# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.328 0.159 0.063 0.138 0.104 0.073 0.057 0.032 0.023 0.014 0.008 2 E 0.462 0.162 0.062 0.114 0.081 0.049 0.038 0.016 0.009 0.004 0.002 3 E 0.086 0.195 0.111 0.249 0.180 0.092 0.054 0.018 0.009 0.004 0.002 4 I 0.015 0.016 0.010 0.028 0.042 0.065 0.139 0.176 0.189 0.178 0.143 5 T 0.074 0.077 0.070 0.153 0.193 0.162 0.142 0.061 0.038 0.019 0.011 6 D 0.299 0.233 0.205 0.167 0.054 0.021 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 7 G 0.032 0.034 0.020 0.061 0.078 0.117 0.208 0.144 0.122 0.108 0.077 8 V 0.032 0.034 0.030 0.062 0.077 0.096 0.155 0.134 0.146 0.128 0.106 9 N 0.161 0.154 0.136 0.194 0.125 0.088 0.071 0.028 0.021 0.013 0.009 10 N 0.118 0.125 0.153 0.204 0.124 0.095 0.084 0.039 0.027 0.018 0.012 11 M 0.050 0.021 0.019 0.039 0.054 0.087 0.171 0.152 0.159 0.144 0.103 12 N 0.150 0.234 0.134 0.228 0.114 0.060 0.043 0.016 0.010 0.006 0.003 13 L 0.025 0.023 0.037 0.042 0.045 0.059 0.124 0.129 0.189 0.180 0.146 14 A 0.141 0.160 0.112 0.199 0.138 0.092 0.080 0.033 0.023 0.014 0.009 15 T 0.140 0.128 0.078 0.145 0.106 0.091 0.118 0.072 0.062 0.038 0.022 16 D 0.365 0.162 0.093 0.118 0.080 0.065 0.053 0.026 0.019 0.011 0.007 17 S 0.362 0.194 0.071 0.116 0.075 0.059 0.055 0.027 0.020 0.013 0.009 18 Q 0.304 0.160 0.063 0.115 0.094 0.072 0.075 0.045 0.037 0.024 0.012 19 K 0.366 0.138 0.091 0.172 0.100 0.060 0.042 0.016 0.009 0.004 0.002 20 K 0.194 0.172 0.140 0.249 0.132 0.061 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 21 N 0.008 0.013 0.013 0.042 0.065 0.115 0.223 0.212 0.165 0.101 0.043 22 R 0.041 0.110 0.107 0.307 0.230 0.122 0.056 0.016 0.007 0.003 0.001 23 I 0.004 0.003 0.006 0.007 0.010 0.019 0.080 0.140 0.267 0.265 0.198 24 Q 0.021 0.094 0.087 0.362 0.245 0.104 0.056 0.018 0.008 0.003 0.001 25 V 0.008 0.016 0.009 0.023 0.028 0.036 0.104 0.151 0.230 0.216 0.180 26 S 0.066 0.095 0.067 0.212 0.184 0.148 0.119 0.051 0.034 0.016 0.010 27 N 0.251 0.157 0.060 0.152 0.116 0.084 0.092 0.041 0.027 0.014 0.006 28 T 0.297 0.179 0.041 0.152 0.096 0.067 0.071 0.039 0.029 0.018 0.009 29 K 0.171 0.098 0.035 0.102 0.098 0.101 0.131 0.083 0.080 0.059 0.041 30 K 0.182 0.185 0.060 0.206 0.142 0.093 0.075 0.030 0.016 0.008 0.004 31 P 0.118 0.100 0.059 0.161 0.150 0.137 0.135 0.070 0.043 0.020 0.008 32 L 0.015 0.023 0.018 0.076 0.089 0.101 0.204 0.179 0.156 0.097 0.043 33 F 0.008 0.019 0.025 0.087 0.116 0.143 0.170 0.161 0.136 0.091 0.044 34 F 0.009 0.014 0.032 0.060 0.075 0.100 0.204 0.194 0.164 0.102 0.047 35 Y 0.006 0.012 0.027 0.050 0.047 0.065 0.176 0.202 0.195 0.146 0.073 36 V 0.005 0.011 0.020 0.033 0.029 0.039 0.123 0.171 0.238 0.215 0.116 37 N 0.038 0.053 0.085 0.163 0.154 0.139 0.156 0.091 0.069 0.036 0.016 38 L 0.012 0.021 0.050 0.055 0.049 0.063 0.164 0.165 0.189 0.155 0.077 39 A 0.012 0.027 0.048 0.092 0.086 0.091 0.170 0.151 0.164 0.106 0.052 40 K 0.024 0.037 0.052 0.111 0.110 0.137 0.207 0.127 0.108 0.060 0.027 41 R 0.028 0.046 0.127 0.144 0.146 0.157 0.164 0.087 0.059 0.030 0.013 42 Y 0.015 0.029 0.070 0.082 0.068 0.077 0.165 0.149 0.160 0.121 0.065 43 M 0.016 0.015 0.038 0.075 0.086 0.101 0.200 0.164 0.153 0.100 0.053 44 Q 0.047 0.069 0.233 0.220 