# TARGET T0201 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.231 0.131 0.041 0.017 0.308 0.014 0.021 0.051 0.043 0.071 0.072 2 I 0.167 0.222 0.040 0.011 0.446 0.010 0.009 0.026 0.014 0.025 0.032 3 K 0.315 0.087 0.016 0.005 0.458 0.005 0.007 0.017 0.009 0.025 0.056 4 V 0.240 0.162 0.021 0.005 0.508 0.004 0.004 0.014 0.006 0.008 0.029 5 T 0.203 0.196 0.040 0.005 0.479 0.006 0.007 0.017 0.005 0.009 0.032 6 V 0.309 0.124 0.045 0.014 0.325 0.012 0.009 0.041 0.016 0.026 0.078 7 T 0.056 0.176 0.080 0.113 0.118 0.099 0.098 0.132 0.055 0.049 0.025 8 N 0.087 0.099 0.069 0.079 0.115 0.030 0.032 0.143 0.108 0.154 0.085 9 S 0.086 0.124 0.053 0.028 0.166 0.023 0.042 0.232 0.124 0.086 0.036 10 F 0.178 0.105 0.029 0.015 0.249 0.012 0.028 0.144 0.092 0.090 0.060 11 F 0.144 0.203 0.042 0.017 0.308 0.015 0.026 0.113 0.059 0.038 0.035 12 E 0.199 0.132 0.047 0.011 0.278 0.013 0.031 0.110 0.061 0.048 0.070 13 V 0.222 0.098 0.047 0.026 0.214 0.031 0.050 0.130 0.059 0.055 0.069 14 T 0.040 0.204 0.105 0.110 0.112 0.076 0.094 0.106 0.065 0.068 0.021 15 G 0.067 0.094 0.097 0.131 0.091 0.051 0.034 0.082 0.081 0.200 0.073 16 H 0.077 0.156 0.122 0.050 0.130 0.022 0.029 0.085 0.084 0.186 0.061 17 A 0.060 0.286 0.253 0.046 0.143 0.016 0.023 0.071 0.039 0.037 0.027 18 P 0.041 0.211 0.104 0.034 0.095 0.039 0.072 0.195 0.114 0.072 0.024 19 D 0.088 0.114 0.046 0.018 0.156 0.017 0.029 0.181 0.167 0.137 0.047 20 K 0.059 0.088 0.042 0.016 0.096 0.014 0.032 0.288 0.205 0.115 0.044 21 T 0.057 0.102 0.038 0.009 0.119 0.013 0.051 0.369 0.139 0.083 0.020 22 L 0.085 0.095 0.030 0.012 0.127 0.012 0.033 0.345 0.124 0.099 0.037 23 C 0.109 0.096 0.040 0.018 0.159 0.016 0.026 0.285 0.111 0.088 0.054 24 A 0.025 0.116 0.063 0.025 0.074 0.026 0.041 0.458 0.120 0.039 0.013 25 S 0.102 0.083 0.023 0.005 0.153 0.005 0.021 0.397 0.096 0.078 0.037 26 V 0.056 0.056 0.015 0.012 0.103 0.014 0.020 0.497 0.157 0.050 0.019 27 S 0.027 0.054 0.022 0.006 0.067 0.006 0.022 0.652 0.112 0.020 0.012 28 L 0.028 0.028 0.010 0.004 0.038 0.005 0.023 0.687 0.123 0.040 0.015 29 L 0.019 0.026 0.011 0.007 0.029 0.009 0.028 0.701 0.120 0.042 0.009 30 T 0.017 0.032 0.011 0.005 0.032 0.006 0.019 0.694 0.147 0.028 0.008 31 Q 0.007 0.020 0.012 0.009 0.016 0.013 0.037 0.741 0.118 0.020 0.005 32 H 0.020 0.025 0.012 0.005 0.024 0.006 0.027 0.727 0.092 0.052 0.012 33 V 0.013 0.013 0.005 0.003 0.017 0.004 0.010 0.740 0.149 0.038 0.008 34 A 0.005 0.022 0.009 0.008 0.013 0.013 0.025 0.780 0.108 0.014 0.003 35 N 0.014 0.018 0.010 0.005 0.020 0.006 0.023 0.740 0.105 0.047 0.011 36 F 0.009 0.014 0.007 0.005 0.014 0.011 0.025 0.730 0.122 0.056 0.007 37 L 0.030 0.081 0.018 0.006 0.062 0.007 0.017 0.622 0.106 0.036 0.014 38 K 0.028 0.044 0.022 0.010 0.035 0.009 0.022 0.595 0.120 0.095 0.021 39 A 0.018 0.068 0.029 0.010 0.041 0.013 0.035 0.613 0.113 0.049 0.010 40 E 0.029 0.088 0.032 0.014 0.060 0.014 0.033 0.552 0.114 0.048 0.017 41 K 0.027 0.050 0.026 0.010 0.042 0.015 0.039 0.573 0.114 0.087 0.017 42 K 0.046 0.049 0.020 0.012 0.058 0.014 0.021 0.488 0.134 0.123 0.035 43 A 0.040 0.134 0.045 0.017 0.105 0.016 0.022 0.450 0.110 0.044 0.017 44 K 0.075 0.077 0.033 0.008 0.126 0.008 0.025 0.438 0.103 0.080 0.028 45 I 0.096 0.114 0.038 0.009 0.169 0.013 0.023 0.349 0.090 0.071 0.028 46 K 0.066 0.188 0.056 0.022 0.184 0.017 0.028 0.306 0.076 0.038 0.019 47 K 0.088 0.116 0.079 0.026 0.108 0.024 0.052 0.323 