PFRMAT RR TARGET T0202 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length REMARK or to a limited set of high scoring pairs. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MRAAVVYKTDGHVKRIEEALKRLEVEVELFNQPSEELENFDFIVSVGGDG TILRILQKLKRCPPIFGINTGRVGLLTHASPENFEVELKKAVEKFEVERF PRVSCSAMPDVLALNEIAVLSRKPAKMIDVALRVDGVEVDRIRCDGFIVA TQIGSTGYAFSAGGPVVEPYLECFILIPIAPFRFGWKPYVVSMERKIEVI AEKAIVVADGQKSVDFDGEITIEKSEFPAVFFKNEKRFRNLFGKVRSIG 159 177 0 8 0.7667 160 178 0 8 0.7174 53 150 0 8 0.7157 68 115 0 8 0.7072 52 151 0 8 0.6851 160 177 0 8 0.663 144 190 0 8 0.663 160 245 0 8 0.6562 142 160 0 8 0.6375 145 158 0 8 0.63155 144 189 0 8 0.60945 115 148 0 8 0.6035 165 175 0 8 0.60095 182 241 0 8 0.59925 144 158 0 8 0.595 73 144 0 8 0.595 178 187 0 8 0.5882 159 178 0 8 0.57715 75 159 0 8 0.57715 53 151 0 8 0.57545 127 238 0 8 0.5729 178 245 0 8 0.57035 76 144 0 8 0.57035 52 245 0 8 0.56865 56 144 0 8 0.56355 184 245 0 8 0.5525 165 245 0 8 0.5474 115 144 0 8 0.5457 160 241 0 8 0.5406 98 233 0 8 0.53125 144 160 0 8 0.5287 75 158 0 8 0.52615 68 77 0 8 0.52615 45 68 0 8 0.5236 178 244 0 8 0.5219 165 238 0 8 0.5219 73 148 0 8 0.5219 159 245 0 8 0.5168 53 158 0 8 0.51425 68 197 0 8 0.5117 188 245 0 8 0.50915 159 184 0 8 0.50915 52 76 0 8 0.50405 118 238 0 8 0.50235 52 115 0 8 0.4947 45 241 0 8 0.49215 166 245 0 8 0.4896 118 148 0 8 0.48705 118 158 0 8 0.4845 73 160 0 8 0.48195 165 190 0 8 0.4794 75 190 0 8 0.47685 53 160 0 8 0.47685 74 147 0 8 0.4743 45 59 0 8 0.4743 142 245 0 8 0.47175 130 144 0 8 0.4692 116 148 0 8 0.46665 76 181 0 8 0.459 152 177 0 8 0.45645 128 211 0 8 0.45645 73 158 0 8 0.45645 66 208 0 8 0.45645 42 245 0 8 0.45645 75 173 0 8 0.4539 76 160 0 8 0.45135 68 171 0 8 0.45135 142 182 0 8 0.4437 68 114 0 8 0.4437 52 160 0 8 0.4437 54 159 0 8 0.44115 45 238 0 8 0.44115 187 244 0 8 0.43945 188 244 0 8 0.43435 184 238 0 8 0.43435 132 144 0 8 0.43435 53 144 0 8 0.43435 42 160 0 8 0.43435 160 244 0 8 0.4318 148 241 0 8 0.4318 160 186 0 8 0.42925 165 237 0 8 0.4267 66 77 0 8 0.4267 42 59 0 8 0.4267 76 165 0 8 0.42075 52 67 0 8 0.42075 52 142 0 8 0.4182 153 169 0 8 0.41565 69 144 0 8 0.41565 160 183 0 8 0.4131 144 241 0 8 0.4131 56 76 0 8 0.4131 52 103 0 8 0.4131 175 245 0 8 0.41055 187 245 0 8 0.40885 158 190 0 8 0.40885 158 177 0 8 0.40885 153 177 0 8 0.40885 132 142 0 8 0.40885 75 160 0 8 0.4063 118 142 0 8 0.40375 76 142 0 8 0.40375 132 245 0 8 0.4012 68 142 0 8 0.4012 42 67 0 8 0.4012 66 144 0 8 0.39865 182 242 0 8 0.3961 129 211 0 8 0.3961 56 66 0 8 