# TARGET T0201 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3946 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.097 0.070 0.179 0.136 0.122 0.109 0.072 0.055 0.036 0.020 2 I 0.011 0.010 0.008 0.017 0.027 0.045 0.116 0.152 0.206 0.226 0.182 3 K 0.064 0.195 0.139 0.335 0.162 0.057 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 4 V 0.021 0.016 0.009 0.027 0.052 0.076 0.159 0.172 0.200 0.165 0.103 5 T 0.124 0.259 0.128 0.297 0.123 0.041 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 6 V 0.064 0.046 0.024 0.070 0.088 0.110 0.192 0.129 0.120 0.096 0.062 7 T 0.342 0.338 0.090 0.149 0.048 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 8 N 0.383 0.179 0.070 0.148 0.094 0.061 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 9 S 0.332 0.220 0.076 0.167 0.083 0.048 0.036 0.016 0.011 0.006 0.005 10 F 0.015 0.057 0.043 0.193 0.206 0.181 0.163 0.071 0.041 0.020 0.009 11 F 0.006 0.011 0.011 0.034 0.064 0.122 0.193 0.175 0.178 0.121 0.085 12 E 0.059 0.145 0.114 0.346 0.208 0.079 0.032 0.011 0.004 0.002 0.001 13 V 0.003 0.003 0.003 0.008 0.016 0.030 0.107 0.156 0.230 0.231 0.212 14 T 0.088 0.181 0.092 0.340 0.180 0.064 0.036 0.011 0.005 0.002 0.002 15 G 0.153 0.081 0.020 0.079 0.084 0.101 0.156 0.102 0.092 0.076 0.057 16 H 0.048 0.129 0.049 0.167 0.144 0.124 0.130 0.068 0.055 0.044 0.041 17 A 0.048 0.033 0.012 0.036 0.040 0.050 0.113 0.101 0.159 0.178 0.231 18 P 0.313 0.203 0.063 0.145 0.106 0.068 0.055 0.021 0.014 0.007 0.005 19 D 0.386 0.249 0.085 0.164 0.070 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 20 K 0.076 0.118 0.047 0.191 0.198 0.180 0.115 0.038 0.021 0.011 0.006 21 T 0.014 0.021 0.013 0.056 0.096 0.132 0.191 0.148 0.140 0.106 0.083 22 L 0.004 0.005 0.004 0.020 0.035 0.059 0.219 0.199 0.193 0.151 0.111 23 C 0.009 0.011 0.013 0.047 0.063 0.103 0.192 0.157 0.170 0.142 0.092 24 A 0.018 0.013 0.021 0.047 0.053 0.071 0.166 0.153 0.168 0.159 0.130 25 S 0.010 0.011 0.015 0.036 0.048 0.069 0.182 0.171 0.179 0.159 0.120 26 V 0.005 0.011 0.024 0.027 0.021 0.024 0.089 0.131 0.219 0.267 0.183 27 S 0.015 0.025 0.061 0.088 0.107 0.124 0.184 0.138 0.121 0.085 0.052 28 L 0.037 0.033 0.148 0.077 0.075 0.099 0.187 0.120 0.097 0.076 0.050 29 L 0.005 0.009 0.052 0.028 0.023 0.026 0.094 0.136 0.221 0.238 0.167 30 T 0.005 0.010 0.043 0.028 0.024 0.037 0.131 0.133 0.210 0.210 0.168 31 Q 0.029 0.024 0.138 0.084 0.097 0.114 0.173 0.110 0.108 0.075 0.048 32 H 0.007 0.015 0.066 0.047 0.052 0.082 0.203 0.179 0.172 0.115 0.062 33 V 0.001 0.003 0.013 0.013 0.011 0.016 0.074 0.123 0.235 0.284 0.227 34 A 0.003 0.004 0.027 0.022 0.026 0.050 0.130 0.117 0.180 0.211 0.230 35 N 0.005 0.012 0.096 0.082 0.092 0.114 0.210 0.144 0.130 0.075 0.040 36 F 0.002 0.006 0.025 0.035 0.045 0.080 0.207 0.191 0.187 0.141 0.081 37 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.009 0.043 0.084 0.209 0.309 0.328 38 K 0.010 0.023 0.086 0.176 0.238 0.196 0.163 0.060 0.033 0.010 0.003 39 A 0.014 0.032 0.097 0.125 0.141 0.170 0.208 0.096 0.065 0.035 0.019 40 E 0.060 0.071 0.073 0.154 0.131 0.130 0.170 0.095 0.063 0.036 0.017 41 K 0.127 0.078 0.042 0.130 0.118 0.142 0.184 0.091 0.049 0.025 0.014 42 K 0.296 0.245 0.142 0.177 0.081 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 43 A 0.013 0.014 0.011 0.027 0.043 0.089 0.206 0.169 0.186 0.150 0.091 44 K 0.231 0.343 0.138 0.199 0.063 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.004 0.003 0.003 0.007 0.012 0.027 0.102 0.133 0.230 0.239 0.239 46 K 0.108 0.313 0.138 0.245 0.106 0.049 0.025 0.007 0.004 0.002 0.002 47 K 0.232 0.151 0.059 0.150 