# TARGET T0201 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.007 0.814 0.006 0.005 0.017 0.002 0.003 0.039 0.029 0.008 0.013 0.056 2 I 0.011 0.022 0.481 0.020 0.004 0.023 0.013 0.017 0.226 0.024 0.007 0.059 0.093 3 K 0.029 0.014 0.170 0.043 0.003 0.022 0.031 0.044 0.382 0.028 0.008 0.080 0.146 4 V 0.065 0.007 0.119 0.051 0.002 0.015 0.064 0.091 0.286 0.022 0.006 0.118 0.154 5 T 0.068 0.008 0.126 0.015 0.001 0.009 0.084 0.082 0.197 0.015 0.005 0.177 0.214 6 V 0.054 0.013 0.162 0.013 0.003 0.011 0.055 0.092 0.167 0.029 0.011 0.111 0.278 7 T 0.024 0.018 0.265 0.090 0.011 0.022 0.019 0.053 0.122 0.085 0.047 0.099 0.144 8 N 0.014 0.010 0.265 0.070 0.045 0.040 0.009 0.009 0.052 0.214 0.137 0.064 0.072 9 S 0.018 0.017 0.238 0.028 0.088 0.062 0.009 0.008 0.034 0.161 0.212 0.037 0.089 10 F 0.047 0.029 0.202 0.019 0.110 0.068 0.022 0.008 0.046 0.098 0.144 0.068 0.137 11 F 0.085 0.021 0.221 0.026 0.084 0.091 0.020 0.013 0.033 0.102 0.079 0.113 0.113 12 E 0.105 0.030 0.204 0.018 0.060 0.087 0.023 0.006 0.028 0.097 0.088 0.096 0.160 13 V 0.100 0.044 0.263 0.011 0.037 0.071 0.015 0.004 0.025 0.104 0.082 0.080 0.165 14 T 0.047 0.028 0.336 0.012 0.030 0.052 0.005 0.001 0.014 0.146 0.153 0.064 0.112 15 G 0.012 0.017 0.273 0.014 0.034 0.039 0.002 0.001 0.007 0.261 0.262 0.031 0.046 16 H 0.006 0.027 0.415 0.006 0.030 0.038 0.001 0.001 0.005 0.253 0.147 0.020 0.052 17 A 0.002 0.023 0.583 0.003 0.021 0.027 0.001 0.001 0.004 0.223 0.055 0.031 0.027 18 P 0.002 0.013 0.475 0.005 0.044 0.048 0.001 0.001 0.002 0.145 0.223 0.009 0.033 19 D 0.005 0.016 0.327 0.011 0.068 0.068 0.001 0.001 0.003 0.211 0.254 0.014 0.023 20 K 0.017 0.016 0.321 0.007 0.079 0.131 0.002 0.001 0.008 0.196 0.134 0.035 0.054 21 T 0.055 0.022 0.301 0.008 0.045 0.170 0.007 0.002 0.020 0.101 0.083 0.048 0.138 22 L 0.103 0.023 0.210 0.007 0.033 0.247 0.010 0.008 0.029 0.064 0.048 0.111 0.107 23 C 0.099 0.017 0.169 0.015 0.030 0.368 0.010 0.007 0.026 0.043 0.040 0.040 0.135 24 A 0.084 0.007 0.146 0.017 0.027 0.419 0.008 0.003 0.016 0.060 0.044 0.115 0.051 25 S 0.087 0.012 0.123 0.007 0.028 0.460 0.008 0.004 0.016 0.040 0.055 0.028 0.131 26 V 0.069 0.006 0.078 0.006 0.041 0.628 0.009 0.006 0.013 0.034 0.030 0.038 0.043 27 S 0.057 0.004 0.057 0.008 0.038 0.705 0.007 0.005 0.011 0.023 0.034 0.020 0.029 28 L 0.040 0.004 0.038 0.002 0.043 0.746 0.004 0.002 0.009 0.017 0.060 0.013 0.022 29 L 0.029 0.004 0.044 0.002 0.021 0.769 0.004 0.003 0.008 0.023 0.061 0.011 0.022 30 T 0.012 0.004 0.041 0.002 0.019 0.829 0.002 0.001 0.004 0.019 0.051 0.006 0.011 31 Q 0.005 0.001 0.027 0.001 0.014 0.872 0.001 0.001 0.002 0.021 0.047 0.005 0.003 32 H 0.004 0.003 0.029 