# TARGET T0202 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0202.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 219 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 R 0.248 0.030 0.011 0.114 0.005 0.021 0.570 3 A 0.510 0.016 0.023 0.069 0.044 0.027 0.312 4 A 0.674 0.004 0.033 0.062 0.032 0.017 0.179 5 V 0.858 0.005 0.013 0.042 0.022 0.010 0.051 6 V 0.894 0.005 0.005 0.033 0.008 0.007 0.048 7 Y 0.812 0.009 0.008 0.030 0.023 0.016 0.102 8 K 0.563 0.005 0.013 0.048 0.099 0.081 0.191 9 T 0.176 0.011 0.017 0.040 0.345 0.236 0.175 10 D 0.147 0.006 0.021 0.032 0.308 0.214 0.272 11 G 0.382 0.012 0.023 0.045 0.148 0.090 0.300 12 H 0.730 0.010 0.013 0.041 0.050 0.026 0.130 13 V 0.823 0.007 0.010 0.058 0.018 0.012 0.072 14 K 0.861 0.006 0.006 0.052 0.010 0.009 0.055 15 R 0.701 0.010 0.015 0.095 0.029 0.018 0.132 16 I 0.485 0.011 0.025 0.128 0.069 0.039 0.242 17 E 0.191 0.009 0.049 0.236 0.112 0.080 0.323 18 E 0.088 0.007 0.047 0.281 0.147 0.080 0.350 19 A 0.056 0.007 0.052 0.462 0.098 0.087 0.240 20 L 0.033 0.005 0.045 0.614 0.069 0.070 0.165 21 K 0.029 0.003 0.034 0.679 0.054 0.062 0.139 22 R 0.028 0.004 0.030 0.744 0.038 0.054 0.103 23 L 0.033 0.003 0.025 0.768 0.035 0.064 0.071 24 E 0.043 0.004 0.024 0.743 0.028 0.089 0.069 25 V 0.048 0.005 0.023 0.716 0.039 0.084 0.085 26 E 0.065 0.005 0.025 0.697 0.042 0.078 0.088 27 V 0.066 0.006 0.031 0.655 0.050 0.080 0.110 28 E 0.059 0.008 0.034 0.625 0.062 0.084 0.128 29 L 0.056 0.006 0.036 0.556 0.079 0.115 0.152 30 F 0.042 0.006 0.042 0.497 0.092 0.168 0.153 31 N 0.033 0.009 0.053 0.421 0.117 0.179 0.190 32 Q 0.038 0.013 0.061 0.340 0.130 0.140 0.278 33 P 0.034 0.011 0.104 0.334 0.108 0.141 0.268 34 S 0.029 0.010 0.161 0.389 0.083 0.131 0.197 35 E 0.017 0.005 0.121 0.463 0.088 0.105 0.201 36 E 0.010 0.008 0.173 0.462 0.046 0.127 0.173 37 L 0.010 0.003 0.325 0.271 0.045 0.211 0.135 38 E 0.017 0.008 0.252 0.198 0.116 0.332 0.076 39 N 0.072 0.047 0.095 0.063 0.202 0.278 0.243 40 F 0.062 0.002 0.001 0.001 0.054 0.004 0.878 41 D 0.214 0.001 0.001 0.001 0.608 0.001 0.176 42 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 43 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 46 V 0.379 0.002 0.002 0.002 0.095 0.008 0.511 47 G 0.044 0.003 0.002 0.004 0.459 0.014 0.474 48 G 0.013 0.014 0.013 0.076 0.458 0.078 0.346 49 D 0.003 0.003 0.028 0.764 0.076 0.077 0.049 50 G 0.001 0.001 0.006 0.979 0.005 0.006 0.002 51 T 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.005 0.002 52 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 53 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.001 54 R 0.001 0.001 0.006 0.983 0.002 0.007 0.001 55 I 0.001 0.001 0.012 0.970 0.002 0.013 0.003 56 L 0.001 0.001 0.044 0.913 0.002 0.033 0.005 57 Q 0.001 0.001 0.050 0.717 0.008 0.217 0.007 58 K 0.001 0.001 0.069 0.487 0.017 0.402 0.023 59 L 0.002 0.016 0.036 0.102 0.258 0.071 0.515 60 K 0.005 0.006 0.038 0.038 0.113 0.246 0.555 61 R 0.014 0.028 0.052 0.038 0.274 0.382 0.213 62 C 0.045 0.006 0.014 0.008 0.348 0.126 0.452 63 P 0.091 0.004 0.001 0.001 0.186 0.005 0.712 64 P 0.486 0.008 0.001 0.001 0.152 0.003 0.348 65 