# TARGET T0202 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0202.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.005 0.007 0.057 0.113 0.756 2 R 0.274 0.010 0.009 0.110 0.122 0.476 3 A 0.477 0.007 0.009 0.116 0.114 0.279 4 A 0.669 0.004 0.008 0.164 0.063 0.091 5 V 0.806 0.001 0.004 0.128 0.029 0.032 6 V 0.841 0.001 0.002 0.104 0.021 0.030 7 Y 0.732 0.005 0.002 0.143 0.033 0.086 8 K 0.453 0.015 0.003 0.081 0.122 0.327 9 T 0.155 0.012 0.009 0.057 0.337 0.430 10 D 0.070 0.005 0.012 0.094 0.475 0.344 11 G 0.063 0.007 0.015 0.323 0.419 0.173 12 H 0.150 0.013 0.008 0.435 0.187 0.207 13 V 0.177 0.006 0.006 0.693 0.034 0.084 14 K 0.143 0.002 0.010 0.796 0.019 0.030 15 R 0.219 0.003 0.014 0.694 0.028 0.044 16 I 0.201 0.005 0.010 0.644 0.036 0.104 17 E 0.122 0.003 0.010 0.746 0.034 0.085 18 E 0.056 0.001 0.010 0.854 0.035 0.043 19 A 0.069 0.002 0.012 0.795 0.057 0.066 20 L 0.046 0.002 0.010 0.864 0.037 0.041 21 K 0.040 0.001 0.010 0.883 0.029 0.037 22 R 0.033 0.001 0.010 0.874 0.027 0.056 23 L 0.071 0.002 0.010 0.789 0.033 0.095 24 E 0.121 0.003 0.007 0.686 0.043 0.139 25 V 0.120 0.004 0.009 0.667 0.046 0.154 26 E 0.185 0.007 0.010 0.467 0.077 0.254 27 V 0.263 0.010 0.021 0.375 0.088 0.243 28 E 0.226 0.012 0.038 0.343 0.116 0.264 29 L 0.204 0.016 0.066 0.265 0.204 0.246 30 F 0.138 0.016 0.037 0.137 0.263 0.409 31 N 0.068 0.016 0.020 0.073 0.262 0.562 32 Q 0.039 0.015 0.016 0.044 0.309 0.577 33 P 0.020 0.012 0.064 0.080 0.330 0.493 34 S 0.013 0.008 0.347 0.202 0.270 0.161 35 E 0.017 0.009 0.345 0.256 0.268 0.105 36 E 0.021 0.010 0.301 0.230 0.325 0.113 37 L 0.025 0.012 0.239 0.195 0.371 0.158 38 E 0.049 0.010 0.214 0.155 0.438 0.134 39 N 0.070 0.009 0.068 0.028 0.542 0.283 40 F 0.070 0.007 0.010 0.003 0.412 0.498 41 D 0.236 0.003 0.002 0.001 0.240 0.518 42 F 0.950 0.003 0.001 0.001 0.011 0.035 43 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 46 V 0.606 0.004 0.001 0.003 0.078 0.309 47 G 0.080 0.005 0.005 0.005 0.284 0.621 48 G 0.012 0.009 0.010 0.024 0.307 0.638 49 D 0.006 0.007 0.012 0.302 0.270 0.403 50 G 0.001 0.001 0.003 0.947 0.026 0.021 51 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.004 52 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 57 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 58 K 0.001 0.001 0.007 0.974 0.009 0.009 59 L 0.001 0.001 0.016 0.899 0.046 0.037 60 K 0.002 0.002 0.029 0.578 0.172 0.217 61 R 0.002 0.003 0.023 0.112 0.299 0.561 62 C 0.005 0.004 0.004 0.006 0.243 0.737 63 P 0.022 0.002 0.002 0.001 0.151 0.823 64 P 0.190 0.009 0.010 0.002 0.181 0.607 65 I 0.805 0.013 0.006 0.002 0.046 0.128 66 F 0.945 0.004 0.002 0.002 0.011 0.035 67 G 0.940 0.003 0.001 0.002 0.016 0.037 68 I 