# TARGET T0201 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.889 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 0.021 0.003 0.014 0.043 2 I 0.007 0.015 0.533 0.023 0.001 0.003 0.007 0.002 0.173 0.007 0.001 0.043 0.184 3 K 0.030 0.013 0.158 0.011 0.001 0.002 0.018 0.005 0.270 0.012 0.001 0.298 0.181 4 V 0.049 0.022 0.108 0.031 0.001 0.001 0.037 0.010 0.227 0.012 0.001 0.092 0.408 5 T 0.006 0.009 0.411 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.134 0.019 0.005 0.128 0.269 6 V 0.002 0.009 0.174 0.031 0.010 0.003 0.002 0.001 0.014 0.185 0.467 0.022 0.078 7 T 0.001 0.005 0.062 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.665 0.015 0.006 8 N 0.001 0.002 0.128 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.470 0.359 0.005 0.014 9 S 0.007 0.017 0.495 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.012 0.236 0.111 0.042 0.062 10 F 0.073 0.046 0.127 0.013 0.001 0.001 0.064 0.004 0.042 0.042 0.010 0.056 0.521 11 F 0.232 0.007 0.072 0.018 0.001 0.001 0.099 0.012 0.028 0.010 0.002 0.436 0.083 12 E 0.329 0.011 0.047 0.007 0.001 0.001 0.099 0.014 0.030 0.011 0.002 0.075 0.373 13 V 0.243 0.010 0.124 0.007 0.002 0.001 0.049 0.008 0.038 0.015 0.004 0.345 0.155 14 T 0.060 0.022 0.331 0.020 0.006 0.001 0.011 0.002 0.054 0.104 0.034 0.056 0.299 15 G 0.008 0.026 0.358 0.020 0.020 0.003 0.001 0.001 0.025 0.231 0.238 0.033 0.036 16 H 0.004 0.023 0.502 0.003 0.016 0.003 0.001 0.001 0.013 0.181 0.186 0.024 0.044 17 A 0.002 0.029 0.276 0.007 0.026 0.005 0.001 0.001 0.002 0.254 0.355 0.012 0.032 18 P 0.002 0.023 0.262 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.300 0.353 0.017 0.018 19 D 0.001 0.013 0.393 0.007 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.417 0.127 0.006 0.019 20 K 0.003 0.019 0.490 0.006 0.008 0.030 0.001 0.001 0.001 0.288 0.105 0.017 0.032 21 T 0.029 0.044 0.352 0.003 0.012 0.145 0.005 0.001 0.006 0.124 0.071 0.040 0.169 22 L 0.077 0.026 0.212 0.003 0.021 0.347 0.011 0.002 0.009 0.071 0.034 0.123 0.063 23 C 0.040 0.009 0.065 0.002 0.026 0.719 0.004 0.001 0.004 0.030 0.018 0.010 0.072 24 A 0.026 0.003 0.040 0.006 0.024 0.840 0.002 0.001 0.002 0.017 0.014 0.015 0.010 25 S 0.019 0.001 0.015 0.002 0.025 0.898 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.003 0.011 26 V 0.008 0.001 0.004 0.001 0.031 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 27 S 0.004 0.001 0.002 0.001 0.019 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 28 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 35 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 36 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 38 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.016 0.818 0.001 0.001 0.001 0.012 0.134 0.001 0.002 40 E 0.001 0.003 0.071 0.001 0.042 0.574 0.001 0.001 0.001 0.053 0.247 0.002 0.005 41 K 0.001 0.005 0.068 0.002 0.050 0.140 0.001 0.001 0.001 0.111 0.610 0.003 0.008 42 K 0.001 0.002 0.212 0.015 0.057 0.029 0.001 0.001 0.002 0.154 0.500 0.015 0.013 43 A 0.004 0.016 0.519 0.006 0.016 0.020 0.002 0.001 0.018 0.105 0.021 0.027 0.246 44 K 0.004 0.010 0.351 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 0.050 0.030 0.004 0.473 0.061 45 I 0.009 0.040 0.262 0.010 0.003 0.005 0.003 0.001 0.041 0.008 0.003 0.010 0.606 46 K 0.017 0.040 0.329 0.049 0.005 0.004 0.004 0.001 0.035 0.017 0.005 0.424 