# TARGET T0204 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0204.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.005 0.001 0.007 0.054 0.923 2 T 0.031 0.044 0.006 0.031 0.099 0.789 3 S 0.033 0.019 0.020 0.060 0.310 0.557 4 P 0.021 0.010 0.144 0.214 0.416 0.196 5 S 0.012 0.007 0.147 0.272 0.416 0.147 6 H 0.018 0.013 0.147 0.241 0.414 0.168 7 A 0.032 0.038 0.098 0.272 0.350 0.210 8 S 0.030 0.012 0.060 0.250 0.355 0.293 9 D 0.030 0.016 0.074 0.270 0.327 0.283 10 R 0.025 0.020 0.064 0.160 0.340 0.391 11 G 0.038 0.019 0.045 0.122 0.332 0.445 12 G 0.038 0.013 0.043 0.100 0.407 0.399 13 G 0.021 0.011 0.033 0.075 0.392 0.467 14 D 0.029 0.017 0.084 0.079 0.411 0.381 15 G 0.024 0.012 0.076 0.071 0.429 0.388 16 D 0.028 0.020 0.063 0.052 0.377 0.460 17 S 0.053 0.077 0.049 0.056 0.306 0.459 18 V 0.037 0.029 0.028 0.027 0.437 0.443 19 E 0.017 0.018 0.135 0.039 0.565 0.226 20 N 0.016 0.009 0.083 0.033 0.616 0.242 21 Q 0.038 0.021 0.092 0.042 0.524 0.283 22 S 0.051 0.034 0.029 0.047 0.379 0.461 23 P 0.053 0.011 0.045 0.055 0.297 0.538 24 E 0.212 0.027 0.132 0.120 0.282 0.226 25 L 0.406 0.034 0.085 0.085 0.236 0.154 26 R 0.474 0.061 0.044 0.049 0.234 0.139 27 K 0.423 0.037 0.055 0.041 0.248 0.196 28 D 0.115 0.013 0.064 0.010 0.560 0.237 29 P 0.025 0.005 0.194 0.007 0.663 0.106 30 V 0.027 0.008 0.235 0.006 0.674 0.049 31 T 0.054 0.018 0.062 0.002 0.830 0.033 32 N 0.034 0.003 0.022 0.001 0.828 0.112 33 R 0.531 0.008 0.005 0.001 0.271 0.185 34 W 0.944 0.006 0.001 0.001 0.018 0.031 35 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.004 0.029 36 I 0.974 0.004 0.001 0.001 0.005 0.017 37 F 0.899 0.008 0.001 0.001 0.018 0.075 38 S 0.591 0.003 0.008 0.001 0.128 0.268 39 P 0.248 0.006 0.097 0.004 0.296 0.350 40 A 0.102 0.012 0.230 0.006 0.415 0.234 41 R 0.078 0.012 0.309 0.007 0.409 0.185 42 A 0.070 0.008 0.050 0.006 0.535 0.331 43 K 0.062 0.036 0.016 0.006 0.346 0.534 44 R 0.109 0.039 0.009 0.011 0.276 0.556 45 P 0.113 0.023 0.053 0.046 0.313 0.451 46 T 0.125 0.037 0.109 0.063 0.391 0.275 47 D 0.093 0.013 0.160 0.089 0.385 0.260 48 F 0.079 0.017 0.108 0.068 0.475 0.253 49 K 0.067 0.015 0.088 0.096 0.444 0.291 50 S 0.090 0.030 0.052 0.098 0.324 0.405 51 K 0.077 0.031 0.043 0.091 0.337 0.421 52 S 0.068 0.023 0.023 0.050 0.365 0.472 53 P 0.063 0.019 0.065 0.065 0.414 0.375 54 Q 0.053 0.019 0.083 0.055 0.446 0.344 55 N 0.081 0.023 0.070 0.045 0.377 0.405 56 P 0.057 0.035 0.045 0.033 0.256 0.574 57 N 0.043 0.036 0.053 0.031 0.243 0.593 58 P 0.030 0.026 0.080 0.030 0.298 0.535 59 K 0.016 0.028 0.113 0.040 0.357 0.446 60 P 0.015 0.032 0.196 0.021 0.521 0.216 61 S 0.013 0.008 0.129 0.026 0.587 0.237 62 S 0.021 0.034 0.125 0.029 0.561 0.230 63 C 0.033 0.129 0.033 0.014 0.653 0.138 64 P 0.043 0.012 0.021 0.014 0.619 0.291 65 F 0.069 0.057 0.036 0.021 0.566 0.252 66 C 0.088 0.141 0.018 0.013 0.604 0.135 67 I 0.111 0.033 0.014 0.021 0.503 0.319 68 G 0.055 0.017 0.014 0.010 0.585 0.319 69 R 0.050 0.028 0.018 0.016 0.573 0.314 70 E 0.046 0.032 0.040 0.033 0.393 0.456 71 Q 0.051 0.026 0.062 0.047 0.465 0.350 72 E 0.075 0.053 