PFRMAT RR TARGET T0203 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given as the probability is actually the raw score REMARK as provided by the neural network. REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length. REMARK METHOD The predictor is an artifical neural network METHOD using 104 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 SEESRESPAEHGYYMPAEWDSHAQTWIGWPERQDNWRHNALPAQRVFADV AKAISKFEPVTVCASPAQWENARKQLPEDIRVVEMSMNDSWFRDSGPTFI VRKRPVKLSSLNRNIAGIDWNFNAWGGANDGCYNDWSHDLLVSRKILALE RIPRFQHSMILEGGSIHVDGEGTCLVTEECLLNKNRNPHMSKEQIEEELK KYLGVQSFIWLPRGLYGDEDTNGHIDNMCCFARPGVVLLSWTDDETDPQY ERSVEALSVLSNSIDARGRKIQVIKLYIPEPLYMTEEESSGITQDGEAIP RLAGTRLAASYVNFYIANGGIIAPQFGDPIRDKEAIRVLSDTFPHHSVVG IENAREIVLAGGNIHCITQQQPAEPTSVAENH 35 242 0 8 0.183 35 227 0 8 0.176 35 256 0 8 0.173 35 90 0 8 0.171 35 46 0 8 0.168 35 249 0 8 0.156 32 242 0 8 0.153 242 256 0 8 0.15 273 360 0 8 0.141 239 249 0 8 0.137 35 136 0 8 0.137 35 239 0 8 0.135 25 315 0 8 0.134 227 249 0 8 0.133 37 242 0 8 0.133 37 241 0 8 0.131 90 369 0 8 0.126 227 358 0 8 0.123 227 253 0 8 0.122 167 230 0 8 0.116 227 256 0 8 0.114 35 364 0 8 0.114 227 308 0 8 0.112 35 363 0 8 0.11 90 120 0 8 0.108 32 227 0 8 0.108 32 136 0 8 0.108 31 87 0 8 0.108 239 256 0 8 0.105 218 227 0 8 0.105 35 253 0 8 0.105 35 218 0 8 0.105 37 136 0 8 0.104 241 256 0 8 0.103 239 363 0 8 0.103 227 354 0 8 0.103 227 242 0 8 0.103 32 241 0 8 0.103 40 79 0 8 0.101 35 216 0 8 0.101 249 363 0 8 0.099 216 239 0 8 0.099 273 357 0 8 0.098 241 359 0 8 0.097 239 252 0 8 0.096 234 265 0 8 0.095 90 116 0 8 0.095 249 308 0 8 0.094 227 259 0 8 0.094 227 239 0 8 0.094 127 242 0 8 0.094 90 136 0 8 0.094 32 239 0 8 0.093 253 363 0 8 0.092 242 358 0 8 0.092 249 359 0 8 0.091 240 278 0 8 0.091 35 360 0 8 0.091 35 356 0 8 0.091 249 275 0 8 0.09 249 360 0 8 0.089 249 273 0 8 0.089 230 363 0 8 0.089 77 246 0 8 0.089 22 315 0 8 0.089 227 310 0 8 0.087 227 363 0 8 0.086 308 363 0 8 0.084 239 369 0 8 0.084 235 265 0 8 0.084 179 227 0 8 0.084 167 253 0 8 0.084 167 227 0 8 0.084 35 275 0 8 0.084 239 360 0 8 0.083 98 167 0 8 0.082 32 202 0 8 0.082 28 253 0 8 0.082 308 325 0 8 0.081 242 363 0 8 0.081 136 227 0 8 0.08 40 363 0 8 0.08 35 220 0 8 0.08 35 98 0 8 0.08 275 363 0 8 0.079 32 220 0 8 0.078 239 361 0 8 0.077 77 145 0 8 0.077 35 259 0 8 0.076 32 363 0 8 0.076 11 259 0 8 0.076 263 359 0 8 0.075 219 363 0 8 0.072 218 253 0 8 0.072 12 57 0 8 0.072 84 374 0 8 0.071 35 134 0 8 0.071 35 120 0 8 0.07 216 227 0 8 0.069 167 242 0 8 0.069 71 197 0 8 0.069 239 259 0 8 0.068 220 364 0 8 0.068 218 249 0 8 0.068 218 239 0 8 0.068 90 134 0 8 0.068 37 359 0 8 0.068 35 307 0 8 0.068 220 253 0 8 0.066 219 249 0 8 0.066 209 263 0 8 0.066 90 242 0 8 0.066 32 249 0 8 0.066 220 249 0 8 0.065 220 248 0 8 0.065 167 219 0 8 0.065 72 242 0 8 0.065 35 308 0 8 0.065 35 252 0 8 0.065 35 127 0 8 0.065 34 242 0 8 0.065 256 363 0 8 0.064 248 367 0 8 0.064 242 364 0 8 0.064 239 248 0 8 0.064 230 242 0 8 0.064 124 242 0 8 0.064 104 240 0 8 0.064 90 244 0 8 0.064 72 235 0 8 0.064 216 253 0 8 0.063 140 341 0 8 0.063 37 256 0 8 0.063 37 84 0 8 0.063 31 220 0 8 0.063 249 364 0 8 0.062 239 275 0 8 0.062 145 258 0 8 0.062 128 363 0 8 0.062 256 361 0 8 0.061 243 306 0 8 0.061 192 324 0 8 0.061 181 242 0 8 0.061 136 256 0 8 0.061 128 230 0 8 0.061 34 249 0 8 0.061 34 239 0 8 0.061 227 312 0 8 0.06 227 275 0 8 0.06 227 247 0 8 0.06 220 363 0 8 0.06 209 271 0 8 0.06 181 227 0 8 0.06 165 181 0 8 0.06 90 227 0 8 0.06 40 219 0 8 0.06 37 356 0 8 0.06 31 242 0 8 0.06 227 263 0 8 0.059 77 345 0 8 0.059 35 215 0 8 0.059 19 348 0 8 0.059 11 356 0 8 0.059 5 158 0 8 0.059 5 101 0 8 0.059 260 322 0 8 0.058 253 354 0 8 0.058 246 345 0 8 0.058 218 358 0 8 0.058 216 354 0 8 0.058 143 333 0 8 0.058 16 322 0 8 0.058 249 354 0 8 0.057 195 351 0 8 0.057 129 363 0 8 0.057 115 258 0 8 0.057 90 259 0 8 0.057 227 364 0 8 0.056 220 242 0 8 0.056 220 239 0 8 0.056 96 122 0 8 0.056 57 334 0 8 0.056 242 278 0 8 0.055 232 358 0 8 0.055 218 252 0 8 0.055 50 198 0 8 0.055 40 358 0 8 0.055 39 347 0 8 0.055 11 90 0 8 0.055 9 140 0 8 0.055 5 153 0 8 0.055 END