# TARGET T0202 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0202.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.002 0.001 0.041 0.006 0.005 0.921 2 R 0.187 0.023 0.006 0.122 0.015 0.013 0.634 3 A 0.415 0.011 0.017 0.199 0.067 0.019 0.272 4 A 0.562 0.005 0.030 0.196 0.036 0.026 0.145 5 V 0.660 0.008 0.015 0.213 0.014 0.020 0.069 6 V 0.765 0.010 0.008 0.151 0.011 0.012 0.043 7 Y 0.616 0.008 0.010 0.239 0.014 0.034 0.079 8 K 0.280 0.004 0.017 0.321 0.047 0.114 0.217 9 T 0.195 0.008 0.018 0.326 0.127 0.176 0.150 10 D 0.065 0.003 0.020 0.200 0.148 0.460 0.104 11 G 0.062 0.002 0.016 0.132 0.235 0.383 0.170 12 H 0.214 0.016 0.009 0.327 0.088 0.071 0.276 13 V 0.404 0.013 0.003 0.431 0.022 0.011 0.116 14 K 0.407 0.004 0.002 0.493 0.018 0.007 0.069 15 R 0.389 0.008 0.003 0.523 0.019 0.006 0.053 16 I 0.277 0.003 0.003 0.659 0.012 0.008 0.037 17 E 0.094 0.001 0.005 0.862 0.008 0.008 0.021 18 E 0.039 0.001 0.010 0.904 0.012 0.012 0.021 19 A 0.019 0.001 0.013 0.909 0.009 0.026 0.024 20 L 0.023 0.002 0.016 0.885 0.010 0.038 0.025 21 K 0.035 0.003 0.021 0.827 0.018 0.048 0.047 22 R 0.045 0.002 0.024 0.782 0.026 0.064 0.057 23 L 0.088 0.006 0.016 0.664 0.036 0.092 0.098 24 E 0.130 0.012 0.016 0.578 0.043 0.089 0.132 25 V 0.249 0.010 0.014 0.404 0.062 0.066 0.196 26 E 0.307 0.010 0.014 0.257 0.069 0.091 0.252 27 V 0.341 0.018 0.020 0.193 0.064 0.044 0.321 28 E 0.366 0.021 0.027 0.153 0.062 0.059 0.312 29 L 0.254 0.014 0.068 0.139 0.100 0.121 0.305 30 F 0.186 0.020 0.041 0.105 0.121 0.172 0.356 31 N 0.125 0.020 0.029 0.055 0.188 0.106 0.477 32 Q 0.062 0.012 0.010 0.028 0.233 0.025 0.630 33 P 0.037 0.014 0.025 0.054 0.096 0.074 0.700 34 S 0.022 0.018 0.138 0.258 0.112 0.136 0.315 35 E 0.020 0.005 0.285 0.290 0.114 0.131 0.155 36 E 0.025 0.011 0.322 0.339 0.066 0.112 0.125 37 L 0.033 0.011 0.362 0.264 0.056 0.126 0.148 38 E 0.035 0.007 0.231 0.226 0.104 0.302 0.096 39 N 0.070 0.010 0.081 0.028 0.180 0.460 0.170 40 F 0.157 0.005 0.007 0.001 0.096 0.021 0.712 41 D 0.219 0.001 0.002 0.001 0.577 0.014 0.186 42 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 43 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 44 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 46 V 0.457 0.003 0.002 0.002 0.036 0.011 0.489 47 G 0.063 0.008 0.016 0.009 0.367 0.140 0.397 48 G 0.010 0.007 0.020 0.024 0.378 0.217 0.344 49 D 0.005 0.005 0.019 0.407 0.193 0.170 0.201 50 G 0.001 0.001 0.009 0.909 0.027 0.027 0.027 51 T 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.004 0.006 52 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 56 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.002 57 Q 0.001 0.001 0.010 0.972 0.001 0.015 0.001 58 K 0.001 0.001 0.017 0.939 0.001 0.040 0.002 59 L 0.001 0.001 0.051 0.848 0.007 0.082 0.010 60 K 0.001 0.001 0.094 0.552 0.016 0.317 0.018 61 R 0.003 0.002 0.054 0.176 0.091 0.619 0.056 62 C 0.006 0.003 0.003 0.004 0.648 0.023 0.312 63 P 0.021 0.003 0.003 0.001 0.323 0.036 0.612 64 P 0.138 0.005 0.004 0.001 0.234 0.040 0.578 65 I 0.867 0.009 0.003 0.001 0.022 0.004 0.095 66 F 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 