0.165 0.109 0.083 0.037 0.022 0.010 0.005 45 Q 0.033 0.081 0.132 0.171 0.157 0.155 0.156 0.061 0.034 0.014 0.006 46 Y 0.017 0.027 0.029 0.074 0.096 0.123 0.207 0.158 0.128 0.089 0.052 47 N 0.425 0.206 0.076 0.117 0.078 0.043 0.034 0.012 0.006 0.003 0.001 48 D 0.143 0.151 0.105 0.239 0.172 0.108 0.053 0.017 0.009 0.004 0.002 49 V 0.025 0.014 0.014 0.023 0.029 0.040 0.118 0.150 0.211 0.208 0.168 50 E 0.053 0.095 0.093 0.214 0.180 0.150 0.123 0.044 0.026 0.012 0.009 51 L 0.025 0.039 0.077 0.059 0.049 0.056 0.132 0.143 0.173 0.148 0.098 52 S 0.063 0.063 0.073 0.159 0.165 0.166 0.144 0.071 0.049 0.028 0.019 53 A 0.076 0.049 0.086 0.072 0.064 0.081 0.173 0.113 0.112 0.093 0.080 54 L 0.024 0.024 0.075 0.083 0.075 0.071 0.135 0.118 0.146 0.139 0.111 55 G 0.045 0.046 0.086 0.079 0.064 0.087 0.179 0.117 0.127 0.099 0.072 56 M 0.062 0.056 0.163 0.138 0.126 0.114 0.135 0.070 0.055 0.045 0.037 57 A 0.041 0.035 0.111 0.057 0.057 0.074 0.186 0.129 0.126 0.105 0.079 58 I 0.028 0.027 0.109 0.075 0.053 0.056 0.117 0.097 0.151 0.159 0.127 59 A 0.025 0.022 0.140 0.066 0.066 0.085 0.171 0.110 0.120 0.110 0.085 60 T 0.052 0.060 0.214 0.122 0.097 0.106 0.155 0.082 0.059 0.034 0.018 61 V 0.026 0.038 0.171 0.050 0.031 0.036 0.116 0.120 0.160 0.152 0.099 62 V 0.014 0.021 0.075 0.066 0.062 0.067 0.143 0.135 0.157 0.145 0.115 63 T 0.017 0.060 0.182 0.114 0.121 0.119 0.186 0.079 0.064 0.037 0.022 64 V 0.003 0.005 0.020 0.022 0.019 0.022 0.080 0.121 0.238 0.269 0.200 65 T 0.017 0.020 0.050 0.082 0.098 0.163 0.275 0.118 0.100 0.051 0.024 66 E 0.016 0.030 0.133 0.129 0.106 0.124 0.221 0.118 0.072 0.035 0.016 67 I 0.008 0.014 0.089 0.063 0.050 0.054 0.115 0.144 0.174 0.166 0.124 68 L 0.007 0.010 0.051 0.050 0.042 0.044 0.100 0.126 0.197 0.203 0.170 69 K 0.008 0.027 0.099 0.166 0.208 0.161 0.160 0.084 0.057 0.022 0.009 70 N 0.020 0.037 0.068 0.079 0.091 0.135 0.206 0.139 0.120 0.068 0.036 71 N 0.197 0.182 0.110 0.180 0.117 0.077 0.073 0.034 0.018 0.009 0.003 72 G 0.359 0.195 0.073 0.121 0.073 0.058 0.057 0.027 0.017 0.012 0.007 73 F 0.137 0.129 0.090 0.136 0.111 0.090 0.106 0.070 0.061 0.042 0.028 74 A 0.116 0.131 0.080 0.133 0.106 0.106 0.123 0.071 0.063 0.041 0.029 75 V 0.125 0.101 0.065 0.119 0.100 0.092 0.126 0.092 0.080 0.057 0.043 76 E 0.171 0.112 0.051 0.132 0.122 0.104 0.111 0.072 0.058 0.039 0.028 77 K 0.170 0.115 0.071 0.138 0.131 0.107 0.107 0.064 0.049 0.030 0.018 78 K 0.148 0.128 0.090 0.209 0.160 0.109 0.080 0.033 0.022 0.014 0.008 79 I 0.059 0.042 0.080 0.080 0.065 0.070 0.119 0.104 0.133 0.140 0.109 80 M 0.059 0.089 0.106 0.184 0.158 0.125 0.132 0.067 0.043 0.023 0.013 81 T 0.075 0.094 0.100 0.130 0.100 0.085 0.117 0.097 0.089 0.068 0.044 82 S 0.136 0.154 0.133 0.152 0.123 0.094 0.092 0.050 0.033 0.020 0.012 83 I 0.155 0.161 0.150 0.213 0.135 0.078 0.062 0.022 0.013 0.007 0.004 84 V 0.083 0.049 0.048 0.067 0.072 0.078 0.138 0.116 0.141 0.125 0.084 85 D 0.124 0.223 0.158 0.250 0.133 0.058 0.032 0.011 0.007 0.003 0.002 86 I 0.114 0.077 0.058 0.071 0.065 0.071 0.125 0.113 0.121 0.107 0.080 87 K 0.229 0.240 0.128 0.180 0.105 0.056 0.034 0.013 0.008 0.004 0.003 88 D 0.146 0.132 0.087 0.139 0.121 0.105 0.114 0.063 0.048 0.029 0.016 89 