# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.013 0.528 0.007 0.040 0.218 0.002 0.001 0.008 0.073 0.047 0.009 0.049 2 E 0.009 0.011 0.234 0.006 0.083 0.330 0.004 0.001 0.022 0.106 0.046 0.122 0.027 3 E 0.013 0.030 0.188 0.004 0.068 0.365 0.009 0.005 0.052 0.035 0.038 0.026 0.168 4 I 0.014 0.048 0.217 0.019 0.074 0.380 0.006 0.011 0.051 0.021 0.047 0.046 0.066 5 T 0.012 0.016 0.195 0.030 0.107 0.356 0.003 0.005 0.037 0.068 0.076 0.042 0.053 6 D 0.005 0.004 0.107 0.014 0.131 0.298 0.002 0.004 0.013 0.116 0.260 0.018 0.026 7 G 0.009 0.012 0.120 0.007 0.153 0.243 0.004 0.006 0.020 0.085 0.294 0.020 0.027 8 V 0.018 0.031 0.310 0.007 0.057 0.197 0.008 0.011 0.040 0.117 0.078 0.035 0.089 9 N 0.019 0.017 0.185 0.052 0.045 0.194 0.006 0.007 0.027 0.192 0.158 0.065 0.031 10 N 0.040 0.008 0.183 0.024 0.055 0.176 0.009 0.014 0.036 0.167 0.188 0.018 0.083 11 M 0.052 0.021 0.305 0.012 0.037 0.150 0.020 0.016 0.046 0.118 0.087 0.087 0.050 12 N 0.062 0.035 0.320 0.011 0.026 0.102 0.029 0.021 0.070 0.057 0.063 0.055 0.148 13 L 0.068 0.019 0.381 0.016 0.028 0.090 0.022 0.013 0.041 0.064 0.059 0.076 0.122 14 A 0.076 0.022 0.386 0.008 0.027 0.067 0.012 0.006 0.028 0.059 0.068 0.143 0.098 15 T 0.031 0.024 0.316 0.011 0.067 0.074 0.005 0.001 0.010 0.124 0.104 0.028 0.205 16 D 0.008 0.010 0.415 0.018 0.064 0.066 0.001 0.001 0.003 0.152 0.142 0.086 0.035 17 S 0.003 0.011 0.363 0.008 0.067 0.045 0.001 0.001 0.002 0.201 0.227 0.020 0.052 18 Q 0.002 0.010 0.408 0.006 0.063 0.046 0.001 0.001 0.001 0.215 0.200 0.016 0.032 19 K 0.005 0.011 0.257 0.013 0.084 0.031 0.001 0.001 0.002 0.259 0.275 0.044 0.019 20 K 0.014 0.011 0.285 0.009 0.099 0.029 0.003 0.001 0.011 0.168 0.231 0.020 0.119 21 N 0.053 0.008 0.409 0.075 0.028 0.009 0.008 0.002 0.017 0.165 0.044 0.083 0.098 22 R 0.249 0.012 0.108 0.037 0.011 0.004 0.036 0.007 0.032 0.061 0.011 0.244 0.188 23 I 0.341 0.008 0.059 0.007 0.002 0.003 0.073 0.034 0.054 0.007 0.002 0.100 0.309 24 Q 0.312 0.006 0.050 0.009 0.001 0.003 0.060 0.034 0.076 0.005 0.003 0.368 0.072 25 V 0.167 0.019 0.133 0.008 0.002 0.005 0.066 0.024 0.093 0.013 0.008 0.041 0.421 26 S 0.043 0.023 0.369 0.047 0.013 0.006 0.012 0.006 0.044 0.071 0.113 0.173 0.079 27 N 0.004 0.005 0.218 0.018 0.020 0.004 0.001 0.001 0.007 0.279 0.392 0.010 0.042 28 T 0.003 0.009 0.232 0.006 0.020 0.006 0.001 0.001 0.006 0.386 0.266 0.029 0.035 29 K 0.007 0.036 0.250 0.005 0.025 0.009 0.002 0.001 0.008 0.410 0.142 0.052 0.052 30 K 0.005 0.017 0.366 0.006 0.020 0.016 0.001 0.001 0.006 0.384 0.082 0.059 0.036 31 P 0.015 0.015 0.437 0.040 0.039 0.027 0.005 0.001 0.005 0.111 0.153 0.010 0.143 32 L 0.109 0.025 0.250 0.074 0.033 0.028 0.033 0.004 0.015 0.164 0.076 