# TARGET T0201 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.003 0.002 0.007 0.115 0.810 2 I 0.321 0.017 0.005 0.020 0.086 0.551 3 K 0.634 0.014 0.006 0.022 0.059 0.265 4 V 0.792 0.006 0.007 0.026 0.040 0.129 5 T 0.850 0.007 0.004 0.017 0.038 0.084 6 V 0.828 0.008 0.004 0.016 0.049 0.094 7 T 0.596 0.007 0.010 0.030 0.168 0.189 8 N 0.381 0.008 0.030 0.046 0.337 0.198 9 S 0.398 0.009 0.040 0.058 0.307 0.188 10 F 0.639 0.018 0.031 0.059 0.147 0.106 11 F 0.769 0.010 0.016 0.052 0.072 0.082 12 E 0.785 0.009 0.017 0.056 0.070 0.064 13 V 0.639 0.013 0.023 0.073 0.137 0.116 14 T 0.371 0.009 0.032 0.068 0.304 0.216 15 G 0.239 0.009 0.027 0.047 0.364 0.313 16 H 0.185 0.032 0.022 0.034 0.364 0.364 17 A 0.149 0.026 0.020 0.027 0.468 0.310 18 P 0.080 0.012 0.028 0.034 0.517 0.329 19 D 0.076 0.013 0.050 0.065 0.533 0.262 20 K 0.116 0.010 0.071 0.130 0.450 0.224 21 T 0.259 0.023 0.057 0.160 0.252 0.250 22 L 0.367 0.022 0.044 0.220 0.156 0.191 23 C 0.362 0.017 0.036 0.300 0.119 0.166 24 A 0.259 0.010 0.037 0.424 0.107 0.163 25 S 0.223 0.009 0.031 0.486 0.093 0.158 26 V 0.140 0.004 0.027 0.719 0.048 0.063 27 S 0.121 0.003 0.025 0.750 0.047 0.053 28 L 0.080 0.003 0.029 0.805 0.043 0.039 29 L 0.063 0.003 0.021 0.838 0.038 0.038 30 T 0.044 0.002 0.019 0.852 0.043 0.040 31 Q 0.023 0.001 0.019 0.866 0.044 0.046 32 H 0.021 0.003 0.019 0.857 0.042 0.058 33 V 0.020 0.003 0.020 0.877 0.041 0.038 34 A 0.013 0.001 0.033 0.873 0.048 0.032 35 N 0.013 0.002 0.037 0.828 0.065 0.056 36 F 0.013 0.002 0.027 0.810 0.074 0.073 37 L 0.016 0.004 0.020 0.758 0.092 0.109 38 K 0.018 0.003 0.019 0.709 0.112 0.139 39 A 0.014 0.002 0.021 0.769 0.091 0.103 40 E 0.023 0.003 0.029 0.692 0.123 0.130 41 K 0.027 0.003 0.034 0.633 0.136 0.167 42 K 0.046 0.006 0.045 0.581 0.136 0.186 43 A 0.063 0.005 0.048 0.525 0.157 0.202 44 K 0.094 0.006 0.040 0.493 0.142 0.225 45 I 0.121 0.010 0.041 0.524 0.128 0.177 46 K 0.140 0.010 0.038 0.485 0.156 0.172 47 K 0.137 0.005 0.045 0.455 0.206 0.152 48 E 0.096 0.007 0.032 0.414 0.267 0.184 49 S 0.072 0.005 0.039 0.296 0.365 0.223 50 G 0.096 0.006 0.020 0.133 0.378 0.368 51 Y 0.273 0.017 0.020 0.085 0.222 0.383 52 L 0.605 0.018 0.012 0.067 0.103 0.196 53 K 0.677 0.012 0.011 0.066 0.067 0.167 54 V 0.704 0.017 0.007 0.062 0.056 0.154 55 K 0.549 0.007 0.010 0.100 0.073 0.261 56 F 0.365 0.007 0.070 0.265 0.115 0.178 57 E 0.260 0.011 0.112 0.270 0.194 0.153 58 E 0.135 0.005 0.148 0.277 0.270 0.165 59 L 0.082 0.007 0.135 0.339 0.304 0.133 60 E 0.036 0.007 0.071 0.526 0.227 0.134 61 N 0.041 0.003 0.029 0.491 0.199 0.236 62 C 0.066 0.005 0.016 0.533 0.152 0.228 63 E 0.107 0.010 0.016 0.626 0.078 0.163 64 V 0.126 0.003 0.011 0.787 0.024 0.049 65 K 0.107 0.002 0.011 0.839 0.015 0.024 66 V 0.098 0.003 0.012 0.853 0.011 0.024 67 L 0.078 0.001 0.010 0.879 0.010 0.022 68 A 0.051 0.001 0.015 0.894 0.016 0.023 69 A 0.034 0.002 0.020 0.899 0.023 0.023 70 M 0.025 0.001 0.017 0.893 0.030 0.033 71 V 0.027 0.002 0.016 0.880 0.036 0.038 72 R 0.015 0.002 0.019 0.845 0.058 0.061 73 S 0.012 0.002 0.016 0.809 0.058 0.103 74 L 0.009 0.002 0.021 0.812 0.064 0.091 75 K 0.008 0.002 0.028 0.797 0.075 0.091 76 E 0.003 0.001 0.036 0.852 0.060 0.049 77 L 0.004 0.002 0.034 0.844 0.067 0.049 78 E 0.005 0.001 0.067 0.774 0.102 0.051 79 Q 0.005 0.002 0.053 0.748 0.114 0.078 80 K 0.006 0.003 0.054 0.575 0.177 0.184 81 F 0.014 0.016 0.037 0.268 0.326 0.339 82 P 0.022 0.006 0.131 0.183 0.429 0.229 83 S 0.056 0.006 0.180 0.168 0.373 0.217 84 Q 0.187 0.007 0.147 0.140 0.278 0.241 85 I 0.444 0.020 0.042 0.107 0.139 0.248 86 R 0.626 0.009 0.014 0.057 0.066 0.228 87 V 0.706 0.007 0.014 0.066 0.047 0.160 88 E 0.743 0.003 0.009 0.064 0.040 0.141 89 V 0.753 0.012 0.009 0.047 0.047 0.133 90 I 0.618 0.008 0.008 0.044 0.095 0.227 91 D 0.367 0.016 0.018 0.038 0.193 0.368 92 N 0.093 0.014 0.011 0.029 0.190 0.663 93 G 0.025 0.010 0.005 0.015 0.139 0.806 94 S 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.974