# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.104 0.138 0.049 0.012 0.158 0.010 0.021 0.198 0.139 0.119 0.052 2 E 0.051 0.164 0.044 0.008 0.165 0.010 0.022 0.322 0.156 0.039 0.020 3 E 0.146 0.137 0.033 0.003 0.227 0.005 0.027 0.280 0.052 0.048 0.040 4 I 0.168 0.092 0.026 0.010 0.178 0.010 0.020 0.232 0.083 0.121 0.060 5 T 0.029 0.120 0.080 0.052 0.078 0.048 0.049 0.387 0.106 0.040 0.012 6 D 0.028 0.058 0.057 0.032 0.045 0.029 0.061 0.476 0.140 0.057 0.017 7 G 0.031 0.047 0.043 0.048 0.046 0.038 0.064 0.429 0.110 0.117 0.027 8 V 0.097 0.084 0.023 0.028 0.122 0.044 0.064 0.289 0.107 0.096 0.046 9 N 0.033 0.085 0.052 0.078 0.068 0.101 0.118 0.264 0.086 0.086 0.029 10 N 0.138 0.074 0.037 0.020 0.161 0.015 0.021 0.075 0.062 0.309 0.088 11 M 0.162 0.218 0.056 0.009 0.332 0.008 0.014 0.060 0.044 0.051 0.045 12 N 0.242 0.137 0.032 0.005 0.388 0.005 0.017 0.048 0.023 0.040 0.064 13 L 0.234 0.143 0.024 0.005 0.318 0.007 0.016 0.079 0.059 0.058 0.058 14 A 0.163 0.203 0.083 0.012 0.305 0.014 0.029 0.073 0.028 0.047 0.042 15 T 0.128 0.201 0.057 0.020 0.250 0.019 0.032 0.114 0.058 0.075 0.047 16 D 0.085 0.203 0.197 0.045 0.154 0.025 0.025 0.107 0.061 0.065 0.033 17 S 0.063 0.087 0.044 0.022 0.095 0.024 0.055 0.307 0.167 0.101 0.035 18 Q 0.079 0.176 0.056 0.036 0.133 0.033 0.058 0.167 0.096 0.119 0.046 19 K 0.133 0.154 0.072 0.030 0.217 0.019 0.039 0.091 0.066 0.118 0.062 20 K 0.142 0.145 0.039 0.023 0.215 0.045 0.094 0.114 0.054 0.080 0.049 21 N 0.261 0.147 0.034 0.012 0.382 0.005 0.006 0.013 0.011 0.056 0.072 22 R 0.283 0.100 0.022 0.007 0.445 0.010 0.019 0.026 0.018 0.029 0.042 23 I 0.268 0.134 0.009 0.001 0.535 0.002 0.003 0.006 0.003 0.006 0.031 24 Q 0.211 0.167 0.035 0.002 0.541 0.002 0.003 0.007 0.002 0.006 0.023 25 V 0.301 0.119 0.026 0.015 0.283 0.026 0.025 0.030 0.016 0.048 0.111 26 S 0.084 0.228 0.139 0.121 0.236 0.035 0.027 0.044 0.034 0.023 0.029 27 N 0.025 0.029 0.017 0.014 0.033 0.021 0.036 0.236 0.353 0.210 0.026 28 T 0.026 0.196 0.123 0.024 0.107 0.011 0.055 0.145 0.152 0.143 0.016 29 K 0.161 0.120 0.122 0.030 0.146 0.025 0.059 0.060 0.065 0.122 0.090 30 K 0.019 0.491 0.322 0.009 0.124 0.003 0.011 0.012 0.003 0.002 0.005 31 P 0.132 0.385 0.049 0.003 0.348 0.005 0.009 0.023 0.011 0.011 0.025 32 L 0.248 0.107 0.015 0.008 0.479 0.015 0.027 0.029 0.023 0.020 0.030 33 F 0.239 0.086 0.008 0.006 0.581 0.013 0.013 0.018 0.007 0.006 0.022 34 F 0.158 0.133 0.011 0.008 0.615 0.006 0.011 0.027 0.005 0.006 0.019 35 Y 0.332 0.071 0.006 0.001 0.465 0.002 0.004 0.035 0.005 0.019 0.060 36 V 0.131 0.216 0.040 0.013 0.305 0.024 0.024 0.102 0.019 0.042 0.085 37 N 0.288 0.134 0.025 0.002 0.427 0.002 0.005 0.032 0.004 0.007 0.074 38 L 0.022 0.013 0.005 0.001 0.014 0.001 0.002 0.547 0.291 0.089 0.015 39 A 0.003 0.030 0.012 0.004 0.009 0.005 0.014 0.812 0.097 0.014 0.001 40 K 0.003 0.008 0.002 0.001 0.007 0.002 0.010 0.892 0.068 0.006 0.001 41 R 0.005 0.004 0.004 0.002 0.005 0.004 0.016 0.910 0.041 0.007 0.002 42 Y 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.007 0.874 0.076 0.021 0.002 43 M 0.009 0.011 0.002 0.001 0.014 0.004 0.011 0.753 0.162 0.028 0.004 44 Q 0.005 0.012 0.007 0.003 0.006 0.004 