# TARGET T0202 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0202.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 219 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.162 0.152 0.187 0.221 0.172 0.096 0.010 2 R 0.127 0.154 0.170 0.225 0.201 0.109 0.015 3 A 0.125 0.143 0.122 0.165 0.219 0.192 0.034 4 A 0.097 0.160 0.206 0.228 0.184 0.111 0.014 5 V 0.055 0.058 0.088 0.195 0.284 0.284 0.036 6 V 0.093 0.112 0.159 0.236 0.245 0.142 0.014 7 Y 0.241 0.195 0.177 0.187 0.142 0.056 0.003 8 K 0.342 0.310 0.186 0.111 0.040 0.010 0.001 9 T 0.455 0.274 0.153 0.084 0.028 0.006 0.001 10 D 0.585 0.271 0.093 0.037 0.012 0.003 0.001 11 G 0.351 0.266 0.196 0.133 0.045 0.008 0.001 12 H 0.443 0.305 0.157 0.069 0.022 0.004 0.001 13 V 0.225 0.229 0.206 0.196 0.114 0.029 0.001 14 K 0.229 0.213 0.213 0.206 0.108 0.030 0.002 15 R 0.249 0.241 0.199 0.181 0.099 0.029 0.002 16 I 0.379 0.282 0.161 0.110 0.050 0.016 0.002 17 E 0.426 0.252 0.148 0.101 0.051 0.019 0.002 18 E 0.448 0.252 0.142 0.093 0.046 0.017 0.002 19 A 0.424 0.229 0.146 0.113 0.061 0.023 0.003 20 L 0.460 0.250 0.140 0.090 0.043 0.016 0.002 21 K 0.406 0.272 0.154 0.102 0.047 0.017 0.002 22 R 0.342 0.228 0.173 0.146 0.080 0.028 0.002 23 L 0.365 0.239 0.168 0.130 0.071 0.024 0.002 24 E 0.396 0.249 0.157 0.114 0.060 0.021 0.002 25 V 0.293 0.195 0.172 0.179 0.115 0.042 0.003 26 E 0.420 0.255 0.152 0.102 0.051 0.019 0.002 27 V 0.334 0.234 0.168 0.143 0.085 0.033 0.003 28 E 0.250 0.178 0.170 0.192 0.144 0.061 0.006 29 L 0.346 0.225 0.171 0.141 0.083 0.032 0.003 30 F 0.394 0.231 0.154 0.122 0.069 0.027 0.003 31 N 0.374 0.248 0.156 0.120 0.070 0.028 0.003 32 Q 0.269 0.218 0.189 0.178 0.106 0.036 0.004 33 P 0.230 0.223 0.190 0.192 0.118 0.043 0.005 34 S 0.354 0.288 0.175 0.115 0.051 0.016 0.002 35 E 0.277 0.272 0.186 0.155 0.084 0.024 0.002 36 E 0.182 0.213 0.226 0.231 0.121 0.026 0.001 37 L 0.238 0.303 0.214 0.162 0.068 0.013 0.001 38 E 0.235 0.399 0.198 0.120 0.042 0.007 0.001 39 N 0.032 0.247 0.344 0.284 0.083 0.009 0.001 40 F 0.001 0.007 0.032 0.143 0.421 0.383 0.014 41 D 0.001 0.007 0.058 0.260 0.427 0.236 0.012 42 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.078 0.558 0.354 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.196 0.793 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.942 45 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.921 46 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.154 0.824 47 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.057 0.284 0.638 48 G 0.001 0.002 0.007 0.033 0.122 0.308 0.528 49 D 0.001 0.006 0.015 0.037 0.118 0.326 0.497 50 G 0.002 0.006 0.015 0.056 0.149 0.380 0.393 51 T 0.003 0.011 0.025 0.067 0.160 0.340 0.394 52 I 0.005 0.010 0.016 0.039 0.083 0.336 0.510 53 L 0.010 0.016 0.031 0.088 0.200 0.431 0.224 54 R 0.012 0.032 0.068 0.157 0.252 0.351 0.127 55 I 0.008 0.016 0.036 0.099 0.227 0.454 0.160 56 L 0.007 0.022 0.050 0.146 0.341 0.370 0.063 57 Q 0.019 0.123 0.204 0.292 0.233 0.114 0.016 58 K 0.067 0.244 0.272 0.237 0.129 0.045 0.006 59 L 0.048 0.133 0.219 0.316 0.215 0.064 0.005 60 K 0.332 0.345 0.178 