0.104 0.087 33 F 0.336 0.017 0.131 0.015 0.015 0.044 0.059 0.014 0.041 0.037 0.028 0.074 0.189 34 F 0.421 0.009 0.084 0.005 0.006 0.060 0.093 0.022 0.030 0.021 0.013 0.132 0.104 35 Y 0.463 0.005 0.041 0.010 0.005 0.095 0.095 0.035 0.032 0.013 0.012 0.079 0.117 36 V 0.334 0.005 0.080 0.008 0.004 0.131 0.084 0.041 0.042 0.013 0.011 0.113 0.135 37 N 0.125 0.008 0.163 0.012 0.011 0.335 0.028 0.013 0.036 0.034 0.034 0.103 0.096 38 L 0.055 0.007 0.146 0.010 0.036 0.503 0.012 0.003 0.012 0.033 0.078 0.017 0.088 39 A 0.025 0.007 0.131 0.011 0.053 0.594 0.005 0.002 0.008 0.045 0.070 0.027 0.024 40 K 0.010 0.004 0.088 0.009 0.075 0.659 0.001 0.001 0.003 0.067 0.048 0.008 0.027 41 R 0.007 0.004 0.038 0.003 0.054 0.779 0.001 0.001 0.002 0.033 0.050 0.014 0.015 42 Y 0.007 0.005 0.050 0.002 0.043 0.779 0.001 0.001 0.003 0.019 0.059 0.009 0.021 43 M 0.016 0.005 0.043 0.004 0.068 0.700 0.002 0.001 0.003 0.022 0.094 0.012 0.030 44 Q 0.017 0.006 0.071 0.009 0.071 0.533 0.003 0.001 0.003 0.051 0.178 0.030 0.026 45 Q 0.018 0.012 0.098 0.006 0.068 0.329 0.003 0.001 0.006 0.078 0.321 0.021 0.040 46 Y 0.005 0.013 0.256 0.009 0.033 0.151 0.001 0.001 0.005 0.216 0.258 0.018 0.034 47 N 0.002 0.004 0.327 0.021 0.027 0.076 0.001 0.001 0.005 0.189 0.321 0.014 0.013 48 D 0.021 0.010 0.303 0.019 0.034 0.102 0.007 0.005 0.030 0.200 0.125 0.019 0.124 49 V 0.115 0.019 0.225 0.003 0.013 0.096 0.042 0.014 0.067 0.043 0.015 0.245 0.103 50 E 0.160 0.020 0.106 0.004 0.006 0.122 0.070 0.026 0.077 0.009 0.007 0.110 0.283 51 L 0.145 0.006 0.150 0.046 0.010 0.216 0.049 0.018 0.055 0.018 0.012 0.090 0.185 52 S 0.070 0.003 0.154 0.032 0.020 0.288 0.016 0.007 0.036 0.059 0.068 0.161 0.087 53 A 0.049 0.009 0.077 0.006 0.042 0.443 0.011 0.002 0.017 0.067 0.111 0.028 0.139 54 L 0.039 0.007 0.065 0.019 0.027 0.635 0.006 0.002 0.008 0.035 0.067 0.039 0.052 55 G 0.029 0.003 0.044 0.011 0.024 0.760 0.003 0.001 0.004 0.027 0.037 0.027 0.031 56 M 0.042 0.002 0.033 0.006 0.022 0.776 0.004 0.001 0.004 0.019 0.032 0.015 0.045 57 A 0.081 0.002 0.022 0.002 0.017 0.743 0.014 0.003 0.006 0.014 0.024 0.032 0.039 58 I 0.100 0.003 0.020 0.008 0.010 0.733 0.019 0.006 0.008 0.010 0.030 0.013 0.040 59 A 0.083 0.003 0.041 0.010 0.009 0.706 0.015 0.006 0.010 0.012 0.031 0.041 0.032 60 T 0.045 0.001 0.036 0.010 0.015 0.684 0.006 0.002 0.006 0.047 0.100 0.017 0.031 61 V 0.042 0.002 0.050 0.004 0.009 0.730 0.010 0.004 0.013 0.019 0.056 0.011 0.050 62 V 0.032 0.015 0.086 0.002 0.004 0.657 0.011 0.005 0.025 0.032 0.017 0.091 0.023 63 T 0.016 0.016 0.158 0.001 0.001 0.554 0.004 0.003 0.029 0.023 0.008 0.016 0.169 64 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 67 I 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 