# TARGET T0200 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0200.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 R 0.643 0.006 0.001 0.004 0.036 0.004 0.307 3 V 0.914 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 4 L 0.957 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.034 5 F 0.967 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.024 6 I 0.783 0.002 0.003 0.014 0.018 0.015 0.165 7 G 0.353 0.006 0.007 0.027 0.280 0.049 0.277 8 D 0.200 0.007 0.027 0.078 0.219 0.114 0.355 9 V 0.102 0.065 0.044 0.068 0.154 0.338 0.228 10 F 0.062 0.046 0.018 0.075 0.366 0.233 0.201 11 G 0.028 0.009 0.009 0.066 0.509 0.090 0.289 12 Q 0.003 0.003 0.046 0.519 0.174 0.142 0.112 13 P 0.001 0.007 0.057 0.751 0.025 0.135 0.024 14 G 0.001 0.001 0.032 0.820 0.013 0.111 0.022 15 R 0.001 0.001 0.006 0.977 0.005 0.006 0.005 16 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.004 17 V 0.001 0.001 0.010 0.977 0.002 0.009 0.002 18 L 0.001 0.001 0.010 0.969 0.002 0.017 0.002 19 Q 0.001 0.001 0.019 0.953 0.003 0.023 0.002 20 N 0.001 0.001 0.011 0.928 0.004 0.055 0.002 21 H 0.001 0.001 0.009 0.896 0.009 0.078 0.007 22 L 0.002 0.006 0.026 0.498 0.129 0.062 0.279 23 P 0.001 0.001 0.246 0.487 0.018 0.224 0.023 24 T 0.001 0.001 0.287 0.435 0.015 0.247 0.015 25 I 0.002 0.005 0.355 0.444 0.030 0.110 0.054 26 R 0.020 0.008 0.187 0.457 0.054 0.123 0.151 27 P 0.043 0.007 0.248 0.319 0.049 0.249 0.084 28 Q 0.063 0.015 0.169 0.151 0.108 0.342 0.152 29 F 0.063 0.004 0.009 0.030 0.303 0.072 0.519 30 D 0.187 0.002 0.001 0.006 0.382 0.027 0.395 31 F 0.883 0.007 0.001 0.004 0.009 0.002 0.094 32 V 0.975 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.014 33 I 0.985 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 34 V 0.950 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.034 35 N 0.764 0.003 0.010 0.017 0.038 0.054 0.115 36 M 0.310 0.004 0.048 0.039 0.209 0.077 0.313 37 E 0.212 0.019 0.084 0.058 0.316 0.079 0.232 38 N 0.248 0.054 0.104 0.098 0.166 0.077 0.254 39 S 0.135 0.058 0.094 0.089 0.140 0.192 0.291 40 A 0.051 0.016 0.049 0.066 0.189 0.468 0.161 41 G 0.022 0.005 0.035 0.028 0.266 0.423 0.221 42 G 0.023 0.013 0.089 0.023 0.295 0.277 0.279 43 F 0.038 0.016 0.085 0.029 0.264 0.265 0.304 44 G 0.041 0.025 0.062 0.019 0.306 0.224 0.323 45 M 0.044 0.094 0.021 0.036 0.233 0.032 0.540 46 H 0.021 0.011 0.002 0.059 0.075 0.008 0.823 47 R 0.001 0.001 0.010 0.977 0.003 0.008 0.002 48 D 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.008 0.001 49 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.006 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 52 G 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 53 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 54 L 0.001 0.001 0.011 0.972 0.001 0.014 0.002 55 E 0.001 0.001 0.020 0.868 0.004 0.103 0.004 56 A 0.001 0.001 0.017 0.355 0.028 0.595 0.005 57 G 0.001 0.001 0.003 0.016 0.020 0.918 0.041 58 A 0.024 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.941 59 G 0.249 0.001 0.001 0.001 0.642 0.002 0.105 60 C 0.964 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 61 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 T 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.015 