0.042 0.053 0.458 0.319 73 C 0.054 0.043 0.021 0.065 0.355 0.462 74 A 0.028 0.010 0.023 0.032 0.401 0.507 75 P 0.031 0.014 0.160 0.081 0.438 0.276 76 E 0.072 0.010 0.255 0.103 0.370 0.190 77 L 0.224 0.010 0.256 0.125 0.258 0.127 78 F 0.519 0.023 0.083 0.080 0.154 0.141 79 R 0.482 0.007 0.040 0.078 0.154 0.240 80 V 0.486 0.015 0.026 0.068 0.124 0.281 81 P 0.332 0.025 0.024 0.051 0.199 0.370 82 D 0.196 0.016 0.018 0.029 0.319 0.422 83 H 0.102 0.020 0.020 0.016 0.363 0.479 84 D 0.067 0.028 0.020 0.006 0.604 0.276 85 P 0.051 0.021 0.020 0.008 0.608 0.292 86 N 0.042 0.005 0.009 0.003 0.496 0.444 87 W 0.174 0.010 0.011 0.006 0.524 0.276 88 K 0.333 0.013 0.010 0.006 0.230 0.408 89 L 0.877 0.009 0.004 0.005 0.038 0.067 90 R 0.952 0.003 0.002 0.002 0.013 0.028 91 V 0.928 0.008 0.001 0.002 0.014 0.047 92 I 0.806 0.012 0.004 0.004 0.109 0.066 93 E 0.398 0.010 0.014 0.006 0.387 0.185 94 N 0.113 0.005 0.015 0.004 0.659 0.204 95 L 0.171 0.035 0.021 0.007 0.517 0.249 96 Y 0.186 0.085 0.007 0.006 0.199 0.517 97 P 0.167 0.019 0.025 0.016 0.270 0.502 98 A 0.290 0.026 0.038 0.021 0.247 0.378 99 L 0.291 0.050 0.051 0.041 0.274 0.294 100 S 0.260 0.028 0.049 0.044 0.350 0.268 101 R 0.233 0.018 0.058 0.058 0.328 0.305 102 N 0.146 0.026 0.041 0.043 0.369 0.376 103 L 0.104 0.037 0.041 0.036 0.439 0.343 104 E 0.075 0.025 0.038 0.041 0.365 0.456 105 T 0.052 0.043 0.074 0.052 0.419 0.360 106 Q 0.036 0.020 0.064 0.060 0.461 0.358 107 S 0.036 0.021 0.048 0.058 0.399 0.438 108 T 0.036 0.037 0.049 0.059 0.411 0.409 109 Q 0.028 0.033 0.048 0.061 0.530 0.300 110 P 0.028 0.019 0.067 0.053 0.584 0.249 111 E 0.024 0.014 0.056 0.066 0.605 0.235 112 T 0.044 0.020 0.046 0.052 0.566 0.273 113 G 0.066 0.016 0.034 0.053 0.431 0.400 114 T 0.145 0.035 0.074 0.069 0.378 0.299 115 S 0.241 0.022 0.079 0.060 0.330 0.268 116 R 0.430 0.025 0.068 0.052 0.217 0.209 117 T 0.523 0.017 0.039 0.028 0.180 0.213 118 I 0.538 0.016 0.025 0.020 0.178 0.224 119 V 0.565 0.010 0.026 0.011 0.166 0.222 120 G 0.494 0.006 0.023 0.007 0.220 0.249 121 F 0.541 0.010 0.015 0.004 0.183 0.247 122 G 0.732 0.019 0.006 0.001 0.100 0.143 123 F 0.772 0.006 0.002 0.001 0.070 0.151 124 H 0.897 0.003 0.001 0.001 0.021 0.078 125 D 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 126 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 127 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 128 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.023 129 E 0.864 0.016 0.001 0.001 0.018 0.101 130 S 0.250 0.023 0.002 0.001 0.527 0.199 131 P 0.011 0.002 0.015 0.001 0.919 0.052 132 V 0.003 0.003 0.026 0.001 0.946 0.021 133 H 0.006 0.013 0.057 0.004 0.894 0.027 134 S 0.013 0.017 0.027 0.007 0.588 0.348 135 I 0.060 0.085 0.037 0.010 0.473 0.333 136 Q 0.100 0.091 0.048 0.013 0.443 0.305 137 L 0.037 0.024 0.562 0.020 0.313 0.044 138 S 0.009 0.002 0.699 0.015 0.247 0.029 139 D 0.009 0.001 0.729 0.024 0.192 0.044 140 I 0.036 0.024 0.050 0.032 0.436 0.421 141 D 0.005 0.005 0.002 0.022 0.085 0.881 142 P 0.001 0.001 0.013 0.961 0.015 0.010 143 V 0.001 0.001 0.010 0.976 0.012 0.002 144 G 