.333 0.056 0.009 0.019 0.187 0.397 31 P 0.391 0.016 0.025 0.032 0.238 0.298 32 L 0.616 0.008 0.038 0.046 0.134 0.157 33 F 0.807 0.006 0.029 0.054 0.045 0.059 34 F 0.827 0.004 0.020 0.072 0.035 0.041 35 Y 0.821 0.005 0.014 0.073 0.031 0.057 36 V 0.658 0.010 0.012 0.104 0.057 0.159 37 N 0.280 0.009 0.006 0.100 0.113 0.492 38 L 0.036 0.002 0.028 0.795 0.064 0.075 39 A 0.067 0.003 0.036 0.772 0.073 0.048 40 K 0.050 0.002 0.048 0.758 0.109 0.032 41 R 0.103 0.005 0.048 0.684 0.104 0.056 42 Y 0.087 0.006 0.042 0.728 0.084 0.053 43 M 0.053 0.003 0.056 0.744 0.092 0.052 44 Q 0.039 0.003 0.043 0.751 0.082 0.081 45 Q 0.071 0.014 0.042 0.557 0.135 0.181 46 Y 0.013 0.003 0.090 0.655 0.170 0.069 47 N 0.033 0.001 0.103 0.341 0.319 0.204 48 D 0.127 0.003 0.121 0.329 0.252 0.168 49 V 0.606 0.014 0.015 0.210 0.064 0.091 50 E 0.712 0.010 0.008 0.160 0.024 0.086 51 L 0.744 0.008 0.010 0.170 0.018 0.050 52 S 0.366 0.006 0.024 0.420 0.045 0.139 53 A 0.203 0.005 0.079 0.542 0.062 0.109 54 L 0.026 0.002 0.066 0.836 0.032 0.037 55 G 0.021 0.002 0.069 0.809 0.048 0.050 56 M 0.015 0.002 0.031 0.893 0.035 0.024 57 A 0.037 0.002 0.036 0.844 0.060 0.022 58 I 0.014 0.001 0.011 0.933 0.032 0.008 59 A 0.024 0.001 0.023 0.888 0.054 0.010 60 T 0.018 0.001 0.016 0.924 0.030 0.011 61 V 0.076 0.003 0.017 0.823 0.029 0.052 62 V 0.134 0.013 0.015 0.619 0.035 0.184 63 T 0.193 0.016 0.011 0.260 0.026 0.493 64 V 0.035 0.001 0.014 0.860 0.014 0.075 65 T 0.052 0.001 0.021 0.855 0.024 0.048 66 E 0.037 0.001 0.012 0.928 0.015 0.008 67 I 0.036 0.002 0.014 0.921 0.017 0.010 68 L 0.013 0.002 0.006 0.951 0.020 0.008 69 K 0.026 0.004 0.015 0.838 0.094 0.023 70 N 0.015 0.005 0.026 0.506 0.343 0.106 71 N 0.008 0.004 0.032 0.257 0.529 0.169 72 G 0.042 0.008 0.010 0.011 0.435 0.493 73 F 0.311 0.027 0.017 0.030 0.154 0.461 74 A 0.623 0.020 0.023 0.039 0.106 0.189 75 V 0.775 0.008 0.017 0.029 0.071 0.100 76 E 0.795 0.005 0.014 0.034 0.062 0.090 77 K 0.722 0.005 0.024 0.044 0.088 0.117 78 K 0.732 0.010 0.016 0.036 0.088 0.118 79 I 0.705 0.013 0.018 0.037 0.095 0.132 80 M 0.489 0.021 0.016 0.043 0.159 0.272 81 T 0.283 0.012 0.025 0.039 0.335 0.306 82 S 0.247 0.005 0.023 0.016 0.313 0.394 83 I 0.467 0.015 0.021 0.017 0.159 0.320 84 V 0.555 0.042 0.010 0.012 0.107 0.274 85 D 0.520 0.031 0.009 0.007 0.116 0.317 86 I 0.126 0.014 0.277 0.081 0.310 0.192 87 K 0.082 0.011 0.241 0.053 0.431 0.181 88 D 0.027 0.007 0.272 0.034 0.583 0.077 89 D 0.013 0.007 0.245 0.064 0.517 0.154 90 A 0.026 0.015 0.201 0.087 0.484 0.187 91 R 0.037 0.016 0.106 0.075 0.515 0.251 92 G 0.067 0.015 0.018 0.017 0.256 0.627 93 R 0.164 0.036 0.015 0.014 0.188 0.583 94 P 0.255 0.026 0.025 0.015 0.180 0.499 95 V 0.301 0.019 0.069 0.020 0.191 0.399 96 Q 0.459 0.008 0.073 0.013 0.187 0.261 97 K 0.688 0.005 0.045 0.007 0.096 0.159 98 A 0.871 0.006 0.007 0.002 0.038 0.077 99 K 0.913 0.001 0.001 0.001 0.024 0.060 100 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 101 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 102 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 T 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 105 V 0.899 0.001 0.001 0.003 0.019 0.078 106 K 0.534 0.007 0.001 0.008 0.095 0.355 107 S 0.120 0.013 0.005 0.020 0.282 0.561 108 E 0.028 0.006 0.125 0.224 0.437 0.180 109 K 0.023 0.008 0.171 0.409 0.301 0.088 110 F 0.017 0.006 0.123 0.672 0.142 0.040 111 D 0.019 0.003 0.061 0.782 0.076 0.059 112 E 0.011 0.002 0.046 0.885 0.037 0.019 113 L 0.014 0.003 0.057 0.855 0.047 0.024 114 M 0.016 0.003 0.052 0.825 0.063 0.040 115 A 0.009 0.002 0.038 0.842 0.063 0.046 116 A 0.007 0.003 0.037 0.768 0.105 0.080 117 A 0.006 0.004 0.028 0.540 0.199 0.223 118 N 0.005 0.003 0.035 0.253 0.348 0.357 119 E 0.006 0.005 0.072 0.351 0.309 0.257 120 E 0.012 0.007 0.060 0.360 0.245 0.315 121 K 0.005 0.003 0.109 0.613 0.164 0.106 122 E 0.010 0.003 0.080 0.694 0.110 0.102 123 D 0.017 0.005 0.087 0.633 0.144 0.115 124 A 0.017 0.003 0.078 0.707 0.102 0.093 125 E 0.023 0.004 0.056 0.733 0.084 0.100 126 T 0.040 0.006 0.076 0.667 0.105 0.107 127 Q 0.053 0.005 0.052 0.525 0.145 0.219 128 V 0.045 0.010 0.034 0.502 0.113 0.296 129 Q 0.039 0.012 0.009 0.259 0.104 0.577 130 N 0.010 0.002 0.001 0.016 0.039 0.933