63 L 0.626 0.002 0.004 0.007 0.085 0.021 0.254 64 G 0.059 0.002 0.007 0.014 0.588 0.073 0.257 65 N 0.026 0.005 0.052 0.103 0.430 0.126 0.258 66 H 0.039 0.065 0.101 0.225 0.119 0.093 0.358 67 A 0.059 0.011 0.085 0.432 0.096 0.175 0.141 68 W 0.044 0.008 0.100 0.482 0.079 0.177 0.110 69 H 0.035 0.012 0.069 0.458 0.112 0.140 0.173 70 H 0.020 0.005 0.043 0.679 0.052 0.064 0.137 71 K 0.003 0.001 0.048 0.902 0.010 0.025 0.011 72 D 0.003 0.001 0.042 0.912 0.007 0.027 0.008 73 I 0.003 0.001 0.030 0.944 0.003 0.014 0.006 74 Y 0.002 0.001 0.025 0.945 0.003 0.017 0.007 75 P 0.004 0.001 0.032 0.897 0.005 0.054 0.008 76 M 0.004 0.001 0.036 0.863 0.010 0.074 0.012 77 L 0.008 0.006 0.032 0.808 0.039 0.074 0.033 78 S 0.006 0.002 0.050 0.644 0.036 0.205 0.057 79 E 0.007 0.003 0.067 0.465 0.132 0.232 0.093 80 D 0.011 0.005 0.087 0.208 0.223 0.307 0.159 81 T 0.016 0.006 0.055 0.054 0.160 0.511 0.199 82 Y 0.074 0.018 0.043 0.037 0.133 0.197 0.498 83 P 0.151 0.012 0.022 0.017 0.063 0.115 0.620 84 I 0.059 0.003 0.003 0.005 0.019 0.007 0.903 85 V 0.385 0.051 0.004 0.010 0.026 0.009 0.514 86 R 0.380 0.047 0.004 0.009 0.048 0.009 0.503 87 P 0.247 0.018 0.018 0.015 0.067 0.044 0.590 88 L 0.221 0.031 0.042 0.019 0.150 0.128 0.408 89 N 0.142 0.025 0.043 0.018 0.222 0.117 0.434 90 Y 0.069 0.043 0.034 0.010 0.207 0.052 0.584 91 A 0.033 0.023 0.074 0.017 0.258 0.111 0.483 92 D 0.020 0.018 0.117 0.015 0.178 0.283 0.369 93 P 0.016 0.012 0.104 0.013 0.172 0.501 0.182 94 G 0.017 0.014 0.051 0.007 0.337 0.343 0.231 95 T 0.032 0.031 0.011 0.003 0.528 0.032 0.364 96 P 0.079 0.061 0.020 0.004 0.215 0.166 0.455 97 G 0.244 0.048 0.025 0.002 0.169 0.188 0.323 98 V 0.456 0.029 0.016 0.001 0.132 0.061 0.305 99 G 0.754 0.008 0.005 0.001 0.064 0.025 0.144 100 W 0.851 0.005 0.002 0.001 0.015 0.005 0.120 101 R 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 102 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 103 F 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 104 D 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 105 V 0.836 0.004 0.003 0.001 0.018 0.062 0.077 106 N 0.010 0.001 0.005 0.001 0.041 0.941 0.003 107 G 0.004 0.001 0.003 0.001 0.071 0.918 0.003 108 E 0.689 0.006 0.001 0.001 0.027 0.016 0.261 109 K 0.940 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 110 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 111 T 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 114 N 0.942 0.002 0.001 0.003 0.010 0.007 0.034 115 L 0.708 0.005 0.009 0.012 0.052 0.054 0.159 116 L 0.277 0.013 0.029 0.031 0.204 0.215 0.230 117 G 0.208 0.031 0.054 0.037 0.253 0.207 0.209 118 R 0.268 0.055 0.088 0.046 0.140 0.099 0.305 119 V 0.289 0.034 0.105 0.076 0.135 0.157 0.204 120 F 0.148 0.023 0.099 0.087 0.154 0.305 0.184 121 M 0.067 0.026 0.062 0.069 0.246 0.158 0.372 122 E 0.041 0.027 0.048 0.038 0.218 0.109 0.518 123 A 0.017 0.012 0.147 0.036 0.145 0.365 0.278 124 V 0.014 0.013 0.122 0.022 0.179 0.463 0.186 125 D 0.010 0.021 0.049 0.019 0.604 0.105 0.192 126 N 0.009 0.027 0.017 0.041 0.356 0.027 0.523 127 P 0.002 0.003 0.132 0.601 0.031 0.123 0.109 128 F 0.001 0.002 0.136 0.717 0.019 0.100 0.025 129 R 0.001 0.002 0.068 0.849 0.025 0.041 0.014 130 T 0.001 