# TARGET T0204 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0204.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 416 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.008 0.007 0.007 0.193 0.759 2 T 0.058 0.025 0.010 0.013 0.211 0.683 3 S 0.063 0.024 0.010 0.011 0.238 0.654 4 P 0.054 0.021 0.034 0.025 0.329 0.537 5 S 0.053 0.018 0.083 0.047 0.346 0.453 6 H 0.082 0.031 0.113 0.070 0.329 0.374 7 A 0.077 0.031 0.170 0.102 0.335 0.284 8 S 0.092 0.027 0.229 0.094 0.288 0.269 9 D 0.093 0.028 0.257 0.090 0.328 0.204 10 R 0.055 0.027 0.174 0.090 0.388 0.266 11 G 0.043 0.017 0.052 0.040 0.404 0.443 12 G 0.041 0.025 0.021 0.020 0.354 0.539 13 G 0.039 0.031 0.011 0.013 0.306 0.601 14 D 0.040 0.037 0.014 0.018 0.320 0.570 15 G 0.035 0.015 0.026 0.024 0.334 0.566 16 D 0.056 0.022 0.050 0.038 0.333 0.501 17 S 0.094 0.072 0.070 0.051 0.310 0.404 18 V 0.085 0.055 0.080 0.051 0.367 0.362 19 E 0.064 0.026 0.201 0.078 0.379 0.253 20 N 0.060 0.016 0.191 0.069 0.391 0.273 21 Q 0.069 0.018 0.113 0.066 0.397 0.337 22 S 0.055 0.005 0.011 0.011 0.282 0.636 23 P 0.149 0.010 0.014 0.011 0.225 0.592 24 E 0.606 0.020 0.012 0.012 0.099 0.250 25 L 0.854 0.015 0.005 0.007 0.035 0.083 26 R 0.875 0.009 0.003 0.007 0.058 0.048 27 K 0.838 0.017 0.002 0.005 0.056 0.082 28 D 0.388 0.025 0.002 0.003 0.408 0.175 29 P 0.051 0.005 0.011 0.003 0.921 0.009 30 V 0.024 0.001 0.019 0.001 0.942 0.012 31 T 0.012 0.002 0.016 0.002 0.957 0.010 32 N 0.083 0.009 0.003 0.002 0.815 0.088 33 R 0.569 0.020 0.001 0.005 0.103 0.301 34 W 0.970 0.004 0.001 0.002 0.009 0.015 35 V 0.993 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 36 I 0.991 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 37 F 0.925 0.002 0.001 0.007 0.013 0.052 38 S 0.357 0.005 0.005 0.017 0.158 0.458 39 P 0.039 0.005 0.236 0.086 0.413 0.222 40 A 0.010 0.009 0.480 0.127 0.301 0.073 41 R 0.004 0.003 0.653 0.111 0.212 0.018 42 A 0.010 0.010 0.266 0.147 0.413 0.154 43 K 0.013 0.017 0.111 0.119 0.405 0.335 44 R 0.013 0.023 0.018 0.032 0.376 0.537 45 P 0.013 0.015 0.049 0.041 0.471 0.411 46 T 0.016 0.023 0.153 0.076 0.475 0.257 47 D 0.017 0.012 0.169 0.097 0.520 0.186 48 F 0.013 0.010 0.254 0.176 0.407 0.140 49 K 0.040 0.016 0.152 0.170 0.335 0.287 50 S 0.074 0.034 0.085 0.128 0.317 0.361 51 K 0.064 0.042 0.034 0.082 0.236 0.542 52 S 0.039 0.029 0.012 0.017 0.331 0.572 53 P 0.013 0.011 0.054 0.017 0.369 0.535 54 Q 0.020 0.019 0.039 0.012 0.344 0.567 55 N 0.016 0.017 0.029 0.005 0.450 0.483 56 P 0.007 0.009 0.044 0.009 0.245 0.686 57 N 0.010 0.024 0.029 0.012 0.213 0.713 58 P 0.009 0.039 0.034 0.019 0.273 0.626 59 K 0.006 0.024 0.044 0.017 0.292 0.617 60 P 0.006 0.016 0.266 0.033 0.437 0.242 61 S 0.008 0.016 0.291 0.051 0.458 0.177 62 S 0.013 0.030 0.166 0.049 0.490 0.252 63 C 0.009 0.021 0.016 0.010 0.495 0.449 64 P 0.009 0.010 0.083 0.035 0.576 0.286 65 F 0.033 0.050 0.123 0.034 0.541 0.220 66 C 0.043 0.059 0.133 0.057 0.558 0.151 67 I 0.027 0.042 0.094 0.076 0.477 0.283 68 G 0.020 0.029 0.041 0.058 0.573 0.278 69 R 0.017 0.016 0.151 0.123 0.536 0.156 70 E 0.018 