67 G 0.978 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.014 68 I 0.914 0.004 0.004 0.004 0.006 0.007 0.060 69 N 0.724 0.013 0.003 0.004 0.026 0.022 0.208 70 T 0.312 0.014 0.013 0.007 0.170 0.176 0.308 71 G 0.120 0.009 0.017 0.005 0.417 0.238 0.194 72 R 0.163 0.023 0.047 0.022 0.305 0.154 0.287 73 V 0.191 0.042 0.095 0.046 0.152 0.188 0.287 74 G 0.180 0.031 0.130 0.042 0.135 0.234 0.247 75 L 0.235 0.050 0.168 0.063 0.107 0.164 0.214 76 L 0.162 0.060 0.121 0.056 0.114 0.136 0.351 77 T 0.098 0.022 0.131 0.029 0.134 0.238 0.349 78 H 0.075 0.025 0.069 0.013 0.312 0.205 0.302 79 A 0.061 0.084 0.026 0.010 0.356 0.064 0.398 80 S 0.015 0.012 0.008 0.002 0.147 0.009 0.807 81 P 0.002 0.004 0.455 0.304 0.020 0.126 0.090 82 E 0.001 0.001 0.278 0.523 0.022 0.162 0.012 83 N 0.001 0.005 0.214 0.620 0.016 0.106 0.038 84 F 0.001 0.001 0.017 0.934 0.004 0.017 0.026 85 E 0.001 0.001 0.008 0.975 0.002 0.006 0.008 86 V 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.004 0.001 87 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.006 0.002 88 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.011 0.001 89 K 0.001 0.001 0.013 0.970 0.001 0.014 0.001 90 K 0.001 0.001 0.023 0.904 0.001 0.068 0.003 91 A 0.002 0.002 0.026 0.864 0.008 0.074 0.025 92 V 0.005 0.003 0.058 0.654 0.063 0.121 0.096 93 E 0.012 0.003 0.055 0.342 0.123 0.391 0.074 94 K 0.031 0.002 0.043 0.178 0.156 0.437 0.154 95 F 0.136 0.010 0.010 0.069 0.105 0.066 0.604 96 E 0.458 0.017 0.006 0.038 0.042 0.039 0.399 97 V 0.744 0.015 0.003 0.009 0.025 0.007 0.197 98 E 0.818 0.004 0.002 0.003 0.021 0.007 0.145 99 R 0.778 0.007 0.004 0.003 0.067 0.008 0.134 100 F 0.506 0.002 0.004 0.001 0.072 0.004 0.411 101 P 0.564 0.002 0.004 0.001 0.094 0.017 0.318 102 R 0.865 0.009 0.003 0.001 0.020 0.012 0.090 103 V 0.900 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.088 104 S 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.037 105 C 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 106 S 0.935 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.053 107 A 0.699 0.014 0.001 0.002 0.015 0.004 0.266 108 M 0.153 0.004 0.002 0.001 0.104 0.015 0.721 109 P 0.025 0.002 0.018 0.024 0.315 0.552 0.063 110 D 0.037 0.002 0.026 0.017 0.188 0.624 0.104 111 V 0.145 0.023 0.024 0.028 0.085 0.044 0.652 112 L 0.562 0.013 0.010 0.017 0.150 0.027 0.221 113 A 0.896 0.006 0.005 0.005 0.026 0.006 0.056 114 L 0.944 0.004 0.003 0.008 0.008 0.004 0.029 115 N 0.952 0.002 0.002 0.006 0.006 0.002 0.030 116 E 0.907 0.001 0.003 0.012 0.007 0.002 0.067 117 I 0.899 0.001 0.008 0.019 0.010 0.010 0.053 118 A 0.846 0.016 0.011 0.053 0.010 0.019 0.046 119 V 0.733 0.016 0.012 0.077 0.016 0.044 0.102 120 L 0.531 0.014 0.017 0.051 0.066 0.117 0.204 121 S 0.253 0.017 0.018 0.053 0.249 0.228 0.183 122 R 0.077 0.007 0.030 0.027 0.439 0.241 0.178 123 K 0.065 0.012 0.017 0.006 0.403 0.051 0.446 124 P 0.125 0.026 0.082 0.007 0.147 0.150 0.463 125 A 0.179 0.010 0.105 0.003 0.282 0.163 0.259 126 K 0.387 0.006 0.061 0.001 0.258 0.082 0.204 127 M 0.803 0.009 0.010 0.001 0.031 0.007 0.140 128 I 0.941 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.041 