0.847 0.017 0.002 0.002 0.047 0.085 69 N 0.550 0.019 0.005 0.003 0.274 0.149 70 T 0.161 0.013 0.012 0.003 0.613 0.197 71 G 0.057 0.013 0.031 0.004 0.713 0.182 72 R 0.086 0.047 0.049 0.011 0.624 0.183 73 V 0.105 0.024 0.059 0.018 0.595 0.200 74 G 0.175 0.021 0.077 0.020 0.461 0.246 75 L 0.350 0.046 0.089 0.059 0.262 0.196 76 L 0.305 0.053 0.072 0.053 0.263 0.255 77 T 0.272 0.041 0.038 0.023 0.309 0.317 78 H 0.141 0.027 0.024 0.018 0.397 0.394 79 A 0.068 0.058 0.018 0.019 0.349 0.488 80 S 0.029 0.023 0.011 0.015 0.411 0.511 81 P 0.003 0.002 0.562 0.206 0.177 0.050 82 E 0.003 0.002 0.547 0.227 0.191 0.031 83 N 0.004 0.002 0.485 0.336 0.145 0.028 84 F 0.004 0.003 0.023 0.904 0.031 0.034 85 E 0.007 0.003 0.007 0.945 0.015 0.023 86 V 0.003 0.001 0.005 0.973 0.012 0.007 87 E 0.005 0.001 0.004 0.978 0.007 0.006 88 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 89 K 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.005 90 K 0.001 0.001 0.008 0.958 0.015 0.017 91 A 0.004 0.002 0.009 0.918 0.034 0.033 92 V 0.005 0.002 0.013 0.854 0.086 0.040 93 E 0.007 0.001 0.024 0.650 0.200 0.117 94 K 0.015 0.002 0.028 0.439 0.245 0.271 95 F 0.108 0.011 0.023 0.189 0.234 0.436 96 E 0.291 0.012 0.013 0.066 0.136 0.481 97 V 0.605 0.012 0.016 0.038 0.100 0.229 98 E 0.670 0.008 0.012 0.016 0.100 0.194 99 R 0.682 0.012 0.009 0.007 0.105 0.184 100 F 0.431 0.009 0.011 0.003 0.201 0.346 101 P 0.397 0.004 0.021 0.004 0.246 0.328 102 R 0.649 0.007 0.020 0.003 0.134 0.187 103 V 0.868 0.006 0.005 0.003 0.044 0.074 104 S 0.921 0.002 0.002 0.002 0.023 0.050 105 C 0.914 0.004 0.002 0.002 0.016 0.062 106 S 0.887 0.006 0.002 0.003 0.037 0.064 107 A 0.714 0.019 0.004 0.004 0.094 0.165 108 M 0.244 0.019 0.004 0.003 0.583 0.147 109 P 0.068 0.005 0.014 0.010 0.806 0.097 110 D 0.060 0.002 0.026 0.034 0.773 0.105 111 V 0.371 0.030 0.033 0.027 0.465 0.074 112 L 0.734 0.011 0.010 0.014 0.113 0.117 113 A 0.899 0.010 0.007 0.012 0.029 0.043 114 L 0.895 0.005 0.007 0.013 0.033 0.046 115 N 0.855 0.002 0.005 0.012 0.046 0.081 116 E 0.829 0.002 0.006 0.020 0.055 0.089 117 I 0.870 0.004 0.006 0.026 0.033 0.061 118 A 0.908 0.005 0.004 0.020 0.021 0.042 119 V 0.848 0.011 0.008 0.021 0.048 0.064 120 L 0.551 0.012 0.009 0.025 0.213 0.191 121 S 0.165 0.007 0.014 0.025 0.407 0.382 122 R 0.059 0.010 0.011 0.009 0.437 0.474 123 K 0.057 0.016 0.009 0.007 0.371 0.539 124 P 0.083 0.027 0.048 0.013 0.403 0.426 125 A 0.134 0.009 0.086 0.006 0.420 0.344 126 K 0.334 0.009 0.105 0.005 0.273 0.274 127 M 0.761 0.006 0.031 0.002 0.063 0.136 128 I 0.917 0.002 0.004 0.001 0.023 0.053 129 D 0.961 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 130 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 