# TARGET T0200 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0200.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.002 0.002 0.001 0.172 0.779 2 R 0.370 0.014 0.002 0.002 0.037 0.576 3 V 0.830 0.009 0.001 0.001 0.012 0.147 4 L 0.921 0.002 0.002 0.001 0.010 0.063 5 F 0.919 0.010 0.001 0.001 0.010 0.058 6 I 0.670 0.005 0.005 0.002 0.058 0.261 7 G 0.419 0.007 0.012 0.004 0.218 0.339 8 D 0.229 0.022 0.031 0.009 0.501 0.208 9 V 0.204 0.034 0.065 0.021 0.521 0.154 10 F 0.148 0.044 0.038 0.033 0.529 0.208 11 G 0.048 0.013 0.015 0.058 0.520 0.346 12 Q 0.011 0.007 0.017 0.278 0.514 0.174 13 P 0.002 0.004 0.035 0.713 0.208 0.038 14 G 0.004 0.004 0.055 0.843 0.075 0.019 15 R 0.002 0.001 0.026 0.954 0.014 0.004 16 R 0.002 0.001 0.026 0.960 0.007 0.005 17 V 0.001 0.001 0.024 0.971 0.003 0.001 18 L 0.002 0.001 0.019 0.973 0.005 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.043 0.948 0.006 0.001 20 N 0.001 0.001 0.039 0.937 0.017 0.005 21 H 0.001 0.001 0.028 0.880 0.034 0.057 22 L 0.003 0.010 0.157 0.482 0.212 0.136 23 P 0.003 0.002 0.411 0.311 0.213 0.060 24 T 0.005 0.002 0.492 0.261 0.194 0.047 25 I 0.025 0.012 0.501 0.213 0.201 0.047 26 R 0.078 0.012 0.164 0.176 0.381 0.189 27 P 0.118 0.019 0.093 0.156 0.312 0.301 28 Q 0.096 0.027 0.078 0.044 0.522 0.233 29 F 0.080 0.030 0.033 0.016 0.579 0.262 30 D 0.098 0.002 0.023 0.005 0.492 0.381 31 F 0.735 0.007 0.011 0.004 0.142 0.101 32 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.014 0.023 33 I 0.969 0.002 0.001 0.001 0.014 0.015 34 V 0.951 0.004 0.001 0.001 0.023 0.022 35 N 0.628 0.004 0.005 0.003 0.259 0.101 36 M 0.232 0.003 0.038 0.030 0.566 0.131 37 E 0.545 0.036 0.017 0.017 0.277 0.108 38 N 0.564 0.052 0.013 0.014 0.222 0.135 39 S 0.293 0.033 0.008 0.015 0.271 0.380 40 A 0.319 0.032 0.023 0.020 0.419 0.187 41 G 0.177 0.006 0.040 0.021 0.519 0.238 42 G 0.198 0.013 0.039 0.016 0.460 0.273 43 F 0.237 0.024 0.037 0.017 0.305 0.381 44 G 0.232 0.035 0.024 0.011 0.236 0.463 45 M 0.096 0.079 0.007 0.010 0.201 0.607 46 H 0.024 0.010 0.002 0.024 0.083 0.857 47 R 0.001 0.001 0.014 0.963 0.014 0.009 48 D 0.001 0.001 0.008 0.983 0.007 0.002 49 A 0.001 0.001 0.011 0.980 0.007 0.001 50 A 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.003 51 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.009 0.003 52 G 0.001 0.001 0.006 0.973 0.015 0.004 53 A 0.002 0.001 0.010 0.964 0.019 0.005 54 L 0.001 0.001 0.019 0.955 0.019 0.006 55 E 0.003 0.001 0.044 0.904 0.036 0.012 56 A 0.006 0.001 0.044 0.655 0.135 0.160 57 G 0.004 0.001 0.003 0.003 0.136 0.854 58 A 0.052 0.001 0.001 0.001 0.185 0.759 59 G 0.482 0.007 0.003 0.001 0.119 0.388 60 C 0.967 0.005 0.001 0.001 0.009 0.018 61 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 62 T 0.950 0.006 0.002 0.001 0.013 0.027 63 L 0.668 0.004 