129 D 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.021 130 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 131 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 132 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 R 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 134 V 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.031 135 D 0.156 0.001 0.002 0.001 0.057 0.753 0.031 136 G 0.068 0.001 0.002 0.001 0.092 0.830 0.008 137 V 0.848 0.008 0.002 0.001 0.038 0.026 0.078 138 E 0.957 0.009 0.001 0.001 0.009 0.003 0.021 139 V 0.893 0.001 0.002 0.001 0.012 0.002 0.090 140 D 0.836 0.001 0.003 0.001 0.052 0.003 0.105 141 R 0.959 0.002 0.002 0.001 0.010 0.001 0.026 142 I 0.952 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 143 R 0.941 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.045 144 C 0.734 0.003 0.002 0.001 0.008 0.028 0.224 145 D 0.334 0.001 0.003 0.001 0.426 0.085 0.151 146 G 0.919 0.001 0.002 0.001 0.029 0.023 0.027 147 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 148 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 149 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 150 A 0.821 0.004 0.001 0.001 0.024 0.004 0.146 151 T 0.204 0.007 0.002 0.001 0.356 0.021 0.410 152 Q 0.064 0.023 0.008 0.002 0.342 0.190 0.371 153 I 0.037 0.022 0.013 0.004 0.354 0.199 0.372 154 G 0.025 0.017 0.061 0.071 0.350 0.205 0.272 155 S 0.038 0.014 0.129 0.272 0.150 0.176 0.220 156 T 0.043 0.029 0.177 0.451 0.070 0.140 0.089 157 G 0.023 0.007 0.155 0.606 0.032 0.143 0.035 158 Y 0.039 0.013 0.142 0.569 0.039 0.139 0.060 159 A 0.038 0.012 0.162 0.497 0.054 0.134 0.105 160 F 0.061 0.019 0.101 0.385 0.104 0.215 0.114 161 S 0.082 0.031 0.059 0.123 0.150 0.180 0.374 162 A 0.032 0.023 0.038 0.059 0.142 0.575 0.131 163 G 0.018 0.007 0.020 0.033 0.189 0.598 0.134 164 G 0.055 0.017 0.034 0.029 0.325 0.060 0.480 165 P 0.129 0.033 0.050 0.057 0.159 0.098 0.473 166 V 0.252 0.070 0.070 0.067 0.186 0.140 0.217 167 V 0.248 0.134 0.041 0.072 0.158 0.054 0.293 168 E 0.070 0.032 0.025 0.012 0.080 0.016 0.766 169 P 0.020 0.006 0.096 0.020 0.096 0.701 0.062 170 Y 0.020 0.012 0.104 0.006 0.109 0.643 0.105 171 L 0.096 0.014 0.244 0.016 0.173 0.087 0.370 172 E 0.114 0.008 0.090 0.018 0.315 0.142 0.313 173 C 0.712 0.013 0.058 0.005 0.040 0.024 0.149 174 F 0.917 0.005 0.003 0.003 0.010 0.004 0.058 175 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 176 L 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 177 I 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 178 P 0.875 0.002 0.003 0.001 0.013 0.003 0.104 179 I 0.449 0.020 0.007 0.002 0.164 0.008 0.349 180 A 0.191 0.008 0.003 0.001 0.259 0.005 0.533 181 P 0.040 0.008 0.047 0.006 0.199 0.267 0.432 182 F 0.057 0.024 0.071 0.012 0.366 0.282 0.188 183 R 0.096 0.019 0.070 0.013 0.434 0.107 0.261 184 F 0.097 0.031 0.101 0.016 0.167 0.141 0.448 185 G 0.113 0.038 0.032 0.004 0.188 0.194 0.431 186 W 0.124 0.051 0.013 0.001 0.159 0.094 0.558 187 K 0.124 0.008 0.004 0.001 0.520 0.014 0.329 188 P 0.328 0.005 0.009 0.001 0.086 0.010 0.561 189 Y 0.820 0.009 0.005 0.002 0.020 0.007 