0.131 0.115 0.091 0.036 0.021 0.010 0.005 48 E 0.602 0.160 0.067 0.098 0.038 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 49 S 0.155 0.205 0.104 0.251 0.147 0.069 0.043 0.015 0.007 0.003 0.001 50 G 0.042 0.041 0.018 0.105 0.132 0.164 0.222 0.129 0.083 0.042 0.022 51 Y 0.003 0.025 0.046 0.202 0.243 0.231 0.152 0.055 0.025 0.012 0.006 52 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.072 0.153 0.240 0.280 0.233 53 K 0.005 0.025 0.040 0.371 0.321 0.147 0.064 0.019 0.006 0.002 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.046 0.115 0.262 0.304 0.261 55 K 0.020 0.155 0.117 0.432 0.201 0.053 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.090 0.154 0.264 0.267 0.196 57 E 0.302 0.267 0.137 0.216 0.062 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.251 0.334 0.068 0.166 0.093 0.048 0.029 0.006 0.003 0.001 0.001 59 L 0.017 0.025 0.011 0.043 0.057 0.100 0.180 0.168 0.177 0.132 0.089 60 E 0.482 0.267 0.062 0.106 0.047 0.022 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 61 N 0.562 0.185 0.104 0.095 0.032 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 62 C 0.031 0.037 0.028 0.073 0.087 0.164 0.255 0.136 0.099 0.059 0.032 63 E 0.007 0.011 0.023 0.064 0.092 0.163 0.302 0.160 0.104 0.051 0.023 64 V 0.011 0.032 0.181 0.222 0.216 0.179 0.101 0.034 0.017 0.006 0.002 65 K 0.012 0.032 0.185 0.233 0.198 0.164 0.115 0.038 0.015 0.005 0.002 66 V 0.001 0.002 0.013 0.009 0.011 0.019 0.091 0.154 0.261 0.262 0.178 67 L 0.001 0.002 0.052 0.024 0.034 0.064 0.244 0.193 0.182 0.131 0.072 68 A 0.004 0.017 0.495 0.250 0.136 0.058 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 69 A 0.001 0.007 0.075 0.043 0.069 0.144 0.344 0.161 0.091 0.046 0.019 70 M 0.001 0.001 0.023 0.007 0.004 0.006 0.042 0.108 0.249 0.315 0.246 71 V 0.001 0.003 0.050 0.038 0.078 0.178 0.369 0.134 0.080 0.045 0.025 72 R 0.009 0.018 0.563 0.166 0.106 0.067 0.045 0.015 0.007 0.003 0.001 73 S 0.001 0.004 0.016 0.021 0.039 0.091 0.297 0.195 0.162 0.119 0.057 74 L 0.001 0.001 0.010 0.003 0.004 0.008 0.058 0.096 0.207 0.275 0.338 75 K 0.010 0.017 0.373 0.236 0.180 0.099 0.064 0.013 0.005 0.002 0.001 76 E 0.010 0.039 0.466 0.202 0.153 0.086 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.014 0.114 0.145 0.246 0.266 0.198 78 E 0.001 0.001 0.006 0.016 0.052 0.128 0.454 0.186 0.103 0.041 0.014 79 Q 0.014 0.023 0.897 0.054 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.024 0.063 0.231 0.194 0.207 0.187 0.082 0.010 0.002 0.001 0.001 81 F 0.001 0.003 0.006 0.006 0.009 0.024 0.155 0.210 0.255 0.190 0.141 82 P 0.128 0.242 0.211 0.219 0.138 0.043 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 83 S 0.613 0.090 0.255 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.009 0.024 0.091 0.171 0.198 0.227 0.200 0.052 0.019 0.007 0.002 85 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.021 0.138 0.171 0.249 0.220 0.187 86 R 0.010 0.058 0.218 0.415 0.202 0.074 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 87 V 0.002 0.004 0.025 0.013 0.022 0.055 0.152 0.175 0.234 0.199 0.119 88 E 0.027 0.087 0.155 0.277 0.206 0.103 0.092 0.031 0.014 0.005 0.003 89 V 0.013 0.031 0.024 0.062 0.085 0.108 0.286 0.159 0.116 0.080 0.035 90 I 0.012 0.051 0.100 0.262 0.216 0.138 0.102 0.055 0.035 0.020 0.010 91 D 0.143 0.178 0.165 0.175 0.140 0.088 0.069 0.023 0.012 0.005 0.002 92 N 0.341 0.191 0.107 0.164 0.079 0.046 0.042 0.017 0.008 0.004 0.002 93 G 0.726 0.149 0.027 0.044 0.023 0.012 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 94 S 0.441 0.253 0.044 0.096 0.054 0.035 0.031 0.018 0.014 0.009 0.006