# TARGET T0200 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0200.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.189 0.224 0.235 0.199 0.107 0.042 0.004 2 R 0.050 0.114 0.152 0.270 0.263 0.134 0.017 3 V 0.016 0.023 0.033 0.089 0.262 0.442 0.135 4 L 0.006 0.007 0.014 0.038 0.115 0.407 0.413 5 F 0.004 0.005 0.009 0.029 0.071 0.284 0.598 6 I 0.006 0.006 0.011 0.028 0.063 0.244 0.642 7 G 0.016 0.013 0.022 0.049 0.121 0.347 0.432 8 D 0.018 0.030 0.059 0.100 0.192 0.335 0.267 9 V 0.014 0.026 0.052 0.114 0.210 0.375 0.209 10 F 0.018 0.039 0.072 0.154 0.239 0.374 0.104 11 G 0.026 0.043 0.074 0.180 0.310 0.309 0.058 12 Q 0.086 0.187 0.258 0.246 0.145 0.068 0.010 13 P 0.141 0.204 0.215 0.217 0.154 0.060 0.007 14 G 0.137 0.175 0.121 0.192 0.208 0.148 0.021 15 R 0.031 0.097 0.200 0.310 0.271 0.087 0.004 16 R 0.111 0.426 0.314 0.114 0.029 0.005 0.001 17 V 0.024 0.134 0.281 0.350 0.171 0.038 0.002 18 L 0.004 0.009 0.027 0.124 0.438 0.381 0.017 19 Q 0.041 0.249 0.332 0.266 0.089 0.020 0.002 20 N 0.273 0.498 0.167 0.049 0.012 0.003 0.001 21 H 0.010 0.054 0.252 0.413 0.233 0.037 0.001 22 L 0.012 0.042 0.096 0.289 0.413 0.143 0.006 23 P 0.288 0.459 0.191 0.051 0.011 0.001 0.001 24 T 0.229 0.483 0.234 0.049 0.005 0.001 0.001 25 I 0.013 0.049 0.140 0.432 0.328 0.039 0.001 26 R 0.057 0.240 0.356 0.250 0.087 0.009 0.001 27 P 0.732 0.238 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.084 0.354 0.394 0.154 0.013 0.001 0.001 29 F 0.054 0.117 0.169 0.298 0.301 0.059 0.002 30 D 0.023 0.175 0.287 0.304 0.174 0.036 0.002 31 F 0.023 0.061 0.089 0.199 0.288 0.288 0.053 32 V 0.007 0.014 0.029 0.078 0.211 0.404 0.258 33 I 0.008 0.018 0.017 0.035 0.080 0.290 0.551 34 V 0.007 0.011 0.018 0.044 0.072 0.200 0.648 35 N 0.008 0.022 0.032 0.050 0.068 0.194 0.626 36 M 0.006 0.013 0.020 0.061 0.118 0.263 0.519 37 E 0.016 0.029 0.046 0.090 0.188 0.297 0.333 38 N 0.024 0.042 0.063 0.117 0.207 0.322 0.226 39 S 0.048 0.076 0.111 0.173 0.205 0.248 0.139 40 A 0.038 0.065 0.096 0.170 0.230 0.274 0.128 41 G 0.079 0.139 0.164 0.192 0.196 0.168 0.063 42 G 0.062 0.096 0.129 0.200 0.237 0.206 0.070 43 F 0.046 0.126 0.172 0.234 0.197 0.165 0.059 44 G 0.019 0.033 0.057 0.120 0.231 0.387 0.155 45 M 0.003 0.010 0.026 0.086 0.238 0.458 0.180 46 H 0.010 0.064 0.136 0.246 0.283 0.213 0.050 47 R 0.056 0.237 0.351 0.229 0.093 0.027 0.007 48 D 0.171 0.465 0.238 0.086 0.027 0.009 0.002 49 A 0.003 0.018 0.062 0.179 0.380 0.298 0.060 50 A 0.001 0.007 0.047 0.249 