# TARGET T0201 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.083 0.060 0.123 0.104 0.104 0.124 0.095 0.088 0.067 0.049 2 I 0.044 0.043 0.035 0.071 0.078 0.096 0.154 0.138 0.139 0.117 0.084 3 K 0.112 0.162 0.134 0.254 0.157 0.086 0.053 0.022 0.012 0.005 0.003 4 V 0.029 0.026 0.027 0.046 0.058 0.082 0.153 0.155 0.183 0.147 0.095 5 T 0.093 0.162 0.106 0.233 0.168 0.094 0.072 0.033 0.021 0.011 0.008 6 V 0.029 0.027 0.021 0.043 0.053 0.068 0.140 0.140 0.173 0.169 0.137 7 T 0.097 0.158 0.087 0.208 0.155 0.109 0.093 0.041 0.026 0.015 0.010 8 N 0.196 0.129 0.079 0.176 0.136 0.102 0.084 0.041 0.030 0.017 0.009 9 S 0.201 0.144 0.079 0.152 0.110 0.086 0.092 0.049 0.040 0.027 0.020 10 F 0.041 0.053 0.047 0.110 0.102 0.108 0.158 0.114 0.115 0.090 0.061 11 F 0.030 0.033 0.035 0.060 0.081 0.117 0.184 0.146 0.145 0.101 0.069 12 E 0.089 0.152 0.176 0.273 0.149 0.074 0.045 0.020 0.011 0.006 0.004 13 V 0.026 0.029 0.041 0.056 0.079 0.107 0.184 0.142 0.140 0.111 0.085 14 T 0.115 0.137 0.076 0.200 0.148 0.099 0.099 0.054 0.038 0.023 0.013 15 G 0.449 0.140 0.046 0.086 0.069 0.060 0.061 0.031 0.026 0.019 0.013 16 H 0.130 0.187 0.087 0.180 0.123 0.089 0.089 0.046 0.032 0.023 0.014 17 A 0.167 0.099 0.031 0.069 0.070 0.075 0.122 0.093 0.102 0.093 0.080 18 P 0.293 0.175 0.062 0.135 0.105 0.079 0.069 0.033 0.025 0.014 0.011 19 D 0.345 0.217 0.083 0.135 0.084 0.053 0.041 0.018 0.012 0.007 0.004 20 K 0.197 0.140 0.099 0.196 0.140 0.102 0.065 0.027 0.017 0.009 0.006 21 T 0.236 0.153 0.072 0.155 0.120 0.092 0.075 0.041 0.028 0.018 0.010 22 L 0.024 0.044 0.033 0.087 0.105 0.130 0.207 0.143 0.111 0.072 0.043 23 C 0.039 0.035 0.038 0.071 0.081 0.101 0.173 0.139 0.138 0.106 0.079 24 A 0.077 0.078 0.111 0.157 0.143 0.119 0.127 0.068 0.054 0.038 0.029 25 S 0.058 0.122 0.090 0.194 0.142 0.111 0.114 0.064 0.050 0.034 0.021 26 V 0.040 0.030 0.038 0.063 0.071 0.094 0.160 0.135 0.156 0.126 0.088 27 S 0.232 0.146 0.170 0.170 0.105 0.073 0.058 0.021 0.013 0.007 0.004 28 L 0.028 0.044 0.092 0.110 0.111 0.132 0.196 0.114 0.083 0.057 0.033 29 L 0.011 0.019 0.047 0.045 0.045 0.060 0.130 0.131 0.177 0.185 0.151 30 T 0.036 0.047 0.118 0.129 0.127 0.135 0.186 0.093 0.071 0.038 0.020 31 Q 0.104 0.094 0.340 0.227 0.114 0.058 0.035 0.014 0.008 0.004 0.002 32 H 0.023 0.052 0.101 0.100 0.108 0.147 0.203 0.108 0.079 0.051 0.028 33 V 0.011 0.013 0.051 0.040 0.037 0.058 0.150 0.148 0.191 0.169 0.132 34 A 0.047 0.048 0.215 0.143 0.145 0.139 0.145 0.056 0.036 0.018 0.008 35 N 0.057 0.085 0.384 0.228 0.112 0.067 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 36 F 0.022 0.025 0.096 0.058 0.056 0.075 0.169 0.137 0.152 0.127 0.083 37 L 0.019 0.017 0.063 0.051 0.055 0.087 0.193 0.155 0.161 0.122 0.078 38 K 0.041 0.095 0.488 0.191 0.103 0.048 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 39 A 0.051 0.050 0.183 0.098 0.091 0.126 0.186 0.087 0.067 0.041 0.020 40 E 0.156 0.094 0.177 0.141 0.109 0.087 0.114 0.055 0.039 0.020 0.008 41 K 0.113 0.095 0.249 0.161 0.094 0.091 0.100 0.046 0.028 0.015 0.008 42 K 0.067 0.087 0.286 0.216 0.143 0.098 0.061 0.022 0.012 0.006 0.002 43 A 0.082 0.050 0.189 0.077 0.078 0.113 0.179 0.097 0.074 0.042 0.020 44 K 0.103 0.166 0.327 0.221 0.103 0.041 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 45 I 0.025 0.027 0.088 0.041 0.048 0.068 0.156 0.136 0.165 0.148 0.096 46 K 0.069 0.161 0.210 0.257 0.158 0.071 0.046 0.016 0.008 0.004 0.002 47 K 0.238 0.155 0.226 0.147 0.098 0.063 0.044 0.015 0.008 0.004 0.002 48 