D 0.314 0.178 0.091 0.151 0.103 0.057 0.048 0.023 0.016 0.011 0.007 90 A 0.303 0.127 0.101 0.108 0.080 0.065 0.083 0.046 0.041 0.029 0.017 91 R 0.255 0.134 0.083 0.153 0.105 0.080 0.088 0.043 0.031 0.019 0.009 92 G 0.213 0.122 0.065 0.109 0.086 0.087 0.099 0.071 0.065 0.049 0.035 93 R 0.184 0.251 0.101 0.166 0.106 0.071 0.056 0.028 0.019 0.012 0.006 94 P 0.437 0.117 0.059 0.120 0.078 0.062 0.052 0.028 0.023 0.015 0.009 95 V 0.200 0.094 0.052 0.101 0.100 0.097 0.134 0.079 0.073 0.044 0.027 96 Q 0.138 0.134 0.127 0.238 0.122 0.088 0.078 0.036 0.023 0.011 0.005 97 K 0.071 0.083 0.096 0.186 0.171 0.144 0.115 0.059 0.041 0.023 0.012 98 A 0.099 0.038 0.078 0.076 0.066 0.089 0.183 0.141 0.117 0.074 0.039 99 K 0.010 0.036 0.084 0.253 0.242 0.175 0.120 0.045 0.023 0.010 0.003 100 I 0.009 0.015 0.048 0.027 0.020 0.027 0.098 0.154 0.234 0.221 0.147 101 E 0.008 0.024 0.083 0.208 0.212 0.188 0.133 0.069 0.041 0.023 0.012 102 I 0.006 0.013 0.043 0.022 0.021 0.030 0.130 0.167 0.247 0.210 0.113 103 T 0.009 0.022 0.051 0.162 0.171 0.145 0.171 0.119 0.086 0.044 0.019 104 L 0.011 0.017 0.031 0.028 0.030 0.046 0.159 0.156 0.220 0.186 0.118 105 V 0.027 0.050 0.067 0.189 0.215 0.150 0.143 0.078 0.050 0.023 0.010 106 K 0.030 0.138 0.082 0.134 0.114 0.133 0.173 0.093 0.058 0.031 0.013 107 S 0.071 0.139 0.095 0.190 0.175 0.123 0.112 0.049 0.029 0.013 0.005 108 E 0.819 0.101 0.042 0.025 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.100 0.133 0.140 0.276 0.161 0.098 0.065 0.017 0.006 0.003 0.001 110 F 0.005 0.008 0.037 0.018 0.021 0.050 0.173 0.182 0.225 0.175 0.108 111 D 0.015 0.025 0.220 0.283 0.191 0.140 0.087 0.024 0.010 0.003 0.001 112 E 0.021 0.046 0.710 0.143 0.051 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.004 0.011 0.200 0.055 0.055 0.099 0.225 0.134 0.112 0.069 0.036 114 M 0.004 0.006 0.209 0.045 0.049 0.083 0.304 0.148 0.093 0.046 0.015 115 A 0.004 0.017 0.854 0.082 0.030 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.008 0.029 0.695 0.080 0.068 0.060 0.045 0.010 0.004 0.001 0.001 117 A 0.023 0.029 0.323 0.078 0.079 0.100 0.179 0.076 0.059 0.037 0.015 118 N 0.146 0.140 0.550 0.079 0.033 0.021 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 119 E 0.118 0.089 0.612 0.126 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.152 0.129 0.455 0.069 0.044 0.050 0.068 0.019 0.008 0.004 0.002 121 K 0.024 0.046 0.581 0.156 0.091 0.052 0.039 0.007 0.003 0.001 0.001 122 E 0.148 0.058 0.704 0.052 0.020 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 123 D 0.023 0.045 0.584 0.195 0.092 0.042 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 124 A 0.021 0.021 0.328 0.029 0.038 0.086 0.230 0.116 0.082 0.039 0.012 125 E 0.014 0.031 0.604 0.212 0.089 0.030 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 126 T 0.014 0.041 0.801 0.051 0.035 0.024 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 127 Q 0.029 0.053 0.551 0.161 0.093 0.052 0.037 0.013 0.007 0.003 0.001 128 V 0.047 0.047 0.340 0.060 0.071 0.086 0.183 0.076 0.052 0.029 0.011 129 Q 0.068 0.126 0.536 0.153 0.065 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 130 N 0.304 0.156 0.247 0.104 0.077 0.043 0.037 0.015 0.010 0.006 0.003