# TARGET T0205 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0205.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.40851 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.649 0.215 0.082 0.040 0.011 0.002 0.001 2 E 0.631 0.256 0.082 0.024 0.006 0.001 0.001 3 E 0.278 0.409 0.216 0.080 0.015 0.002 0.001 4 I 0.031 0.054 0.126 0.329 0.349 0.106 0.005 5 T 0.112 0.252 0.319 0.215 0.083 0.017 0.002 6 D 0.304 0.392 0.188 0.082 0.025 0.008 0.001 7 G 0.111 0.124 0.189 0.264 0.213 0.091 0.008 8 V 0.103 0.116 0.170 0.235 0.223 0.135 0.019 9 N 0.286 0.292 0.198 0.133 0.061 0.027 0.004 10 N 0.226 0.252 0.215 0.170 0.090 0.040 0.006 11 M 0.100 0.093 0.137 0.216 0.257 0.169 0.029 12 N 0.215 0.287 0.233 0.149 0.074 0.036 0.007 13 L 0.150 0.145 0.178 0.241 0.210 0.069 0.006 14 A 0.292 0.320 0.210 0.120 0.046 0.011 0.001 15 T 0.369 0.315 0.185 0.099 0.027 0.004 0.001 16 D 0.730 0.201 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 17 S 0.736 0.194 0.053 0.015 0.002 0.001 0.001 18 Q 0.693 0.205 0.072 0.025 0.004 0.001 0.001 19 K 0.676 0.241 0.066 0.015 0.002 0.001 0.001 20 K 0.429 0.373 0.149 0.041 0.007 0.001 0.001 21 N 0.067 0.131 0.234 0.329 0.196 0.042 0.002 22 R 0.043 0.157 0.258 0.283 0.189 0.066 0.005 23 I 0.032 0.045 0.080 0.181 0.303 0.310 0.051 24 Q 0.052 0.197 0.254 0.246 0.151 0.085 0.014 25 V 0.045 0.092 0.155 0.247 0.245 0.180 0.037 26 S 0.153 0.165 0.184 0.224 0.171 0.087 0.017 27 N 0.357 0.268 0.181 0.112 0.054 0.023 0.005 28 T 0.396 0.275 0.177 0.101 0.037 0.012 0.002 29 K 0.286 0.242 0.197 0.153 0.089 0.030 0.003 30 K 0.281 0.277 0.217 0.135 0.063 0.023 0.003 31 P 0.229 0.245 0.204 0.170 0.098 0.048 0.007 32 L 0.086 0.097 0.137 0.200 0.260 0.186 0.035 33 F 0.103 0.123 0.149 0.212 0.209 0.160 0.043 34 F 0.144 0.123 0.174 0.211 0.171 0.134 0.043 35 Y 0.170 0.108 0.095 0.121 0.179 0.230 0.097 36 V 0.144 0.088 0.107 0.182 0.200 0.193 0.085 37 N 0.192 0.207 0.203 0.191 0.100 0.076 0.030 38 L 0.231 0.106 0.117 0.167 0.155 0.158 0.067 39 A 0.155 0.099 0.082 0.136 0.178 0.269 0.081 40 K 0.199 0.221 0.189 0.197 0.117 0.065 0.012 41 R 0.250 0.266 0.196 0.174 0.077 0.033 0.004 42 Y 0.185 0.147 0.147 0.211 0.199 0.104 0.007 43 M 0.200 0.234 0.211 0.184 0.117 0.051 0.003 44 Q 0.421 0.307 0.168 0.078 0.022 0.004 0.001 45 Q 0.385 0.299 0.189 0.093 0.028 0.005 0.001 46 Y 0.220 0.186 0.213 0.217 0.131 0.032 0.002 47 N 0.575 0.264 0.103 0.041 0.013 0.004 0.001 48 D 0.366 0.289 0.201 0.100 0.036 0.006 0.001 49 V 0.125 0.086 0.125 0.259 0.261 0.129 0.015 50 E 0.179 0.251 0.201 0.169 0.112 0.071 0.016 51 L 0.272 0.156 0.127 0.166 0.161 0.097 0.021 52 S 0.267 0.207 0.197 0.188 0.090 0.043 0.009 53 A 0.253 0.156 0.138 0.144 0.122 0.135 0.053 54 L 0.293 0.148 0.142 0.141 0.121 0.108 0.048 55 G 0.323 0.171 0.130 0.133 0.113 0.091 0.040 56 M 0.308 0.212 0.161 0.136 0.087 0.058 0.037 57 A 0.239 0.151 0.142 0.140 0.137 0.138 0.053 58 I 0.142 0.112 0.144 0.186 0.177 0.160 0.079 59 A 0.155 0.159 0.173 0.172 0.129 0.140 0.071 60 T 0.208 0.109 0.118 0.173 0.160 0.136 0.096 61 V 0.146 0.098 0.079 0.121 0.148 0.226 0.182 62 V 0.045 0.060 0.081 0.174 0.169 0.263 0.209 63 T 0.035 0.052 0.087 0.162 0.195 0.267 0.203 64 V 0.021 0.033 0.041 0.084 0.163 