0.102 0.036 0.006 0.001 61 R 0.291 0.347 0.216 0.109 0.032 0.004 0.001 62 C 0.202 0.434 0.235 0.099 0.025 0.003 0.001 63 P 0.006 0.062 0.170 0.352 0.318 0.090 0.002 64 P 0.001 0.008 0.041 0.181 0.358 0.372 0.040 65 I 0.001 0.001 0.002 0.017 0.109 0.520 0.352 66 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.292 0.672 67 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.237 0.729 68 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.254 0.699 69 N 0.002 0.011 0.033 0.078 0.169 0.369 0.338 70 T 0.005 0.024 0.057 0.127 0.256 0.344 0.187 71 G 0.015 0.061 0.112 0.194 0.241 0.256 0.121 72 R 0.027 0.065 0.108 0.189 0.255 0.250 0.107 73 V 0.017 0.030 0.055 0.112 0.200 0.367 0.219 74 G 0.029 0.051 0.088 0.177 0.233 0.271 0.152 75 L 0.021 0.034 0.064 0.119 0.221 0.365 0.175 76 L 0.012 0.014 0.026 0.073 0.191 0.478 0.207 77 T 0.016 0.044 0.085 0.187 0.298 0.303 0.066 78 H 0.045 0.136 0.228 0.277 0.198 0.104 0.013 79 A 0.033 0.083 0.139 0.245 0.319 0.165 0.016 80 S 0.194 0.384 0.246 0.131 0.036 0.007 0.001 81 P 0.130 0.245 0.284 0.233 0.088 0.018 0.001 82 E 0.736 0.216 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 83 N 0.304 0.413 0.206 0.064 0.013 0.002 0.001 84 F 0.035 0.061 0.146 0.319 0.348 0.088 0.002 85 E 0.123 0.350 0.333 0.155 0.034 0.004 0.001 86 V 0.338 0.513 0.121 0.023 0.004 0.001 0.001 87 E 0.041 0.143 0.283 0.334 0.171 0.028 0.001 88 L 0.021 0.040 0.124 0.336 0.366 0.111 0.003 89 K 0.335 0.440 0.161 0.051 0.012 0.002 0.001 90 K 0.429 0.382 0.143 0.037 0.008 0.001 0.001 91 A 0.092 0.132 0.223 0.317 0.190 0.044 0.002 92 V 0.200 0.261 0.245 0.178 0.096 0.020 0.001 93 E 0.600 0.256 0.090 0.042 0.010 0.002 0.001 94 K 0.536 0.291 0.118 0.041 0.011 0.003 0.001 95 F 0.209 0.193 0.196 0.231 0.135 0.033 0.003 96 E 0.385 0.328 0.157 0.081 0.037 0.011 0.001 97 V 0.236 0.189 0.173 0.219 0.133 0.045 0.005 98 E 0.328 0.290 0.186 0.129 0.050 0.015 0.002 99 R 0.354 0.293 0.168 0.110 0.053 0.018 0.003 100 F 0.229 0.216 0.209 0.191 0.108 0.041 0.005 101 P 0.242 0.226 0.174 0.173 0.120 0.058 0.007 102 R 0.100 0.175 0.232 0.248 0.162 0.073 0.011 103 V 0.040 0.049 0.074 0.171 0.312 0.304 0.050 104 S 0.057 0.147 0.254 0.290 0.177 0.069 0.007 105 C 0.048 0.062 0.082 0.178 0.309 0.284 0.036 106 S 0.096 0.240 0.286 0.241 0.108 0.027 0.001 107 A 0.059 0.091 0.134 0.294 0.305 0.112 0.005 108 M 0.283 0.345 0.206 0.113 0.043 0.010 0.001 109 P 0.579 0.281 0.092 0.036 0.009 0.002 0.001 110 D 0.422 0.350 0.154 0.058 0.014 0.003 0.001 111 V 0.082 0.145 0.185 0.261 0.247 0.074 0.005 112 L 0.028 0.069 0.133 0.240 0.312 0.196 0.023 113 A 0.009 0.021 0.045 0.116 0.229 0.444 0.136 114 L 0.002 0.003 0.007 0.029 0.098 0.368 0.493 115 N 0.003 0.012 0.023 0.062 0.130 0.341 0.430 116 E 0.001 0.004 0.014 0.040 0.107 0.361 0.472 117 I 0.001 0.002 0.006 0.024 0.081 0.386 0.501 118 A 0.001 0.005 0.016 0.060 0.182 0.454 0.282 119 V 0.001 0.004 0.012 0.042 0.190 0.553 0.197 120 L 0.014 0.089 0.183 0.350 0.264 0.090 0.009 121 S 0.079 0.266 0.309 0.223 0.098 0.023 0.002 122 R 0.354 0.344 0.182 0.087 0.026 0.006 0.001 123 K 0.363 0.355 0.169 0.080 0.027 