# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.039 0.004 0.003 0.068 0.019 0.015 0.852 2 E 0.183 0.025 0.010 0.259 0.037 0.025 0.461 3 E 0.309 0.022 0.021 0.288 0.048 0.021 0.290 4 I 0.298 0.016 0.036 0.411 0.027 0.021 0.190 5 T 0.235 0.012 0.045 0.426 0.037 0.025 0.220 6 D 0.188 0.006 0.092 0.442 0.080 0.110 0.082 7 G 0.189 0.008 0.072 0.355 0.073 0.186 0.118 8 V 0.305 0.026 0.054 0.239 0.102 0.118 0.156 9 N 0.328 0.013 0.032 0.165 0.116 0.199 0.147 10 N 0.293 0.009 0.041 0.147 0.122 0.194 0.194 11 M 0.382 0.016 0.023 0.099 0.095 0.074 0.311 12 N 0.481 0.022 0.023 0.073 0.045 0.057 0.299 13 L 0.544 0.012 0.020 0.053 0.044 0.029 0.298 14 A 0.602 0.018 0.011 0.052 0.027 0.025 0.266 15 T 0.531 0.022 0.022 0.054 0.080 0.040 0.252 16 D 0.350 0.018 0.035 0.055 0.115 0.112 0.314 17 S 0.150 0.011 0.103 0.076 0.108 0.451 0.101 18 Q 0.086 0.006 0.146 0.051 0.108 0.473 0.130 19 K 0.092 0.011 0.185 0.021 0.172 0.345 0.174 20 K 0.136 0.021 0.100 0.007 0.204 0.317 0.214 21 N 0.274 0.011 0.061 0.003 0.186 0.178 0.288 22 R 0.696 0.014 0.016 0.003 0.054 0.029 0.188 23 I 0.923 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.062 24 Q 0.968 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 25 V 0.887 0.018 0.001 0.002 0.004 0.004 0.084 26 S 0.456 0.008 0.005 0.003 0.061 0.131 0.337 27 N 0.074 0.003 0.013 0.002 0.240 0.515 0.154 28 T 0.105 0.011 0.015 0.003 0.355 0.287 0.225 29 K 0.118 0.019 0.014 0.006 0.415 0.058 0.370 30 K 0.126 0.016 0.006 0.004 0.266 0.010 0.572 31 P 0.147 0.007 0.011 0.008 0.079 0.025 0.723 32 L 0.633 0.010 0.012 0.014 0.114 0.046 0.171 33 F 0.917 0.006 0.003 0.012 0.010 0.006 0.045 34 F 0.934 0.002 0.003 0.028 0.005 0.002 0.026 35 Y 0.918 0.002 0.003 0.046 0.006 0.003 0.022 36 V 0.844 0.005 0.003 0.050 0.016 0.007 0.076 37 N 0.519 0.010 0.007 0.094 0.080 0.018 0.271 38 L 0.064 0.003 0.073 0.586 0.037 0.095 0.142 39 A 0.031 0.003 0.073 0.715 0.023 0.095 0.060 40 K 0.021 0.003 0.071 0.795 0.020 0.037 0.053 41 R 0.031 0.006 0.091 0.727 0.035 0.061 0.049 42 Y 0.035 0.004 0.058 0.700 0.018 0.145 0.039 43 M 0.028 0.006 0.107 0.695 0.029 0.096 0.040 44 Q 0.036 0.005 0.079 0.635 0.051 0.155 0.040 45 Q 0.041 0.008 0.058 0.362 0.080 0.313 0.137 46 Y 0.029 0.010 0.044 0.241 0.130 0.142 0.405 47 N 0.036 0.005 0.039 0.141 0.176 0.232 0.371 48 D 0.121 0.005 0.069 0.266 0.156 0.134 0.248 49 V 0.366 0.015 0.021 0.347 0.033 0.021 0.196 50 E 0.526 0.012 0.008 0.361 0.017 0.013 0.065 51 L 0.553 0.013 0.008 0.307 0.018 0.017 0.083 52 S 0.411 0.008 0.010 0.299 0.050 0.036 0.188 53 A 0.136 0.005 0.041 0.615 0.049 0.062 0.092 54 L 0.073 0.005 0.075 0.620 0.045 0.135 0.047 55 G 0.049 0.002 0.090 0.623 0.055 0.141 0.039 56 M 0.069 0.003 0.086 0.723 0.028 0.055 0.037 57 A 0.105 0.007 0.066 0.713 0.025 0.058 0.025 58 I 0.074 0.003 0.056 0.793 0.011 0.047 0.016 59 A 0.110 0.008 0.053 0.693 0.037 0.067 0.033 60 T 0.125 0.004 0.039 0.553 0.064 0.158 0.059 61 V 0.091 0.004 0.024 0.701 0.021 0.085 0.075 62 V 0.257 0.022 0.012 0.472 0.068 0.042 0.127 63 T 0.222 0.018 0.008 0.494 0.053 0.026 0.177 64 V 0.003 0.001 0.017 0.959 0.001 0.016 0.004 65 T 0.005 0.001 0.033 0.944 0.002 0.014 0.002 66 E 