0.013 0.348 0.113 0.386 0.123 71 Q 0.027 0.022 0.349 0.132 0.347 0.124 72 E 0.026 0.023 0.176 0.120 0.334 0.320 73 C 0.025 0.040 0.017 0.051 0.253 0.614 74 A 0.023 0.022 0.022 0.040 0.440 0.454 75 P 0.015 0.006 0.164 0.109 0.499 0.207 76 E 0.038 0.009 0.255 0.099 0.421 0.179 77 L 0.129 0.025 0.324 0.115 0.296 0.111 78 F 0.221 0.053 0.068 0.083 0.219 0.357 79 R 0.217 0.095 0.037 0.065 0.190 0.396 80 V 0.109 0.043 0.031 0.029 0.381 0.407 81 P 0.066 0.018 0.051 0.014 0.491 0.359 82 D 0.064 0.020 0.099 0.011 0.557 0.249 83 H 0.076 0.070 0.064 0.010 0.470 0.309 84 D 0.014 0.022 0.007 0.001 0.940 0.015 85 P 0.001 0.001 0.036 0.001 0.955 0.007 86 N 0.001 0.001 0.020 0.001 0.962 0.016 87 W 0.092 0.027 0.008 0.001 0.851 0.022 88 K 0.408 0.004 0.001 0.001 0.105 0.482 89 L 0.976 0.009 0.001 0.001 0.003 0.012 90 R 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 91 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 92 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 93 E 0.843 0.002 0.001 0.002 0.034 0.117 94 N 0.405 0.007 0.005 0.010 0.213 0.361 95 L 0.120 0.022 0.019 0.033 0.352 0.454 96 Y 0.074 0.017 0.061 0.053 0.425 0.371 97 P 0.050 0.007 0.245 0.164 0.366 0.167 98 A 0.062 0.011 0.354 0.198 0.226 0.150 99 L 0.101 0.043 0.160 0.312 0.188 0.196 100 S 0.101 0.030 0.054 0.292 0.298 0.225 101 R 0.036 0.009 0.066 0.246 0.357 0.287 102 N 0.037 0.012 0.059 0.133 0.472 0.286 103 L 0.034 0.023 0.095 0.065 0.534 0.249 104 E 0.025 0.017 0.103 0.052 0.345 0.459 105 T 0.034 0.024 0.123 0.058 0.394 0.367 106 Q 0.035 0.020 0.066 0.034 0.358 0.488 107 S 0.045 0.026 0.034 0.021 0.291 0.583 108 T 0.052 0.051 0.025 0.015 0.284 0.573 109 Q 0.045 0.040 0.024 0.012 0.469 0.411 110 P 0.031 0.026 0.094 0.021 0.584 0.245 111 E 0.030 0.016 0.108 0.022 0.631 0.194 112 T 0.028 0.011 0.071 0.028 0.680 0.182 113 G 0.033 0.009 0.041 0.028 0.529 0.360 114 T 0.093 0.038 0.048 0.051 0.392 0.378 115 S 0.216 0.052 0.058 0.065 0.324 0.284 116 R 0.370 0.023 0.070 0.067 0.234 0.235 117 T 0.515 0.027 0.057 0.065 0.154 0.183 118 I 0.525 0.029 0.055 0.058 0.181 0.152 119 V 0.429 0.025 0.041 0.042 0.241 0.223 120 G 0.282 0.021 0.036 0.022 0.323 0.316 121 F 0.245 0.035 0.026 0.010 0.334 0.350 122 G 0.167 0.017 0.030 0.007 0.381 0.398 123 F 0.181 0.024 0.064 0.010 0.401 0.321 124 H 0.281 0.009 0.031 0.006 0.397 0.276 125 D 0.490 0.004 0.017 0.003 0.244 0.242 126 V 0.901 0.007 0.004 0.002 0.034 0.051 127 V 0.972 0.004 0.001 0.002 0.008 0.014 128 I 0.977 0.003 0.001 0.001 0.005 0.014 129 E 0.884 0.011 0.001 0.002 0.017 0.086 130 S 0.391 0.018 0.003 0.003 0.325 0.260 131 P 0.052 0.006 0.019 0.005 0.782 0.137 132 V 0.015 0.005 0.043 0.007 0.861 0.069 133 H 0.038 0.016 0.046 0.014 0.830 0.056 134 S 0.057 0.019 0.021 0.021 0.468 0.414 135 I 0.104 0.056 0.022 0.026 0.298 0.494 136 Q 0.119 0.084 0.026 0.024 0.259 0.489 137 L 0.012 0.008 0.556 0.069 0.340 0.016 138 S 0.018 0.003 0.505 0.054 0.399 0.021 139 D 0.008 0.003 0.335 0.047 0.575 0.032 140 I 0.038 0.097 0.011 0.026 0.556 0.273 141 D 0.021 0.020 0.002 0.013 0.112 0.831 142 P 0.002 0.001 