0.002 0.017 0.927 0.009 0.020 0.025 131 M 0.001 0.002 0.004 0.960 0.006 0.014 0.014 132 D 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.011 0.004 133 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.009 0.003 134 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.009 0.004 135 L 0.001 0.001 0.007 0.962 0.003 0.021 0.005 136 E 0.001 0.001 0.012 0.860 0.004 0.115 0.007 137 R 0.001 0.001 0.018 0.540 0.025 0.382 0.032 138 D 0.006 0.016 0.018 0.185 0.205 0.206 0.364 139 D 0.011 0.012 0.013 0.014 0.151 0.139 0.661 140 L 0.028 0.007 0.004 0.002 0.254 0.025 0.679 141 G 0.066 0.001 0.001 0.001 0.481 0.016 0.435 142 T 0.868 0.002 0.001 0.001 0.039 0.001 0.088 143 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 144 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 145 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 146 D 0.847 0.001 0.001 0.002 0.022 0.004 0.124 147 F 0.217 0.003 0.012 0.017 0.152 0.062 0.538 148 H 0.098 0.014 0.052 0.054 0.281 0.064 0.438 149 A 0.070 0.022 0.155 0.149 0.244 0.134 0.226 150 E 0.046 0.022 0.117 0.245 0.182 0.133 0.254 151 A 0.038 0.019 0.050 0.399 0.139 0.109 0.246 152 T 0.014 0.005 0.025 0.595 0.086 0.152 0.122 153 S 0.009 0.003 0.021 0.770 0.044 0.094 0.059 154 E 0.008 0.003 0.023 0.847 0.020 0.057 0.042 155 K 0.010 0.001 0.012 0.912 0.018 0.026 0.021 156 E 0.024 0.001 0.011 0.912 0.008 0.022 0.020 157 A 0.008 0.001 0.009 0.929 0.011 0.026 0.016 158 M 0.018 0.001 0.015 0.920 0.006 0.029 0.011 159 G 0.017 0.001 0.044 0.879 0.010 0.038 0.011 160 W 0.033 0.001 0.046 0.845 0.012 0.054 0.009 161 H 0.018 0.002 0.035 0.787 0.021 0.118 0.018 162 L 0.096 0.022 0.023 0.276 0.156 0.283 0.144 163 A 0.037 0.003 0.007 0.015 0.247 0.517 0.174 164 G 0.100 0.007 0.004 0.007 0.522 0.197 0.164 165 R 0.577 0.016 0.015 0.015 0.050 0.039 0.288 166 V 0.852 0.006 0.005 0.004 0.013 0.007 0.113 167 A 0.950 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.020 168 A 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 169 V 0.968 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 170 I 0.866 0.003 0.001 0.002 0.014 0.005 0.109 171 G 0.546 0.005 0.005 0.003 0.161 0.025 0.255 172 T 0.282 0.011 0.006 0.004 0.254 0.024 0.419 173 H 0.180 0.019 0.029 0.014 0.246 0.086 0.426 174 T 0.189 0.026 0.019 0.021 0.213 0.092 0.441 175 H 0.222 0.052 0.022 0.031 0.220 0.100 0.352 176 V 0.102 0.010 0.011 0.034 0.233 0.053 0.557 177 P 0.121 0.026 0.022 0.025 0.384 0.069 0.353 178 T 0.143 0.026 0.028 0.034 0.164 0.041 0.564 179 A 0.055 0.017 0.186 0.143 0.119 0.179 0.301 180 D 0.039 0.005 0.299 0.278 0.063 0.217 0.098 181 T 0.034 0.002 0.374 0.267 0.056 0.182 0.086 182 R 0.056 0.010 0.201 0.369 0.059 0.155 0.150 183 I 0.076 0.064 0.104 0.284 0.105 0.193 0.175 184 L 0.051 0.009 0.032 0.042 0.168 0.089 0.608 185 K 0.003 0.002 0.016 0.009 0.092 0.860 0.018 186 G 0.005 0.001 0.007 0.003 0.029 0.943 0.012 187 G 0.279 0.009 0.004 0.007 0.174 0.052 0.477 188 T 0.659 0.012 0.001 0.002 0.051 0.004 0.271 189 A 0.964 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.023 190 Y 0.946 0.005 0.002 0.004 0.005 0.005 0.033 191 Q 0.809 0.003 0.003 0.009 0.021 0.011 0.144 192 T 0.678 0.011 0.009 0.009 0.069 0.031 0.193 193 D 0.290 