0.006 0.001 0.040 0.942 0.002 0.006 0.003 67 I 0.024 0.001 0.046 0.906 0.004 0.015 0.004 68 L 0.039 0.004 0.032 0.845 0.007 0.061 0.011 69 K 0.031 0.002 0.026 0.799 0.012 0.116 0.014 70 N 0.074 0.007 0.023 0.420 0.144 0.230 0.102 71 N 0.027 0.003 0.019 0.078 0.114 0.594 0.164 72 G 0.038 0.005 0.021 0.045 0.156 0.542 0.192 73 F 0.326 0.026 0.019 0.043 0.082 0.066 0.438 74 A 0.707 0.007 0.008 0.020 0.079 0.020 0.159 75 V 0.898 0.004 0.004 0.014 0.012 0.008 0.060 76 E 0.924 0.003 0.002 0.017 0.011 0.003 0.039 77 K 0.918 0.001 0.003 0.016 0.017 0.003 0.042 78 K 0.862 0.003 0.004 0.014 0.025 0.006 0.086 79 I 0.821 0.006 0.003 0.011 0.022 0.008 0.128 80 M 0.729 0.009 0.003 0.008 0.028 0.021 0.202 81 T 0.647 0.012 0.006 0.008 0.067 0.051 0.208 82 S 0.663 0.006 0.007 0.009 0.076 0.059 0.179 83 I 0.727 0.010 0.016 0.011 0.054 0.049 0.135 84 V 0.767 0.014 0.007 0.008 0.034 0.014 0.156 85 D 0.698 0.015 0.009 0.008 0.037 0.014 0.220 86 I 0.484 0.015 0.081 0.042 0.052 0.086 0.240 87 K 0.312 0.024 0.085 0.057 0.115 0.143 0.265 88 D 0.171 0.013 0.184 0.075 0.121 0.147 0.290 89 D 0.119 0.014 0.124 0.087 0.113 0.325 0.219 90 A 0.104 0.012 0.101 0.084 0.109 0.397 0.192 91 R 0.150 0.016 0.025 0.085 0.186 0.232 0.305 92 G 0.197 0.018 0.006 0.050 0.225 0.068 0.436 93 R 0.377 0.029 0.003 0.034 0.154 0.021 0.382 94 P 0.451 0.030 0.016 0.128 0.060 0.038 0.278 95 V 0.497 0.014 0.036 0.079 0.104 0.039 0.231 96 Q 0.528 0.006 0.064 0.045 0.138 0.045 0.174 97 K 0.724 0.007 0.041 0.036 0.045 0.026 0.121 98 A 0.804 0.005 0.009 0.015 0.038 0.016 0.113 99 K 0.909 0.001 0.002 0.003 0.019 0.011 0.055 100 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 101 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 102 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 T 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 104 L 0.974 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.016 105 V 0.790 0.006 0.002 0.002 0.048 0.010 0.143 106 K 0.419 0.013 0.002 0.005 0.144 0.008 0.410 107 S 0.081 0.008 0.030 0.054 0.162 0.023 0.642 108 E 0.006 0.002 0.175 0.513 0.059 0.224 0.020 109 K 0.003 0.001 0.114 0.648 0.015 0.197 0.021 110 F 0.004 0.003 0.066 0.854 0.006 0.020 0.046 111 D 0.006 0.001 0.025 0.916 0.008 0.016 0.027 112 E 0.006 0.002 0.026 0.931 0.005 0.020 0.010 113 L 0.006 0.003 0.026 0.916 0.007 0.030 0.013 114 M 0.005 0.002 0.023 0.905 0.009 0.033 0.022 115 A 0.006 0.002 0.034 0.806 0.015 0.075 0.063 116 A 0.002 0.002 0.040 0.732 0.017 0.121 0.087 117 A 0.003 0.003 0.027 0.643 0.031 0.187 0.106 118 N 0.004 0.003 0.026 0.496 0.086 0.185 0.200 119 E 0.011 0.003 0.033 0.439 0.173 0.099 0.242 120 E 0.024 0.007 0.037 0.490 0.100 0.086 0.255 121 K 0.013 0.005 0.038 0.784 0.031 0.045 0.085 122 E 0.009 0.003 0.021 0.849 0.030 0.026 0.063 123 D 0.010 0.002 0.018 0.861 0.014 0.040 0.054 124 A 0.019 0.003 0.016 0.831 0.019 0.050 0.063 125 E 0.060 0.003 0.021 0.706 0.036 0.051 0.122 126 T 0.151 0.005 0.023 0.644 0.032 0.031 0.115 127 Q 0.153 0.009 0.018 0.649 0.028 0.040 0.102 128 V 0.146 0.018 0.020 0.508 0.067 0.096 0.146 129 Q 0.087 0.010 0.008 0.341 0.033 0.144 0.378 130 N 0.016 0.001 0.004 0.054 0.037 0.027 0.861