0.058 0.761 0.120 0.019 0.004 45 Q 0.007 0.017 0.014 0.008 0.012 0.023 0.217 0.467 0.115 0.111 0.007 46 Y 0.075 0.451 0.089 0.013 0.241 0.004 0.009 0.034 0.017 0.031 0.034 47 N 0.014 0.026 0.017 0.048 0.019 0.099 0.089 0.316 0.160 0.178 0.035 48 D 0.218 0.084 0.019 0.003 0.282 0.003 0.014 0.103 0.060 0.130 0.084 49 V 0.128 0.223 0.041 0.005 0.387 0.003 0.005 0.111 0.045 0.023 0.028 50 E 0.177 0.166 0.021 0.003 0.377 0.004 0.017 0.151 0.023 0.013 0.050 51 L 0.103 0.042 0.007 0.004 0.123 0.005 0.011 0.385 0.207 0.060 0.051 52 S 0.006 0.015 0.009 0.011 0.011 0.035 0.133 0.635 0.122 0.019 0.005 53 A 0.013 0.031 0.016 0.004 0.022 0.004 0.025 0.648 0.160 0.066 0.009 54 L 0.013 0.048 0.020 0.009 0.027 0.020 0.049 0.596 0.180 0.030 0.008 55 G 0.010 0.013 0.008 0.026 0.012 0.020 0.029 0.489 0.221 0.147 0.026 56 M 0.024 0.013 0.003 0.003 0.024 0.005 0.022 0.657 0.211 0.026 0.012 57 A 0.010 0.016 0.005 0.004 0.022 0.006 0.026 0.767 0.128 0.013 0.004 58 I 0.035 0.014 0.003 0.003 0.040 0.006 0.053 0.657 0.149 0.032 0.009 59 A 0.043 0.037 0.010 0.006 0.060 0.020 0.058 0.606 0.120 0.025 0.014 60 T 0.010 0.030 0.005 0.003 0.035 0.006 0.050 0.743 0.103 0.011 0.004 61 V 0.130 0.028 0.006 0.002 0.093 0.006 0.025 0.446 0.153 0.083 0.027 62 V 0.032 0.128 0.020 0.005 0.147 0.007 0.025 0.533 0.083 0.009 0.010 63 T 0.057 0.217 0.026 0.001 0.137 0.001 0.006 0.507 0.031 0.007 0.009 64 V 0.034 0.004 0.001 0.001 0.018 0.003 0.008 0.748 0.153 0.016 0.014 65 T 0.007 0.012 0.002 0.006 0.016 0.015 0.036 0.811 0.087 0.007 0.002 66 E 0.038 0.027 0.006 0.002 0.045 0.001 0.008 0.791 0.060 0.016 0.006 67 I 0.009 0.025 0.006 0.004 0.031 0.007 0.022 0.820 0.064 0.011 0.002 68 L 0.014 0.029 0.012 0.005 0.020 0.007 0.035 0.732 0.116 0.020 0.010 69 K 0.011 0.014 0.009 0.004 0.007 0.013 0.155 0.685 0.081 0.013 0.008 70 N 0.023 0.320 0.100 0.038 0.089 0.044 0.087 0.155 0.040 0.087 0.017 71 N 0.033 0.309 0.281 0.107 0.055 0.014 0.018 0.022 0.015 0.097 0.050 72 G 0.026 0.052 0.112 0.347 0.021 0.123 0.018 0.047 0.026 0.151 0.077 73 F 0.162 0.181 0.028 0.014 0.405 0.007 0.015 0.065 0.038 0.034 0.051 74 A 0.195 0.180 0.033 0.004 0.463 0.005 0.012 0.039 0.019 0.015 0.034 75 V 0.230 0.197 0.030 0.005 0.418 0.005 0.014 0.040 0.017 0.019 0.026 76 E 0.383 0.063 0.022 0.016 0.315 0.023 0.041 0.038 0.015 0.022 0.061 77 K 0.091 0.265 0.053 0.028 0.414 0.031 0.026 0.046 0.018 0.012 0.015 78 K 0.312 0.108 0.014 0.004 0.447 0.006 0.011 0.024 0.008 0.015 0.051 79 I 0.247 0.123 0.025 0.015 0.424 0.015 0.015 0.026 0.013 0.030 0.067 80 M 0.294 0.079 0.021 0.018 0.288 0.023 0.049 0.038 0.025 0.062 0.104 81 T 0.132 0.252 0.094 0.045 0.269 0.024 0.018 0.027 0.030 0.052 0.056 82 S 0.136 0.169 0.064 0.027 0.288 0.022 0.049 0.094 0.059 0.051 0.042 83 I 0.254 0.087 0.021 0.008 0.277 0.015 0.049 0.064 0.085 0.077 0.065 84 V 0.134 0.289 0.058 0.011 0.400 0.010 0.012 0.021 0.018 0.017 0.031 85 D 0.315 0.124 0.024 0.002 0.417 0.002 0.005 0.018 0.008 0.022 0.066 86 I 0.226 0.174 0.031 0.009 0.271 0.012 0.018 0.080 0.056 0.059 0.063 87 K 0.076 0.206 0.108 0.062 0.183 0.069 0.057 0.083 0.053 0.067 0.036 88 D 0.151 0.147 0.060 0.016 0.278 0.011 0.023 0.105 0.066 0.080 