# TARGET T0202 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0202.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.712 0.174 0.065 0.033 0.012 0.004 0.001 2 R 0.562 0.249 0.114 0.052 0.018 0.005 0.001 3 A 0.397 0.249 0.173 0.120 0.046 0.013 0.001 4 A 0.273 0.221 0.192 0.171 0.103 0.036 0.003 5 V 0.178 0.174 0.226 0.211 0.146 0.057 0.007 6 V 0.233 0.228 0.221 0.182 0.100 0.033 0.003 7 Y 0.234 0.242 0.228 0.178 0.091 0.026 0.002 8 K 0.362 0.245 0.181 0.131 0.064 0.015 0.001 9 T 0.637 0.206 0.093 0.045 0.016 0.003 0.001 10 D 0.810 0.140 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 11 G 0.653 0.214 0.082 0.038 0.011 0.002 0.001 12 H 0.505 0.260 0.133 0.072 0.025 0.005 0.001 13 V 0.205 0.192 0.237 0.235 0.111 0.019 0.001 14 K 0.414 0.330 0.164 0.067 0.021 0.004 0.001 15 R 0.151 0.253 0.278 0.213 0.088 0.017 0.001 16 I 0.081 0.113 0.204 0.313 0.234 0.053 0.001 17 E 0.403 0.348 0.175 0.060 0.013 0.002 0.001 18 E 0.683 0.224 0.065 0.023 0.005 0.001 0.001 19 A 0.396 0.277 0.171 0.107 0.040 0.009 0.001 20 L 0.217 0.222 0.235 0.208 0.095 0.021 0.001 21 K 0.498 0.301 0.129 0.053 0.015 0.003 0.001 22 R 0.373 0.286 0.184 0.107 0.041 0.008 0.001 23 L 0.206 0.251 0.257 0.189 0.079 0.017 0.001 24 E 0.311 0.299 0.206 0.126 0.047 0.011 0.001 25 V 0.240 0.231 0.241 0.188 0.083 0.017 0.001 26 E 0.550 0.283 0.104 0.043 0.015 0.004 0.001 27 V 0.157 0.153 0.228 0.275 0.152 0.034 0.001 28 E 0.401 0.288 0.164 0.094 0.039 0.013 0.001 29 L 0.238 0.220 0.213 0.191 0.104 0.031 0.002 30 F 0.171 0.164 0.211 0.242 0.165 0.045 0.002 31 N 0.309 0.286 0.210 0.130 0.051 0.013 0.001 32 Q 0.370 0.272 0.176 0.117 0.052 0.013 0.001 33 P 0.470 0.275 0.139 0.076 0.031 0.008 0.001 34 S 0.448 0.302 0.147 0.072 0.025 0.005 0.001 35 E 0.378 0.307 0.171 0.098 0.037 0.008 0.001 36 E 0.293 0.369 0.206 0.099 0.029 0.004 0.001 37 L 0.081 0.194 0.332 0.295 0.092 0.007 0.001 38 E 0.313 0.418 0.189 0.066 0.013 0.001 0.001 39 N 0.136 0.484 0.284 0.084 0.011 0.001 0.001 40 F 0.001 0.003 0.030 0.239 0.536 0.188 0.003 41 D 0.001 0.021 0.106 0.307 0.395 0.155 0.015 42 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.073 0.618 0.302 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.258 0.727 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.083 0.909 45 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.082 0.910 46 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.207 0.769 47 G 0.001 0.001 0.007 0.038 0.127 0.360 0.466 