0.3961 77 182 0 8 0.39355 68 241 0 8 0.39355 68 148 0 8 0.39355 185 245 0 8 0.391 52 73 0 8 0.391 166 237 0 8 0.38845 159 190 0 8 0.3859 77 142 0 8 0.38335 68 188 0 8 0.38335 67 142 0 8 0.38335 148 190 0 8 0.3808 68 167 0 8 0.3808 44 84 0 8 0.3808 42 142 0 8 0.3808 224 233 0 8 0.37825 142 159 0 8 0.37825 76 238 0 8 0.37825 59 142 0 8 0.37825 127 144 0 8 0.3757 77 118 0 8 0.3757 144 159 0 8 0.37315 142 238 0 8 0.37315 68 84 0 8 0.37315 160 187 0 8 0.3706 119 151 0 8 0.3706 70 145 0 8 0.3706 52 144 0 8 0.3706 182 238 0 8 0.36805 70 144 0 8 0.36805 59 245 0 8 0.36805 59 132 0 8 0.36805 45 175 0 8 0.36805 132 190 0 8 0.3655 100 238 0 8 0.3655 77 103 0 8 0.3655 56 68 0 8 0.3655 120 158 0 8 0.36295 76 175 0 8 0.36295 53 75 0 8 0.3604 45 56 0 8 0.3604 56 142 0 8 0.3553 52 68 0 8 0.3553 45 139 0 8 0.3553 127 148 0 8 0.35275 77 184 0 8 0.35275 76 127 0 8 0.35275 71 145 0 8 0.35275 68 238 0 8 0.35275 68 134 0 8 0.35275 76 139 0 8 0.3502 40 118 0 8 0.3502 165 224 0 8 0.34765 144 245 0 8 0.34765 127 191 0 8 0.34765 53 117 0 8 0.34765 160 246 0 8 0.34595 142 206 0 8 0.34595 55 232 0 8 0.34595 53 69 0 8 0.34595 159 183 0 8 0.3434 189 245 0 8 0.34085 186 245 0 8 0.34085 116 149 0 8 0.34085 40 142 0 8 0.34085 151 190 0 8 0.3383 148 180 0 8 0.3383 119 220 0 8 0.3383 75 177 0 8 0.3383 160 184 0 8 0.33575 153 168 0 8 0.33575 144 165 0 8 0.33575 142 241 0 8 0.33575 139 160 0 8 0.33575 77 114 0 8 0.33575 42 238 0 8 0.33575 181 238 0 8 0.3332 98 244 0 8 0.3332 42 77 0 8 0.3332 40 241 0 8 0.3332 184 246 0 8 0.33065 145 177 0 8 0.33065 144 238 0 8 0.33065 144 180 0 8 0.33065 139 159 0 8 0.33065 59 229 0 8 0.33065 160 238 0 8 0.3281 159 186 0 8 0.3281 118 127 0 8 0.3281 77 168 0 8 0.3264 68 190 0 8 0.3264 115 160 0 8 0.32385 59 148 0 8 0.32385 149 171 0 8 0.3213 129 212 0 8 0.3213 59 77 0 8 0.3213 27 115 0 8 0.3213 175 206 0 8 0.31875 144 206 0 8 0.31875 91 115 0 8 0.31875 72 144 0 8 0.31875 45 204 0 8 0.31875 40 177 0 8 0.31875 78 127 0 8 0.3162 76 245 0 8 0.3145 70 139 0 8 0.3145 68 153 0 8 0.3145 51 68 0 8 0.3145 119 142 0 8 0.31195 139 181 0 8 0.3094 130 147 0 8 0.3094 51 77 0 8 0.3094 160 176 0 8 0.30685 118 190 0 8 0.30685 68 180 0 8 0.30685 51 208 0 8 0.30685 182 245 0 8 0.3043 177 186 0 8 0.3043 166 175 0 8 0.3043 144 181 0 8 0.3043 75 165 0 8 0.3043 75 142 0 8 0.3043 68 159 0 8 0.3043 79 127 0 8 0.3026 68 91 0 8 0.3026 59 168 0 8 0.3026 53 171 0 8 0.3026 148 158 0 8 0.30005 139 238 0 8 0.30005 77 241 0 8 0.30005 45 245 0 8 0.30005 160 175 0 8 0.2975 115 177 0 8 