0.064 89 D 0.061 0.046 0.026 0.007 0.070 0.008 0.028 0.310 0.260 0.144 0.040 90 A 0.024 0.094 0.041 0.017 0.056 0.036 0.100 0.367 0.177 0.076 0.011 91 R 0.042 0.189 0.126 0.074 0.105 0.029 0.069 0.138 0.057 0.129 0.041 92 G 0.069 0.089 0.165 0.071 0.069 0.025 0.025 0.064 0.051 0.264 0.108 93 R 0.012 0.502 0.331 0.008 0.102 0.003 0.005 0.028 0.005 0.002 0.002 94 P 0.213 0.230 0.043 0.003 0.334 0.003 0.011 0.091 0.025 0.014 0.033 95 V 0.145 0.169 0.058 0.032 0.227 0.056 0.063 0.132 0.054 0.034 0.029 96 Q 0.102 0.181 0.039 0.027 0.319 0.039 0.069 0.168 0.026 0.014 0.015 97 K 0.300 0.074 0.014 0.014 0.267 0.021 0.036 0.091 0.037 0.072 0.072 98 A 0.093 0.326 0.051 0.007 0.468 0.007 0.010 0.013 0.004 0.010 0.012 99 K 0.350 0.077 0.008 0.002 0.451 0.004 0.010 0.010 0.004 0.020 0.064 100 I 0.246 0.122 0.007 0.001 0.599 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 101 E 0.214 0.078 0.005 0.002 0.678 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.013 102 I 0.301 0.057 0.002 0.001 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 103 T 0.187 0.110 0.008 0.002 0.658 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.022 104 L 0.315 0.105 0.013 0.004 0.422 0.005 0.009 0.011 0.005 0.020 0.090 105 V 0.080 0.376 0.089 0.013 0.290 0.015 0.034 0.036 0.015 0.025 0.027 106 K 0.187 0.159 0.059 0.015 0.199 0.014 0.027 0.035 0.030 0.116 0.158 107 S 0.064 0.317 0.150 0.040 0.194 0.012 0.009 0.074 0.070 0.042 0.029 108 E 0.003 0.013 0.009 0.006 0.009 0.023 0.038 0.552 0.320 0.025 0.003 109 K 0.010 0.029 0.012 0.003 0.015 0.002 0.020 0.672 0.113 0.110 0.011 110 F 0.008 0.008 0.002 0.001 0.008 0.002 0.005 0.755 0.137 0.066 0.006 111 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.892 0.083 0.006 0.002 112 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.915 0.060 0.008 0.001 113 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.910 0.049 0.020 0.001 114 M 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.878 0.085 0.020 0.002 115 A 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.002 0.012 0.888 0.072 0.007 0.001 116 A 0.002 0.006 0.004 0.002 0.004 0.003 0.025 0.833 0.084 0.035 0.003 117 A 0.008 0.044 0.017 0.005 0.018 0.008 0.028 0.741 0.086 0.040 0.005 118 N 0.019 0.057 0.023 0.008 0.032 0.009 0.023 0.588 0.142 0.084 0.016 119 E 0.007 0.027 0.014 0.004 0.015 0.006 0.022 0.740 0.120 0.040 0.005 120 E 0.018 0.052 0.018 0.003 0.026 0.004 0.017 0.684 0.104 0.061 0.012 121 K 0.009 0.022 0.007 0.003 0.019 0.003 0.009 0.787 0.117 0.020 0.005 122 E 0.006 0.023 0.008 0.003 0.016 0.008 0.028 0.828 0.068 0.010 0.003 123 D 0.029 0.020 0.008 0.002 0.034 0.003 0.017 0.676 0.073 0.121 0.017 124 A 0.042 0.070 0.015 0.001 0.071 0.001 0.004 0.686 0.066 0.034 0.009 125 E 0.030 0.019 0.004 0.002 0.043 0.005 0.021 0.729 0.099 0.035 0.012 126 T 0.039 0.081 0.016 0.003 0.098 0.004 0.020 0.623 0.084 0.024 0.008 127 Q 0.043 0.043 0.013 0.003 0.093 0.006 0.029 0.647 0.081 0.029 0.012 128 V 0.078 0.068 0.012 0.004 0.117 0.007 0.026 0.506 0.106 0.053 0.024 129 Q 0.066 0.078 0.024 0.010 0.100 0.019 0.062 0.377 0.117 0.112 0.034 130 N 0.075 0.167 0.060 0.013 0.162 0.015 0.043 0.234 0.095 0.102 0.036