68 L 0.006 0.001 0.010 0.003 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.003 0.006 69 K 0.006 0.004 0.009 0.002 0.012 0.733 0.001 0.001 0.001 0.008 0.211 0.005 0.009 70 N 0.001 0.001 0.041 0.002 0.007 0.221 0.001 0.001 0.001 0.051 0.670 0.002 0.003 71 N 0.001 0.003 0.142 0.002 0.009 0.047 0.001 0.001 0.001 0.219 0.572 0.003 0.002 72 G 0.002 0.007 0.377 0.002 0.016 0.085 0.001 0.001 0.003 0.191 0.263 0.012 0.042 73 F 0.095 0.030 0.194 0.007 0.012 0.058 0.023 0.002 0.013 0.083 0.064 0.144 0.275 74 A 0.354 0.010 0.072 0.016 0.008 0.044 0.059 0.005 0.014 0.017 0.022 0.203 0.178 75 V 0.417 0.005 0.056 0.028 0.005 0.025 0.057 0.003 0.010 0.011 0.007 0.100 0.276 76 E 0.455 0.001 0.033 0.088 0.002 0.006 0.025 0.001 0.005 0.011 0.003 0.238 0.132 77 K 0.418 0.001 0.036 0.014 0.001 0.004 0.021 0.001 0.005 0.009 0.002 0.146 0.342 78 K 0.424 0.002 0.030 0.007 0.002 0.007 0.024 0.001 0.005 0.007 0.004 0.262 0.225 79 I 0.410 0.004 0.037 0.028 0.002 0.005 0.037 0.001 0.006 0.009 0.006 0.107 0.346 80 M 0.321 0.006 0.072 0.042 0.004 0.006 0.025 0.001 0.010 0.024 0.017 0.288 0.185 81 T 0.174 0.006 0.153 0.063 0.008 0.008 0.014 0.001 0.013 0.076 0.049 0.076 0.358 82 S 0.115 0.005 0.164 0.042 0.016 0.014 0.013 0.001 0.019 0.179 0.140 0.168 0.125 83 I 0.247 0.013 0.109 0.009 0.007 0.007 0.028 0.002 0.023 0.051 0.040 0.078 0.386 84 V 0.169 0.010 0.100 0.004 0.002 0.003 0.021 0.003 0.023 0.033 0.007 0.541 0.085 85 D 0.111 0.015 0.197 0.005 0.001 0.004 0.019 0.003 0.024 0.018 0.006 0.059 0.538 86 I 0.114 0.032 0.281 0.033 0.014 0.021 0.020 0.003 0.013 0.043 0.054 0.222 0.151 87 K 0.068 0.029 0.235 0.023 0.037 0.040 0.012 0.002 0.008 0.101 0.182 0.062 0.201 88 D 0.012 0.015 0.199 0.015 0.076 0.055 0.002 0.001 0.004 0.156 0.359 0.051 0.055 89 D 0.007 0.011 0.212 0.005 0.111 0.068 0.002 0.001 0.003 0.121 0.399 0.013 0.048 90 A 0.012 0.029 0.225 0.007 0.104 0.066 0.003 0.001 0.005 0.140 0.307 0.052 0.049 91 R 0.011 0.023 0.233 0.006 0.063 0.059 0.002 0.001 0.003 0.181 0.300 0.055 0.062 92 G 0.006 0.018 0.435 0.012 0.013 0.027 0.001 0.001 0.002 0.336 0.078 0.012 0.059 93 R 0.002 0.021 0.589 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.002 0.220 0.014 0.107 0.021 94 P 0.002 0.025 0.651 0.003 0.014 0.041 0.001 0.001 0.003 0.042 0.050 0.006 0.163 95 V 0.010 0.035 0.492 0.048 0.092 0.082 0.003 0.001 0.002 0.053 0.101 0.042 0.039 96 Q 0.025 0.015 0.285 0.027 0.126 0.073 0.004 0.001 0.005 0.136 0.100 0.102 0.100 97 K 0.033 0.006 0.204 0.070 0.112 0.054 0.008 0.001 0.010 0.124 0.133 0.038 0.207 98 A 0.039 0.007 0.284 0.062 0.016 0.012 0.014 0.001 0.030 0.129 0.030 0.308 0.070 99 K 0.125 0.006 0.120 0.032 0.004 0.002 0.051 