# TARGET T0202 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0202.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 219 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.001 0.004 0.017 0.136 0.774 2 R 0.418 0.011 0.007 0.020 0.075 0.469 3 A 0.823 0.005 0.004 0.012 0.034 0.122 4 A 0.923 0.001 0.005 0.011 0.021 0.039 5 V 0.944 0.002 0.001 0.008 0.014 0.031 6 V 0.908 0.003 0.004 0.011 0.034 0.040 7 Y 0.863 0.005 0.003 0.007 0.056 0.066 8 K 0.635 0.005 0.008 0.015 0.260 0.078 9 T 0.216 0.009 0.017 0.031 0.584 0.142 10 D 0.106 0.005 0.016 0.030 0.664 0.179 11 G 0.242 0.007 0.029 0.076 0.460 0.186 12 H 0.712 0.010 0.008 0.063 0.086 0.121 13 V 0.868 0.010 0.003 0.049 0.024 0.047 14 K 0.876 0.004 0.003 0.047 0.021 0.049 15 R 0.810 0.007 0.006 0.067 0.034 0.077 16 I 0.616 0.006 0.014 0.108 0.088 0.169 17 E 0.254 0.004 0.041 0.208 0.195 0.298 18 E 0.124 0.007 0.041 0.251 0.254 0.323 19 A 0.073 0.007 0.054 0.385 0.265 0.217 20 L 0.066 0.007 0.038 0.499 0.210 0.178 21 K 0.056 0.005 0.036 0.597 0.178 0.128 22 R 0.046 0.003 0.034 0.683 0.136 0.098 23 L 0.038 0.004 0.028 0.715 0.110 0.105 24 E 0.037 0.004 0.024 0.739 0.092 0.104 25 V 0.043 0.004 0.019 0.733 0.084 0.119 26 E 0.055 0.004 0.019 0.673 0.097 0.151 27 V 0.059 0.005 0.021 0.680 0.093 0.143 28 E 0.071 0.007 0.027 0.568 0.128 0.198 29 L 0.068 0.005 0.031 0.514 0.155 0.226 30 F 0.078 0.007 0.035 0.433 0.183 0.264 31 N 0.065 0.011 0.031 0.330 0.219 0.344 32 Q 0.089 0.012 0.035 0.231 0.242 0.391 33 P 0.084 0.008 0.100 0.277 0.281 0.250 34 S 0.056 0.012 0.172 0.240 0.332 0.188 35 E 0.048 0.008 0.187 0.176 0.364 0.218 36 E 0.047 0.009 0.130 0.125 0.418 0.271 37 L 0.033 0.007 0.210 0.087 0.490 0.173 38 E 0.032 0.010 0.188 0.069 0.454 0.247 39 N 0.058 0.008 0.094 0.014 0.443 0.382 40 F 0.131 0.004 0.008 0.003 0.357 0.498 41 D 0.357 0.002 0.002 0.001 0.120 0.520 42 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 43 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 46 V 0.750 0.007 0.002 0.001 0.042 0.199 47 G 0.071 0.006 0.015 0.005 0.481 0.422 48 G 0.003 0.003 0.046 0.016 0.550 0.381 49 D 0.001 0.005 0.157 0.218 0.473 0.146 50 G 0.001 0.001 0.088 0.718 0.166 0.026 51 T 0.001 0.002 0.024 0.931 0.023 0.018 52 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 54 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 55 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.006 0.001 57 Q 0.001 0.001 0.009 0.968 0.017 0.005 58 K 0.001 0.001 0.010 0.864 0.072 0.053 59 L 0.002 0.024 0.011 0.353 0.447 0.162 60 K 0.003 0.004 0.009 0.014 0.730 0.240 61 R 0.004 0.003 0.009 0.004 0.824 0.156 62 C 0.029 0.011 0.011 0.002 0.678 0.270 63 P 0.221 0.014 0.007 0.002 0.307 