0.001 0.001 0.015 0.970 0.012 0.002 145 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 146 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 147 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 148 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 149 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 150 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 153 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 154 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.006 155 R 0.001 0.001 0.002 0.974 0.009 0.015 156 I 0.001 0.001 0.004 0.947 0.022 0.025 157 N 0.002 0.001 0.009 0.926 0.038 0.024 158 Q 0.002 0.001 0.012 0.907 0.048 0.030 159 I 0.002 0.001 0.020 0.881 0.060 0.037 160 A 0.004 0.003 0.041 0.766 0.119 0.067 161 Q 0.005 0.004 0.046 0.636 0.212 0.096 162 H 0.008 0.003 0.054 0.244 0.506 0.185 163 D 0.006 0.001 0.028 0.026 0.636 0.302 164 S 0.035 0.007 0.027 0.012 0.539 0.380 165 I 0.263 0.011 0.011 0.004 0.423 0.287 166 N 0.485 0.003 0.006 0.003 0.202 0.301 167 Y 0.954 0.003 0.001 0.001 0.015 0.027 168 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 169 Q 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 170 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 171 F 0.955 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 172 K 0.883 0.004 0.001 0.003 0.038 0.071 173 N 0.763 0.014 0.002 0.004 0.086 0.131 174 Q 0.427 0.037 0.005 0.009 0.179 0.343 175 G 0.133 0.025 0.024 0.011 0.297 0.510 176 A 0.060 0.016 0.288 0.026 0.420 0.190 177 S 0.027 0.013 0.345 0.019 0.448 0.148 178 A 0.025 0.016 0.333 0.021 0.472 0.132 179 G 0.034 0.011 0.115 0.014 0.576 0.251 180 A 0.069 0.033 0.046 0.023 0.465 0.364 181 S 0.061 0.076 0.030 0.017 0.477 0.341 182 M 0.060 0.019 0.024 0.017 0.581 0.299 183 S 0.050 0.015 0.023 0.012 0.544 0.356 184 H 0.059 0.024 0.007 0.008 0.536 0.367 185 S 0.068 0.005 0.005 0.004 0.266 0.653 186 H 0.295 0.053 0.009 0.004 0.197 0.443 187 S 0.466 0.008 0.008 0.002 0.174 0.343 188 Q 0.740 0.006 0.008 0.002 0.062 0.182 189 M 0.880 0.007 0.005 0.001 0.029 0.078 190 M 0.901 0.019 0.003 0.001 0.023 0.053 191 A 0.739 0.010 0.007 0.003 0.067 0.174 192 L 0.288 0.013 0.014 0.002 0.357 0.327 193 P 0.113 0.012 0.026 0.004 0.580 0.266 194 V 0.044 0.016 0.067 0.012 0.642 0.219 195 V 0.053 0.058 0.017 0.022 0.494 0.355 196 P 0.033 0.017 0.013 0.056 0.315 0.566 197 P 0.008 0.003 0.016 0.479 0.145 0.348 198 T 0.004 0.003 0.013 0.786 0.081 0.113 199 V 0.004 0.001 0.011 0.854 0.060 0.070 200 S 0.006 0.001 0.010 0.838 0.066 0.079 201 S 0.004 0.003 0.010 0.879 0.047 0.057 202 R 0.003 0.002 0.012 0.839 0.061 0.083 203 L 0.002 0.001 0.008 0.887 0.049 0.054 204 D 0.002 0.001 0.007 0.887 0.057 0.047 205 G 0.002 0.001 0.005 0.903 0.037 0.053 206 T 0.003 0.001 0.004 0.894 0.027 0.071 207 K 0.001 0.001 0.002 0.971 0.011 0.016 208 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.005 209 Y 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 210 F 0.001 0.001 0.006 0.979 0.011 0.004 211 E 0.001 0.001 0.010 0.968 0.017 0.005 212 E 0.001 0.001 0.010 0.954 0.024 0.011 213 