0.503 0.186 0.008 51 R 0.027 0.472 0.356 0.118 0.023 0.003 0.001 52 G 0.011 0.089 0.345 0.405 0.128 0.022 0.001 53 A 0.001 0.003 0.006 0.042 0.340 0.567 0.041 54 L 0.008 0.061 0.256 0.420 0.206 0.046 0.003 55 E 0.158 0.433 0.257 0.111 0.032 0.008 0.001 56 A 0.014 0.112 0.208 0.277 0.264 0.115 0.010 57 G 0.003 0.020 0.056 0.171 0.327 0.368 0.056 58 A 0.001 0.002 0.010 0.041 0.157 0.555 0.234 59 G 0.001 0.004 0.011 0.065 0.220 0.397 0.302 60 C 0.001 0.001 0.003 0.009 0.042 0.249 0.696 61 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.037 0.214 0.734 62 T 0.001 0.006 0.014 0.042 0.097 0.262 0.578 63 L 0.003 0.012 0.026 0.060 0.128 0.256 0.515 64 G 0.014 0.028 0.042 0.079 0.156 0.302 0.378 65 N 0.033 0.060 0.083 0.151 0.203 0.289 0.181 66 H 0.015 0.030 0.058 0.141 0.230 0.362 0.164 67 A 0.013 0.018 0.029 0.066 0.163 0.476 0.234 68 W 0.005 0.012 0.025 0.078 0.241 0.436 0.203 69 H 0.024 0.125 0.239 0.298 0.198 0.094 0.021 70 H 0.021 0.103 0.206 0.256 0.227 0.149 0.038 71 K 0.222 0.363 0.237 0.108 0.042 0.021 0.006 72 D 0.050 0.214 0.309 0.248 0.128 0.042 0.008 73 I 0.005 0.010 0.031 0.118 0.412 0.401 0.023 74 Y 0.011 0.075 0.210 0.372 0.252 0.075 0.004 75 P 0.217 0.481 0.186 0.072 0.031 0.013 0.001 76 M 0.009 0.065 0.257 0.414 0.210 0.044 0.001 77 L 0.013 0.028 0.075 0.292 0.444 0.144 0.003 78 S 0.275 0.448 0.202 0.064 0.010 0.001 0.001 79 E 0.621 0.295 0.065 0.016 0.003 0.001 0.001 80 D 0.377 0.348 0.195 0.069 0.010 0.001 0.001 81 T 0.452 0.418 0.102 0.022 0.004 0.001 0.001 82 Y 0.013 0.046 0.134 0.350 0.374 0.081 0.002 83 P 0.010 0.063 0.169 0.324 0.309 0.121 0.005 84 I 0.003 0.006 0.021 0.073 0.222 0.541 0.134 85 V 0.001 0.002 0.006 0.031 0.124 0.466 0.371 86 R 0.001 0.005 0.016 0.051 0.144 0.406 0.376 87 P 0.001 0.004 0.012 0.035 0.106 0.356 0.486 88 L 0.002 0.008 0.019 0.060 0.173 0.469 0.270 89 N 0.006 0.029 0.072 0.182 0.281 0.327 0.103 90 Y 0.012 0.033 0.070 0.151 0.313 0.349 0.072 91 A 0.168 0.229 0.252 0.206 0.104 0.035 0.006 92 D 0.548 0.274 0.108 0.049 0.015 0.005 0.001 93 P 0.650 0.220 0.076 0.035 0.015 0.004 0.001 94 G 0.349 0.313 0.205 0.102 0.026 0.005 0.001 95 T 0.418 0.276 0.149 0.102 0.043 0.011 0.001 96 P 0.298 0.318 0.223 0.119 0.035 0.007 0.001 97 G 0.207 0.217 0.191 0.199 0.143 0.040 0.002 98 V 0.076 0.199 0.271 0.270 0.135 0.043 0.005 99 G 0.066 0.126 0.147 0.234 0.234 0.163 0.030 100 W 0.030 0.047 0.091 0.198 0.289 0.286 0.059 101 R 0.017 0.063 0.120 0.209 0.293 0.257 0.041 102 T 0.009 