# TARGET T0201 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.618 0.233 0.099 0.038 0.010 0.002 0.001 2 I 0.319 0.241 0.176 0.164 0.080 0.018 0.001 3 K 0.330 0.325 0.179 0.108 0.043 0.013 0.001 4 V 0.199 0.154 0.157 0.198 0.186 0.094 0.012 5 T 0.207 0.265 0.234 0.177 0.084 0.030 0.004 6 V 0.186 0.129 0.138 0.209 0.201 0.117 0.020 7 T 0.299 0.259 0.189 0.149 0.075 0.025 0.003 8 N 0.326 0.244 0.172 0.133 0.082 0.038 0.004 9 S 0.244 0.257 0.183 0.165 0.100 0.045 0.006 10 F 0.156 0.168 0.195 0.231 0.164 0.077 0.009 11 F 0.166 0.139 0.147 0.216 0.210 0.108 0.013 12 E 0.223 0.268 0.228 0.162 0.085 0.031 0.004 13 V 0.144 0.134 0.160 0.228 0.217 0.104 0.013 14 T 0.288 0.260 0.191 0.150 0.077 0.031 0.004 15 G 0.276 0.236 0.177 0.159 0.097 0.046 0.008 16 H 0.305 0.256 0.178 0.138 0.083 0.036 0.005 17 A 0.258 0.207 0.181 0.175 0.119 0.053 0.007 18 P 0.404 0.239 0.156 0.119 0.058 0.021 0.004 19 D 0.443 0.256 0.140 0.092 0.047 0.019 0.003 20 K 0.368 0.267 0.166 0.114 0.058 0.023 0.004 21 T 0.235 0.222 0.185 0.172 0.115 0.058 0.012 22 L 0.103 0.100 0.129 0.197 0.226 0.197 0.048 23 C 0.096 0.093 0.124 0.184 0.224 0.219 0.059 24 A 0.121 0.140 0.149 0.190 0.196 0.157 0.047 25 S 0.118 0.137 0.145 0.188 0.186 0.170 0.056 26 V 0.071 0.078 0.100 0.180 0.245 0.242 0.083 27 S 0.156 0.190 0.184 0.179 0.147 0.110 0.034 28 L 0.101 0.118 0.141 0.198 0.212 0.183 0.046 29 L 0.089 0.078 0.091 0.165 0.241 0.269 0.066 30 T 0.128 0.176 0.187 0.207 0.169 0.110 0.025 31 Q 0.285 0.279 0.184 0.129 0.076 0.039 0.008 32 H 0.137 0.169 0.185 0.204 0.175 0.107 0.023 33 V 0.100 0.101 0.127 0.197 0.237 0.204 0.034 34 A 0.202 0.229 0.199 0.178 0.121 0.063 0.008 35 N 0.260 0.279 0.198 0.142 0.081 0.036 0.004 36 F 0.123 0.135 0.160 0.219 0.219 0.130 0.014 37 L 0.116 0.135 0.176 0.242 0.213 0.107 0.010 38 K 0.315 0.321 0.189 0.109 0.047 0.017 0.002 39 A 0.291 0.248 0.194 0.161 0.079 0.024 0.002 40 E 0.339 0.245 0.179 0.136 0.072 0.027 0.003 41 K 0.371 0.274 0.169 0.110 0.055 0.019 0.002 42 K 0.345 0.282 0.187 0.120 0.051 0.013 0.001 43 A 0.301 0.256 0.198 0.148 0.073 0.023 0.002 44 K 0.414 0.332 0.150 0.072 0.025 0.006 0.001 45 I 0.144 0.163 0.210 0.281 0.163 0.037 0.002 46 K 0.462 0.307 0.140 0.067 0.020 0.004 0.001 47 K 0.523 0.269 0.119 0.062 0.021 0.005 0.001 48 E 0.500 0.227 0.126 0.095 0.041 0.010 0.001 49 S 0.452 0.260 0.152 0.087 0.037 0.010 0.001 50 G 0.362 0.278 0.158 0.118 0.060 0.021 0.002 51 Y 0.161 0.224 0.243 0.217 0.114 0.037 0.003 52 L 0.090 0.107 0.149 0.253 0.263 0.129 0.009 53 K 0.157 0.295 0.272 0.178 0.076 0.020 0.001 54 V 0.092 0.128 0.173 0.279 0.242 0.082 0.005 55 K 0.190 0.332 0.242 0.154 0.066 0.016 0.001 56 F 0.102 0.145 0.208 0.295 0.190 0.057 0.003 57 E 0.373 0.360 0.160 0.073 0.025 0.007 0.001 58 E 0.326 0.355 0.193 0.090 0.029 0.006 0.001 59 L 0.113 0.123 0.183 0.293 0.220 0.065 0.004 60 E 0.389 0.316 0.170 0.088 0.029 0.007 0.001 61 N 0.457 0.319 0.135 0.060 0.022 0.006 0.001 62 C 0.169 0.173 0.204 0.240 0.153 0.056 0.006 63 E 0.310 0.273 0.180 0.132 0.071 0.029 0.004 64 V 0.167 0.181 0.194 0.215 0.169 0.066 0.009 65 K 0.265 0.285 0.218 0.145 0.063 0.021 0.002 66 V 0.140 0.166 0.169 0.221 0.188 0.101 0.014 67 L 0.128 0.116 0.134 0.201 0.234 0.165 0.022 68 A 0.209 0.233 0.201 0.186 0.112 0.051 0.007 69 A 0.248 0.250 0.192 0.157 0.098 0.047 0.008 70 M 0.150 0.148 0.155 0.195 0.198 0.135 0.019 71 V 0.137 0.143 0.173 0.241 0.193 0.101 0.012 72 R 0.250 0.302 0.206 0.131 0.075 0.031 0.005 73 S 0.294 0.272 0.199 0.141 0.070 0.023 0.002 74 L 0.147 0.156 0.187 0.244 0.186 0.073 0.006 75 K 0.431 0.308 0.153 0.074 0.026 0.007 0.001 76 E 0.460 0.319 0.135 0.061 0.021 0.005 0.001 77 L 0.196 0.172 0.203 0.239 0.146 0.041 0.002 78 E 0.359 0.270 0.181 0.123 0.052 0.014 0.001 79 Q 0.558 0.266 0.102 0.050 0.018 0.005 0.001 80 K 0.391 0.311 0.170 0.088 0.031 0.009 0.001 81 F 0.138 0.135 0.182 0.273 0.201 0.065 0.005 82 P 0.372 0.284 0.175 0.109 0.046 0.013 0.001 83 S 0.451 0.273 0.145 0.088 0.034 0.009 0.001 84 Q 0.356 0.301 0.188 0.108 0.037 0.009 0.001 85 I 0.120 0.126 0.177 0.265 0.235 0.073 0.004 86 R 0.260 0.280 0.227 0.156 0.062 0.014 0.001 87 V 0.246 0.162 0.170 0.207 0.157 0.055 0.003 88 E 0.341 0.291 0.198 0.113 0.046 0.011 0.001 89 V 0.287 0.216 0.194 0.170 0.102 0.029 0.002 90 I 0.364 0.211 0.171 0.157 0.078 0.019 0.001 91 D 0.657 0.234 0.075 0.026 0.007 0.001 0.001 92 N 0.699 0.179 0.069 0.038 0.012 0.002 0.001 93 G 0.740 0.158 0.060 0.030 0.010 0.002 0.001 94 S 0.797 0.139 0.042 0.016 0.005 0.001 0.001