0.001 0.014 0.866 0.001 0.001 0.002 0.014 0.060 0.001 0.006 33 V 0.003 0.003 0.026 0.001 0.016 0.889 0.001 0.001 0.001 0.014 0.041 0.002 0.004 34 A 0.002 0.001 0.023 0.001 0.024 0.884 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.002 0.002 35 N 0.002 0.001 0.029 0.001 0.031 0.812 0.001 0.001 0.001 0.018 0.100 0.001 0.003 36 F 0.002 0.002 0.042 0.001 0.029 0.802 0.001 0.001 0.001 0.022 0.094 0.002 0.003 37 L 0.003 0.005 0.065 0.001 0.029 0.749 0.001 0.001 0.002 0.033 0.101 0.004 0.005 38 K 0.005 0.005 0.103 0.001 0.036 0.674 0.001 0.001 0.002 0.036 0.125 0.005 0.008 39 A 0.003 0.003 0.075 0.001 0.036 0.742 0.001 0.001 0.001 0.041 0.088 0.003 0.007 40 E 0.004 0.005 0.094 0.001 0.039 0.689 0.001 0.001 0.001 0.043 0.112 0.006 0.007 41 K 0.006 0.007 0.109 0.002 0.044 0.648 0.001 0.001 0.002 0.050 0.110 0.006 0.014 42 K 0.005 0.004 0.121 0.003 0.049 0.663 0.001 0.001 0.002 0.050 0.083 0.007 0.013 43 A 0.009 0.005 0.107 0.003 0.041 0.666 0.001 0.001 0.004 0.056 0.077 0.013 0.017 44 K 0.017 0.009 0.147 0.002 0.036 0.603 0.002 0.002 0.005 0.035 0.088 0.021 0.033 45 I 0.022 0.014 0.179 0.005 0.026 0.567 0.002 0.002 0.006 0.041 0.057 0.017 0.062 46 K 0.025 0.018 0.253 0.011 0.023 0.380 0.003 0.003 0.006 0.090 0.072 0.075 0.043 47 K 0.012 0.011 0.198 0.011 0.047 0.317 0.001 0.001 0.005 0.127 0.175 0.015 0.079 48 E 0.016 0.015 0.240 0.006 0.044 0.203 0.001 0.002 0.004 0.139 0.231 0.062 0.036 49 S 0.010 0.013 0.196 0.011 0.038 0.106 0.001 0.001 0.004 0.132 0.425 0.017 0.047 50 G 0.032 0.006 0.232 0.023 0.023 0.065 0.002 0.001 0.005 0.190 0.321 0.061 0.040 51 Y 0.162 0.014 0.261 0.009 0.011 0.062 0.011 0.002 0.013 0.068 0.037 0.054 0.296 52 L 0.311 0.019 0.113 0.011 0.006 0.053 0.026 0.002 0.021 0.036 0.013 0.256 0.134 53 K 0.399 0.007 0.061 0.012 0.003 0.051 0.033 0.004 0.020 0.013 0.007 0.059 0.331 54 V 0.311 0.007 0.115 0.013 0.004 0.064 0.025 0.004 0.022 0.017 0.005 0.281 0.132 55 K 0.288 0.010 0.112 0.011 0.003 0.060 0.016 0.003 0.022 0.025 0.006 0.098 0.346 56 F 0.199 0.012 0.113 0.022 0.044 0.229 0.017 0.003 0.016 0.032 0.027 0.052 0.234 57 E 0.137 0.004 0.151 0.036 0.073 0.262 0.008 0.005 0.015 0.057 0.050 0.144 0.059 58 E 0.048 0.016 0.124 0.013 0.113 0.286 0.005 0.003 0.013 0.049 0.101 0.044 0.186 59 L 0.016 0.007 0.141 0.012 0.141 0.354 0.002 0.003 0.006 0.107 0.111 0.024 0.076 60 E 0.008 0.008 0.077 0.020 0.073 0.384 0.001 0.002 0.004 0.123 0.256 0.026 0.017 61 N 0.006 0.004 0.112 0.009 0.055 0.349 0.001 0.001 0.003 0.092 0.345 0.006 0.019 62 C 0.015 0.009 0.375 0.005 0.015 0.268 0.001 0.001 0.009 0.135 0.092 0.029 0.046 63 E 0.036 0.016 0.291 0.011 0.012 0.302 0.005 0.003 0.023 0.088 0.071 