# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.340 0.159 0.259 0.092 0.064 0.024 0.025 0.017 0.010 0.009 0.001 2 E 0.569 0.148 0.145 0.062 0.036 0.013 0.009 0.003 0.012 0.002 0.001 3 E 0.428 0.185 0.267 0.045 0.024 0.030 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 4 I 0.540 0.170 0.115 0.100 0.015 0.037 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 5 T 0.502 0.241 0.107 0.049 0.049 0.014 0.007 0.002 0.025 0.004 0.001 6 D 0.484 0.055 0.232 0.117 0.031 0.026 0.033 0.006 0.010 0.002 0.003 7 G 0.357 0.057 0.134 0.117 0.069 0.016 0.052 0.160 0.008 0.029 0.001 8 V 0.324 0.364 0.152 0.091 0.021 0.021 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 9 N 0.445 0.124 0.114 0.162 0.047 0.023 0.045 0.007 0.015 0.017 0.001 10 N 0.172 0.131 0.101 0.288 0.056 0.061 0.128 0.012 0.047 0.002 0.002 11 M 0.170 0.404 0.218 0.115 0.046 0.020 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 12 N 0.083 0.364 0.256 0.059 0.057 0.102 0.024 0.002 0.050 0.002 0.002 13 L 0.101 0.552 0.206 0.051 0.043 0.024 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 14 A 0.100 0.417 0.278 0.051 0.077 0.036 0.007 0.003 0.026 0.004 0.001 15 T 0.198 0.354 0.181 0.088 0.108 0.026 0.010 0.004 0.025 0.007 0.001 16 D 0.211 0.125 0.279 0.122 0.073 0.062 0.052 0.011 0.048 0.015 0.002 17 S 0.475 0.080 0.137 0.176 0.040 0.021 0.026 0.018 0.013 0.013 0.002 18 Q 0.279 0.081 0.175 0.308 0.029 0.022 0.062 0.014 0.019 0.008 0.001 19 K 0.255 0.115 0.205 0.158 0.033 0.033 0.121 0.041 0.025 0.012 0.001 20 K 0.296 0.216 0.183 0.177 0.032 0.017 0.051 0.007 0.014 0.007 0.001 21 N 0.038 0.088 0.127 0.194 0.045 0.090 0.352 0.018 0.044 0.003 0.001 22 R 0.055 0.489 0.259 0.064 0.068 0.028 0.017 0.002 0.017 0.001 0.001 23 I 0.019 0.658 0.244 0.007 0.020 0.027 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 24 Q 0.012 0.600 0.310 0.003 0.014 0.043 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 25 V 0.043 0.609 0.195 0.041 0.017 0.054 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 26 S 0.017 0.312 0.298 0.009 0.285 0.026 0.006 0.003 0.021 0.022 0.001 27 N 0.485 0.031 0.028 0.261 0.028 0.032 0.096 0.021 0.013 0.004 0.001 28 T 0.318 0.241 0.110 0.252 0.050 0.011 0.005 0.002 0.010 0.002 0.001 29 K 0.220 0.226 0.235 0.156 0.021 0.053 0.037 0.004 0.045 0.002 0.002 30 K 0.045 0.350 0.348 0.002 0.023 0.018 0.017 0.001 0.194 0.001 0.001 31 P 0.080 0.008 0.805 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 32 L 0.184 0.245 0.390 0.061 0.023 0.053 0.020 0.005 0.016 0.001 0.002 33 F 0.158 0.513 0.142 0.029 0.107 0.018 0.008 0.004 0.016 0.004 0.001 34 F 0.153 0.541 0.174 0.022 0.066 0.020 0.004 0.001 0.015 0.003 0.001 35 Y 0.213 0.470 0.157 0.020 0.029 0.065 0.004 0.001 0.038 0.002 0.001 36 V 0.394 0.326 0.137 0.015 0.016 0.071 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 37 N 0.370 0.064 0.104 0.033 0.011 0.301 0.027 0.002 0.084 0.002 0.003 38 L 0.773 0.030 0.020 0.119 0.004 0.031 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 39 A 0.869 0.023 0.047 0.035 0.005 0.007 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 40 K 0.947 0.008 0.009 0.016 0.004 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 41 R 0.958 0.006 0.006 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Y 0.949 0.006 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.941 0.009 0.010 0.030 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 44 Q 0.931 0.014 0.017 0.030 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.638 0.015 0.017 0.302 0.002 0.007 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 46 Y 0.281 0.164 0.259 0.134 0.025 0.032 0.029 0.007 0.066 0.003 0.001 47 N 0.562 0.024 0.078 0.205 0.011 0.017 0.081 0.009 0.004 0.008 0.001 48 D 0.299 0.130 0.105 0.317 0.058 0.021 0.043 0.013 0.008 0.007 0.001 49 V 0.067 0.627 0.219 0.008 0.025 0.021 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 50 E 0.238 0.227 0.386 0.007 0.003 0.112 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 51 L 0.386 0.307 0.132 0.023 0.015 0.092 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 52 S 0.401 0.314 0.135 0.037 0.044 0.038 0.005 0.002 0.021 0.003 0.001 53 A 0.614 0.105 0.093 0.045 0.047 0.040 0.022 0.007 0.019 0.006 0.001 54 L 0.707 0.054 0.091 0.112 0.011 0.014 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 55 G 0.722 0.018 0.028 0.039 0.034 0.006 0.043 0.086 0.002 0.022 0.001 56 M 0.852 0.033 0.023 0.067 0.007 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 57 A 0.900 0.034 0.032 0.022 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 I 0.924 0.019 0.009 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 A 0.893 0.027 0.041 0.020 0.007 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 60 T 0.955 0.007 0.005 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.881 0.066 0.017 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 V 0.797 0.143 0.035 0.010 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 T 0.872 0.051 0.057 0.005 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 V 0.988 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 T 