# TARGET T0201 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0201.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.3946 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.372 0.315 0.168 0.091 0.037 0.016 0.002 2 I 0.078 0.085 0.147 0.271 0.289 0.121 0.009 3 K 0.193 0.305 0.254 0.159 0.063 0.024 0.003 4 V 0.108 0.136 0.182 0.257 0.227 0.082 0.007 5 T 0.269 0.350 0.236 0.101 0.034 0.009 0.001 6 V 0.224 0.201 0.224 0.224 0.107 0.018 0.001 7 T 0.604 0.273 0.090 0.026 0.006 0.001 0.001 8 N 0.600 0.250 0.099 0.039 0.011 0.001 0.001 9 S 0.520 0.309 0.117 0.042 0.010 0.002 0.001 10 F 0.171 0.301 0.261 0.185 0.068 0.013 0.001 11 F 0.036 0.069 0.140 0.281 0.321 0.138 0.015 12 E 0.094 0.269 0.307 0.209 0.086 0.029 0.005 13 V 0.027 0.046 0.079 0.180 0.310 0.300 0.057 14 T 0.077 0.235 0.280 0.221 0.118 0.054 0.016 15 G 0.033 0.081 0.131 0.227 0.264 0.211 0.055 16 H 0.023 0.045 0.075 0.158 0.268 0.328 0.102 17 A 0.021 0.060 0.131 0.259 0.311 0.185 0.033 18 P 0.161 0.300 0.276 0.167 0.067 0.023 0.006 19 D 0.231 0.355 0.223 0.127 0.050 0.012 0.002 20 K 0.090 0.252 0.315 0.211 0.094 0.033 0.006 21 T 0.005 0.019 0.055 0.145 0.340 0.377 0.058 22 L 0.001 0.004 0.012 0.058 0.238 0.506 0.181 23 C 0.002 0.005 0.015 0.038 0.116 0.394 0.429 24 A 0.001 0.004 0.007 0.016 0.046 0.268 0.658 25 S 0.001 0.002 0.006 0.024 0.090 0.280 0.599 26 V 0.001 0.002 0.004 0.012 0.041 0.206 0.734 27 S 0.004 0.011 0.026 0.075 0.113 0.262 0.509 28 L 0.005 0.013 0.025 0.050 0.092 0.290 0.524 29 L 0.003 0.006 0.012 0.030 0.070 0.252 0.628 30 T 0.005 0.011 0.020 0.056 0.106 0.341 0.461 31 Q 0.013 0.046 0.084 0.179 0.200 0.277 0.201 32 H 0.006 0.013 0.034 0.097 0.210 0.418 0.222 33 V 0.002 0.008 0.016 0.033 0.087 0.446 0.408 34 A 0.004 0.015 0.043 0.143 0.289 0.389 0.117 35 N 0.006 0.032 0.087 0.196 0.301 0.313 0.064 36 F 0.003 0.013 0.039 0.131 0.319 0.429 0.066 37 L 0.005 0.016 0.042 0.149 0.372 0.385 0.030 38 K 0.054 0.257 0.342 0.256 0.080 0.010 0.001 39 A 0.146 0.398 0.292 0.127 0.032 0.005 0.001 40 E 0.061 0.193 0.300 0.300 0.125 0.019 0.001 41 K 0.255 0.306 0.256 0.139 0.039 0.004 0.001 42 K 0.434 0.365 0.149 0.044 0.008 0.001 0.001 43 A 0.050 0.118 0.299 0.349 0.162 0.022 0.001 44 K 0.343 0.490 0.125 0.032 0.008 0.002 0.001 45 I 0.026 0.079 0.228 0.408 0.225 0.033 0.001 46 K 0.368 0.348 0.175 0.079 0.026 0.004 0.001 47 K 0.506 0.321 0.128 0.039 0.007 0.001 0.001 48 E 0.616 0.250 0.093 0.033 0.006 0.001 0.001 49 S 0.388 0.411 0.154 0.039 0.007 0.001 0.001 50 G 0.064 0.225 0.322 0.263 0.108 0.018 0.001 51 Y 0.016 0.141 0.309 0.335 0.159 0.038 0.002 52 L 0.002 0.007 0.029 0.133 0.413 0.388 0.028 53 K 0.010 0.122 0.347 0.355 0.133 0.032 0.002 54 V 0.007 0.020 0.052 0.198 0.434 0.278 0.011 55 K 0.053 0.309 0.367 0.202 0.057 0.010 0.001 56 F 0.022 0.073 0.223 0.413 0.241 0.027 0.001 57 E 0.483 0.402 0.100 0.014 0.002 0.001 0.001 58 E 0.629 0.274 0.073 0.021 0.003 0.001 0.001 59 L 0.222 0.292 0.296 0.154 0.033 0.003 0.001 60 E 0.661 0.269 0.056 0.012 0.002 0.001 0.001 61 N 0.604 0.249 0.097 0.036 0.012 0.002 0.001 62 C 0.074 0.214 0.274 0.259 0.139 0.038 0.002 63 E 0.043 0.116 0.160 0.311 0.272 0.091 0.007 64 V 0.018 0.134 0.319 0.352 0.145 0.030 0.001 65 K 0.032 0.139 0.319 0.324 0.158 0.027 0.001 66 V 0.013 0.014 0.024 0.062 0.215 0.550 0.122 67 L 0.003 0.008 0.023 0.124 0.354 0.440 0.048 68 A 0.007 0.100 0.318 0.361 0.161 0.048 0.004 69 A 0.003 0.011 0.050 0.221 0.429 0.268 0.018 70 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.517 0.423 71 V 0.002 0.019 0.083 0.287 0.370 0.223 0.016 72 R 0.011 0.127 0.320 0.319 0.175 0.042 0.006 73 S 0.002 0.016 0.054 0.176 0.368 0.347 0.038 74 L 0.001 0.002 0.007 0.047 0.277 0.586 0.079 75 K 0.045 0.278 0.367 0.228 0.069 0.012 0.001 76 E 0.065 0.362 0.362 0.176 0.032 0.003 0.001 77 L 0.004 0.013 0.044 0.261 0.472 0.200 0.007 78 E 0.037 0.220 0.354 0.286 0.093 0.009 0.001 79 Q 0.496 0.402 0.083 0.016 0.002 0.001 0.001 80 K 0.273 0.402 0.238 0.077 0.010 0.001 0.001 81 F 0.077 0.136 0.259 0.351 0.157 0.019 0.001 82 P 0.415 0.336 0.174 0.059 0.014 0.002 0.001 83 S 0.488 0.347 0.117 0.038 0.009 0.002 0.001 84 Q 0.091 0.254 0.342 0.230 0.070 0.013 0.001 85 I 0.043 0.061 0.134 0.311 0.350 0.099 0.003 86 R 0.140 0.334 0.324 0.160 0.037 0.005 0.001 87 V 0.126 0.126 0.161 0.267 0.248 0.070 0.002 88 E 0.254 0.287 0.256 0.150 0.047 0.005 0.001 89 V 0.338 0.325 0.203 0.108 0.023 0.002 0.001 90 I 0.518 0.277 0.142 0.052 0.010 0.001 0.001 91 D 0.871 0.104 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 92 N 0.924 0.061 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 93 G 0.904 0.077 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 94 S 0.874 0.097 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001