0.2975 77 169 0 8 0.2975 184 207 0 8 0.29495 182 208 0 8 0.29495 160 181 0 8 0.29495 153 201 0 8 0.29495 118 245 0 8 0.29495 76 176 0 8 0.29495 68 95 0 8 0.29495 45 165 0 8 0.29495 181 245 0 8 0.29325 151 220 0 8 0.29325 146 191 0 8 0.29325 67 84 0 8 0.29325 36 214 0 8 0.29325 165 177 0 8 0.2907 159 187 0 8 0.2907 102 140 0 8 0.2907 59 139 0 8 0.2907 52 189 0 8 0.2907 128 238 0 8 0.28815 127 171 0 8 0.28815 66 189 0 8 0.28815 95 244 0 8 0.28645 76 162 0 8 0.28645 66 79 0 8 0.28645 165 178 0 8 0.2839 156 166 0 8 0.2839 148 245 0 8 0.2839 148 162 0 8 0.2839 139 186 0 8 0.2839 139 177 0 8 0.2839 122 140 0 8 0.2839 59 144 0 8 0.2839 159 185 0 8 0.28135 77 128 0 8 0.28135 70 158 0 8 0.28135 167 190 0 8 0.27965 159 182 0 8 0.27965 140 186 0 8 0.27965 115 151 0 8 0.27965 45 229 0 8 0.27965 160 182 0 8 0.2771 56 189 0 8 0.2771 142 186 0 8 0.27455 78 126 0 8 0.27455 73 143 0 8 0.27455 51 66 0 8 0.27455 166 201 0 8 0.27285 73 182 0 8 0.27285 59 76 0 8 0.27285 95 208 0 8 0.2703 73 204 0 8 0.2703 52 116 0 8 0.2703 40 52 0 8 0.2703 204 241 0 8 0.2686 190 245 0 8 0.2686 189 208 0 8 0.2686 127 185 0 8 0.2686 127 153 0 8 0.2686 79 208 0 8 0.2686 79 118 0 8 0.2686 75 145 0 8 0.2686 45 70 0 8 0.2686 177 244 0 8 0.26605 166 241 0 8 0.26605 142 204 0 8 0.26605 127 245 0 8 0.26605 206 232 0 8 0.2635 142 165 0 8 0.2635 68 231 0 8 0.2635 68 103 0 8 0.2635 59 127 0 8 0.2635 56 153 0 8 0.2635 55 245 0 8 0.2635 165 244 0 8 0.2618 159 208 0 8 0.2618 140 178 0 8 0.2618 68 177 0 8 0.2618 68 128 0 8 0.2618 55 144 0 8 0.2618 79 160 0 8 0.25925 59 238 0 8 0.25925 52 156 0 8 0.25925 46 116 0 8 0.25925 185 244 0 8 0.25755 143 185 0 8 0.25755 76 182 0 8 0.25755 72 143 0 8 0.25755 56 238 0 8 0.25755 189 244 0 8 0.255 143 237 0 8 0.255 142 184 0 8 0.255 139 184 0 8 0.255 135 195 0 8 0.255 115 190 0 8 0.255 77 238 0 8 0.255 68 79 0 8 0.255 66 95 0 8 0.255 51 189 0 8 0.255 46 188 0 8 0.255 177 189 0 8 0.2533 144 175 0 8 0.2533 121 158 0 8 0.2533 68 127 0 8 0.2533 68 168 0 8 0.25075 160 207 0 8 0.24905 118 144 0 8 0.24905 84 220 0 8 0.24905 59 175 0 8 0.24905 45 168 0 8 0.24905 183 208 0 8 0.2465 142 175 0 8 0.2465 100 186 0 8 0.2465 77 189 0 8 0.2465 75 91 0 8 0.2465 166 222 0 8 0.2448 100 237 0 8 0.2448 77 185 0 8 0.2448 71 158 0 8 0.2448 54 150 0 8 0.2448 175 188 0 8 0.24225 148 238 0 8 0.24225 142 166 0 8 0.24225 118 182 0 8 0.24225 79 144 0 8 0.24225 59 68 0 8 0.24225 54 70 0 8 0.24225 220 241 0 8 0.24055 183 245 0 8 0.24055 140 185 0 8 0.24055 79 142 0 8 0.24055 56 245 0 8 0.24055 46 