0.449 64 P 0.581 0.004 0.004 0.001 0.084 0.326 65 I 0.941 0.007 0.001 0.001 0.014 0.036 66 F 0.962 0.004 0.001 0.001 0.009 0.024 67 G 0.943 0.002 0.001 0.002 0.011 0.041 68 I 0.896 0.006 0.001 0.003 0.024 0.069 69 N 0.728 0.016 0.005 0.006 0.143 0.102 70 T 0.264 0.008 0.020 0.014 0.475 0.221 71 G 0.055 0.007 0.022 0.008 0.648 0.259 72 R 0.086 0.027 0.044 0.012 0.586 0.246 73 V 0.142 0.018 0.064 0.027 0.399 0.350 74 G 0.260 0.022 0.121 0.045 0.346 0.206 75 L 0.349 0.021 0.133 0.051 0.284 0.162 76 L 0.359 0.017 0.137 0.050 0.249 0.189 77 T 0.441 0.014 0.056 0.036 0.225 0.229 78 H 0.367 0.021 0.027 0.016 0.234 0.335 79 A 0.197 0.041 0.011 0.011 0.221 0.518 80 S 0.081 0.012 0.006 0.013 0.218 0.670 81 P 0.009 0.002 0.210 0.382 0.308 0.088 82 E 0.002 0.001 0.194 0.594 0.169 0.041 83 N 0.002 0.002 0.163 0.691 0.111 0.030 84 F 0.001 0.001 0.015 0.945 0.016 0.021 85 E 0.002 0.001 0.004 0.968 0.010 0.016 86 V 0.001 0.001 0.009 0.971 0.011 0.008 87 E 0.001 0.001 0.014 0.975 0.007 0.002 88 L 0.001 0.001 0.025 0.957 0.015 0.003 89 K 0.001 0.001 0.042 0.930 0.023 0.005 90 K 0.001 0.001 0.046 0.867 0.064 0.022 91 A 0.003 0.004 0.033 0.684 0.167 0.110 92 V 0.006 0.011 0.062 0.350 0.438 0.133 93 E 0.008 0.004 0.077 0.153 0.571 0.187 94 K 0.057 0.002 0.045 0.054 0.585 0.257 95 F 0.425 0.016 0.024 0.032 0.281 0.221 96 E 0.765 0.021 0.004 0.009 0.056 0.145 97 V 0.857 0.006 0.007 0.009 0.037 0.084 98 E 0.771 0.006 0.014 0.011 0.060 0.137 99 R 0.672 0.009 0.013 0.013 0.072 0.220 100 F 0.559 0.006 0.034 0.015 0.137 0.250 101 P 0.499 0.007 0.033 0.012 0.176 0.274 102 R 0.642 0.010 0.030 0.010 0.139 0.169 103 V 0.824 0.005 0.009 0.007 0.055 0.099 104 S 0.935 0.003 0.003 0.005 0.019 0.035 105 C 0.964 0.003 0.002 0.003 0.009 0.019 106 S 0.950 0.002 0.002 0.004 0.017 0.025 107 A 0.888 0.005 0.003 0.005 0.032 0.067 108 M 0.480 0.007 0.006 0.008 0.222 0.278 109 P 0.106 0.012 0.008 0.007 0.538 0.330 110 D 0.054 0.005 0.016 0.010 0.591 0.324 111 V 0.105 0.038 0.074 0.019 0.557 0.207 112 L 0.214 0.018 0.056 0.020 0.410 0.283 113 A 0.358 0.016 0.044 0.018 0.290 0.274 114 L 0.433 0.025 0.018 0.015 0.202 0.308 115 N 0.493 0.017 0.014 0.015 0.185 0.277 116 E 0.716 0.007 0.016 0.049 0.095 0.117 117 I 0.858 0.007 0.006 0.038 0.040 0.051 118 A 0.875 0.007 0.004 0.035 0.038 0.040 119 V 0.741 0.008 0.010 0.047 0.096 0.098 120 L 0.577 0.022 0.013 0.041 0.161 0.186 121 S 0.211 0.014 0.042 0.042 0.376 0.316 122 R 0.051 0.007 0.036 0.018 0.500 0.388 123 K 0.043 0.017 0.036 0.006 0.573 0.323 124 P 0.036 0.020 0.041 0.004 0.679 0.220 125 A 0.052 0.006 0.067 0.003 0.628 0.244 126 K 0.326 0.012 0.051 0.002 0.381 0.229 127 M 0.754 0.004 0.008 0.001 0.106 0.126 128 I 