0.240 0.699 0.049 0.010 143 V 0.001 0.001 0.221 0.748 0.025 0.004 144 G 0.001 0.001 0.237 0.747 0.011 0.004 145 I 0.001 0.001 0.013 0.982 0.002 0.002 146 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 147 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 150 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 154 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 156 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 157 N 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 158 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 159 I 0.001 0.001 0.007 0.975 0.009 0.008 160 A 0.001 0.001 0.016 0.911 0.043 0.027 161 Q 0.002 0.002 0.019 0.769 0.094 0.114 162 H 0.004 0.005 0.019 0.133 0.671 0.167 163 D 0.002 0.002 0.038 0.031 0.780 0.147 164 S 0.010 0.003 0.040 0.005 0.720 0.223 165 I 0.160 0.021 0.048 0.004 0.585 0.181 166 N 0.461 0.005 0.013 0.003 0.137 0.381 167 Y 0.936 0.003 0.002 0.001 0.016 0.042 168 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 169 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 170 V 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 171 F 0.965 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 172 K 0.869 0.003 0.001 0.009 0.043 0.075 173 N 0.426 0.014 0.008 0.024 0.271 0.257 174 Q 0.165 0.024 0.016 0.053 0.458 0.284 175 G 0.057 0.011 0.049 0.066 0.575 0.242 176 A 0.051 0.014 0.191 0.121 0.455 0.168 177 S 0.071 0.038 0.222 0.162 0.361 0.146 178 A 0.063 0.029 0.273 0.170 0.306 0.158 179 G 0.051 0.034 0.148 0.093 0.418 0.256 180 A 0.042 0.036 0.131 0.089 0.409 0.292 181 S 0.035 0.040 0.061 0.065 0.495 0.303 182 M 0.013 0.021 0.021 0.038 0.501 0.406 183 S 0.014 0.024 0.022 0.065 0.482 0.393 184 H 0.018 0.024 0.049 0.080 0.538 0.291 185 S 0.021 0.013 0.099 0.105 0.521 0.240 186 H 0.045 0.033 0.154 0.094 0.466 0.207 187 S 0.138 0.025 0.165 0.065 0.374 0.233 188 Q 0.363 0.030 0.139 0.093 0.210 0.165 189 M 0.598 0.013 0.096 0.067 0.134 0.092 190 M 0.724 0.013 0.061 0.069 0.070 0.063 191 A 0.591 0.017 0.063 0.128 0.089 0.112 192 L 0.282 0.014 0.064 0.069 0.250 0.321 193 P 0.192 0.007 0.048 0.033 0.338 0.383 194 V 0.166 0.025 0.029 0.025 0.284 0.471 195 V 0.060 0.026 0.007 0.016 0.252 0.637 196 P 0.027 0.011 0.004 0.037 0.217 0.704 197 P 0.010 0.007 0.047 0.486 0.196 0.254 198 T 0.016 0.008 0.043 0.664 0.140 0.128 199 V 0.013 0.004 0.059 0.795 0.080 0.050 200 S 0.011 0.003 0.032 0.853 0.053 0.047 201 S 0.015 0.005 0.039 0.844 0.056 0.042 202 R 0.012 0.004 0.042 0.843 0.056 0.044 203 L 0.015 0.003 0.040 0.787 0.099 0.056 204 D 0.005 0.002 0.038 0.809 0.084 0.062 205 G 0.005 0.002 0.038 0.768 0.087 0.100 206 T 0.010 0.006 0.047 0.752 0.092 0.094 207 K 0.007 0.001 0.055 0.825 0.056 0.055 208 D 0.012 0.002 0.043 0.855 0.054 0.034 209 Y 0.017 0.004 0.045 0.868 0.044 0.023 210 F 0.020 0.003 0.036 0.876 0.041 0.025 211 E 0.017 0.002 0.042 0.878 0.048 0.014 212 E 0.012 0.002 0.022 0.898 0.048 0.018 213 T 0.006 0.002 0.009 0.832 0.069 0.082 214 G 0.006 0.003 0.003 0.056 0.160 0.772 215 K 0.037 0.009 0.007 0.084 0.133 0.731 216 C 0.299 0.024 0.022 