0.006 0.001 124 P 0.146 0.200 0.237 0.249 0.134 0.032 0.002 125 A 0.229 0.327 0.212 0.138 0.064 0.026 0.003 126 K 0.103 0.228 0.261 0.227 0.131 0.045 0.005 127 M 0.029 0.067 0.121 0.215 0.284 0.243 0.041 128 I 0.013 0.054 0.114 0.243 0.313 0.225 0.038 129 D 0.020 0.122 0.276 0.315 0.172 0.079 0.017 130 V 0.002 0.008 0.021 0.081 0.293 0.488 0.107 131 A 0.004 0.055 0.235 0.370 0.232 0.092 0.011 132 L 0.002 0.008 0.019 0.081 0.267 0.529 0.094 133 R 0.008 0.082 0.244 0.331 0.236 0.094 0.005 134 V 0.008 0.027 0.072 0.245 0.419 0.216 0.013 135 D 0.178 0.455 0.249 0.092 0.022 0.005 0.001 136 G 0.361 0.372 0.165 0.079 0.020 0.003 0.001 137 V 0.331 0.426 0.168 0.059 0.014 0.003 0.001 138 E 0.073 0.188 0.244 0.290 0.167 0.037 0.001 139 V 0.021 0.032 0.084 0.209 0.362 0.267 0.026 140 D 0.092 0.305 0.265 0.219 0.094 0.024 0.001 141 R 0.043 0.188 0.308 0.268 0.142 0.047 0.004 142 I 0.007 0.029 0.058 0.180 0.408 0.291 0.028 143 R 0.009 0.090 0.201 0.306 0.264 0.118 0.012 144 C 0.003 0.011 0.038 0.112 0.262 0.470 0.104 145 D 0.001 0.012 0.048 0.172 0.338 0.367 0.061 146 G 0.001 0.001 0.006 0.027 0.120 0.488 0.357 147 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.209 0.761 148 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.097 0.892 149 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.107 0.874 150 A 0.001 0.002 0.004 0.011 0.039 0.225 0.719 151 T 0.002 0.005 0.011 0.033 0.087 0.294 0.569 152 Q 0.016 0.035 0.060 0.120 0.228 0.279 0.262 153 I 0.039 0.100 0.142 0.157 0.176 0.192 0.193 154 G 0.046 0.069 0.096 0.175 0.195 0.246 0.172 155 S 0.054 0.068 0.081 0.135 0.227 0.270 0.166 156 T 0.062 0.092 0.128 0.191 0.188 0.193 0.146 157 G 0.095 0.097 0.112 0.150 0.205 0.174 0.167 158 Y 0.063 0.088 0.113 0.130 0.158 0.211 0.238 159 A 0.056 0.084 0.110 0.169 0.177 0.210 0.195 160 F 0.076 0.107 0.113 0.155 0.183 0.183 0.184 161 S 0.109 0.130 0.101 0.128 0.163 0.189 0.180 162 A 0.106 0.102 0.111 0.155 0.152 0.180 0.195 163 G 0.086 0.131 0.138 0.172 0.153 0.170 0.151 164 G 0.072 0.073 0.087 0.149 0.184 0.228 0.207 165 P 0.027 0.046 0.061 0.112 0.198 0.252 0.304 166 V 0.022 0.036 0.064 0.108 0.147 0.275 0.347 167 V 0.018 0.027 0.043 0.099 0.175 0.347 0.291 168 E 0.026 0.053 0.091 0.182 0.265 0.276 0.107 169 P 0.024 0.062 0.101 0.189 0.285 0.243 0.094 170 Y 0.053 0.213 0.308 0.244 0.114 0.055 0.014 171 L 0.008 0.027 0.060 0.175 0.357 0.305 0.068 172 E 0.005 0.055 0.146 0.258 0.259 0.214 0.064 173 C 0.001 0.003 0.009 0.034 0.128 0.443 0.383 174 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.040 0.274 0.677 175 I 0.001 0.003 0.006 0.021 0.071 0.259 0.638 176 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.155 0.814 177 I 0.001 0.005 0.010 0.030 0.062 0.211 0.681 178 P 0.004 0.012 0.025 0.057 0.106 0.257 0.538 179 I 0.003 0.006 0.012 0.035 0.132 0.297 0.515 180 A 0.007 0.014 0.027 0.057 0.128 0.313 0.454 181 P 0.011 0.023 0.040 0.084 0.136 0.308 0.397 182 F 0.039 0.060 0.076 0.141 0.191 0.262 0.231 183 R 0.066 0.078 0.076 0.110 0.188 0.240 0.242 184 F 0.052 0.064 0.096 0.136 0.170 0.252 0.229 185 G 0.045 0.089 0.140 0.205 0.199 