I 0.941 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 66 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 67 G 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 68 I 0.935 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.051 69 N 0.683 0.008 0.004 0.005 0.043 0.024 0.233 70 T 0.172 0.006 0.037 0.026 0.223 0.291 0.245 71 G 0.071 0.012 0.050 0.030 0.311 0.354 0.171 72 R 0.101 0.020 0.089 0.066 0.239 0.286 0.199 73 V 0.157 0.044 0.083 0.091 0.139 0.270 0.217 74 G 0.284 0.021 0.071 0.106 0.131 0.235 0.152 75 L 0.369 0.025 0.088 0.148 0.066 0.145 0.157 76 L 0.323 0.024 0.077 0.156 0.090 0.154 0.177 77 T 0.351 0.018 0.056 0.074 0.154 0.117 0.230 78 H 0.302 0.015 0.027 0.027 0.193 0.073 0.363 79 A 0.206 0.060 0.013 0.014 0.176 0.020 0.510 80 S 0.066 0.015 0.004 0.007 0.045 0.008 0.855 81 P 0.003 0.001 0.350 0.469 0.027 0.108 0.042 82 E 0.002 0.001 0.257 0.537 0.056 0.124 0.023 83 N 0.002 0.003 0.270 0.559 0.031 0.082 0.053 84 F 0.003 0.004 0.037 0.839 0.021 0.033 0.064 85 E 0.003 0.001 0.014 0.917 0.013 0.033 0.020 86 V 0.004 0.001 0.012 0.933 0.011 0.024 0.015 87 E 0.002 0.001 0.010 0.944 0.009 0.021 0.013 88 L 0.005 0.002 0.011 0.937 0.009 0.024 0.013 89 K 0.005 0.001 0.025 0.887 0.010 0.056 0.017 90 K 0.004 0.001 0.025 0.820 0.015 0.114 0.021 91 A 0.005 0.003 0.034 0.661 0.028 0.217 0.051 92 V 0.015 0.006 0.038 0.323 0.139 0.319 0.159 93 E 0.011 0.002 0.041 0.123 0.131 0.591 0.100 94 K 0.028 0.004 0.038 0.063 0.277 0.383 0.208 95 F 0.296 0.013 0.012 0.054 0.139 0.039 0.447 96 E 0.643 0.012 0.002 0.016 0.036 0.008 0.283 97 V 0.778 0.014 0.007 0.012 0.016 0.009 0.164 98 E 0.761 0.010 0.013 0.009 0.038 0.013 0.156 99 R 0.648 0.011 0.032 0.009 0.077 0.015 0.207 100 F 0.636 0.004 0.033 0.007 0.095 0.019 0.207 101 P 0.754 0.007 0.017 0.002 0.039 0.014 0.166 102 R 0.919 0.003 0.006 0.001 0.020 0.005 0.046 103 V 0.960 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.027 104 S 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 105 C 0.960 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.030 106 S 0.962 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.027 107 A 0.874 0.007 0.002 0.003 0.011 0.012 0.090 108 M 0.571 0.005 0.006 0.005 0.099 0.075 0.239 109 P 0.132 0.005 0.017 0.008 0.394 0.295 0.149 110 D 0.087 0.004 0.028 0.007 0.388 0.270 0.216 111 V 0.364 0.019 0.013 0.004 0.137 0.064 0.398 112 L 0.627 0.016 0.008 0.004 0.070 0.024 0.251 113 A 0.846 0.014 0.007 0.004 0.020 0.017 0.093 114 L 0.852 0.013 0.012 0.007 0.035 0.018 0.062 115 N 0.855 0.004 0.012 0.009 0.023 0.010 0.086 116 E 0.810 0.003 0.025 0.020 0.026 0.022 0.093 117 I 0.856 0.007 0.014 0.024 0.028 0.022 0.049 118 A 0.876 0.008 0.010 0.022 0.017 0.013 0.052 119 V 0.832 0.037 0.006 0.017 0.020 0.012 0.075 120 L 0.658 0.023 0.008 0.019 0.065 0.035 0.192 121 S 0.274 0.011 0.020 0.015 0.244 0.146 0.291 122 R 0.098 0.011 0.019 0.007 0.391 0.169 0.305 123 K 0.077 0.015 0.027 0.006 0.405 0.105 0.365 124 P 0.058 0.015 0.063 0.007 0.310 0.123 0.425 125 A 0.044 0.011 0.195 0.007 0.225 0.316 0.201 126 K 0.099 0.017 0.186 0.004 0.241 0.212 0.242 127 M 0.527 0.015 0.029 0.001 