0.072 0.168 0.415 217 C 0.471 0.020 0.036 0.088 0.137 0.248 218 L 0.576 0.018 0.046 0.147 0.068 0.145 219 C 0.549 0.008 0.061 0.160 0.082 0.140 220 E 0.405 0.006 0.075 0.192 0.163 0.160 221 A 0.253 0.015 0.141 0.206 0.278 0.107 222 K 0.203 0.020 0.082 0.164 0.384 0.147 223 S 0.087 0.006 0.085 0.104 0.458 0.260 224 K 0.148 0.006 0.029 0.033 0.325 0.459 225 H 0.448 0.014 0.012 0.021 0.113 0.392 226 F 0.604 0.020 0.006 0.011 0.068 0.290 227 V 0.636 0.016 0.005 0.008 0.066 0.269 228 I 0.570 0.017 0.003 0.004 0.067 0.339 229 D 0.534 0.012 0.006 0.003 0.325 0.120 230 E 0.225 0.014 0.027 0.005 0.613 0.116 231 S 0.065 0.009 0.022 0.003 0.865 0.036 232 S 0.083 0.009 0.016 0.004 0.860 0.028 233 H 0.215 0.004 0.012 0.010 0.566 0.193 234 F 0.893 0.008 0.002 0.005 0.067 0.025 235 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 236 S 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 237 V 0.987 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 238 A 0.892 0.002 0.001 0.005 0.026 0.075 239 P 0.560 0.004 0.005 0.007 0.153 0.271 240 F 0.224 0.033 0.027 0.010 0.305 0.400 241 A 0.091 0.019 0.053 0.007 0.626 0.205 242 A 0.064 0.008 0.177 0.012 0.565 0.174 243 T 0.072 0.021 0.114 0.012 0.546 0.234 244 Y 0.122 0.019 0.026 0.003 0.590 0.239 245 P 0.135 0.003 0.008 0.002 0.350 0.502 246 F 0.615 0.009 0.006 0.003 0.152 0.216 247 E 0.957 0.003 0.001 0.001 0.017 0.022 248 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 249 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 250 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 251 I 0.750 0.006 0.001 0.003 0.029 0.212 252 P 0.252 0.006 0.010 0.009 0.234 0.488 253 K 0.037 0.004 0.324 0.043 0.446 0.147 254 D 0.033 0.008 0.349 0.060 0.460 0.090 255 H 0.040 0.013 0.389 0.067 0.418 0.073 256 S 0.057 0.026 0.072 0.044 0.548 0.253 257 S 0.054 0.021 0.083 0.045 0.537 0.260 258 H 0.045 0.025 0.103 0.031 0.576 0.220 259 F 0.024 0.015 0.387 0.031 0.489 0.054 260 H 0.035 0.013 0.355 0.055 0.436 0.106 261 H 0.027 0.015 0.250 0.053 0.511 0.144 262 L 0.026 0.049 0.012 0.031 0.407 0.475 263 D 0.011 0.011 0.002 0.032 0.132 0.813 264 D 0.001 0.001 0.012 0.959 0.018 0.009 265 V 0.001 0.001 0.009 0.983 0.006 0.001 266 K 0.001 0.001 0.016 0.972 0.008 0.002 267 A 0.001 0.001 0.011 0.974 0.007 0.005 268 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 269 D 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 270 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 271 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 272 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 273 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 274 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 275 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 277 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 278 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 279 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 280 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 281 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 282 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 