# TARGET T0201 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3946 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.195 0.205 0.057 0.015 0.429 0.013 0.019 0.012 0.008 0.021 0.027 2 I 0.233 0.139 0.011 0.001 0.585 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.024 3 K 0.264 0.115 0.023 0.001 0.551 0.001 0.003 0.002 0.002 0.008 0.033 4 V 0.258 0.173 0.013 0.002 0.489 0.006 0.006 0.005 0.003 0.006 0.039 5 T 0.203 0.221 0.122 0.010 0.399 0.003 0.003 0.004 0.003 0.006 0.026 6 V 0.154 0.061 0.048 0.122 0.100 0.108 0.059 0.105 0.085 0.078 0.079 7 T 0.006 0.084 0.074 0.416 0.021 0.134 0.162 0.059 0.029 0.011 0.003 8 N 0.034 0.031 0.021 0.053 0.027 0.021 0.013 0.024 0.065 0.593 0.118 9 S 0.052 0.390 0.078 0.012 0.305 0.007 0.020 0.031 0.036 0.055 0.014 10 F 0.434 0.057 0.006 0.002 0.408 0.002 0.005 0.003 0.006 0.013 0.063 11 F 0.155 0.218 0.035 0.011 0.544 0.006 0.004 0.002 0.002 0.004 0.018 12 E 0.293 0.103 0.013 0.001 0.535 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 0.040 13 V 0.503 0.034 0.011 0.003 0.306 0.004 0.003 0.003 0.002 0.012 0.120 14 T 0.121 0.057 0.051 0.113 0.138 0.111 0.171 0.047 0.036 0.088 0.068 15 G 0.075 0.228 0.259 0.110 0.160 0.041 0.008 0.015 0.012 0.054 0.037 16 H 0.183 0.106 0.078 0.091 0.237 0.030 0.015 0.021 0.033 0.117 0.088 17 A 0.061 0.129 0.263 0.272 0.077 0.061 0.032 0.032 0.022 0.019 0.032 18 P 0.016 0.223 0.187 0.237 0.070 0.065 0.021 0.057 0.060 0.043 0.020 19 D 0.007 0.006 0.002 0.012 0.009 0.064 0.227 0.223 0.252 0.182 0.016 20 K 0.110 0.062 0.031 0.011 0.157 0.013 0.029 0.064 0.130 0.293 0.101 21 T 0.199 0.129 0.013 0.001 0.622 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 0.016 22 L 0.265 0.071 0.009 0.003 0.587 0.002 0.003 0.008 0.003 0.005 0.043 23 C 0.317 0.059 0.014 0.015 0.265 0.021 0.027 0.065 0.023 0.031 0.163 24 A 0.065 0.104 0.064 0.046 0.116 0.047 0.046 0.308 0.080 0.072 0.052 25 S 0.051 0.057 0.015 0.007 0.079 0.009 0.030 0.586 0.112 0.029 0.026 26 V 0.015 0.011 0.003 0.002 0.018 0.003 0.007 0.612 0.288 0.035 0.008 27 S 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.010 0.866 0.103 0.004 0.002 28 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.933 0.054 0.002 0.001 29 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.935 0.051 0.002 0.001 30 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.085 0.002 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.923 0.065 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.935 0.048 0.004 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.879 0.089 0.020 0.001 34 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.874 0.103 0.005 0.001 35 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.904 0.067 0.003 0.001 36 F 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.014 0.858 0.081 0.029 0.002 37 L 0.008 0.009 0.002 0.001 0.009 0.002 0.011 0.762 0.163 0.028 0.005 38 K 0.004 0.034 0.010 0.003 0.012 0.007 0.027 0.705 0.181 0.015 0.002 39 A 0.009 0.016 0.008 0.002 0.012 0.004 0.052 0.716 0.140 0.037 0.006 40 E 0.026 0.068 0.031 0.010 0.054 0.016 0.067 0.504 0.142 0.069 0.013 41 K 0.029 0.335 0.125 0.024 0.090 0.025 0.048 0.196 0.066 0.045 0.019 42 K 0.117 0.038 0.015 0.010 0.066 0.012 0.039 0.081 0.074 0.371 0.179 43 A 0.106 0.391 0.069 0.002 0.347 0.001 0.003 