# TARGET T0201 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.393 0.256 0.080 0.060 0.027 0.016 0.003 0.021 0.002 0.001 2 I 0.038 0.644 0.202 0.022 0.050 0.017 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 3 K 0.027 0.474 0.400 0.009 0.017 0.049 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 4 V 0.019 0.724 0.164 0.007 0.034 0.025 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 5 T 0.026 0.693 0.194 0.007 0.037 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 6 V 0.036 0.680 0.148 0.017 0.046 0.036 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 7 T 0.088 0.524 0.175 0.047 0.083 0.029 0.010 0.002 0.035 0.007 0.001 8 N 0.186 0.138 0.132 0.112 0.139 0.034 0.174 0.031 0.029 0.022 0.002 9 S 0.266 0.272 0.166 0.103 0.121 0.017 0.019 0.013 0.010 0.012 0.001 10 F 0.212 0.368 0.166 0.100 0.066 0.033 0.022 0.005 0.025 0.003 0.001 11 F 0.106 0.497 0.219 0.037 0.078 0.025 0.009 0.002 0.024 0.002 0.001 12 E 0.098 0.471 0.295 0.018 0.044 0.049 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 13 V 0.168 0.464 0.204 0.045 0.028 0.046 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 14 T 0.152 0.380 0.151 0.195 0.066 0.013 0.010 0.002 0.031 0.002 0.001 15 G 0.069 0.036 0.079 0.032 0.212 0.005 0.065 0.321 0.002 0.178 0.001 16 H 0.109 0.281 0.343 0.141 0.045 0.037 0.011 0.003 0.024 0.004 0.001 17 A 0.035 0.255 0.459 0.003 0.047 0.013 0.019 0.001 0.155 0.011 0.001 18 P 0.259 0.002 0.616 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 19 D 0.211 0.069 0.215 0.268 0.038 0.058 0.073 0.041 0.020 0.005 0.002 20 K 0.261 0.237 0.191 0.124 0.058 0.037 0.055 0.011 0.023 0.003 0.001 21 T 0.203 0.370 0.254 0.074 0.040 0.024 0.008 0.002 0.024 0.001 0.001 22 L 0.260 0.275 0.250 0.094 0.035 0.055 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 23 C 0.178 0.413 0.182 0.067 0.074 0.034 0.010 0.003 0.036 0.003 0.001 24 A 0.393 0.160 0.236 0.061 0.099 0.014 0.010 0.006 0.008 0.011 0.001 25 S 0.369 0.226 0.202 0.071 0.058 0.038 0.010 0.006 0.013 0.005 0.001 26 V 0.512 0.289 0.099 0.044 0.023 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 27 S 0.763 0.085 0.084 0.021 0.011 0.018 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 28 L 0.849 0.053 0.031 0.036 0.006 0.013 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 29 L 0.871 0.032 0.031 0.044 0.004 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 30 T 0.897 0.029 0.023 0.031 0.008 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 31 Q 0.938 0.008 0.012 0.025 0.004 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 32 H 0.901 0.013 0.013 0.054 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 33 V 0.952 0.007 0.004 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 A 0.980 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 N 0.913 0.001 0.002 0.070 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 36 F 0.918 0.003 0.003 0.070 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.877 0.019 0.028 0.065 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 38 K 0.903 0.010 0.027 0.034 0.002 0.006 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 39 A 0.917 0.009 0.023 0.034 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 40 E 0.903 0.009 0.017 0.059 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 41 K 0.847 0.021 0.032 0.069 0.005 0.007 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 42 K 0.802 0.023 0.045 0.102 0.004 0.007 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 43 A 0.735 0.037 0.091 0.079 0.019 0.004 0.018 0.009 0.003 0.004 0.001 44 K 0.703 0.056 0.093 0.074 0.011 0.022 0.024 0.004 0.011 0.001 0.001 45 I 0.551 0.152 0.208 0.044 0.008 0.022 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 46 K 0.679 0.096 0.116 0.051 0.008 0.029 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 47 K 0.653 0.118 0.127 0.044 0.022 0.015 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 48 E 0.677 0.093 0.087 0.086 0.013 0.017 0.009 0.002 0.014 0.002 0.001 49 S 0.319 0.093 0.157 0.347 0.042 0.005 0.016 0.004 0.012 0.005 0.001 50 G 0.050 0.006 0.038 0.019 0.059 0.001 0.056 0.518 0.001 0.250 0.001 51 Y 0.188 0.259 0.343 0.107 0.047 0.029 0.009 0.002 0.012 0.003 0.001 52 L 0.073 0.455 0.320 0.039 0.050 0.032 0.009 0.001 0.019 0.002 0.001 53 K 0.074 0.455 0.331 0.020 0.032 0.057 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 54 V 0.034 0.694 0.185 0.009 0.043 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 55 K 0.048 0.434 0.422 0.007 0.023 0.041 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 56 F 0.439 0.221 0.170 0.033 0.055 0.044 0.009 0.003 0.024 0.002 0.001 57 E 0.816 0.068 0.040 0.044 0.013 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 58 E 0.707 0.071 0.094 0.075 0.020 0.016 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 59 L 0.550 0.104 0.117 0.167 0.010 0.026 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 60 E 0.630 0.079 0.175 0.054 0.020 0.013 0.018 0.002 0.005 0.004 0.001 61 N 0.215 0.020 0.042 0.505 0.013 0.037 0.109 0.031 0.026 0.002 0.001 62 C 0.128 0.185 0.524 0.067 0.026 0.029 0.018 0.006 0.015 0.003 0.001 63 E 0.430 0.200 0.213 0.052 0.015 0.043 0.026 0.004 0.011 0.004 0.001 64 V 0.480 0.276 0.181 0.018 0.017 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 65 K 0.781 0.085 0.072 0.016 0.006 0.026 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 66 V 0.852 0.073 0.038 0.011 0.002 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 67 L 0.909 0.039 0.027 0.013 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 A 0.968 0.009 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.965 0.005 0.005 0.017 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.943 0.004 0.004 0.043 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.944 0.011 0.011 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 R 0.968 0.004 0.006 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.893 0.008 0.012 0.068 0.006 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 74 L 0.965 0.002 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.984 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.968 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.960 0.004 0.008 0.018 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.917 0.014 0.018 0.044 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.702 0.023 0.034 0.226 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 81 F 0.071 0.128 0.249 0.013 0.016 0.027 0.015 0.001 0.479 0.001 0.001 82 P 0.648 0.003 0.287 0.030 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 83 S 0.564 0.048 0.133 0.154 0.045 0.009 0.012 0.021 0.002 0.012 0.001 84 Q 0.244 0.171 0.179 0.278 0.057 0.025 0.014 0.006 0.026 0.001 0.001 85 I 0.038 0.488 0.352 0.030 0.043 0.023 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 86 R 0.033 0.554 0.300 0.013 0.026 0.053 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 87 V 0.022 0.785 0.111 0.006 0.047 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 88 E 0.024 0.653 0.229 0.002 0.031 0.033 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 89 V 0.058 0.513 0.333 0.009 0.009 0.052 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 90 I 0.160 0.514 0.169 0.036 0.039 0.043 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 91 D 0.283 0.245 0.148 0.123 0.057 0.067 0.028 0.003 0.038 0.007 0.001 92 N 0.118 0.065 0.090 0.482 0.038 0.019 0.140 0.010 0.033 0.003 0.001 93 G 0.041 0.010 0.085 0.026 0.049 0.003 0.079 0.512 0.002 0.192 0.001 94 S 0.196 0.171 0.404 0.085 0.062 0.022 0.015 0.012 0.011 0.021 0.002