T 0.001 0.001 0.009 0.828 0.080 0.081 214 G 0.001 0.001 0.006 0.078 0.266 0.648 215 K 0.010 0.003 0.012 0.048 0.332 0.594 216 C 0.134 0.033 0.018 0.049 0.360 0.406 217 C 0.256 0.049 0.034 0.098 0.256 0.307 218 L 0.306 0.015 0.111 0.162 0.170 0.235 219 C 0.187 0.009 0.327 0.235 0.143 0.099 220 E 0.181 0.013 0.379 0.225 0.137 0.064 221 A 0.158 0.010 0.310 0.258 0.178 0.087 222 K 0.246 0.024 0.103 0.192 0.304 0.131 223 S 0.137 0.009 0.068 0.116 0.525 0.144 224 K 0.082 0.003 0.045 0.036 0.656 0.178 225 H 0.127 0.005 0.013 0.007 0.600 0.247 226 F 0.479 0.011 0.008 0.004 0.232 0.266 227 V 0.871 0.022 0.001 0.001 0.025 0.079 228 I 0.934 0.009 0.001 0.001 0.014 0.042 229 D 0.924 0.017 0.001 0.001 0.031 0.028 230 E 0.812 0.022 0.001 0.001 0.088 0.077 231 S 0.149 0.005 0.001 0.001 0.803 0.042 232 S 0.028 0.001 0.003 0.001 0.947 0.021 233 H 0.164 0.005 0.004 0.001 0.773 0.054 234 F 0.760 0.021 0.002 0.001 0.183 0.033 235 V 0.927 0.006 0.001 0.001 0.012 0.055 236 S 0.969 0.006 0.001 0.001 0.006 0.018 237 V 0.925 0.005 0.001 0.001 0.021 0.048 238 A 0.742 0.008 0.001 0.001 0.070 0.178 239 P 0.350 0.008 0.009 0.003 0.301 0.328 240 F 0.105 0.015 0.094 0.015 0.432 0.339 241 A 0.110 0.024 0.076 0.009 0.495 0.287 242 A 0.087 0.016 0.043 0.005 0.516 0.333 243 T 0.070 0.019 0.012 0.003 0.313 0.583 244 Y 0.144 0.035 0.007 0.001 0.423 0.390 245 P 0.309 0.007 0.011 0.001 0.330 0.342 246 F 0.646 0.005 0.008 0.001 0.184 0.157 247 E 0.935 0.008 0.002 0.001 0.028 0.026 248 I 0.961 0.002 0.001 0.001 0.009 0.027 249 W 0.965 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 250 I 0.952 0.005 0.002 0.001 0.011 0.029 251 I 0.786 0.008 0.003 0.001 0.057 0.145 252 P 0.426 0.024 0.009 0.004 0.333 0.204 253 K 0.042 0.012 0.073 0.011 0.696 0.165 254 D 0.041 0.018 0.134 0.034 0.622 0.151 255 H 0.030 0.023 0.178 0.040 0.584 0.144 256 S 0.023 0.017 0.128 0.055 0.570 0.207 257 S 0.025 0.026 0.113 0.059 0.542 0.235 258 H 0.016 0.017 0.172 0.039 0.535 0.222 259 F 0.002 0.001 0.839 0.025 0.123 0.009 260 H 0.001 0.001 0.829 0.022 0.133 0.013 261 H 0.002 0.001 0.782 0.032 0.158 0.026 262 L 0.006 0.014 0.048 0.040 0.513 0.378 263 D 0.001 0.002 0.003 0.038 0.124 0.834 264 D 0.001 0.001 0.004 0.966 0.015 0.014 265 V 0.001 0.001 0.004 0.979 0.013 0.003 266 K 0.001 0.001 0.008 0.979 0.010 0.003 267 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 268 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 269 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 270 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 271 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 272 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 273 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 274 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 275 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 277 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 278 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 279 Q 0.001 0.001 0.001 0.981 0.008 0.010 280 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 281 I 0.001 0.001 0.006 0.976 