E 0.254 0.148 0.154 0.166 0.099 0.073 0.056 0.023 0.014 0.008 0.005 49 S 0.142 0.162 0.106 0.149 0.122 0.095 0.104 0.055 0.038 0.020 0.007 50 G 0.498 0.143 0.073 0.098 0.061 0.044 0.040 0.019 0.013 0.007 0.004 51 Y 0.064 0.089 0.119 0.182 0.157 0.123 0.132 0.060 0.042 0.022 0.011 52 L 0.036 0.025 0.039 0.058 0.059 0.091 0.195 0.163 0.154 0.116 0.065 53 K 0.052 0.086 0.133 0.363 0.205 0.093 0.045 0.014 0.007 0.002 0.001 54 V 0.025 0.029 0.064 0.041 0.055 0.090 0.172 0.164 0.170 0.118 0.071 55 K 0.047 0.224 0.190 0.281 0.145 0.063 0.031 0.010 0.005 0.003 0.001 56 F 0.038 0.041 0.040 0.067 0.089 0.102 0.205 0.141 0.138 0.090 0.049 57 E 0.374 0.177 0.216 0.138 0.060 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 58 E 0.079 0.136 0.177 0.247 0.154 0.098 0.076 0.020 0.008 0.003 0.002 59 L 0.025 0.027 0.050 0.063 0.084 0.115 0.188 0.149 0.141 0.100 0.059 60 E 0.271 0.137 0.207 0.179 0.098 0.057 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 61 N 0.174 0.207 0.281 0.207 0.081 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 62 C 0.014 0.020 0.021 0.033 0.050 0.094 0.208 0.182 0.155 0.139 0.084 63 E 0.102 0.184 0.181 0.209 0.135 0.088 0.059 0.019 0.012 0.006 0.004 64 V 0.033 0.044 0.117 0.076 0.086 0.108 0.192 0.119 0.119 0.071 0.034 65 K 0.136 0.109 0.227 0.282 0.131 0.061 0.033 0.011 0.006 0.003 0.001 66 V 0.019 0.034 0.073 0.062 0.062 0.079 0.173 0.144 0.159 0.113 0.083 67 L 0.007 0.010 0.079 0.057 0.063 0.122 0.208 0.152 0.142 0.096 0.063 68 A 0.024 0.026 0.336 0.156 0.113 0.118 0.132 0.047 0.028 0.015 0.006 69 A 0.013 0.038 0.431 0.155 0.113 0.088 0.091 0.036 0.020 0.010 0.005 70 M 0.010 0.019 0.135 0.048 0.035 0.045 0.117 0.113 0.175 0.176 0.127 71 V 0.008 0.011 0.102 0.053 0.055 0.086 0.203 0.137 0.150 0.119 0.076 72 R 0.029 0.037 0.627 0.132 0.082 0.048 0.031 0.009 0.004 0.001 0.001 73 S 0.016 0.056 0.200 0.158 0.155 0.163 0.153 0.050 0.028 0.015 0.007 74 L 0.006 0.012 0.053 0.027 0.031 0.066 0.199 0.158 0.207 0.158 0.083 75 K 0.159 0.073 0.369 0.188 0.094 0.054 0.045 0.011 0.005 0.001 0.001 76 E 0.049 0.061 0.667 0.132 0.054 0.024 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 77 L 0.006 0.009 0.093 0.035 0.045 0.100 0.251 0.161 0.147 0.102 0.052 78 E 0.018 0.023 0.169 0.116 0.122 0.147 0.230 0.093 0.054 0.022 0.007 79 Q 0.014 0.039 0.761 0.110 0.048 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 80 K 0.112 0.172 0.356 0.167 0.104 0.054 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 81 F 0.022 0.024 0.031 0.027 0.042 0.075 0.212 0.172 0.181 0.132 0.083 82 P 0.206 0.208 0.167 0.164 0.118 0.064 0.047 0.015 0.007 0.003 0.001 83 S 0.304 0.137 0.254 0.131 0.076 0.044 0.032 0.011 0.007 0.003 0.002 84 Q 0.157 0.136 0.173 0.220 0.136 0.080 0.060 0.021 0.011 0.005 0.002 85 I 0.023 0.019 0.021 0.031 0.042 0.090 0.187 0.163 0.173 0.151 0.101 86 R 0.036 0.118 0.139 0.258 0.184 0.130 0.079 0.030 0.016 0.008 0.003 87 V 0.018 0.021 0.042 0.050 0.066 0.090 0.163 0.158 0.177 0.133 0.082 88 E 0.085 0.158 0.193 0.248 0.160 0.074 0.050 0.017 0.008 0.004 0.003 89 V 0.014 0.031 0.033 0.080 0.088 0.097 0.196 0.147 0.135 0.113 0.066 90 I 0.015 0.023 0.035 0.094 0.127 0.138 0.180 0.129 0.118 0.084 0.056 91 D 0.133 0.177 0.216 0.206 0.120 0.068 0.048 0.016 0.010 0.004 0.002 92 N 0.280 0.187 0.119 0.171 0.087 0.062 0.056 0.020 0.011 0.006 0.002 93 G 0.599 0.144 0.035 0.065 0.043 0.031 0.030 0.018 0.015 0.012 0.008 94 S 0.357 0.264 0.056 0.111 0.066 0.044 0.040 0.022 0.018 0.012 0.010