0.096 0.056 0.031 48 E 0.057 0.060 0.068 0.053 0.079 0.068 0.098 0.320 0.091 0.080 0.027 49 S 0.031 0.264 0.129 0.113 0.087 0.053 0.053 0.126 0.055 0.070 0.018 50 G 0.035 0.058 0.076 0.116 0.047 0.032 0.022 0.111 0.067 0.350 0.087 51 Y 0.144 0.220 0.051 0.013 0.264 0.014 0.019 0.109 0.057 0.065 0.045 52 L 0.153 0.231 0.054 0.011 0.398 0.008 0.010 0.060 0.023 0.022 0.028 53 K 0.293 0.106 0.026 0.007 0.362 0.007 0.013 0.062 0.024 0.034 0.067 54 V 0.212 0.209 0.037 0.012 0.362 0.014 0.014 0.068 0.022 0.017 0.034 55 K 0.150 0.285 0.082 0.011 0.276 0.008 0.012 0.078 0.025 0.032 0.040 56 F 0.168 0.064 0.021 0.013 0.193 0.012 0.009 0.245 0.159 0.063 0.054 57 E 0.035 0.080 0.039 0.028 0.057 0.028 0.040 0.507 0.152 0.020 0.014 58 E 0.080 0.060 0.022 0.007 0.091 0.009 0.029 0.341 0.141 0.172 0.049 59 L 0.095 0.090 0.033 0.020 0.122 0.017 0.017 0.292 0.165 0.107 0.042 60 E 0.010 0.045 0.033 0.046 0.025 0.081 0.115 0.456 0.149 0.035 0.005 61 N 0.059 0.035 0.020 0.015 0.051 0.011 0.021 0.202 0.115 0.381 0.090 62 C 0.096 0.268 0.065 0.011 0.238 0.007 0.010 0.144 0.056 0.067 0.039 63 E 0.103 0.070 0.017 0.007 0.148 0.008 0.025 0.453 0.096 0.042 0.029 64 V 0.093 0.075 0.014 0.006 0.147 0.005 0.011 0.513 0.092 0.025 0.019 65 K 0.027 0.045 0.012 0.007 0.066 0.009 0.030 0.727 0.057 0.010 0.009 66 V 0.042 0.019 0.006 0.002 0.044 0.003 0.009 0.791 0.061 0.013 0.010 67 L 0.007 0.009 0.005 0.004 0.011 0.006 0.010 0.842 0.090 0.012 0.004 68 A 0.005 0.007 0.004 0.004 0.008 0.004 0.007 0.841 0.108 0.009 0.003 69 A 0.003 0.008 0.005 0.003 0.006 0.003 0.012 0.852 0.095 0.011 0.002 70 M 0.005 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.011 0.821 0.115 0.023 0.003 71 V 0.010 0.014 0.003 0.002 0.016 0.004 0.015 0.749 0.148 0.033 0.005 72 R 0.007 0.024 0.010 0.008 0.017 0.017 0.049 0.738 0.105 0.019 0.005 73 S 0.026 0.040 0.018 0.006 0.032 0.007 0.023 0.626 0.107 0.095 0.018 74 L 0.018 0.021 0.007 0.003 0.030 0.004 0.011 0.653 0.186 0.055 0.013 75 K 0.006 0.024 0.010 0.005 0.011 0.010 0.019 0.764 0.132 0.015 0.004 76 E 0.010 0.016 0.007 0.003 0.019 0.005 0.024 0.717 0.125 0.064 0.009 77 L 0.013 0.026 0.015 0.007 0.024 0.010 0.024 0.639 0.172 0.062 0.008 78 E 0.024 0.029 0.006 0.005 0.036 0.006 0.029 0.543 0.235 0.072 0.016 79 Q 0.016 0.049 0.013 0.007 0.047 0.010 0.057 0.544 0.188 0.059 0.009 80 K 0.041 0.054 0.033 0.019 0.061 0.029 0.136 0.321 0.115 0.167 0.026 81 F 0.112 0.209 0.109 0.018 0.205 0.012 0.023 0.134 0.060 0.067 0.051 82 P 0.043 0.114 0.054 0.025 0.089 0.033 0.047 0.304 0.201 0.067 0.022 83 S 0.026 0.094 0.067 0.018 0.091 0.020 0.071 0.326 0.179 0.096 0.012 84 Q 0.160 0.062 0.019 0.006 0.167 0.007 0.033 0.190 0.106 0.176 0.074 85 I 0.122 0.281 0.033 0.008 0.397 0.011 0.013 0.060 0.020 0.032 0.022 86 R 0.259 0.100 0.018 0.008 0.461 0.007 0.010 0.048 0.014 0.030 0.045 87 V 0.275 0.127 0.020 0.009 0.476 0.006 0.006 0.033 0.012 0.010 0.028 88 E 0.132 0.246 0.044 0.005 0.470 0.005 0.007 0.048 0.010 0.007 0.025 89 V 0.296 0.106 0.017 0.003 0.412 0.005 0.011 0.059 0.012 0.017 0.061 90 I 0.135 0.168 0.085 0.053 0.232 0.038 0.042 0.103 0.043 0.047 0.054 91 D 0.079 0.120 0.089 0.087 0.126 0.088 0.082 0.160 0.080 0.055 0.034 92 N 0.053 0.154 0.113 0.073 0.100 0.022 0.031 0.105 0.099 0.200 0.049 93 G 0.040 0.139 0.136 0.118 0.075 0.048 0.047 0.099 0.078 0.166 0.054 94 S 0.064 0.197 0.110 0.043 0.146 0.035 0.056 0.142 0.090 0.080 0.037