0.012 0.005 282 A 0.001 0.001 0.028 0.909 0.046 0.016 283 K 0.001 0.001 0.034 0.796 0.115 0.054 284 Q 0.001 0.001 0.028 0.603 0.208 0.159 285 L 0.003 0.008 0.064 0.358 0.341 0.226 286 N 0.006 0.007 0.070 0.080 0.506 0.330 287 D 0.014 0.007 0.102 0.054 0.508 0.315 288 P 0.030 0.010 0.028 0.013 0.477 0.443 289 P 0.052 0.005 0.019 0.007 0.309 0.606 290 Y 0.314 0.023 0.022 0.010 0.241 0.390 291 N 0.567 0.016 0.020 0.017 0.150 0.231 292 Y 0.763 0.011 0.015 0.017 0.075 0.120 293 M 0.823 0.007 0.012 0.015 0.062 0.080 294 I 0.776 0.016 0.014 0.018 0.075 0.102 295 H 0.550 0.012 0.017 0.029 0.166 0.226 296 T 0.401 0.018 0.013 0.017 0.204 0.346 297 S 0.244 0.040 0.009 0.007 0.254 0.445 298 P 0.178 0.034 0.013 0.007 0.456 0.312 299 L 0.092 0.032 0.027 0.012 0.541 0.296 300 K 0.066 0.027 0.030 0.014 0.546 0.317 301 V 0.067 0.049 0.039 0.020 0.544 0.280 302 T 0.047 0.039 0.041 0.026 0.469 0.378 303 E 0.031 0.030 0.109 0.025 0.711 0.094 304 S 0.024 0.009 0.084 0.021 0.765 0.097 305 Q 0.033 0.007 0.034 0.012 0.781 0.134 306 L 0.176 0.043 0.013 0.007 0.520 0.241 307 P 0.341 0.068 0.006 0.004 0.197 0.384 308 Y 0.525 0.025 0.006 0.003 0.156 0.284 309 T 0.709 0.008 0.003 0.001 0.072 0.206 310 H 0.893 0.008 0.001 0.001 0.019 0.079 311 W 0.952 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 312 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 313 L 0.966 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 314 Q 0.948 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 315 I 0.910 0.004 0.001 0.001 0.020 0.064 316 V 0.671 0.016 0.001 0.001 0.070 0.242 317 P 0.269 0.008 0.003 0.002 0.180 0.537 318 Q 0.142 0.016 0.042 0.010 0.378 0.412 319 L 0.086 0.017 0.108 0.018 0.500 0.271 320 S 0.077 0.007 0.170 0.028 0.487 0.231 321 G 0.144 0.015 0.114 0.041 0.451 0.235 322 V 0.176 0.022 0.063 0.070 0.409 0.261 323 G 0.311 0.012 0.041 0.079 0.336 0.222 324 G 0.356 0.009 0.027 0.085 0.271 0.253 325 F 0.536 0.028 0.023 0.112 0.151 0.150 326 E 0.608 0.020 0.031 0.122 0.121 0.099 327 I 0.452 0.012 0.044 0.126 0.215 0.152 328 G 0.267 0.016 0.068 0.171 0.335 0.144 329 T 0.138 0.012 0.081 0.173 0.394 0.203 330 G 0.134 0.010 0.038 0.071 0.425 0.321 331 C 0.292 0.033 0.026 0.040 0.272 0.337 332 Y 0.435 0.074 0.016 0.035 0.191 0.249 333 I 0.277 0.051 0.028 0.056 0.315 0.273 334 N 0.127 0.015 0.023 0.036 0.468 0.330 335 P 0.051 0.015 0.020 0.046 0.469 0.399 336 V 0.031 0.036 0.012 0.072 0.308 0.541 337 F 0.012 0.011 0.004 0.083 0.113 0.777 338 P 0.001 0.001 0.006 0.958 0.015 0.021 339 E 0.001 0.001 0.003 0.964 0.019 0.013 340 D 0.001 0.001 0.005 0.979 0.013 0.003 341 V 0.001 0.001 0.003 0.980 0.013 0.004 342 A 0.001 0.001 0.004 0.982 0.012 0.002 343 K 0.001 0.001 0.004 0.953 0.034 0.008 344 V 0.001 0.001 0.004 0.935 0.032 0.029 345 M 0.001 0.006 0.013 0.907 0.039 0.033 346 R 0.007 0.003 0.033 0.818 0.069 0.070 347 E 0.030 0.002 0.044 0.736 0.076 0.112 348 V 0.090 0.008 0.055 0.498 0.088 0.260 349 S 0.093 0.016 0.022 0.257 0.066 0.545 350 L 0.046 0.013 0.012 0.155 0.045 0.730 351 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.990