48 G 0.001 0.006 0.016 0.055 0.164 0.412 0.346 49 D 0.003 0.012 0.028 0.080 0.187 0.386 0.305 50 G 0.002 0.010 0.037 0.103 0.206 0.369 0.274 51 T 0.001 0.003 0.008 0.028 0.102 0.385 0.473 52 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.227 0.735 53 L 0.001 0.004 0.012 0.038 0.112 0.386 0.447 54 R 0.001 0.016 0.059 0.167 0.288 0.303 0.166 55 I 0.001 0.001 0.006 0.031 0.138 0.527 0.297 56 L 0.001 0.003 0.007 0.033 0.163 0.580 0.214 57 Q 0.008 0.081 0.161 0.290 0.292 0.151 0.017 58 K 0.006 0.105 0.312 0.381 0.158 0.035 0.003 59 L 0.005 0.020 0.076 0.261 0.430 0.200 0.008 60 K 0.129 0.317 0.295 0.191 0.061 0.006 0.001 61 R 0.470 0.394 0.107 0.024 0.004 0.001 0.001 62 C 0.056 0.199 0.348 0.290 0.094 0.013 0.001 63 P 0.022 0.138 0.240 0.327 0.206 0.062 0.005 64 P 0.001 0.006 0.032 0.142 0.356 0.373 0.090 65 I 0.001 0.001 0.003 0.012 0.075 0.470 0.440 66 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.277 0.678 67 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.158 0.810 68 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.195 0.769 69 N 0.001 0.005 0.017 0.063 0.171 0.358 0.385 70 T 0.002 0.011 0.030 0.082 0.209 0.379 0.287 71 G 0.008 0.033 0.078 0.171 0.239 0.295 0.176 72 R 0.017 0.049 0.099 0.178 0.240 0.263 0.154 73 V 0.006 0.014 0.031 0.073 0.163 0.393 0.319 74 G 0.011 0.018 0.043 0.112 0.226 0.356 0.234 75 L 0.007 0.010 0.017 0.033 0.094 0.413 0.426 76 L 0.007 0.011 0.017 0.048 0.149 0.401 0.368 77 T 0.004 0.011 0.027 0.078 0.216 0.448 0.215 78 H 0.016 0.067 0.124 0.210 0.275 0.234 0.074 79 A 0.013 0.046 0.109 0.248 0.329 0.223 0.031 80 S 0.066 0.261 0.283 0.225 0.124 0.038 0.003 81 P 0.049 0.194 0.310 0.279 0.133 0.033 0.002 82 E 0.659 0.251 0.064 0.018 0.006 0.002 0.001 83 N 0.234 0.397 0.231 0.104 0.028 0.006 0.001 84 F 0.011 0.028 0.105 0.369 0.375 0.110 0.003 85 E 0.100 0.358 0.358 0.146 0.034 0.005 0.001 86 V 0.363 0.486 0.127 0.021 0.003 0.001 0.001 87 E 0.019 0.091 0.234 0.380 0.228 0.047 0.001 88 L 0.005 0.013 0.055 0.260 0.476 0.186 0.005 89 K 0.136 0.465 0.305 0.084 0.010 0.001 0.001 90 K 0.223 0.487 0.221 0.061 0.008 0.001 0.001 91 A 0.025 0.043 0.108 0.315 0.386 0.120 0.003 92 V 0.091 0.194 0.316 0.277 0.107 0.015 0.001 93 E 0.586 0.313 0.078 0.019 0.003 0.001 0.001 94 K 0.419 0.321 0.165 0.071 0.020 0.004 0.001 95 F 0.163 0.166 0.216 0.246 0.158 0.048 0.003 96 E 0.386 0.356 0.154 0.070 0.024 0.008 0.001 97 V 0.182 0.160 0.200 0.238 0.163 0.051 0.005 98 E 0.246 0.256 