0.388 0.270 65 T 0.016 0.031 0.059 0.156 0.251 0.331 0.156 66 E 0.026 0.080 0.113 0.173 0.191 0.286 0.131 67 I 0.018 0.044 0.064 0.125 0.220 0.332 0.197 68 L 0.012 0.026 0.048 0.117 0.249 0.396 0.151 69 K 0.040 0.119 0.180 0.249 0.207 0.156 0.049 70 N 0.060 0.085 0.131 0.208 0.243 0.219 0.055 71 N 0.110 0.182 0.219 0.226 0.151 0.092 0.021 72 G 0.182 0.160 0.156 0.164 0.166 0.132 0.041 73 F 0.167 0.138 0.157 0.174 0.152 0.144 0.069 74 A 0.181 0.101 0.099 0.150 0.183 0.193 0.092 75 V 0.119 0.110 0.113 0.156 0.182 0.196 0.122 76 E 0.105 0.103 0.112 0.170 0.195 0.209 0.106 77 K 0.121 0.143 0.170 0.171 0.140 0.141 0.114 78 K 0.118 0.134 0.140 0.172 0.165 0.182 0.090 79 I 0.083 0.076 0.092 0.133 0.188 0.274 0.154 80 M 0.142 0.145 0.129 0.183 0.168 0.174 0.059 81 T 0.098 0.133 0.165 0.194 0.183 0.165 0.062 82 S 0.080 0.101 0.121 0.201 0.233 0.211 0.053 83 I 0.091 0.215 0.250 0.221 0.135 0.070 0.018 84 V 0.073 0.084 0.118 0.210 0.296 0.191 0.030 85 D 0.163 0.331 0.280 0.147 0.058 0.018 0.003 86 I 0.083 0.103 0.168 0.272 0.277 0.092 0.006 87 K 0.327 0.331 0.209 0.096 0.030 0.006 0.001 88 D 0.574 0.251 0.103 0.052 0.017 0.004 0.001 89 D 0.533 0.237 0.127 0.073 0.024 0.005 0.001 90 A 0.454 0.232 0.147 0.113 0.044 0.009 0.001 91 R 0.501 0.277 0.132 0.061 0.022 0.006 0.001 92 G 0.642 0.193 0.085 0.051 0.022 0.006 0.001 93 R 0.551 0.253 0.118 0.052 0.019 0.006 0.001 94 P 0.548 0.231 0.113 0.069 0.028 0.008 0.001 95 V 0.398 0.244 0.164 0.110 0.057 0.022 0.004 96 Q 0.390 0.286 0.162 0.101 0.045 0.014 0.002 97 K 0.183 0.249 0.255 0.183 0.089 0.032 0.007 98 A 0.081 0.106 0.135 0.229 0.239 0.169 0.039 99 K 0.075 0.147 0.222 0.245 0.177 0.097 0.036 100 I 0.091 0.102 0.103 0.172 0.213 0.251 0.068 101 E 0.065 0.123 0.219 0.253 0.188 0.114 0.039 102 I 0.046 0.058 0.079 0.138 0.207 0.349 0.123 103 T 0.047 0.084 0.154 0.265 0.247 0.158 0.045 104 L 0.072 0.097 0.090 0.141 0.205 0.311 0.085 105 V 0.102 0.169 0.228 0.266 0.147 0.069 0.019 106 K 0.116 0.207 0.214 0.211 0.160 0.084 0.008 107 S 0.174 0.233 0.241 0.209 0.111 0.029 0.004 108 E 0.461 0.329 0.134 0.053 0.018 0.005 0.001 109 K 0.289 0.301 0.229 0.131 0.041 0.009 0.001 110 F 0.121 0.097 0.134 0.271 0.275 0.098 0.004 111 D 0.302 0.302 0.220 0.121 0.045 0.010 0.001 112 E 0.399 0.358 0.159 0.064 0.017 0.004 0.001 113 L 0.153 0.098 0.143 0.277 0.251 0.074 0.004 114 M 0.225 0.180 0.222 0.227 0.119 0.027 0.001 115 A 0.540 0.321 0.104 0.028 0.005 0.001 0.001 116 A 0.404 0.349 0.178 0.058 0.010 0.001 0.001 117 A 0.271 0.250 0.233 0.166 0.070 0.010 0.001 118 N 0.655 0.243 0.072 0.024 0.006 0.001 0.001 119 E 0.786 0.170 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 120 E 0.702 0.184 0.069 0.034 0.009 0.001 0.001 121 K 0.623 0.250 0.091 0.030 0.006 0.001 0.001 122 E 0.795 0.160 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 123 D 0.646 0.227 0.088 0.032 0.006 0.001 0.001 124 A 0.376 0.183 0.189 0.176 0.069 0.007 0.001 125 E 0.636 0.246 0.086 0.027 0.004 0.001 0.001 126 T 0.669 0.202 0.079 0.038 0.010 0.001 0.001 127 Q 0.561 0.229 0.123 0.062 0.020 0.004 0.001 128 V 0.682 0.201 0.075 0.032 0.009 0.001 0.001 129 Q 0.727 0.184 0.064 0.020 0.005 0.001 0.001 130 N 0.796 0.140 0.043 0.016 0.005 0.001 0.001