0.020 0.021 0.026 0.166 0.060 0.417 194 A 0.111 0.011 0.053 0.035 0.236 0.199 0.355 195 G 0.065 0.015 0.064 0.044 0.294 0.312 0.206 196 F 0.069 0.034 0.086 0.046 0.224 0.299 0.243 197 T 0.079 0.036 0.046 0.036 0.323 0.155 0.324 198 G 0.077 0.041 0.037 0.049 0.324 0.147 0.325 199 P 0.080 0.026 0.047 0.060 0.132 0.163 0.492 200 H 0.079 0.013 0.113 0.071 0.116 0.493 0.116 201 D 0.184 0.020 0.092 0.097 0.158 0.349 0.100 202 S 0.242 0.026 0.100 0.146 0.096 0.159 0.231 203 I 0.367 0.045 0.061 0.110 0.056 0.232 0.129 204 I 0.169 0.014 0.047 0.081 0.050 0.585 0.054 205 G 0.117 0.009 0.029 0.045 0.141 0.499 0.160 206 S 0.089 0.036 0.011 0.061 0.108 0.035 0.660 207 A 0.065 0.036 0.011 0.085 0.054 0.062 0.686 208 I 0.015 0.005 0.042 0.572 0.048 0.195 0.123 209 E 0.008 0.003 0.046 0.667 0.037 0.169 0.069 210 G 0.006 0.003 0.031 0.833 0.035 0.051 0.041 211 P 0.010 0.004 0.018 0.896 0.015 0.027 0.030 212 L 0.019 0.004 0.010 0.906 0.012 0.020 0.028 213 Q 0.020 0.001 0.010 0.932 0.007 0.011 0.019 214 R 0.016 0.001 0.012 0.933 0.011 0.016 0.012 215 F 0.016 0.002 0.014 0.927 0.007 0.022 0.011 216 L 0.012 0.004 0.015 0.874 0.015 0.064 0.016 217 T 0.010 0.002 0.010 0.505 0.065 0.366 0.042 218 E 0.011 0.004 0.007 0.062 0.250 0.389 0.277 219 R 0.030 0.018 0.003 0.007 0.223 0.026 0.692 220 P 0.074 0.014 0.014 0.004 0.167 0.065 0.662 221 H 0.158 0.009 0.027 0.007 0.170 0.077 0.552 222 R 0.458 0.031 0.022 0.008 0.073 0.025 0.384 223 Y 0.632 0.022 0.007 0.006 0.041 0.006 0.286 224 G 0.716 0.045 0.004 0.004 0.031 0.005 0.195 225 V 0.489 0.028 0.007 0.005 0.028 0.019 0.424 226 A 0.238 0.010 0.013 0.005 0.122 0.341 0.270 227 E 0.068 0.010 0.011 0.005 0.431 0.350 0.125 228 G 0.054 0.005 0.006 0.002 0.651 0.082 0.200 229 R 0.181 0.008 0.013 0.003 0.240 0.075 0.480 230 A 0.729 0.024 0.004 0.002 0.057 0.011 0.174 231 E 0.909 0.014 0.003 0.001 0.014 0.005 0.054 232 L 0.929 0.007 0.004 0.001 0.008 0.004 0.048 233 N 0.900 0.003 0.006 0.001 0.034 0.012 0.045 234 G 0.925 0.002 0.003 0.001 0.012 0.005 0.052 235 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 236 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 237 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 238 H 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 239 F 0.950 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 240 E 0.731 0.010 0.001 0.001 0.015 0.004 0.238 241 G 0.038 0.001 0.029 0.004 0.070 0.826 0.031 242 G 0.010 0.001 0.026 0.003 0.077 0.869 0.014 243 K 0.049 0.006 0.045 0.008 0.251 0.528 0.113 244 A 0.127 0.006 0.007 0.002 0.362 0.163 0.333 245 T 0.540 0.028 0.006 0.002 0.092 0.019 0.313 246 A 0.916 0.008 0.001 0.001 0.007 0.003 0.063 247 A 0.940 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.047 248 E 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 249 R 0.945 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 250 Y 0.943 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.046 251 R 0.921 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.068 252 F 0.926 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.059 253 I 0.899 0.006 0.001 0.001 0.013 0.002 0.078 254 E 0.665 0.031 0.002 0.003 0.033 0.006 0.261 255 D 0.103 0.008 0.002 0.003 0.034 0.008 0.842