0.208 0.115 186 W 0.033 0.064 0.094 0.167 0.219 0.268 0.155 187 K 0.016 0.038 0.058 0.116 0.233 0.322 0.216 188 P 0.010 0.029 0.066 0.119 0.205 0.345 0.226 189 Y 0.002 0.007 0.018 0.055 0.126 0.461 0.330 190 V 0.005 0.014 0.034 0.098 0.240 0.496 0.113 191 V 0.005 0.019 0.058 0.197 0.386 0.304 0.031 192 S 0.082 0.246 0.298 0.255 0.097 0.020 0.002 193 M 0.421 0.379 0.149 0.045 0.006 0.001 0.001 194 E 0.500 0.418 0.064 0.014 0.003 0.001 0.001 195 R 0.046 0.208 0.348 0.310 0.081 0.007 0.001 196 K 0.044 0.328 0.410 0.174 0.040 0.004 0.001 197 I 0.001 0.003 0.018 0.123 0.442 0.402 0.012 198 E 0.001 0.038 0.281 0.465 0.191 0.024 0.001 199 V 0.001 0.001 0.005 0.034 0.252 0.655 0.053 200 I 0.001 0.043 0.258 0.466 0.201 0.031 0.001 201 A 0.005 0.033 0.096 0.284 0.408 0.170 0.005 202 E 0.074 0.351 0.292 0.172 0.087 0.023 0.001 203 K 0.254 0.392 0.204 0.109 0.034 0.008 0.001 204 A 0.393 0.316 0.175 0.082 0.027 0.007 0.001 205 I 0.342 0.279 0.186 0.130 0.052 0.011 0.001 206 V 0.468 0.260 0.149 0.088 0.029 0.005 0.001 207 V 0.598 0.274 0.083 0.034 0.009 0.002 0.001 208 A 0.486 0.261 0.142 0.084 0.023 0.004 0.001 209 D 0.554 0.271 0.106 0.048 0.017 0.003 0.001 210 G 0.188 0.328 0.256 0.170 0.049 0.009 0.001 211 Q 0.065 0.262 0.337 0.242 0.079 0.014 0.001 212 K 0.006 0.016 0.040 0.151 0.374 0.365 0.047 213 S 0.004 0.025 0.095 0.236 0.336 0.257 0.046 214 V 0.002 0.002 0.007 0.031 0.118 0.480 0.360 215 D 0.005 0.018 0.037 0.095 0.207 0.410 0.229 216 F 0.006 0.018 0.040 0.098 0.191 0.376 0.270 217 D 0.019 0.049 0.072 0.118 0.200 0.334 0.209 218 G 0.048 0.096 0.139 0.210 0.235 0.207 0.066 219 E 0.160 0.219 0.191 0.186 0.137 0.086 0.022 220 I 0.184 0.223 0.199 0.180 0.132 0.070 0.013 221 T 0.133 0.218 0.226 0.196 0.147 0.072 0.008 222 I 0.129 0.227 0.206 0.237 0.138 0.058 0.006 223 E 0.235 0.347 0.223 0.124 0.052 0.018 0.001 224 K 0.088 0.135 0.206 0.310 0.209 0.049 0.002 225 S 0.332 0.321 0.180 0.111 0.043 0.011 0.001 226 E 0.506 0.317 0.125 0.043 0.008 0.001 0.001 227 F 0.306 0.350 0.188 0.117 0.033 0.005 0.001 228 P 0.176 0.381 0.253 0.136 0.045 0.008 0.001 229 A 0.036 0.270 0.367 0.242 0.073 0.011 0.001 230 V 0.001 0.007 0.031 0.148 0.420 0.375 0.017 231 F 0.004 0.077 0.314 0.399 0.176 0.029 0.001 232 F 0.001 0.006 0.024 0.131 0.450 0.370 0.017 233 K 0.012 0.172 0.382 0.323 0.097 0.014 0.001 234 N 0.076 0.251 0.241 0.269 0.134 0.027 0.001 235 E 0.127 0.341 0.272 0.185 0.064 0.011 0.001 236 K 0.299 0.410 0.184 0.084 0.020 0.003 0.001 237 R 0.163 0.323 0.281 0.169 0.055 0.008 0.001 238 F 0.118 0.383 0.292 0.165 0.036 0.005 0.001 239 R 0.021 0.043 0.094 0.234 0.394 0.202 0.011 240 N 0.025 0.106 0.214 0.323 0.230 0.096 0.007 241 L 0.016 0.021 0.054 0.138 0.263 0.438 0.070 242 F 0.009 0.012 0.027 0.083 0.257 0.494 0.118 243 G 0.035 0.101 0.211 0.269 0.247 0.123 0.016 244 K 0.073 0.113 0.175 0.261 0.250 0.111 0.016 245 V 0.362 0.321 0.173 0.094 0.036 0.012 0.001 246 R 0.422 0.253 0.151 0.105 0.050 0.017 0.002 247 S 0.551 0.191 0.107 0.083 0.047 0.020 0.002 248 I 0.627 0.150 0.085 0.071 0.046 0.020 0.003 249 G 0.667 0.164 0.080 0.049 0.026 0.012 0.002