0.010 0.010 0.115 0.192 64 G 0.062 0.004 0.027 0.032 0.546 0.329 65 N 0.011 0.004 0.129 0.179 0.524 0.154 66 H 0.023 0.017 0.252 0.253 0.394 0.061 67 A 0.044 0.014 0.194 0.427 0.265 0.056 68 W 0.054 0.008 0.139 0.504 0.220 0.075 69 H 0.070 0.013 0.107 0.461 0.226 0.124 70 H 0.036 0.004 0.044 0.643 0.186 0.087 71 K 0.006 0.001 0.041 0.865 0.062 0.026 72 D 0.023 0.005 0.030 0.840 0.065 0.036 73 I 0.014 0.002 0.026 0.907 0.033 0.018 74 Y 0.016 0.001 0.026 0.896 0.034 0.026 75 P 0.013 0.002 0.034 0.892 0.040 0.019 76 M 0.006 0.001 0.038 0.867 0.056 0.031 77 L 0.009 0.002 0.041 0.814 0.089 0.045 78 S 0.012 0.009 0.055 0.670 0.155 0.100 79 E 0.017 0.005 0.061 0.352 0.332 0.234 80 D 0.019 0.005 0.062 0.091 0.502 0.322 81 T 0.024 0.010 0.054 0.044 0.467 0.400 82 Y 0.049 0.013 0.070 0.040 0.513 0.315 83 P 0.110 0.008 0.045 0.030 0.311 0.496 84 I 0.558 0.017 0.020 0.022 0.129 0.254 85 V 0.703 0.031 0.007 0.011 0.058 0.190 86 R 0.616 0.021 0.011 0.011 0.084 0.257 87 P 0.342 0.016 0.064 0.011 0.158 0.408 88 L 0.292 0.013 0.047 0.007 0.161 0.480 89 N 0.367 0.039 0.025 0.004 0.139 0.426 90 Y 0.261 0.108 0.006 0.002 0.156 0.467 91 A 0.083 0.109 0.006 0.003 0.722 0.078 92 D 0.015 0.006 0.015 0.007 0.895 0.062 93 P 0.008 0.003 0.010 0.006 0.929 0.046 94 G 0.030 0.021 0.006 0.004 0.826 0.113 95 T 0.154 0.099 0.003 0.003 0.262 0.479 96 P 0.263 0.108 0.008 0.002 0.302 0.317 97 G 0.247 0.023 0.010 0.001 0.450 0.269 98 V 0.442 0.017 0.008 0.001 0.318 0.215 99 G 0.595 0.011 0.007 0.001 0.185 0.200 100 W 0.865 0.003 0.003 0.001 0.062 0.066 101 R 0.973 0.002 0.001 0.001 0.011 0.012 102 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 103 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 104 D 0.984 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 105 V 0.889 0.004 0.001 0.001 0.095 0.011 106 N 0.097 0.002 0.018 0.008 0.856 0.018 107 G 0.048 0.001 0.032 0.009 0.886 0.024 108 E 0.620 0.008 0.004 0.007 0.294 0.066 109 K 0.937 0.003 0.001 0.002 0.011 0.047 110 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 111 T 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 V 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 113 V 0.967 0.001 0.001 0.005 0.005 0.021 114 N 0.786 0.003 0.008 0.037 0.068 0.098 115 L 0.415 0.010 0.049 0.166 0.280 0.082 116 L 0.244 0.014 0.071 0.316 0.296 0.060 117 G 0.158 0.007 0.087 0.373 0.286 0.089 118 R 0.176 0.030 0.077 0.314 0.280 0.124 119 V 0.177 0.016 0.077 0.291 0.216 0.224 120 F 0.092 0.030 0.047 0.265 0.280 0.287 121 M 0.034 0.019 0.037 0.113 0.325 0.472 122 E 0.023 0.010 0.071 0.096 0.451 0.348 123 A 0.012 0.006 0.211 0.096 0.489 0.185 124 V 0.013 0.026 0.097 0.163 0.458 0.244 125 D 0.009 0.010 0.032 0.167 0.365 0.416 126 N 0.003 0.006 0.002 0.089 0.219 0.681 127 P 0.001 0.002 0.006 0.847 0.061 0.083 128 F 