# TARGET T0201 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3946 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.342 0.293 0.066 0.182 0.018 0.025 0.006 0.017 0.005 0.002 2 I 0.008 0.704 0.212 0.006 0.037 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 3 K 0.006 0.505 0.401 0.002 0.007 0.061 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 4 V 0.013 0.784 0.111 0.014 0.026 0.028 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 5 T 0.007 0.692 0.171 0.003 0.091 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 6 V 0.103 0.534 0.169 0.049 0.038 0.047 0.005 0.001 0.050 0.002 0.001 7 T 0.086 0.337 0.153 0.138 0.100 0.018 0.077 0.005 0.060 0.027 0.001 8 N 0.038 0.016 0.039 0.065 0.056 0.014 0.540 0.198 0.006 0.028 0.002 9 S 0.090 0.435 0.242 0.124 0.071 0.016 0.006 0.003 0.009 0.003 0.001 10 F 0.020 0.573 0.230 0.033 0.061 0.035 0.012 0.001 0.031 0.001 0.001 11 F 0.006 0.664 0.183 0.009 0.104 0.016 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 12 E 0.005 0.670 0.252 0.003 0.031 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 13 V 0.008 0.747 0.124 0.007 0.057 0.028 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 14 T 0.021 0.678 0.105 0.026 0.119 0.012 0.004 0.001 0.032 0.002 0.001 15 G 0.036 0.129 0.140 0.027 0.416 0.012 0.033 0.094 0.004 0.106 0.001 16 H 0.050 0.400 0.248 0.078 0.094 0.040 0.020 0.005 0.055 0.006 0.001 17 A 0.046 0.165 0.403 0.003 0.135 0.009 0.021 0.006 0.073 0.137 0.002 18 P 0.418 0.003 0.282 0.035 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 19 D 0.319 0.088 0.194 0.256 0.040 0.026 0.042 0.019 0.010 0.005 0.001 20 K 0.158 0.095 0.105 0.280 0.032 0.071 0.209 0.010 0.035 0.002 0.002 21 T 0.068 0.671 0.138 0.023 0.069 0.015 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 22 L 0.079 0.719 0.101 0.014 0.035 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 C 0.081 0.561 0.189 0.014 0.036 0.059 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 24 A 0.479 0.195 0.163 0.035 0.042 0.049 0.010 0.003 0.019 0.004 0.001 25 S 0.652 0.170 0.084 0.028 0.030 0.022 0.003 0.003 0.004 0.004 0.001 26 V 0.853 0.091 0.021 0.011 0.012 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 27 S 0.950 0.025 0.011 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.975 0.012 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.976 0.007 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 T 0.966 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.968 0.004 0.004 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 H 0.943 0.010 0.005 0.029 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.961 0.012 0.004 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.972 0.011 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 N 0.957 0.003 0.003 0.032 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.929 0.008 0.005 0.047 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 37 L 0.902 0.024 0.027 0.037 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 K 0.936 0.011 0.014 0.032 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.818 0.048 0.040 0.056 0.015 0.007 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 40 E 0.665 0.049 0.072 0.176 0.007 0.011 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 41 K 0.375 0.097 0.109 0.207 0.053 0.015 0.095 0.024 0.017 0.006 0.001 42 K 0.284 0.099 0.144 0.300 0.030 0.046 0.074 0.004 0.015 0.002 0.001 43 A 0.079 0.384 0.324 0.087 0.085 0.019 0.004 0.002 0.013 0.002 0.001 44 K 0.032 0.592 0.190 0.030 0.044 0.049 0.008 0.001 0.053 0.001 0.001 45 I 0.018 0.389 0.512 0.010 0.016 0.037 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 46 K 0.052 0.578 0.194 0.035 0.050 0.044 0.007 0.003 0.036 0.002 0.001 47 K 0.064 0.469 0.304 0.028 0.084 0.022 0.008 0.004 0.013 0.005 0.001 48 E 0.117 0.471 0.108 0.086 0.054 0.037 0.024 0.005 0.092 0.005 0.001 49 S 0.034 0.068 0.161 0.148 0.090 0.011 0.397 0.028 0.021 0.040 0.001 50 G 0.005 0.009 0.046 0.011 0.117 0.001 0.035 0.561 0.001 0.213 0.001 51 Y 0.009 0.669 0.231 0.011 0.061 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 52 L 0.003 0.599 0.323 0.003 0.031 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 53 K 0.003 0.815 0.121 0.003 0.021 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 54 V 0.002 0.807 0.103 0.001 0.062 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 55 K 0.004 0.586 0.291 0.003 0.009 0.072 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 56 F 0.043 0.331 0.467 0.010 0.034 0.074 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 57 E 0.776 0.045 0.064 0.085 0.011 0.009 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 58 E 0.244 0.158 0.130 0.345 0.048 0.022 0.025 0.003 0.023 0.002 0.001 59 L 0.204 0.210 0.270 0.165 0.022 0.046 0.018 0.004 0.058 0.004 0.001 60 E 0.378 0.080 0.244 0.108 0.023 0.035 0.079 0.011 0.013 0.029 0.001 61 N 0.319 0.031 0.096 0.236 0.020 0.031 0.187 0.060 0.009 0.009 0.001 62 C 0.731 0.048 0.109 0.074 0.011 0.007 0.005 0.009 0.003 0.004 0.001 63 E 0.944 0.015 0.023 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.986 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.794 0.002 0.002 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 F 0.125 0.050 0.140 0.069 0.015 0.017 0.008 0.002 0.569 0.003 0.001 82 P 0.879 0.001 0.056 0.046 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.003 83 S 0.595 0.023 0.056 0.277 0.022 0.004 0.009 0.009 0.001 0.004 0.001 84 Q 0.150 0.152 0.183 0.384 0.071 0.020 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 85 I 0.012 0.547 0.340 0.011 0.034 0.023 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 86 R 0.005 0.551 0.359 0.004 0.008 0.059 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 87 V 0.004 0.826 0.114 0.002 0.031 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 88 E 0.002 0.840 0.105 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 89 V 0.004 0.445 0.486 0.001 0.006 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 90 I 0.074 0.607 0.191 0.020 0.025 0.043 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 91 D 0.112 0.454 0.207 0.051 0.061 0.044 0.018 0.003 0.043 0.006 0.001 92 N 0.066 0.109 0.129 0.290 0.054 0.019 0.260 0.015 0.049 0.008 0.001 93 G 0.020 0.008 0.055 0.015 0.045 0.002 0.082 0.565 0.001 0.206 0.001 94 S 0.135 0.212 0.396 0.101 0.062 0.024 0.021 0.013 0.012 0.023 0.001