0.032 0.093 0.215 0.318 0.297 0.037 103 F 0.010 0.039 0.076 0.210 0.378 0.271 0.016 104 D 0.053 0.287 0.362 0.237 0.055 0.006 0.001 105 V 0.057 0.157 0.263 0.348 0.157 0.017 0.001 106 N 0.573 0.351 0.064 0.011 0.001 0.001 0.001 107 G 0.436 0.427 0.106 0.027 0.004 0.001 0.001 108 E 0.046 0.206 0.324 0.303 0.107 0.013 0.001 109 K 0.012 0.108 0.245 0.360 0.219 0.054 0.001 110 L 0.002 0.004 0.011 0.053 0.216 0.542 0.173 111 T 0.003 0.013 0.036 0.110 0.254 0.421 0.164 112 V 0.001 0.001 0.004 0.016 0.053 0.304 0.621 113 V 0.001 0.004 0.008 0.024 0.077 0.306 0.581 114 N 0.005 0.019 0.046 0.099 0.181 0.327 0.324 115 L 0.006 0.014 0.030 0.069 0.180 0.369 0.333 116 L 0.025 0.043 0.078 0.143 0.215 0.303 0.193 117 G 0.042 0.075 0.109 0.177 0.209 0.263 0.125 118 R 0.045 0.079 0.109 0.177 0.237 0.246 0.106 119 V 0.086 0.100 0.109 0.162 0.213 0.234 0.096 120 F 0.084 0.089 0.118 0.208 0.226 0.204 0.069 121 M 0.162 0.161 0.150 0.184 0.182 0.126 0.035 122 E 0.218 0.240 0.199 0.167 0.115 0.053 0.009 123 A 0.280 0.236 0.206 0.157 0.082 0.033 0.005 124 V 0.187 0.158 0.154 0.221 0.174 0.092 0.014 125 D 0.282 0.280 0.195 0.138 0.073 0.029 0.003 126 N 0.087 0.123 0.175 0.218 0.222 0.148 0.027 127 P 0.072 0.121 0.128 0.211 0.214 0.211 0.044 128 F 0.017 0.044 0.099 0.205 0.318 0.271 0.047 129 R 0.071 0.212 0.307 0.221 0.123 0.059 0.007 130 T 0.019 0.094 0.171 0.310 0.266 0.121 0.020 131 M 0.006 0.008 0.014 0.061 0.255 0.531 0.126 132 D 0.027 0.133 0.262 0.342 0.189 0.045 0.002 133 A 0.067 0.468 0.304 0.121 0.034 0.006 0.001 134 L 0.004 0.027 0.138 0.404 0.338 0.087 0.002 135 L 0.010 0.033 0.090 0.307 0.421 0.136 0.003 136 E 0.347 0.509 0.118 0.023 0.003 0.001 0.001 137 R 0.509 0.383 0.085 0.019 0.003 0.001 0.001 138 D 0.042 0.159 0.325 0.334 0.128 0.012 0.001 139 D 0.248 0.468 0.219 0.055 0.009 0.001 0.001 140 L 0.068 0.142 0.194 0.326 0.229 0.040 0.001 141 G 0.036 0.223 0.366 0.274 0.087 0.014 0.001 142 T 0.003 0.014 0.038 0.157 0.440 0.327 0.021 143 V 0.001 0.004 0.015 0.069 0.208 0.494 0.210 144 F 0.001 0.002 0.005 0.021 0.078 0.399 0.493 145 V 0.001 0.002 0.005 0.015 0.059 0.294 0.624 146 D 0.002 0.005 0.010 0.029 0.085 0.322 0.547 147 F 0.003 0.006 0.013 0.040 0.094 0.282 0.561 148 H 0.009 0.019 0.035 0.074 0.152 0.343 0.367 149 A 0.017 0.035 0.052 0.109 0.184 0.333 0.269 150 E 0.020 0.029 0.053 0.137 0.237 0.335 0.189 151 A 0.018 0.023 0.036 0.074 0.177 0.419 0.253 152 T 0.042 0.089 0.124 0.193 0.225 0.205 0.122 153 S 0.030 0.084 0.121 