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.977 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 I 0.950 0.010 0.012 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 68 L 0.864 0.022 0.029 0.069 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 69 K 0.667 0.030 0.042 0.201 0.021 0.010 0.014 0.007 0.005 0.004 0.001 70 N 0.189 0.041 0.048 0.535 0.019 0.034 0.094 0.011 0.025 0.003 0.001 71 N 0.059 0.029 0.041 0.193 0.023 0.016 0.592 0.028 0.013 0.005 0.001 72 G 0.051 0.022 0.045 0.016 0.167 0.001 0.024 0.311 0.001 0.361 0.001 73 F 0.143 0.303 0.304 0.103 0.080 0.038 0.008 0.002 0.013 0.003 0.003 74 A 0.062 0.519 0.202 0.028 0.127 0.028 0.008 0.003 0.017 0.005 0.001 75 V 0.052 0.742 0.075 0.031 0.064 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 76 E 0.040 0.472 0.389 0.009 0.030 0.036 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 77 K 0.114 0.429 0.276 0.027 0.049 0.051 0.019 0.002 0.029 0.001 0.002 78 K 0.049 0.520 0.284 0.008 0.039 0.047 0.011 0.001 0.039 0.001 0.001 79 I 0.056 0.642 0.223 0.014 0.023 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 80 M 0.069 0.425 0.309 0.040 0.041 0.080 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 81 T 0.052 0.542 0.101 0.065 0.217 0.008 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 82 S 0.054 0.382 0.123 0.031 0.369 0.005 0.005 0.005 0.009 0.017 0.001 83 I 0.050 0.485 0.305 0.034 0.067 0.034 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 84 V 0.025 0.676 0.163 0.010 0.061 0.022 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 85 D 0.027 0.251 0.532 0.009 0.028 0.115 0.008 0.002 0.026 0.001 0.001 86 I 0.447 0.300 0.131 0.047 0.023 0.030 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 87 K 0.614 0.121 0.087 0.117 0.018 0.020 0.007 0.002 0.011 0.003 0.001 88 D 0.147 0.161 0.158 0.207 0.046 0.080 0.037 0.001 0.161 0.001 0.001 89 D 0.620 0.025 0.139 0.143 0.014 0.016 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 90 A 0.667 0.061 0.073 0.159 0.015 0.009 0.004 0.004 0.005 0.003 0.001 91 R 0.274 0.058 0.120 0.481 0.017 0.009 0.024 0.004 0.010 0.003 0.001 92 G 0.138 0.019 0.191 0.085 0.064 0.008 0.091 0.259 0.004 0.141 0.001 93 R 0.049 0.415 0.398 0.004 0.034 0.013 0.007 0.001 0.077 0.001 0.001 94 P 0.095 0.008 0.805 0.004 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 95 V 0.358 0.257 0.188 0.092 0.027 0.038 0.009 0.002 0.027 0.001 0.001 96 Q 0.239 0.355 0.224 0.040 0.056 0.045 0.014 0.002 0.022 0.002 0.001 97 K 0.137 0.389 0.259 0.061 0.051 0.034 0.020 0.002 0.045 0.001 0.002 98 A 0.077 0.223 0.431 0.068 0.145 0.018 0.013 0.008 0.009 0.007 0.002 99 K 0.025 0.512 0.217 0.030 0.170 0.019 0.008 0.003 0.012 0.002 0.001 100 I 0.003 0.805 0.117 0.002 0.051 0.009 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 101 E 0.006 0.679 0.266 0.003 0.013 0.024 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 102 I 0.001 0.891 0.066 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 103 T 0.002 0.782 0.141 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 104 L 0.007 0.587 0.299 0.002 0.013 0.068 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 105 V 0.017 0.668 0.134 0.013 0.109 0.027 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 106 K 0.039 0.324 0.487 0.048 0.035 0.046 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 107 S 0.020 0.128 0.552 0.004 0.226 0.026 0.003 0.002 0.023 0.015 0.001 108 E 0.972 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.890 0.017 0.017 0.061 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 110 F 0.971 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 D 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.972 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 M 0.972 0.003 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.984 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.931 0.001 0.008 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.799 0.007 0.038 0.140 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 118 N 0.705 0.022 0.063 0.104 0.007 0.029 0.048 0.010 0.010 0.003 0.001 119 E 0.809 0.034 0.054 0.066 0.011 0.005 0.011 0.004 0.003 0.003 0.001 120 E 0.821 0.019 0.059 0.061 0.008 0.014 0.007 0.004 0.005 0.002 0.001 121 K 0.846 0.024 0.030 0.077 0.005 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 122 E 0.874 0.025 0.055 0.027 0.006 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 123 D 0.779 0.015 0.063 0.115 0.005 0.012 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 124 A 0.819 0.024 0.075 0.054 0.006 0.008 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 125 E 0.854 0.025 0.036 0.068 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 126 T 0.765 0.069 0.057 0.069 0.025 0.004 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 127 Q 0.684 0.091 0.074 0.103 0.017 0.012 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 128 V 0.474 0.213 0.170 0.072 0.024 0.022 0.006 0.002 0.016 0.001 0.001 129 Q 0.378 0.183 0.185 0.145 0.019 0.036 0.020 0.003 0.028 0.002 0.001 130 N 0.249 0.172 0.232 0.119 0.072 0.031 0.057 0.022 0.028 0.018 0.001