0.951 0.002 0.001 0.001 0.015 0.031 129 D 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 130 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 131 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 132 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 133 R 0.947 0.003 0.001 0.001 0.043 0.007 134 V 0.828 0.007 0.001 0.001 0.144 0.020 135 D 0.115 0.001 0.001 0.001 0.863 0.020 136 G 0.081 0.004 0.006 0.003 0.886 0.021 137 V 0.700 0.027 0.004 0.003 0.200 0.066 138 E 0.831 0.011 0.004 0.004 0.095 0.056 139 V 0.810 0.004 0.002 0.003 0.040 0.141 140 D 0.924 0.014 0.003 0.002 0.023 0.034 141 R 0.921 0.002 0.007 0.002 0.033 0.034 142 I 0.904 0.003 0.003 0.002 0.037 0.050 143 R 0.781 0.010 0.003 0.002 0.126 0.077 144 C 0.403 0.017 0.005 0.003 0.390 0.182 145 D 0.213 0.002 0.003 0.001 0.458 0.323 146 G 0.854 0.004 0.001 0.001 0.076 0.064 147 F 0.973 0.003 0.001 0.001 0.006 0.017 148 I 0.978 0.004 0.001 0.001 0.003 0.014 149 V 0.932 0.003 0.001 0.001 0.017 0.046 150 A 0.740 0.009 0.001 0.001 0.038 0.211 151 T 0.337 0.015 0.003 0.001 0.205 0.439 152 Q 0.075 0.016 0.012 0.003 0.711 0.184 153 I 0.014 0.008 0.017 0.004 0.791 0.167 154 G 0.015 0.007 0.039 0.014 0.744 0.181 155 S 0.055 0.014 0.021 0.127 0.500 0.284 156 T 0.064 0.023 0.020 0.324 0.290 0.278 157 G 0.081 0.050 0.027 0.585 0.167 0.090 158 Y 0.047 0.008 0.079 0.596 0.210 0.060 159 A 0.041 0.008 0.147 0.538 0.223 0.044 160 F 0.031 0.007 0.157 0.617 0.154 0.033 161 S 0.053 0.011 0.145 0.369 0.345 0.077 162 A 0.023 0.009 0.058 0.171 0.531 0.208 163 G 0.019 0.007 0.036 0.023 0.532 0.383 164 G 0.044 0.026 0.031 0.018 0.591 0.291 165 P 0.104 0.023 0.047 0.012 0.463 0.350 166 V 0.363 0.066 0.036 0.010 0.259 0.267 167 V 0.435 0.144 0.017 0.011 0.170 0.225 168 E 0.138 0.059 0.008 0.006 0.748 0.040 169 P 0.018 0.001 0.025 0.011 0.913 0.031 170 Y 0.021 0.007 0.016 0.005 0.929 0.022 171 L 0.060 0.048 0.015 0.005 0.837 0.035 172 E 0.126 0.003 0.005 0.004 0.206 0.656 173 C 0.850 0.024 0.004 0.002 0.042 0.078 174 F 0.961 0.004 0.001 0.001 0.010 0.023 175 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 176 L 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 177 I 0.943 0.003 0.001 0.001 0.013 0.040 178 P 0.844 0.002 0.002 0.001 0.046 0.104 179 I 0.532 0.013 0.004 0.001 0.149 0.302 180 A 0.314 0.015 0.004 0.001 0.269 0.396 181 P 0.145 0.009 0.013 0.002 0.409 0.422 182 F 0.138 0.029 0.031 0.003 0.484 0.315 183 R 0.161 0.077 0.039 0.003 0.551 0.168 184 F 0.141 0.016 0.057 0.003 0.612 0.172 185 G 0.078 0.007 0.038 0.001 0.665 0.210 186 W 0.130 0.015 0.036 0.001 0.574 0.244 187 K 0.320 0.007 0.017 0.001 0.356 0.299 188 P 0.525 0.014 0.015 0.001 0.132 0.313 189 Y 0.872 