0.001 0.001 0.006 0.957 0.027 0.008 129 R 0.001 0.001 0.005 0.973 0.015 0.005 130 T 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.003 131 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 132 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 133 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 134 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 135 L 0.001 0.001 0.008 0.970 0.016 0.005 136 E 0.001 0.001 0.011 0.947 0.029 0.011 137 R 0.003 0.001 0.017 0.795 0.115 0.068 138 D 0.005 0.004 0.012 0.309 0.249 0.421 139 D 0.005 0.003 0.006 0.013 0.267 0.706 140 L 0.014 0.009 0.003 0.006 0.333 0.634 141 G 0.023 0.001 0.002 0.001 0.171 0.802 142 T 0.725 0.005 0.001 0.003 0.050 0.216 143 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 144 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 145 V 0.960 0.001 0.001 0.005 0.006 0.027 146 D 0.802 0.008 0.002 0.020 0.034 0.134 147 F 0.370 0.006 0.025 0.092 0.164 0.342 148 H 0.204 0.008 0.065 0.119 0.335 0.269 149 A 0.133 0.019 0.089 0.158 0.267 0.333 150 E 0.156 0.046 0.077 0.380 0.163 0.178 151 A 0.106 0.006 0.093 0.540 0.127 0.128 152 T 0.029 0.004 0.093 0.699 0.104 0.071 153 S 0.019 0.009 0.056 0.682 0.129 0.104 154 E 0.003 0.001 0.014 0.962 0.017 0.004 155 K 0.001 0.001 0.008 0.971 0.016 0.004 156 E 0.001 0.001 0.008 0.970 0.016 0.004 157 A 0.001 0.001 0.005 0.978 0.012 0.003 158 M 0.002 0.001 0.004 0.976 0.012 0.005 159 G 0.004 0.001 0.012 0.952 0.023 0.008 160 W 0.007 0.001 0.027 0.872 0.048 0.046 161 H 0.024 0.015 0.026 0.773 0.082 0.081 162 L 0.015 0.015 0.012 0.699 0.109 0.149 163 A 0.030 0.002 0.003 0.097 0.213 0.655 164 G 0.145 0.005 0.002 0.027 0.150 0.671 165 R 0.536 0.054 0.001 0.020 0.091 0.298 166 V 0.669 0.006 0.002 0.009 0.050 0.264 167 A 0.844 0.005 0.005 0.006 0.034 0.107 168 A 0.904 0.003 0.005 0.006 0.024 0.058 169 V 0.948 0.005 0.003 0.004 0.017 0.024 170 I 0.901 0.003 0.002 0.005 0.031 0.057 171 G 0.688 0.013 0.004 0.016 0.121 0.158 172 T 0.369 0.047 0.024 0.047 0.267 0.247 173 H 0.143 0.009 0.141 0.070 0.513 0.124 174 T 0.081 0.019 0.211 0.159 0.429 0.101 175 H 0.056 0.033 0.189 0.132 0.383 0.206 176 V 0.052 0.046 0.027 0.116 0.397 0.361 177 P 0.025 0.005 0.018 0.058 0.293 0.601 178 T 0.017 0.009 0.190 0.230 0.339 0.215 179 A 0.017 0.002 0.351 0.329 0.242 0.058 180 D 0.031 0.008 0.473 0.255 0.190 0.043 181 T 0.112 0.009 0.205 0.268 0.277 0.129 182 R 0.204 0.025 0.084 0.188 0.280 0.219 183 I 0.198 0.127 0.030 0.100 0.241 0.304 184 L 0.058 0.057 0.012 0.030 0.780 0.063 185 K 0.030 0.008 0.010 0.009 0.888 0.055 186 G 0.017 0.001 0.004 0.001 0.934 0.042 187 G 0.283 0.023 0.002 0.001 0.619 0.071 188 T 0.775 0.027 0.001 0.001 0.046 0.151 189 A 0.889 0.022 0.001 0.001 0.017 0.069 190 Y 0.866 0.007 0.002 0.002 0.032 0.091 191 Q 0.793 0.019 0.003 0.002 