0.212 0.154 0.090 0.037 0.006 99 R 0.303 0.316 0.182 0.115 0.053 0.025 0.005 100 F 0.101 0.161 0.221 0.253 0.184 0.069 0.012 101 P 0.102 0.163 0.185 0.210 0.176 0.128 0.036 102 R 0.078 0.218 0.242 0.238 0.129 0.071 0.023 103 V 0.031 0.055 0.094 0.190 0.280 0.281 0.070 104 S 0.058 0.194 0.267 0.250 0.144 0.071 0.017 105 C 0.038 0.054 0.082 0.177 0.292 0.292 0.064 106 S 0.131 0.255 0.257 0.211 0.104 0.037 0.005 107 A 0.191 0.176 0.178 0.221 0.164 0.063 0.007 108 M 0.344 0.284 0.203 0.120 0.039 0.009 0.001 109 P 0.472 0.310 0.147 0.055 0.014 0.002 0.001 110 D 0.357 0.340 0.181 0.084 0.029 0.008 0.002 111 V 0.058 0.119 0.195 0.261 0.239 0.110 0.018 112 L 0.009 0.023 0.052 0.136 0.320 0.356 0.104 113 A 0.003 0.010 0.025 0.072 0.170 0.420 0.299 114 L 0.001 0.005 0.009 0.023 0.067 0.310 0.585 115 N 0.001 0.002 0.006 0.021 0.067 0.256 0.648 116 E 0.001 0.003 0.013 0.050 0.133 0.346 0.455 117 I 0.001 0.002 0.005 0.020 0.090 0.419 0.464 118 A 0.001 0.006 0.016 0.053 0.175 0.505 0.245 119 V 0.001 0.003 0.009 0.046 0.216 0.530 0.195 120 L 0.010 0.061 0.169 0.321 0.282 0.141 0.016 121 S 0.068 0.215 0.273 0.249 0.141 0.049 0.006 122 R 0.345 0.338 0.181 0.090 0.033 0.010 0.002 123 K 0.362 0.309 0.180 0.100 0.038 0.009 0.001 124 P 0.280 0.197 0.183 0.176 0.112 0.047 0.005 125 A 0.191 0.273 0.230 0.175 0.095 0.032 0.003 126 K 0.116 0.241 0.281 0.217 0.104 0.036 0.006 127 M 0.056 0.101 0.112 0.179 0.253 0.241 0.058 128 I 0.013 0.057 0.108 0.206 0.297 0.256 0.063 129 D 0.018 0.164 0.328 0.311 0.125 0.042 0.011 130 V 0.005 0.017 0.044 0.142 0.325 0.394 0.074 131 A 0.004 0.061 0.238 0.355 0.247 0.085 0.010 132 L 0.002 0.005 0.016 0.076 0.297 0.531 0.072 133 R 0.007 0.079 0.247 0.373 0.225 0.064 0.005 134 V 0.014 0.043 0.104 0.256 0.355 0.210 0.017 135 D 0.147 0.347 0.299 0.149 0.044 0.013 0.002 136 G 0.233 0.332 0.257 0.133 0.037 0.006 0.001 137 V 0.411 0.329 0.165 0.068 0.022 0.005 0.001 138 E 0.161 0.288 0.260 0.183 0.086 0.021 0.001 139 V 0.041 0.057 0.122 0.283 0.355 0.134 0.008 140 D 0.140 0.368 0.289 0.149 0.043 0.009 0.001 141 R 0.119 0.340 0.291 0.170 0.063 0.016 0.002 142 I 0.007 0.024 0.073 0.247 0.423 0.213 0.013 143 R 0.017 0.134 0.275 0.309 0.185 0.067 0.012 144 C 0.002 0.008 0.028 0.112 0.295 0.450 0.104 145 D 0.002 0.022 0.074 0.215 0.339 0.272 0.076 146 G 0.001 0.001 0.007 0.032 0.123 0.448 0.389 147 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.233 0.745 148 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.141 