0.137 190 V 0.956 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 191 V 0.886 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.082 192 S 0.339 0.004 0.002 0.001 0.021 0.015 0.618 193 M 0.022 0.001 0.016 0.001 0.068 0.877 0.015 194 E 0.045 0.001 0.020 0.001 0.084 0.819 0.030 195 R 0.417 0.014 0.010 0.001 0.122 0.037 0.401 196 K 0.814 0.008 0.001 0.001 0.007 0.004 0.167 197 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 198 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 199 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 200 I 0.934 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.055 201 A 0.656 0.004 0.002 0.001 0.018 0.009 0.309 202 E 0.183 0.001 0.009 0.001 0.401 0.191 0.215 203 K 0.270 0.001 0.005 0.001 0.467 0.140 0.117 204 A 0.718 0.002 0.001 0.001 0.031 0.005 0.242 205 I 0.975 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 206 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 207 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 208 A 0.966 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 209 D 0.554 0.004 0.002 0.001 0.055 0.305 0.078 210 G 0.162 0.001 0.002 0.001 0.109 0.686 0.041 211 Q 0.774 0.013 0.003 0.001 0.058 0.038 0.113 212 K 0.936 0.008 0.001 0.001 0.013 0.004 0.038 213 S 0.932 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.051 214 V 0.901 0.019 0.001 0.001 0.014 0.004 0.062 215 D 0.593 0.010 0.005 0.001 0.018 0.016 0.356 216 F 0.166 0.012 0.055 0.002 0.078 0.614 0.073 217 D 0.023 0.001 0.021 0.001 0.076 0.848 0.032 218 G 0.121 0.001 0.020 0.001 0.431 0.316 0.110 219 E 0.850 0.012 0.001 0.001 0.007 0.004 0.126 220 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 221 T 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 222 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 223 E 0.932 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.052 224 K 0.600 0.009 0.002 0.001 0.052 0.015 0.322 225 S 0.217 0.007 0.003 0.001 0.249 0.146 0.378 226 E 0.137 0.010 0.005 0.001 0.474 0.168 0.205 227 F 0.111 0.010 0.002 0.001 0.473 0.012 0.392 228 P 0.136 0.011 0.006 0.001 0.104 0.028 0.713 229 A 0.414 0.030 0.022 0.003 0.085 0.035 0.411 230 V 0.688 0.022 0.032 0.006 0.044 0.016 0.191 231 F 0.881 0.011 0.017 0.007 0.017 0.010 0.058 232 F 0.826 0.015 0.008 0.008 0.023 0.013 0.108 233 K 0.605 0.038 0.010 0.011 0.051 0.019 0.265 234 N 0.200 0.016 0.039 0.061 0.108 0.077 0.499 235 E 0.024 0.004 0.136 0.128 0.140 0.443 0.126 236 K 0.011 0.003 0.140 0.289 0.102 0.395 0.061 237 R 0.024 0.019 0.098 0.587 0.035 0.123 0.114 238 F 0.015 0.004 0.042 0.854 0.010 0.029 0.045 239 R 0.008 0.001 0.031 0.915 0.012 0.021 0.012 240 N 0.014 0.002 0.028 0.915 0.007 0.021 0.013 241 L 0.012 0.002 0.012 0.945 0.004 0.016 0.009 242 F 0.012 0.001 0.015 0.944 0.005 0.017 0.006 243 G 0.015 0.001 0.022 0.911 0.008 0.035 0.008 244 K 0.018 0.001 0.032 0.846 0.008 0.082 0.013 245 V 0.046 0.007 0.021 0.772 0.017 0.101 0.036 246 R 0.096 0.010 0.036 0.558 0.033 0.125 0.142 247 S 0.139 0.010 0.036 0.340 0.084 0.174 0.217 248 I 0.077 0.018 0.012 0.130 0.115 0.109 0.540 249 G 0.021 0.004 0.008 0.025 0.064 0.036 0.842