70 0 8 0.24055 165 241 0 8 0.238 131 143 0 8 0.238 116 159 0 8 0.238 40 182 0 8 0.238 40 175 0 8 0.238 168 186 0 8 0.2363 148 165 0 8 0.2363 148 159 0 8 0.2363 139 185 0 8 0.2363 72 187 0 8 0.2363 51 229 0 8 0.2363 184 224 0 8 0.2346 182 207 0 8 0.2346 131 244 0 8 0.2346 127 184 0 8 0.2346 79 159 0 8 0.2346 79 165 0 8 0.23205 57 142 0 8 0.23205 162 178 0 8 0.23035 144 207 0 8 0.23035 127 175 0 8 0.23035 70 180 0 8 0.23035 54 143 0 8 0.23035 204 238 0 8 0.2278 189 206 0 8 0.2278 162 204 0 8 0.2278 160 185 0 8 0.2278 159 238 0 8 0.2278 73 165 0 8 0.2278 69 142 0 8 0.2278 131 245 0 8 0.2261 128 207 0 8 0.2261 127 186 0 8 0.2261 95 127 0 8 0.2261 44 238 0 8 0.2261 40 53 0 8 0.2261 175 241 0 8 0.2244 160 190 0 8 0.2244 115 220 0 8 0.2244 77 153 0 8 0.2244 56 201 0 8 0.2244 52 204 0 8 0.2244 42 146 0 8 0.2244 168 238 0 8 0.22185 144 186 0 8 0.22185 144 185 0 8 0.22185 129 143 0 8 0.22185 64 178 0 8 0.22185 40 185 0 8 0.22185 78 100 0 8 0.22015 72 186 0 8 0.22015 54 233 0 8 0.22015 127 165 0 8 0.21845 127 160 0 8 0.21845 124 143 0 8 0.21845 73 168 0 8 0.21845 144 166 0 8 0.21675 128 142 0 8 0.21675 127 211 0 8 0.21675 121 145 0 8 0.21675 72 127 0 8 0.21675 53 177 0 8 0.21675 182 240 0 8 0.2142 162 238 0 8 0.2142 162 216 0 8 0.2142 142 187 0 8 0.2142 128 186 0 8 0.2142 128 185 0 8 0.2142 52 70 0 8 0.2142 165 186 0 8 0.2125 153 229 0 8 0.2125 142 229 0 8 0.2125 140 240 0 8 0.2125 100 182 0 8 0.2125 79 107 0 8 0.2125 59 189 0 8 0.2125 52 153 0 8 0.2125 184 201 0 8 0.2108 140 182 0 8 0.2108 114 153 0 8 0.2108 76 184 0 8 0.2108 8 224 0 8 0.2108 185 237 0 8 0.2091 144 155 0 8 0.2091 142 185 0 8 0.2091 139 168 0 8 0.2091 77 100 0 8 0.2091 127 187 0 8 0.20655 79 189 0 8 0.20655 79 171 0 8 0.20655 57 244 0 8 0.20655 183 238 0 8 0.20485 160 204 0 8 0.20485 145 160 0 8 0.20485 142 189 0 8 0.20485 56 184 0 8 0.20485 186 201 0 8 0.20315 185 246 0 8 0.20315 182 237 0 8 0.20315 175 187 0 8 0.20315 168 207 0 8 0.20315 73 120 0 8 0.20315 70 224 0 8 0.20315 51 188 0 8 0.20315 234 244 0 8 0.20145 175 238 0 8 0.20145 165 187 0 8 0.20145 131 186 0 8 0.20145 131 185 0 8 0.20145 100 183 0 8 0.20145 160 233 0 8 0.19975 142 177 0 8 0.19975 139 175 0 8 0.19975 128 241 0 8 0.19975 107 157 0 8 0.19975 72 97 0 8 0.19975 68 165 0 8 0.19975 59 165 0 8 0.19975 183 246 0 8 0.1972 180 204 0 8 0.1972 175 186 0 8 0.1972 120 159 0 8 0.1972 45 54 0 8 0.1972 44 182 0 8 0.1972 188 238 0 8 0.1955 156 241 0 8 0.1955 78 159 0 8 0.1955 72 201 0 8 0.1955 70 183 0 8 0.1955 66 165 0 8 0.1955 57 224 0 