283 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 284 Q 0.001 0.001 0.003 0.971 0.010 0.015 285 L 0.001 0.001 0.006 0.897 0.041 0.056 286 N 0.001 0.002 0.006 0.073 0.294 0.624 287 D 0.001 0.002 0.004 0.005 0.347 0.641 288 P 0.006 0.002 0.007 0.001 0.443 0.540 289 P 0.079 0.007 0.040 0.008 0.441 0.424 290 Y 0.673 0.014 0.020 0.014 0.131 0.148 291 N 0.922 0.003 0.003 0.006 0.027 0.038 292 Y 0.954 0.002 0.002 0.006 0.011 0.025 293 M 0.923 0.003 0.003 0.018 0.020 0.033 294 I 0.877 0.003 0.004 0.015 0.044 0.055 295 H 0.712 0.009 0.006 0.018 0.110 0.145 296 T 0.418 0.020 0.010 0.013 0.217 0.323 297 S 0.210 0.025 0.014 0.010 0.297 0.444 298 P 0.129 0.035 0.035 0.016 0.561 0.224 299 L 0.057 0.019 0.052 0.024 0.647 0.201 300 K 0.029 0.023 0.048 0.051 0.641 0.208 301 V 0.039 0.024 0.113 0.084 0.561 0.178 302 T 0.059 0.021 0.244 0.205 0.250 0.221 303 E 0.041 0.023 0.432 0.175 0.259 0.071 304 S 0.024 0.008 0.330 0.201 0.310 0.127 305 Q 0.028 0.009 0.114 0.114 0.374 0.361 306 L 0.070 0.021 0.016 0.026 0.343 0.524 307 P 0.129 0.019 0.010 0.013 0.162 0.668 308 Y 0.398 0.025 0.029 0.015 0.198 0.336 309 T 0.608 0.010 0.021 0.006 0.147 0.208 310 H 0.850 0.007 0.011 0.003 0.054 0.075 311 W 0.908 0.003 0.003 0.001 0.029 0.055 312 F 0.955 0.002 0.002 0.001 0.013 0.028 313 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 314 Q 0.967 0.002 0.001 0.001 0.009 0.020 315 I 0.908 0.005 0.002 0.002 0.023 0.060 316 V 0.629 0.006 0.004 0.002 0.103 0.255 317 P 0.406 0.013 0.008 0.004 0.204 0.365 318 Q 0.244 0.032 0.021 0.006 0.274 0.423 319 L 0.253 0.056 0.052 0.022 0.328 0.290 320 S 0.211 0.046 0.065 0.019 0.387 0.273 321 G 0.159 0.029 0.085 0.032 0.472 0.222 322 V 0.105 0.044 0.049 0.029 0.631 0.141 323 G 0.071 0.017 0.032 0.019 0.697 0.164 324 G 0.079 0.013 0.041 0.018 0.645 0.204 325 F 0.202 0.035 0.053 0.024 0.447 0.239 326 E 0.268 0.065 0.043 0.026 0.351 0.247 327 I 0.365 0.064 0.025 0.027 0.289 0.228 328 G 0.249 0.021 0.013 0.012 0.379 0.327 329 T 0.368 0.024 0.017 0.014 0.305 0.273 330 G 0.469 0.017 0.023 0.014 0.199 0.278 331 C 0.584 0.025 0.034 0.019 0.148 0.190 332 Y 0.508 0.024 0.020 0.021 0.202 0.225 333 I 0.423 0.034 0.030 0.026 0.327 0.160 334 N 0.186 0.015 0.015 0.018 0.514 0.252 335 P 0.073 0.011 0.018 0.017 0.481 0.399 336 V 0.077 0.060 0.004 0.007 0.221 0.631 337 F 0.017 0.008 0.001 0.005 0.046 0.923 338 P 0.001 0.001 0.021 0.958 0.008 0.012 339 E 0.001 0.001 0.015 0.980 0.004 0.002 340 D 0.001 0.001 0.019 0.973 0.005 0.002 341 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 342 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 343 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 344 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 345 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 346 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 347 E 0.001 0.001 0.005 0.977 0.008 0.009 348 V 0.002 0.001 0.010 0.889 0.027 0.071 349 S 0.004 0.003 0.010 0.580 0.056 0.347 350 L 0.004 0.004 0.002 0.087 0.043 0.859 351 T 0.003 0.001 0.001 0.008 0.021 0.966