0.064 0.034 0.330 128 I 0.864 0.006 0.002 0.001 0.021 0.006 0.101 129 D 0.962 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.028 130 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 131 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 132 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 133 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 134 V 0.952 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.038 135 D 0.184 0.004 0.007 0.001 0.193 0.542 0.070 136 G 0.009 0.001 0.010 0.001 0.153 0.815 0.012 137 V 0.320 0.016 0.027 0.004 0.151 0.224 0.258 138 E 0.772 0.067 0.008 0.003 0.015 0.029 0.105 139 V 0.898 0.011 0.005 0.004 0.014 0.010 0.057 140 D 0.894 0.006 0.008 0.008 0.020 0.011 0.053 141 R 0.894 0.005 0.009 0.007 0.016 0.009 0.060 142 I 0.903 0.004 0.006 0.009 0.017 0.012 0.050 143 R 0.847 0.014 0.006 0.024 0.033 0.024 0.053 144 C 0.851 0.008 0.002 0.004 0.016 0.010 0.109 145 D 0.534 0.002 0.004 0.004 0.151 0.100 0.204 146 G 0.737 0.002 0.002 0.002 0.193 0.031 0.034 147 F 0.962 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.028 148 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 149 V 0.946 0.001 0.001 0.002 0.011 0.003 0.036 150 A 0.725 0.028 0.002 0.004 0.065 0.011 0.165 151 T 0.128 0.006 0.003 0.002 0.131 0.018 0.713 152 Q 0.009 0.002 0.016 0.004 0.216 0.647 0.105 153 I 0.013 0.018 0.018 0.017 0.240 0.595 0.099 154 G 0.027 0.010 0.061 0.061 0.386 0.248 0.207 155 S 0.037 0.009 0.036 0.176 0.283 0.108 0.350 156 T 0.160 0.034 0.070 0.304 0.111 0.142 0.179 157 G 0.235 0.011 0.061 0.402 0.074 0.100 0.117 158 Y 0.243 0.008 0.051 0.539 0.038 0.049 0.071 159 A 0.110 0.013 0.073 0.652 0.028 0.060 0.064 160 F 0.072 0.008 0.069 0.552 0.034 0.218 0.047 161 S 0.034 0.008 0.041 0.445 0.043 0.397 0.033 162 A 0.027 0.006 0.016 0.144 0.185 0.512 0.110 163 G 0.016 0.004 0.008 0.019 0.198 0.526 0.229 164 G 0.094 0.016 0.007 0.010 0.321 0.045 0.509 165 P 0.229 0.029 0.009 0.004 0.100 0.018 0.610 166 V 0.428 0.055 0.016 0.007 0.060 0.019 0.414 167 V 0.247 0.111 0.022 0.011 0.077 0.023 0.508 168 E 0.112 0.019 0.031 0.006 0.093 0.035 0.704 169 P 0.009 0.004 0.054 0.008 0.075 0.808 0.043 170 Y 0.009 0.004 0.037 0.001 0.083 0.809 0.056 171 L 0.069 0.006 0.008 0.001 0.173 0.018 0.725 172 E 0.187 0.004 0.004 0.001 0.543 0.030 0.231 173 C 0.892 0.022 0.003 0.001 0.009 0.007 0.065 174 F 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 175 I 0.958 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.035 176 L 0.913 0.004 0.001 0.003 0.006 0.002 0.071 177 I 0.561 0.009 0.009 0.009 0.050 0.009 0.353 178 P 0.340 0.005 0.041 0.017 0.112 0.065 0.420 179 I 0.250 0.052 0.064 0.022 0.158 0.065 0.389 180 A 0.114 0.023 0.048 0.013 0.231 0.035 0.536 181 P 0.056 0.007 0.095 0.013 0.194 0.284 0.351 182 F 0.051 0.054 0.114 0.015 0.254 0.231 0.282 183 R 0.078 0.048 0.080 0.018 0.226 0.088 0.462 184 F 0.075 0.027 0.117 0.036 0.124 0.248 0.372 185 G 0.110 0.026 0.078 0.021 0.190 0.333 0.244 186 W 0.137 0.046 0.034 0.012 0.302 0.140 0.328 187 K 0.158 0.010 0.006 0.002 0.388 0.033 0.402 188 P 0.507 0.011 0.003 0.001 0.093 0.017 0.368 189 Y 0.890 0.014 