0.005 0.064 0.043 0.008 0.067 0.474 100 I 0.297 0.002 0.054 0.019 0.001 0.001 0.131 0.021 0.116 0.007 0.001 0.227 0.124 101 E 0.434 0.001 0.021 0.023 0.001 0.001 0.183 0.054 0.089 0.005 0.001 0.072 0.116 102 I 0.410 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.297 0.092 0.068 0.002 0.001 0.050 0.054 103 T 0.440 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.280 0.107 0.065 0.001 0.001 0.053 0.039 104 L 0.337 0.002 0.054 0.006 0.001 0.002 0.236 0.069 0.123 0.003 0.001 0.034 0.131 105 V 0.125 0.004 0.283 0.027 0.002 0.003 0.074 0.027 0.221 0.032 0.009 0.117 0.076 106 K 0.006 0.011 0.561 0.003 0.003 0.003 0.004 0.005 0.147 0.134 0.015 0.031 0.077 107 S 0.001 0.009 0.610 0.004 0.021 0.028 0.001 0.001 0.027 0.214 0.054 0.007 0.025 108 E 0.001 0.006 0.116 0.001 0.089 0.380 0.001 0.001 0.004 0.133 0.262 0.004 0.003 109 K 0.001 0.012 0.091 0.001 0.094 0.595 0.001 0.001 0.003 0.042 0.153 0.002 0.006 110 F 0.001 0.006 0.086 0.001 0.056 0.751 0.001 0.001 0.004 0.030 0.054 0.003 0.005 111 D 0.001 0.001 0.059 0.001 0.036 0.796 0.001 0.001 0.001 0.071 0.031 0.001 0.002 112 E 0.002 0.002 0.020 0.001 0.020 0.883 0.001 0.001 0.003 0.018 0.042 0.001 0.006 113 L 0.001 0.002 0.016 0.001 0.010 0.912 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.001 0.002 114 M 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.017 0.920 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.032 0.001 0.021 0.890 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.001 0.002 117 A 0.001 0.002 0.063 0.001 0.019 0.819 0.001 0.001 0.001 0.016 0.076 0.001 0.002 118 N 0.001 0.003 0.083 0.001 0.036 0.708 0.001 0.001 0.001 0.028 0.140 0.001 0.001 119 E 0.001 0.002 0.101 0.001 0.037 0.625 0.001 0.001 0.001 0.053 0.179 0.001 0.001 120 E 0.001 0.001 0.083 0.001 0.021 0.769 0.001 0.001 0.001 0.028 0.096 0.001 0.001 121 K 0.001 0.001 0.071 0.001 0.013 0.857 0.001 0.001 0.001 0.029 0.027 0.001 0.001 122 E 0.001 0.001 0.024 0.001 0.011 0.901 0.001 0.001 0.001 0.017 0.043 0.001 0.001 123 D 0.001 0.001 0.029 0.001 0.013 0.886 0.001 0.001 0.001 0.015 0.051 0.001 0.003 124 A 0.002 0.003 0.047 0.001 0.011 0.888 0.001 0.001 0.002 0.015 0.027 0.002 0.004 125 E 0.004 0.004 0.041 0.002 0.019 0.851 0.001 0.001 0.003 0.015 0.047 0.007 0.007 126 T 0.007 0.002 0.057 0.001 0.023 0.799 0.001 0.001 0.002 0.027 0.057 0.009 0.013 127 Q 0.010 0.004 0.121 0.001 0.032 0.701 0.002 0.001 0.002 0.034 0.066 0.012 0.013 128 V 0.004 0.010 0.198 0.001 0.024 0.563 0.002 0.001 0.004 0.047 0.109 0.011 0.024 129 Q 0.002 0.009 0.506 0.004 0.015 0.228 0.001 0.001 0.002 0.073 0.130 0.013 0.017 130 N 0.001 0.004 0.877 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.051 0.017 0.003 0.006