0.009 0.006 0.001 0.041 0.071 190 V 0.912 0.013 0.002 0.001 0.019 0.053 191 V 0.718 0.019 0.001 0.001 0.059 0.203 192 S 0.226 0.020 0.002 0.001 0.697 0.055 193 M 0.021 0.004 0.011 0.001 0.936 0.027 194 E 0.022 0.002 0.006 0.001 0.937 0.033 195 R 0.418 0.012 0.003 0.001 0.462 0.105 196 K 0.844 0.007 0.001 0.001 0.010 0.139 197 I 0.978 0.005 0.001 0.001 0.002 0.015 198 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 199 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 200 I 0.928 0.002 0.001 0.002 0.012 0.057 201 A 0.709 0.006 0.003 0.006 0.049 0.227 202 E 0.379 0.008 0.043 0.019 0.171 0.380 203 K 0.163 0.018 0.207 0.034 0.265 0.313 204 A 0.118 0.017 0.263 0.070 0.331 0.202 205 I 0.106 0.011 0.151 0.089 0.412 0.231 206 V 0.131 0.018 0.115 0.126 0.398 0.211 207 V 0.068 0.009 0.096 0.077 0.625 0.126 208 A 0.036 0.007 0.125 0.087 0.633 0.113 209 D 0.057 0.017 0.063 0.029 0.635 0.198 210 G 0.136 0.015 0.031 0.011 0.514 0.293 211 Q 0.227 0.010 0.013 0.006 0.197 0.548 212 K 0.740 0.014 0.008 0.005 0.066 0.166 213 S 0.922 0.006 0.003 0.002 0.022 0.046 214 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.009 0.019 215 D 0.953 0.004 0.001 0.001 0.032 0.009 216 F 0.887 0.005 0.001 0.001 0.082 0.025 217 D 0.222 0.001 0.004 0.001 0.729 0.044 218 G 0.120 0.004 0.015 0.002 0.828 0.031 219 E 0.569 0.024 0.012 0.003 0.304 0.088 220 I 0.828 0.010 0.004 0.001 0.095 0.061 221 T 0.769 0.006 0.001 0.001 0.036 0.186 222 I 0.880 0.020 0.001 0.001 0.016 0.082 223 E 0.852 0.010 0.001 0.001 0.025 0.110 224 K 0.611 0.017 0.001 0.001 0.071 0.298 225 S 0.243 0.021 0.002 0.001 0.603 0.129 226 E 0.059 0.010 0.008 0.002 0.845 0.076 227 F 0.036 0.001 0.003 0.001 0.894 0.065 228 P 0.419 0.009 0.003 0.001 0.469 0.098 229 A 0.904 0.014 0.001 0.001 0.013 0.069 230 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.003 0.016 231 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 232 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 233 K 0.893 0.004 0.001 0.001 0.027 0.074 234 N 0.594 0.007 0.002 0.002 0.108 0.286 235 E 0.225 0.012 0.005 0.003 0.332 0.423 236 K 0.127 0.014 0.027 0.005 0.512 0.314 237 R 0.090 0.007 0.023 0.006 0.541 0.333 238 F 0.215 0.026 0.036 0.009 0.362 0.352 239 R 0.402 0.028 0.029 0.012 0.225 0.304 240 N 0.514 0.005 0.036 0.015 0.143 0.288 241 L 0.851 0.007 0.015 0.010 0.040 0.078 242 F 0.894 0.011 0.004 0.006 0.027 0.058 243 G 0.803 0.013 0.002 0.007 0.057 0.118 244 K 0.406 0.019 0.009 0.012 0.206 0.348 245 V 0.092 0.011 0.024 0.012 0.606 0.254 246 R 0.035 0.009 0.048 0.016 0.692 0.200 247 S 0.033 0.023 0.034 0.016 0.522 0.371 248 I 0.031 0.048 0.021 0.022 0.319 0.560 249 G 0.002 0.005 0.002 0.004 0.075 0.913