0.001 0.001 0.012 0.003 0.080 190 V 0.905 0.020 0.001 0.001 0.009 0.002 0.063 191 V 0.672 0.064 0.001 0.001 0.016 0.004 0.242 192 S 0.077 0.012 0.004 0.001 0.081 0.028 0.798 193 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.199 0.789 0.007 194 E 0.003 0.001 0.006 0.001 0.108 0.864 0.017 195 R 0.229 0.010 0.002 0.001 0.259 0.021 0.478 196 K 0.801 0.034 0.001 0.001 0.012 0.003 0.150 197 I 0.972 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 198 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 199 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 200 I 0.922 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.069 201 A 0.742 0.029 0.002 0.001 0.017 0.004 0.206 202 E 0.346 0.018 0.004 0.002 0.056 0.017 0.557 203 K 0.047 0.005 0.035 0.016 0.110 0.045 0.742 204 A 0.048 0.015 0.146 0.095 0.145 0.171 0.380 205 I 0.038 0.009 0.207 0.114 0.142 0.236 0.255 206 V 0.029 0.010 0.153 0.105 0.216 0.191 0.297 207 V 0.029 0.008 0.134 0.092 0.193 0.232 0.312 208 A 0.030 0.006 0.163 0.093 0.194 0.363 0.152 209 D 0.053 0.005 0.108 0.054 0.242 0.322 0.217 210 G 0.142 0.010 0.026 0.013 0.326 0.101 0.382 211 Q 0.307 0.012 0.009 0.005 0.133 0.040 0.493 212 K 0.657 0.010 0.002 0.001 0.038 0.005 0.287 213 S 0.923 0.003 0.001 0.001 0.019 0.001 0.052 214 V 0.977 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 215 D 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 216 F 0.928 0.004 0.001 0.001 0.009 0.018 0.039 217 D 0.272 0.004 0.010 0.001 0.111 0.542 0.059 218 G 0.041 0.002 0.009 0.001 0.187 0.719 0.041 219 E 0.313 0.019 0.039 0.003 0.139 0.248 0.238 220 I 0.761 0.041 0.012 0.001 0.034 0.040 0.111 221 T 0.918 0.009 0.004 0.001 0.017 0.008 0.043 222 I 0.926 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.054 223 E 0.916 0.008 0.001 0.001 0.009 0.003 0.063 224 K 0.653 0.023 0.002 0.001 0.016 0.005 0.300 225 S 0.160 0.010 0.009 0.001 0.068 0.035 0.718 226 E 0.008 0.002 0.019 0.001 0.192 0.760 0.018 227 F 0.008 0.001 0.025 0.001 0.077 0.861 0.027 228 P 0.158 0.007 0.014 0.001 0.228 0.091 0.502 229 A 0.833 0.018 0.001 0.001 0.023 0.007 0.117 230 V 0.970 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 231 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 232 F 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 233 K 0.907 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.078 234 N 0.714 0.009 0.004 0.002 0.053 0.022 0.196 235 E 0.303 0.012 0.010 0.004 0.194 0.071 0.405 236 K 0.128 0.006 0.021 0.004 0.371 0.151 0.318 237 R 0.190 0.013 0.024 0.006 0.355 0.089 0.323 238 F 0.370 0.021 0.016 0.006 0.127 0.044 0.415 239 R 0.589 0.012 0.014 0.006 0.060 0.017 0.303 240 N 0.769 0.008 0.011 0.006 0.048 0.012 0.147 241 L 0.863 0.011 0.009 0.005 0.021 0.008 0.083 242 F 0.866 0.010 0.004 0.005 0.015 0.005 0.095 243 G 0.761 0.013 0.003 0.004 0.027 0.007 0.185 244 K 0.492 0.016 0.005 0.006 0.066 0.016 0.399 245 V 0.200 0.014 0.022 0.013 0.181 0.080 0.491 246 R 0.078 0.012 0.067 0.033 0.331 0.186 0.292 247 S 0.072 0.031 0.072 0.040 0.235 0.154 0.397 248 I 0.079 0.035 0.045 0.040 0.120 0.162 0.520 249 G 0.007 0.003 0.006 0.011 0.027 0.017 0.928