0.188 0.263 0.222 0.092 154 E 0.011 0.022 0.039 0.094 0.210 0.411 0.213 155 K 0.020 0.031 0.044 0.105 0.202 0.368 0.228 156 E 0.059 0.099 0.121 0.173 0.218 0.223 0.108 157 A 0.040 0.037 0.063 0.141 0.260 0.322 0.137 158 M 0.134 0.081 0.055 0.091 0.150 0.308 0.179 159 G 0.122 0.098 0.111 0.169 0.170 0.225 0.105 160 W 0.151 0.191 0.169 0.171 0.162 0.119 0.037 161 H 0.115 0.170 0.125 0.173 0.208 0.171 0.038 162 L 0.094 0.084 0.123 0.188 0.255 0.221 0.037 163 A 0.072 0.192 0.239 0.299 0.146 0.045 0.007 164 G 0.092 0.195 0.186 0.212 0.175 0.112 0.028 165 R 0.024 0.090 0.209 0.369 0.207 0.077 0.023 166 V 0.012 0.016 0.045 0.088 0.268 0.451 0.121 167 A 0.016 0.043 0.096 0.209 0.302 0.231 0.103 168 A 0.006 0.013 0.032 0.044 0.074 0.367 0.463 169 V 0.011 0.019 0.031 0.106 0.186 0.357 0.290 170 I 0.023 0.040 0.064 0.084 0.175 0.350 0.264 171 G 0.056 0.073 0.064 0.175 0.230 0.282 0.119 172 T 0.099 0.175 0.156 0.163 0.169 0.155 0.082 173 H 0.106 0.118 0.140 0.251 0.198 0.145 0.043 174 T 0.128 0.149 0.187 0.182 0.215 0.108 0.031 175 H 0.089 0.134 0.178 0.246 0.190 0.122 0.041 176 V 0.042 0.067 0.120 0.207 0.248 0.229 0.086 177 P 0.188 0.224 0.187 0.152 0.127 0.096 0.026 178 T 0.083 0.205 0.237 0.234 0.143 0.071 0.027 179 A 0.066 0.097 0.105 0.178 0.262 0.223 0.068 180 D 0.064 0.115 0.128 0.212 0.237 0.192 0.051 181 T 0.194 0.260 0.218 0.175 0.092 0.049 0.012 182 R 0.110 0.206 0.211 0.219 0.164 0.079 0.012 183 I 0.061 0.089 0.161 0.277 0.284 0.121 0.007 184 L 0.088 0.166 0.215 0.296 0.196 0.036 0.002 185 K 0.364 0.452 0.146 0.034 0.004 0.001 0.001 186 G 0.191 0.466 0.246 0.079 0.016 0.002 0.001 187 G 0.011 0.073 0.160 0.321 0.332 0.098 0.005 188 T 0.002 0.010 0.032 0.122 0.342 0.422 0.071 189 A 0.001 0.001 0.004 0.016 0.066 0.370 0.542 190 Y 0.001 0.002 0.003 0.011 0.037 0.208 0.739 191 Q 0.001 0.002 0.003 0.009 0.024 0.132 0.830 192 T 0.001 0.002 0.003 0.011 0.032 0.158 0.794 193 D 0.001 0.003 0.007 0.021 0.065 0.241 0.662 194 A 0.001 0.003 0.007 0.024 0.081 0.281 0.602 195 G 0.004 0.011 0.022 0.055 0.138 0.319 0.451 196 F 0.008 0.018 0.037 0.084 0.153 0.332 0.369 197 T 0.012 0.027 0.043 0.095 0.186 0.345 0.292 198 G 0.016 0.032 0.055 0.114 0.225 0.310 0.248 199 P 0.028 0.069 0.125 0.176 0.203 0.232 0.167 200 H 0.029 0.064 0.116 0.205 0.215 0.228 0.143 201 D 0.028 0.049 0.081 0.136 0.224 0.277 0.205 202 S 0.010 0.014 0.025 0.060 0.133 0.364 0.394 203 I 0.009 0.010 0.020 0.048 0.110 0.351 0.451 204 I 0.007 0.006 0.011 0.028 0.074 