0.015 0.013 0.021 0.033 44 K 0.068 0.424 0.099 0.003 0.333 0.003 0.007 0.025 0.012 0.014 0.012 45 I 0.339 0.133 0.017 0.002 0.407 0.003 0.008 0.018 0.010 0.012 0.051 46 K 0.085 0.239 0.111 0.034 0.320 0.035 0.031 0.052 0.022 0.039 0.034 47 K 0.210 0.188 0.150 0.015 0.214 0.007 0.016 0.076 0.040 0.035 0.049 48 E 0.035 0.045 0.068 0.101 0.035 0.155 0.187 0.263 0.071 0.029 0.010 49 S 0.010 0.322 0.150 0.304 0.039 0.038 0.060 0.021 0.009 0.034 0.013 50 G 0.029 0.067 0.090 0.242 0.031 0.044 0.004 0.006 0.011 0.357 0.121 51 Y 0.082 0.331 0.045 0.003 0.511 0.003 0.005 0.005 0.004 0.005 0.007 52 L 0.233 0.095 0.007 0.001 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 53 K 0.334 0.055 0.006 0.002 0.549 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.041 54 V 0.261 0.149 0.027 0.002 0.522 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.030 55 K 0.230 0.179 0.029 0.002 0.487 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.059 56 F 0.230 0.189 0.069 0.013 0.322 0.007 0.007 0.018 0.027 0.032 0.086 57 E 0.014 0.102 0.042 0.026 0.050 0.100 0.180 0.243 0.202 0.033 0.009 58 E 0.185 0.120 0.053 0.005 0.145 0.004 0.021 0.061 0.066 0.197 0.143 59 L 0.115 0.179 0.068 0.043 0.153 0.024 0.018 0.079 0.089 0.144 0.089 60 E 0.005 0.040 0.047 0.124 0.015 0.265 0.170 0.223 0.088 0.019 0.005 61 N 0.043 0.035 0.026 0.015 0.043 0.013 0.023 0.221 0.134 0.317 0.129 62 C 0.022 0.042 0.020 0.005 0.031 0.003 0.010 0.582 0.147 0.122 0.015 63 E 0.006 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.003 0.837 0.113 0.015 0.003 64 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.965 0.025 0.001 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.014 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.023 0.001 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.012 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.014 0.002 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.015 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.899 0.090 0.009 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.766 0.216 0.004 0.001 79 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.858 0.057 0.011 0.001 80 K 0.005 0.005 0.006 0.005 0.010 0.053 0.352 0.153 0.084 0.320 0.007 81 F 0.555 0.022 0.010 0.001 0.177 0.001 0.003 0.012 0.010 0.023 0.187 82 P 0.014 0.045 0.013 0.011 0.038 0.020 0.027 0.414 0.378 0.033 0.006 83 S 0.005 0.018 0.005 0.006 0.016 0.022 0.186 0.362 0.212 0.162 0.007 84 Q 0.151 0.090 0.021 0.006 0.222 0.007 0.032 0.079 0.097 0.242 0.054 85 I 0.291 0.076 0.007 0.001 0.562 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.049 86 R 0.285 0.079 0.013 0.003 0.542 0.002 0.005 0.003 0.003 0.015 0.051 87 V 0.498 0.059 0.008 0.001 0.392 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 88 E 0.112 0.245 0.038 0.003 0.574 0.006 0.008 0.002 0.001 0.002 0.009 89 V 0.445 0.068 0.010 0.001 0.422 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.046 90 I 0.196 0.180 0.064 0.045 0.313 0.058 0.031 0.027 0.015 0.022 0.049 91 D 0.076 0.101 0.084 0.243 0.111 0.157 0.072 0.060 0.034 0.037 0.027 92 N 0.019 0.093 0.085 0.404 0.039 0.076 0.053 0.068 0.050 0.087 0.025 93 G 0.011 0.046 0.093 0.319 0.018 0.076 0.026 0.052 0.073 0.257 0.029 94 S 0.066 0.301 0.116 0.020 0.206 0.015 0.052 0.094 0.053 0.050 0.027