8 0.1955 57 183 0 8 0.1955 51 175 0 8 0.1955 40 78 0 8 0.1955 183 247 0 8 0.1938 173 241 0 8 0.1938 120 242 0 8 0.1938 46 107 0 8 0.1938 175 185 0 8 0.1921 174 185 0 8 0.1921 153 189 0 8 0.1921 127 159 0 8 0.1921 100 247 0 8 0.1921 64 216 0 8 0.1921 169 237 0 8 0.1904 105 245 0 8 0.1904 100 185 0 8 0.1904 100 127 0 8 0.1904 70 142 0 8 0.1904 69 182 0 8 0.1904 190 231 0 8 0.1887 169 184 0 8 0.1887 128 165 0 8 0.1887 78 169 0 8 0.1887 77 186 0 8 0.1887 66 190 0 8 0.1887 57 177 0 8 0.1887 185 216 0 8 0.187 173 245 0 8 0.187 169 185 0 8 0.187 168 184 0 8 0.187 165 185 0 8 0.187 139 178 0 8 0.187 121 177 0 8 0.187 75 182 0 8 0.187 73 166 0 8 0.187 66 242 0 8 0.187 40 69 0 8 0.187 211 224 0 8 0.1853 169 186 0 8 0.1853 128 208 0 8 0.1853 101 140 0 8 0.1853 78 182 0 8 0.1853 75 207 0 8 0.1853 73 186 0 8 0.1853 67 186 0 8 0.1853 57 102 0 8 0.1853 42 100 0 8 0.1853 184 244 0 8 0.1836 144 178 0 8 0.1836 127 182 0 8 0.1836 127 178 0 8 0.1836 121 191 0 8 0.1836 120 145 0 8 0.1836 84 186 0 8 0.1836 58 70 0 8 0.1836 173 184 0 8 0.1819 163 178 0 8 0.1819 129 224 0 8 0.1819 115 155 0 8 0.1819 79 182 0 8 0.1819 57 152 0 8 0.1819 186 238 0 8 0.1802 145 180 0 8 0.1802 129 244 0 8 0.1802 128 184 0 8 0.1802 126 237 0 8 0.1802 109 218 0 8 0.1802 77 188 0 8 0.1802 77 163 0 8 0.1802 67 182 0 8 0.1802 64 163 0 8 0.1802 52 165 0 8 0.1802 48 78 0 8 0.1802 229 238 0 8 0.1785 186 224 0 8 0.1785 168 232 0 8 0.1785 118 207 0 8 0.1785 80 140 0 8 0.1785 70 204 0 8 0.1785 53 163 0 8 0.1785 52 166 0 8 0.1785 229 245 0 8 0.1768 183 222 0 8 0.1768 160 171 0 8 0.1768 142 168 0 8 0.1768 128 166 0 8 0.1768 120 168 0 8 0.1768 100 245 0 8 0.1768 78 102 0 8 0.1768 70 186 0 8 0.1768 69 241 0 8 0.1768 68 182 0 8 0.1768 54 171 0 8 0.1768 51 180 0 8 0.1768 182 204 0 8 0.1751 162 184 0 8 0.1751 158 245 0 8 0.1751 158 180 0 8 0.1751 155 171 0 8 0.1751 79 175 0 8 0.1751 76 185 0 8 0.1751 70 175 0 8 0.1751 63 186 0 8 0.1751 59 163 0 8 0.1751 57 143 0 8 0.1751 159 175 0 8 0.1734 140 183 0 8 0.1734 81 185 0 8 0.1734 79 185 0 8 0.1734 69 148 0 8 0.1734 59 181 0 8 0.1734 42 186 0 8 0.1734 27 73 0 8 0.1734 211 238 0 8 0.1717 177 233 0 8 0.1717 168 185 0 8 0.1717 142 183 0 8 0.1717 142 152 0 8 0.1717 128 143 0 8 0.1717 126 240 0 8 0.1717 126 138 0 8 0.1717 100 173 0 8 0.1717 69 100 0 8 0.1717 57 68 0 8 0.1717 51 79 0 8 0.1717 182 246 0 8 0.17 168 189 0 8 0.17 153 237 0 8 0.17 139 158 0 8 0.17 79 245 0 8 0.17 79 238 0 8 0.17 79 100 0 8 0.17 76 178 0 8 0.17 71 139 0 8 0.17 54 177 0 8 0.17 48 179 0 8 0.17 END