0.072 47 K 0.008 0.013 0.299 0.046 0.024 0.005 0.001 0.001 0.017 0.140 0.085 0.015 0.344 48 E 0.005 0.014 0.096 0.012 0.015 0.004 0.001 0.001 0.002 0.230 0.444 0.148 0.028 49 S 0.001 0.001 0.069 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.739 0.012 0.015 50 G 0.019 0.004 0.192 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.356 0.026 0.051 51 Y 0.335 0.012 0.067 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.014 0.006 0.133 0.405 52 L 0.617 0.003 0.017 0.008 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.006 0.001 0.172 0.142 53 K 0.682 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.201 54 V 0.596 0.001 0.018 0.010 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.097 55 K 0.578 0.003 0.023 0.004 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 0.329 56 F 0.165 0.017 0.240 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.004 0.288 0.252 57 E 0.004 0.002 0.202 0.011 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.428 0.268 0.019 0.045 58 E 0.001 0.010 0.253 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.405 0.291 0.003 0.021 59 L 0.001 0.005 0.568 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.260 0.104 0.025 0.016 60 E 0.001 0.004 0.414 0.002 0.011 0.083 0.001 0.001 0.001 0.245 0.223 0.003 0.015 61 N 0.001 0.008 0.157 0.001 0.025 0.564 0.001 0.001 0.001 0.140 0.088 0.004 0.012 62 C 0.004 0.007 0.152 0.003 0.014 0.713 0.001 0.001 0.001 0.046 0.026 0.011 0.024 63 E 0.004 0.004 0.039 0.001 0.009 0.898 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.003 0.023 64 V 0.008 0.002 0.020 0.005 0.006 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.008 65 K 0.004 0.001 0.009 0.001 0.006 0.962 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.004 66 V 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 67 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 0.919 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.052 0.867 0.001 0.001 0.001 0.010 0.057 0.002 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.068 0.735 0.001 0.001 0.001 0.015 0.162 0.001 0.002 80 K 0.001 0.007 0.048 0.001 0.060 0.613 0.001 0.001 0.001 0.063 0.204 0.001 0.003 81 F 0.001 0.019 0.356 0.001 0.077 0.213 0.001 0.001 0.001 0.222 0.094 0.009 0.007 82 P 0.001 0.002 0.110 0.001 0.242 0.037 0.001 0.001 0.001 0.117 0.485 0.001 0.004 83 S 0.001 0.001 0.013 0.004 0.176 0.015 0.001 0.001 0.001 0.124 0.664 0.001 0.001 84 Q 0.007 0.006 0.160 0.011 0.219 0.020 0.003 0.001 0.029 0.102 0.365 0.028 0.049 85 I 0.065 0.012 0.317 0.013 0.008 0.009 0.034 0.008 0.189 0.041 0.010 0.049 0.243 86 R 0.072 0.007 0.080 0.028 0.001 0.005 0.047 0.030 0.343 0.013 0.004 0.308 0.061 87 V 0.093 0.009 0.062 0.008 0.002 0.006 0.077 0.051 0.245 0.007 0.003 0.031 0.406 88 E 0.118 0.007 0.091 0.059 0.002 0.010 0.090 0.037 0.183 0.007 0.004 0.314 0.080 89 V 0.095 0.007 0.088 0.011 0.004 0.008 0.067 0.016 0.161 0.017 0.008 0.076 0.443 90 I 0.082 0.007 0.209 0.032 0.010 0.014 0.036 0.003 0.078 0.083 0.017 0.230 0.199 91 D 0.025 0.013 0.312 0.014 0.011 0.016 0.015 0.001 0.049 0.165 0.029 0.100 0.250 92 N 0.005 0.023 0.507 0.004 0.013 0.020 0.004 0.001 0.016 0.143 0.087 0.046 0.133 93 G 0.001 0.009 0.827 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.007 0.036 0.051 0.019 0.030 94 S 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005