131 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 132 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 133 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 134 V 0.879 0.002 0.001 0.001 0.117 0.002 135 D 0.172 0.001 0.001 0.001 0.817 0.009 136 G 0.128 0.003 0.001 0.001 0.855 0.012 137 V 0.760 0.015 0.001 0.001 0.184 0.039 138 E 0.905 0.012 0.001 0.002 0.025 0.055 139 V 0.917 0.005 0.004 0.004 0.040 0.031 140 D 0.859 0.001 0.007 0.008 0.061 0.064 141 R 0.869 0.002 0.008 0.008 0.048 0.065 142 I 0.881 0.008 0.003 0.009 0.030 0.069 143 R 0.845 0.014 0.003 0.005 0.055 0.078 144 C 0.576 0.010 0.004 0.004 0.230 0.176 145 D 0.248 0.002 0.006 0.001 0.461 0.283 146 G 0.886 0.004 0.002 0.001 0.070 0.038 147 F 0.987 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 148 I 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 149 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 150 A 0.626 0.009 0.002 0.003 0.096 0.264 151 T 0.078 0.010 0.004 0.002 0.316 0.591 152 Q 0.022 0.012 0.012 0.007 0.430 0.517 153 I 0.025 0.053 0.030 0.072 0.422 0.397 154 G 0.020 0.027 0.035 0.181 0.393 0.346 155 S 0.017 0.019 0.031 0.604 0.179 0.151 156 T 0.018 0.021 0.035 0.723 0.116 0.088 157 G 0.013 0.005 0.071 0.800 0.083 0.028 158 Y 0.023 0.006 0.148 0.655 0.135 0.032 159 A 0.020 0.009 0.155 0.683 0.107 0.026 160 F 0.018 0.006 0.067 0.792 0.077 0.040 161 S 0.015 0.011 0.041 0.550 0.220 0.164 162 A 0.010 0.016 0.032 0.407 0.325 0.209 163 G 0.020 0.013 0.029 0.194 0.429 0.315 164 G 0.032 0.006 0.071 0.067 0.406 0.418 165 P 0.089 0.015 0.279 0.128 0.277 0.213 166 V 0.287 0.070 0.226 0.101 0.168 0.148 167 V 0.284 0.098 0.082 0.088 0.210 0.238 168 E 0.100 0.027 0.027 0.056 0.674 0.117 169 P 0.019 0.003 0.073 0.057 0.746 0.103 170 Y 0.020 0.009 0.042 0.022 0.764 0.143 171 L 0.055 0.020 0.034 0.009 0.780 0.102 172 E 0.141 0.005 0.024 0.007 0.346 0.477 173 C 0.836 0.014 0.010 0.005 0.066 0.069 174 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 175 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 176 L 0.968 0.002 0.001 0.002 0.008 0.020 177 I 0.689 0.003 0.003 0.002 0.063 0.240 178 P 0.457 0.003 0.006 0.003 0.139 0.391 179 I 0.205 0.039 0.011 0.003 0.164 0.578 180 A 0.120 0.042 0.007 0.004 0.274 0.553 181 P 0.147 0.020 0.016 0.010 0.350 0.457 182 F 0.156 0.032 0.040 0.015 0.374 0.384 183 R 0.242 0.063 0.051 0.014 0.410 0.220 184 F 0.211 0.028 0.056 0.011 0.476 0.217 185 G 0.123 0.024 0.023 0.008 0.542 0.280 186 W 0.195 0.020 0.014 0.005 0.493 0.273 187 K 0.247 0.012 0.007 0.003 0.336 0.395 188 P 0.475 0.014 0.014 0.005 0.221 0.272 189 Y 0.740 0.027 0.009 0.004 0.080 0.141 190 V 0.924 0.012 0.003 0.002 0.019 0.041 191 V 0.891 