0.047 0.136 192 T 0.477 0.028 0.006 0.004 0.190 0.295 193 D 0.143 0.034 0.009 0.005 0.651 0.157 194 A 0.054 0.008 0.033 0.010 0.789 0.106 195 G 0.027 0.012 0.053 0.007 0.845 0.056 196 F 0.067 0.031 0.066 0.021 0.735 0.080 197 T 0.091 0.063 0.057 0.034 0.504 0.252 198 G 0.072 0.041 0.028 0.022 0.503 0.335 199 P 0.023 0.015 0.056 0.044 0.692 0.171 200 H 0.014 0.014 0.133 0.068 0.693 0.079 201 D 0.015 0.004 0.156 0.053 0.704 0.068 202 S 0.079 0.011 0.184 0.079 0.559 0.089 203 I 0.291 0.061 0.124 0.081 0.328 0.116 204 I 0.323 0.019 0.082 0.069 0.324 0.184 205 G 0.340 0.007 0.027 0.052 0.306 0.268 206 S 0.334 0.047 0.006 0.020 0.182 0.410 207 A 0.175 0.037 0.005 0.038 0.174 0.572 208 I 0.013 0.001 0.053 0.749 0.095 0.088 209 E 0.012 0.001 0.040 0.819 0.073 0.055 210 G 0.004 0.001 0.033 0.894 0.046 0.022 211 P 0.002 0.001 0.014 0.953 0.017 0.013 212 L 0.002 0.001 0.013 0.963 0.014 0.008 213 Q 0.003 0.001 0.022 0.945 0.022 0.008 214 R 0.002 0.001 0.020 0.942 0.021 0.014 215 F 0.004 0.004 0.019 0.909 0.038 0.026 216 L 0.010 0.002 0.069 0.802 0.085 0.032 217 T 0.019 0.005 0.086 0.506 0.257 0.127 218 E 0.030 0.010 0.071 0.151 0.357 0.382 219 R 0.035 0.011 0.013 0.024 0.311 0.606 220 P 0.044 0.013 0.017 0.012 0.300 0.614 221 H 0.135 0.045 0.027 0.013 0.397 0.383 222 R 0.262 0.012 0.022 0.012 0.254 0.437 223 Y 0.442 0.020 0.011 0.008 0.142 0.377 224 G 0.476 0.041 0.005 0.005 0.100 0.373 225 V 0.396 0.030 0.009 0.007 0.148 0.410 226 A 0.188 0.020 0.020 0.013 0.421 0.338 227 E 0.118 0.010 0.014 0.007 0.529 0.322 228 G 0.045 0.010 0.009 0.006 0.707 0.224 229 R 0.076 0.006 0.012 0.005 0.550 0.351 230 A 0.446 0.018 0.016 0.007 0.238 0.276 231 E 0.786 0.025 0.008 0.004 0.072 0.105 232 L 0.900 0.009 0.004 0.002 0.032 0.054 233 N 0.906 0.001 0.002 0.001 0.036 0.054 234 G 0.967 0.001 0.001 0.001 0.012 0.020 235 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 236 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 237 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 238 H 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 239 F 0.954 0.004 0.001 0.001 0.014 0.027 240 E 0.710 0.012 0.002 0.001 0.224 0.051 241 G 0.046 0.002 0.045 0.004 0.883 0.020 242 G 0.029 0.003 0.096 0.009 0.844 0.019 243 K 0.072 0.013 0.065 0.008 0.825 0.017 244 A 0.141 0.004 0.019 0.007 0.591 0.239 245 T 0.727 0.016 0.003 0.001 0.073 0.180 246 A 0.944 0.012 0.001 0.001 0.019 0.023 247 A 0.937 0.001 0.001 0.001 0.016 0.044 248 E 0.951 0.002 0.001 0.001 0.012 0.033 249 R 0.907 0.004 0.001 0.002 0.018 0.068 250 Y 0.907 0.002 0.001 0.002 0.016 0.074 251 R 0.928 0.004 0.002 0.003 0.011 0.052 252 F 0.856 0.004 0.004 0.003 0.022 0.109 253 I 0.738 0.031 0.008 0.004 0.045 0.174 254 E 0.277 0.021 0.006 0.005 0.062 0.629 255 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.977