0.837 149 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.126 0.852 150 A 0.001 0.002 0.004 0.017 0.061 0.239 0.678 151 T 0.001 0.006 0.014 0.047 0.123 0.335 0.472 152 Q 0.007 0.027 0.055 0.110 0.189 0.290 0.322 153 I 0.009 0.027 0.051 0.105 0.182 0.329 0.298 154 G 0.027 0.057 0.098 0.175 0.220 0.229 0.196 155 S 0.029 0.046 0.060 0.100 0.173 0.338 0.253 156 T 0.024 0.045 0.074 0.122 0.167 0.261 0.306 157 G 0.015 0.018 0.026 0.059 0.139 0.333 0.410 158 Y 0.019 0.034 0.060 0.122 0.185 0.266 0.314 159 A 0.037 0.046 0.043 0.072 0.118 0.279 0.406 160 F 0.041 0.045 0.060 0.093 0.146 0.235 0.380 161 S 0.034 0.049 0.064 0.090 0.102 0.219 0.442 162 A 0.034 0.032 0.043 0.086 0.131 0.240 0.435 163 G 0.044 0.069 0.069 0.102 0.141 0.267 0.307 164 G 0.036 0.039 0.055 0.106 0.180 0.264 0.320 165 P 0.025 0.038 0.045 0.068 0.118 0.316 0.390 166 V 0.018 0.033 0.047 0.083 0.159 0.292 0.368 167 V 0.006 0.013 0.024 0.069 0.171 0.405 0.312 168 E 0.017 0.067 0.134 0.232 0.266 0.196 0.087 169 P 0.016 0.056 0.104 0.198 0.277 0.255 0.094 170 Y 0.055 0.186 0.230 0.222 0.150 0.101 0.055 171 L 0.005 0.016 0.050 0.150 0.320 0.353 0.106 172 E 0.020 0.087 0.174 0.257 0.235 0.165 0.063 173 C 0.004 0.012 0.030 0.085 0.200 0.425 0.242 174 F 0.002 0.006 0.009 0.025 0.095 0.388 0.475 175 I 0.002 0.008 0.026 0.077 0.165 0.325 0.396 176 L 0.001 0.003 0.005 0.016 0.056 0.281 0.637 177 I 0.004 0.012 0.021 0.063 0.148 0.310 0.443 178 P 0.015 0.037 0.058 0.100 0.155 0.296 0.340 179 I 0.010 0.018 0.028 0.062 0.128 0.308 0.446 180 A 0.020 0.030 0.053 0.102 0.161 0.306 0.329 181 P 0.029 0.045 0.057 0.090 0.151 0.304 0.323 182 F 0.039 0.051 0.067 0.120 0.182 0.282 0.260 183 R 0.047 0.072 0.087 0.134 0.198 0.259 0.204 184 F 0.037 0.048 0.066 0.115 0.184 0.280 0.270 185 G 0.030 0.060 0.095 0.152 0.165 0.254 0.244 186 W 0.031 0.044 0.072 0.137 0.210 0.292 0.214 187 K 0.033 0.047 0.079 0.151 0.211 0.285 0.194 188 P 0.022 0.025 0.031 0.050 0.123 0.385 0.363 189 Y 0.010 0.018 0.026 0.063 0.163 0.397 0.324 190 V 0.007 0.021 0.043 0.097 0.215 0.405 0.212 191 V 0.009 0.032 0.070 0.185 0.350 0.304 0.050 192 S 0.081 0.231 0.288 0.244 0.118 0.034 0.004 193 M 0.151 0.331 0.297 0.162 0.051 0.008 0.001 194 E 0.444 0.385 0.127 0.035 0.007 0.001 0.001 195 R 0.052 0.204 0.312 0.274 0.130 0.027 0.001 196 K 0.029 0.253 0.386 0.247 0.071 0.012 0.001 197 I 0.001 0.008 0.034 0.162 0.426 0.347 0.021 198 E 0.004 0.112 0.368 0.358 0.126 0.029 0.002 