0.025 0.001 0.001 0.018 0.064 192 S 0.477 0.007 0.003 0.001 0.501 0.011 193 M 0.037 0.001 0.022 0.001 0.930 0.009 194 E 0.008 0.001 0.015 0.001 0.964 0.011 195 R 0.355 0.020 0.004 0.001 0.604 0.016 196 K 0.808 0.003 0.001 0.001 0.027 0.161 197 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 198 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 199 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 200 I 0.966 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 201 A 0.720 0.006 0.001 0.001 0.090 0.183 202 E 0.332 0.005 0.003 0.001 0.445 0.215 203 K 0.237 0.002 0.004 0.001 0.503 0.253 204 A 0.666 0.004 0.003 0.002 0.218 0.107 205 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 206 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 207 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 208 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 209 D 0.684 0.001 0.001 0.001 0.220 0.093 210 G 0.250 0.003 0.003 0.001 0.583 0.160 211 Q 0.532 0.010 0.006 0.002 0.311 0.140 212 K 0.817 0.008 0.005 0.003 0.059 0.108 213 S 0.921 0.004 0.003 0.002 0.028 0.042 214 V 0.900 0.012 0.002 0.001 0.019 0.067 215 D 0.749 0.011 0.003 0.002 0.215 0.020 216 F 0.346 0.013 0.009 0.001 0.592 0.039 217 D 0.040 0.001 0.007 0.001 0.923 0.028 218 G 0.246 0.004 0.002 0.001 0.685 0.063 219 E 0.837 0.007 0.001 0.001 0.037 0.118 220 I 0.979 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 221 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 222 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 223 E 0.956 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 224 K 0.790 0.005 0.001 0.001 0.089 0.114 225 S 0.291 0.006 0.006 0.002 0.386 0.308 226 E 0.116 0.011 0.018 0.005 0.596 0.254 227 F 0.135 0.012 0.010 0.003 0.505 0.334 228 P 0.233 0.014 0.020 0.008 0.300 0.425 229 A 0.449 0.011 0.034 0.013 0.203 0.289 230 V 0.651 0.010 0.035 0.021 0.120 0.163 231 F 0.843 0.008 0.017 0.017 0.049 0.065 232 F 0.812 0.012 0.009 0.022 0.047 0.098 233 K 0.611 0.018 0.006 0.028 0.095 0.243 234 N 0.214 0.014 0.006 0.039 0.215 0.513 235 E 0.025 0.004 0.063 0.343 0.330 0.235 236 K 0.016 0.004 0.066 0.605 0.224 0.085 237 R 0.008 0.003 0.052 0.842 0.073 0.022 238 F 0.010 0.002 0.019 0.927 0.022 0.020 239 R 0.008 0.001 0.015 0.949 0.015 0.012 240 N 0.009 0.001 0.016 0.948 0.015 0.011 241 L 0.008 0.001 0.012 0.958 0.012 0.009 242 F 0.008 0.001 0.013 0.948 0.018 0.012 243 G 0.008 0.001 0.018 0.925 0.030 0.018 244 K 0.014 0.003 0.015 0.910 0.031 0.027 245 V 0.019 0.003 0.034 0.810 0.061 0.074 246 R 0.058 0.007 0.087 0.471 0.154 0.223 247 S 0.046 0.008 0.062 0.488 0.133 0.264 248 I 0.040 0.014 0.017 0.275 0.106 0.549 249 G 0.011 0.004 0.001 0.010 0.060 0.914