0.316 0.558 205 G 0.018 0.036 0.060 0.121 0.210 0.359 0.196 206 S 0.021 0.045 0.079 0.154 0.296 0.309 0.096 207 A 0.079 0.234 0.257 0.239 0.123 0.055 0.013 208 I 0.092 0.219 0.261 0.250 0.133 0.041 0.005 209 E 0.296 0.367 0.202 0.092 0.033 0.009 0.001 210 G 0.265 0.383 0.226 0.090 0.028 0.007 0.001 211 P 0.030 0.081 0.172 0.295 0.306 0.111 0.005 212 L 0.012 0.043 0.108 0.283 0.377 0.167 0.010 213 Q 0.199 0.464 0.234 0.077 0.021 0.005 0.001 214 R 0.058 0.259 0.376 0.232 0.063 0.010 0.001 215 F 0.011 0.024 0.050 0.185 0.433 0.286 0.012 216 L 0.045 0.125 0.267 0.346 0.175 0.040 0.002 217 T 0.379 0.448 0.131 0.033 0.007 0.002 0.001 218 E 0.216 0.377 0.258 0.116 0.029 0.004 0.001 219 R 0.056 0.105 0.214 0.358 0.219 0.045 0.002 220 P 0.384 0.341 0.168 0.078 0.024 0.005 0.001 221 H 0.370 0.339 0.158 0.092 0.034 0.007 0.001 222 R 0.169 0.319 0.276 0.166 0.057 0.013 0.001 223 Y 0.033 0.070 0.133 0.298 0.330 0.129 0.007 224 G 0.191 0.324 0.232 0.165 0.069 0.016 0.001 225 V 0.102 0.193 0.235 0.269 0.155 0.044 0.002 226 A 0.158 0.215 0.221 0.254 0.127 0.023 0.001 227 E 0.473 0.324 0.129 0.054 0.017 0.003 0.001 228 G 0.392 0.333 0.151 0.091 0.028 0.005 0.001 229 R 0.162 0.383 0.282 0.131 0.036 0.006 0.001 230 A 0.018 0.069 0.131 0.287 0.344 0.141 0.010 231 E 0.009 0.070 0.175 0.309 0.291 0.132 0.013 232 L 0.002 0.002 0.006 0.026 0.124 0.521 0.319 233 N 0.003 0.019 0.049 0.134 0.239 0.355 0.201 234 G 0.003 0.011 0.028 0.065 0.130 0.355 0.408 235 V 0.001 0.005 0.013 0.047 0.117 0.383 0.434 236 A 0.002 0.005 0.016 0.055 0.181 0.458 0.283 237 L 0.003 0.009 0.023 0.060 0.184 0.441 0.280 238 H 0.017 0.074 0.160 0.241 0.277 0.192 0.038 239 F 0.016 0.049 0.119 0.274 0.321 0.203 0.018 240 E 0.205 0.320 0.231 0.169 0.062 0.012 0.001 241 G 0.413 0.330 0.175 0.065 0.014 0.002 0.001 242 G 0.692 0.202 0.071 0.027 0.006 0.001 0.001 243 K 0.700 0.204 0.061 0.024 0.009 0.002 0.001 244 A 0.641 0.233 0.088 0.031 0.007 0.001 0.001 245 T 0.233 0.378 0.243 0.120 0.022 0.003 0.001 246 A 0.099 0.164 0.185 0.257 0.238 0.055 0.002 247 A 0.186 0.346 0.284 0.148 0.033 0.003 0.001 248 E 0.207 0.338 0.257 0.150 0.039 0.008 0.001 249 R 0.118 0.092 0.145 0.270 0.280 0.091 0.004 250 Y 0.137 0.247 0.241 0.215 0.122 0.037 0.003 251 R 0.229 0.243 0.217 0.176 0.098 0.035 0.002 252 F 0.156 0.126 0.142 0.205 0.217 0.141 0.013 253 I 0.180 0.173 0.175 0.222 0.168 0.074 0.006 254 E 0.378 0.207 0.160 0.134 0.083 0.033 0.004 255 D 0.619 0.185 0.090 0.057 0.032 0.014 0.002