199 V 0.001 0.004 0.015 0.095 0.346 0.498 0.041 200 I 0.010 0.129 0.323 0.359 0.151 0.027 0.001 201 A 0.017 0.087 0.201 0.344 0.278 0.071 0.003 202 E 0.266 0.424 0.232 0.066 0.011 0.002 0.001 203 K 0.307 0.427 0.191 0.061 0.011 0.002 0.001 204 A 0.026 0.066 0.157 0.291 0.312 0.141 0.007 205 I 0.022 0.056 0.141 0.275 0.322 0.165 0.018 206 V 0.011 0.014 0.020 0.045 0.140 0.527 0.243 207 V 0.021 0.034 0.038 0.082 0.186 0.381 0.257 208 A 0.012 0.033 0.068 0.139 0.228 0.319 0.201 209 D 0.034 0.083 0.124 0.204 0.226 0.224 0.106 210 G 0.065 0.152 0.202 0.240 0.201 0.116 0.024 211 Q 0.230 0.269 0.223 0.160 0.088 0.026 0.004 212 K 0.277 0.306 0.212 0.126 0.056 0.020 0.003 213 S 0.223 0.266 0.235 0.168 0.080 0.026 0.002 214 V 0.132 0.215 0.239 0.246 0.135 0.031 0.001 215 D 0.478 0.329 0.129 0.048 0.013 0.003 0.001 216 F 0.211 0.236 0.262 0.206 0.073 0.012 0.001 217 D 0.669 0.245 0.064 0.018 0.004 0.001 0.001 218 G 0.342 0.347 0.203 0.084 0.020 0.003 0.001 219 E 0.107 0.346 0.334 0.163 0.043 0.007 0.001 220 I 0.012 0.037 0.096 0.259 0.390 0.193 0.012 221 T 0.022 0.219 0.375 0.268 0.093 0.021 0.002 222 I 0.007 0.020 0.054 0.203 0.417 0.279 0.020 223 E 0.043 0.247 0.344 0.269 0.081 0.014 0.001 224 K 0.062 0.238 0.295 0.262 0.115 0.027 0.002 225 S 0.213 0.279 0.271 0.167 0.058 0.011 0.001 226 E 0.455 0.375 0.129 0.034 0.006 0.001 0.001 227 F 0.105 0.191 0.277 0.268 0.128 0.029 0.001 228 P 0.117 0.325 0.298 0.178 0.064 0.017 0.001 229 A 0.016 0.045 0.108 0.231 0.356 0.224 0.020 230 V 0.026 0.102 0.207 0.293 0.239 0.122 0.012 231 F 0.018 0.051 0.100 0.193 0.316 0.294 0.028 232 F 0.013 0.028 0.060 0.188 0.391 0.295 0.025 233 K 0.054 0.226 0.312 0.267 0.111 0.027 0.003 234 N 0.169 0.320 0.266 0.169 0.062 0.014 0.001 235 E 0.419 0.360 0.156 0.052 0.012 0.002 0.001 236 K 0.471 0.367 0.120 0.032 0.008 0.001 0.001 237 R 0.031 0.136 0.250 0.309 0.207 0.064 0.003 238 F 0.012 0.030 0.079 0.299 0.411 0.162 0.007 239 R 0.135 0.443 0.306 0.101 0.014 0.002 0.001 240 N 0.066 0.256 0.367 0.233 0.067 0.010 0.001 241 L 0.014 0.013 0.033 0.153 0.415 0.352 0.020 242 F 0.048 0.146 0.295 0.327 0.153 0.030 0.001 243 G 0.309 0.397 0.175 0.082 0.027 0.008 0.001 244 K 0.116 0.269 0.311 0.219 0.068 0.016 0.001 245 V 0.141 0.090 0.134 0.240 0.271 0.118 0.006 246 R 0.385 0.323 0.177 0.084 0.025 0.006 0.001 247 S 0.562 0.259 0.106 0.048 0.019 0.005 0.001 248 I 0.582 0.197 0.132 0.066 0.019 0.003 0.001 249 G 0.752 0.155 0.057 0.026 0.007 0.002 0.001