0.073 0.069 64 V 0.065 0.013 0.119 0.002 0.012 0.541 0.011 0.010 0.035 0.034 0.021 0.029 0.110 65 K 0.064 0.009 0.076 0.009 0.008 0.631 0.014 0.019 0.044 0.016 0.016 0.065 0.030 66 V 0.051 0.007 0.042 0.002 0.011 0.678 0.017 0.019 0.039 0.011 0.029 0.014 0.080 67 L 0.022 0.003 0.034 0.014 0.014 0.815 0.008 0.012 0.015 0.012 0.025 0.010 0.016 68 A 0.014 0.001 0.022 0.003 0.022 0.874 0.004 0.003 0.006 0.014 0.020 0.008 0.009 69 A 0.009 0.001 0.018 0.001 0.028 0.875 0.002 0.001 0.005 0.011 0.038 0.004 0.008 70 M 0.009 0.003 0.021 0.001 0.017 0.855 0.002 0.001 0.006 0.011 0.063 0.003 0.009 71 V 0.006 0.003 0.020 0.001 0.014 0.883 0.002 0.001 0.003 0.011 0.047 0.003 0.006 72 R 0.005 0.002 0.040 0.001 0.012 0.832 0.001 0.001 0.002 0.028 0.066 0.008 0.004 73 S 0.003 0.005 0.063 0.001 0.011 0.790 0.001 0.001 0.001 0.038 0.073 0.002 0.013 74 L 0.001 0.003 0.033 0.001 0.017 0.884 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.001 0.003 75 K 0.001 0.001 0.027 0.001 0.033 0.867 0.001 0.001 0.001 0.017 0.049 0.002 0.001 76 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.056 0.840 0.001 0.001 0.001 0.013 0.056 0.001 0.003 77 L 0.001 0.002 0.026 0.001 0.048 0.843 0.001 0.001 0.001 0.019 0.057 0.001 0.002 78 E 0.001 0.002 0.038 0.001 0.063 0.773 0.001 0.001 0.001 0.026 0.091 0.002 0.002 79 Q 0.001 0.003 0.055 0.001 0.060 0.639 0.001 0.001 0.001 0.044 0.187 0.002 0.005 80 K 0.002 0.009 0.121 0.001 0.042 0.505 0.001 0.001 0.002 0.073 0.234 0.003 0.009 81 F 0.001 0.013 0.434 0.002 0.028 0.172 0.001 0.001 0.003 0.239 0.082 0.015 0.010 82 P 0.001 0.005 0.389 0.004 0.105 0.117 0.001 0.001 0.002 0.104 0.247 0.003 0.023 83 S 0.004 0.012 0.155 0.012 0.137 0.146 0.001 0.002 0.008 0.192 0.302 0.017 0.014 84 Q 0.012 0.008 0.283 0.017 0.111 0.109 0.005 0.002 0.052 0.131 0.146 0.028 0.096 85 I 0.050 0.013 0.306 0.036 0.011 0.052 0.023 0.007 0.146 0.058 0.017 0.114 0.166 86 R 0.046 0.016 0.182 0.045 0.006 0.034 0.034 0.015 0.195 0.025 0.016 0.204 0.184 87 V 0.046 0.016 0.144 0.023 0.007 0.031 0.051 0.026 0.194 0.032 0.011 0.076 0.345 88 E 0.041 0.008 0.192 0.032 0.004 0.020 0.031 0.014 0.118 0.016 0.005 0.385 0.132 89 V 0.033 0.024 0.149 0.016 0.015 0.022 0.034 0.010 0.114 0.014 0.013 0.037 0.518 90 I 0.041 0.027 0.286 0.100 0.029 0.029 0.020 0.003 0.052 0.097 0.035 0.160 0.123 91 D 0.011 0.015 0.350 0.015 0.027 0.019 0.005 0.001 0.028 0.269 0.054 0.076 0.131 92 N 0.002 0.013 0.452 0.002 0.027 0.020 0.001 0.001 0.007 0.226 0.174 0.014 0.063 93 G 0.001 0.011 0.608 0.001 0.020 0.023 0.001 0.001 0.004 0.112 0.196 0.010 0.015 94 S 0.001 0.002 0.943 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.023 0.012 0.001 0.004