PFRMAT RR
TARGET T0204
AUTHOR 4204-4258-2837
REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given as the probability is actually the raw score
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length.
REMARK
METHOD The predictor is an artifical neural network
METHOD using 104 inputs.
METHOD Input includes separation and sequence length, corrected
METHOD mutual information between columns (M. Cline) and 
METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) 
METHOD Other inputs are from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of 
METHOD University of California, Santa Cruz
MODEL 1
STSPSHASDRGGGDGDSVENQSPELRKDPVTNRWVIFSPARAKRPTDFKS
KSPQNPNPKPSSCPFCIGREQECAPELFRVPDHDPNWKLRVIENLYPALS
RNLETQSTQPETGTSRTIVGFGFHDVVIESPVHSIQLSDIDPVGIGDILI
AYKKRINQIAQHDSINYIQVFKNQGASAGASMSHSHSQMMALPVVPPTVS
SRLDGTKDYFEETGKCCLCEAKSKHFVIDESSHFVSVAPFAATYPFEIWI
IPKDHSSHFHHLDDVKAVDLGGLLKLMLQKIAKQLNDPPYNYMIHTSPLK
VTESQLPYTHWFLQIVPQLSGVGGFEIGTGCYINPVFPEDVAKVMREVSL
T
239 249 0 8 0.395
249 314 0 8 0.375
216 255 0 8 0.372
247 289 0 8 0.37
239 295 0 8 0.37
242 308 0 8 0.364
242 289 0 8 0.356
239 289 0 8 0.334
247 295 0 8 0.326
239 316 0 8 0.326
230 253 0 8 0.326
219 255 0 8 0.326
244 291 0 8 0.321
239 278 0 8 0.318
239 306 0 8 0.316
239 308 0 8 0.31
247 308 0 8 0.295
221 239 0 8 0.295
249 306 0 8 0.293
242 316 0 8 0.285
244 293 0 8 0.283
244 295 0 8 0.276
221 308 0 8 0.276
234 247 0 8 0.273
246 291 0 8 0.271
242 295 0 8 0.271
240 289 0 8 0.271
218 242 0 8 0.271
281 291 0 8 0.268
246 281 0 8 0.264
242 292 0 8 0.261
244 316 0 8 0.255
246 319 0 8 0.252
240 308 0 8 0.252
226 239 0 8 0.252
243 306 0 8 0.25
238 291 0 8 0.25
221 244 0 8 0.248
219 310 0 8 0.248
218 251 0 8 0.248
239 294 0 8 0.243
246 309 0 8 0.241
242 314 0 8 0.241
239 319 0 8 0.241
234 244 0 8 0.239
246 308 0 8 0.237
246 292 0 8 0.237
238 295 0 8 0.237
246 316 0 8 0.235
246 295 0 8 0.235
239 314 0 8 0.235
291 316 0 8 0.232
238 280 0 8 0.232
246 289 0 8 0.23
246 280 0 8 0.23
221 240 0 8 0.23
218 247 0 8 0.228
244 289 0 8 0.226
240 306 0 8 0.226
218 244 0 8 0.226
246 322 0 8 0.224
218 239 0 8 0.224
241 291 0 8 0.22
247 316 0 8 0.218
242 280 0 8 0.218
294 308 0 8 0.216
242 319 0 8 0.216
242 294 0 8 0.216
289 306 0 8 0.208
247 292 0 8 0.208
241 295 0 8 0.206
221 247 0 8 0.204
238 284 0 8 0.202
242 315 0 8 0.196
242 288 0 8 0.196
239 307 0 8 0.196
244 306 0 8 0.194
244 319 0 8 0.192
306 316 0 8 0.191
294 313 0 8 0.191
243 293 0 8 0.191
241 306 0 8 0.189
238 289 0 8 0.187
292 315 0 8 0.185
289 319 0 8 0.185
247 304 0 8 0.185
239 288 0 8 0.185
242 278 0 8 0.183
249 308 0 8 0.181
239 281 0 8 0.181
227 240 0 8 0.181
240 295 0 8 0.18
288 316 0 8 0.178
246 287 0 8 0.178
235 253 0 8 0.178
251 295 0 8 0.176
246 271 0 8 0.176
237 306 0 8 0.176
220 239 0 8 0.176
291 318 0 8 0.174
239 292 0 8 0.174
220 244 0 8 0.174
217 244 0 8 0.174
218 240 0 8 0.173
216 291 0 8 0.173
247 314 0 8 0.171
247 288 0 8 0.171
238 316 0 8 0.171
295 322 0 8 0.169
240 249 0 8 0.169
236 248 0 8 0.169
239 271 0 8 0.168
234 273 0 8 0.168
295 314 0 8 0.166
287 319 0 8 0.166
242 321 0 8 0.166
240 251 0 8 0.166
239 251 0 8 0.166
226 240 0 8 0.166
244 321 0 8 0.164
243 291 0 8 0.164
238 247 0 8 0.164
239 273 0 8 0.163
227 239 0 8 0.163
295 319 0 8 0.161
278 289 0 8 0.159
242 251 0 8 0.159
241 316 0 8 0.159
247 306 0 8 0.158
244 308 0 8 0.158
218 308 0 8 0.158
287 314 0 8 0.156
271 291 0 8 0.156
269 291 0 8 0.156
239 309 0 8 0.156
221 306 0 8 0.156
290 328 0 8 0.153
220 247 0 8 0.153
220 240 0 8 0.153
244 269 0 8 0.152
242 281 0 8 0.152
241 289 0 8 0.152
231 244 0 8 0.152
216 310 0 8 0.152
291 329 0 8 0.15
249 289 0 8 0.15
238 292 0 8 0.15
246 317 0 8 0.148
218 238 0 8 0.148
215 239 0 8 0.148
295 321 0 8 0.147
292 316 0 8 0.147
281 316 0 8 0.147
244 281 0 8 0.147
221 231 0 8 0.147
241 322 0 8 0.145
238 269 0 8 0.145
281 315 0 8 0.144
247 280 0 8 0.144
244 292 0 8 0.144
226 289 0 8 0.144
222 237 0 8 0.144
217 239 0 8 0.144
294 311 0 8 0.142
249 307 0 8 0.142
242 271 0 8 0.142
241 319 0 8 0.142
239 322 0 8 0.142
292 321 0 8 0.141
224 239 0 8 0.141
218 316 0 8 0.141
247 278 0 8 0.14
246 329 0 8 0.14
238 281 0 8 0.14
248 277 0 8 0.138
END