# TARGET T0200 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0200.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 230 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.003 0.001 0.003 0.111 0.694 2 R 0.776 0.004 0.001 0.003 0.035 0.180 3 V 0.952 0.002 0.001 0.001 0.009 0.036 4 L 0.971 0.003 0.001 0.002 0.005 0.019 5 F 0.955 0.002 0.001 0.002 0.017 0.023 6 I 0.802 0.007 0.001 0.007 0.064 0.119 7 G 0.370 0.008 0.006 0.010 0.308 0.298 8 D 0.250 0.033 0.023 0.016 0.460 0.219 9 V 0.124 0.049 0.051 0.021 0.487 0.268 10 F 0.086 0.045 0.056 0.025 0.515 0.272 11 G 0.034 0.016 0.021 0.038 0.407 0.485 12 Q 0.022 0.015 0.028 0.186 0.439 0.310 13 P 0.014 0.013 0.028 0.428 0.339 0.178 14 G 0.008 0.012 0.023 0.708 0.136 0.114 15 R 0.004 0.002 0.016 0.936 0.025 0.018 16 R 0.002 0.001 0.015 0.965 0.010 0.006 17 V 0.001 0.001 0.018 0.964 0.012 0.005 18 L 0.002 0.001 0.033 0.930 0.022 0.011 19 Q 0.003 0.001 0.072 0.879 0.034 0.011 20 N 0.002 0.001 0.050 0.876 0.039 0.032 21 H 0.002 0.003 0.045 0.813 0.045 0.092 22 L 0.006 0.007 0.040 0.373 0.208 0.365 23 P 0.002 0.001 0.286 0.419 0.193 0.099 24 T 0.007 0.003 0.312 0.371 0.235 0.072 25 I 0.012 0.008 0.254 0.486 0.189 0.052 26 R 0.018 0.008 0.176 0.326 0.304 0.169 27 P 0.013 0.003 0.223 0.249 0.314 0.198 28 Q 0.045 0.014 0.177 0.090 0.392 0.282 29 F 0.081 0.007 0.038 0.018 0.479 0.376 30 D 0.118 0.002 0.007 0.003 0.277 0.593 31 F 0.826 0.005 0.002 0.002 0.042 0.123 32 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 33 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 34 V 0.960 0.002 0.001 0.002 0.004 0.032 35 N 0.749 0.003 0.001 0.004 0.049 0.194 36 M 0.421 0.008 0.024 0.021 0.221 0.306 37 E 0.178 0.015 0.089 0.023 0.433 0.261 38 N 0.071 0.021 0.117 0.042 0.647 0.102 39 S 0.023 0.011 0.129 0.038 0.672 0.127 40 A 0.027 0.017 0.127 0.046 0.624 0.160 41 G 0.023 0.029 0.077 0.044 0.637 0.190 42 G 0.024 0.025 0.047 0.018 0.574 0.312 43 F 0.036 0.045 0.054 0.023 0.553 0.289 44 G 0.033 0.037 0.056 0.025 0.520 0.328 45 M 0.022 0.030 0.028 0.059 0.379 0.482 46 H 0.011 0.011 0.010 0.158 0.199 0.611 47 R 0.001 0.001 0.021 0.883 0.052 0.042 48 D 0.001 0.001 0.023 0.956 0.015 0.006 49 A 0.001 0.001 0.018 0.970 0.008 0.003 50 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 51 R 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.004 52 G 0.001 0.001 0.007 0.980 0.007 0.003 53 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.010 0.001 54 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.009 0.001 55 E 0.001 0.001 0.002 0.980 0.011 0.007 56 A 0.001 0.002 0.003 0.842 0.045 0.108 57 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.959 58 A 0.029 0.005 0.006 0.005 0.141 0.814 59 G 0.259 0.006 0.018 0.009 0.249 0.460 60 C 0.899 0.012 0.011 0.005 0.031 0.043 61 L 0.946 0.004 0.006 0.004 0.017 0.023 62 T 0.927 0.002 0.017 0.003 0.029 0.021 63 L 0.705 0.009 0.037 0.011 0.110 0.128 64 G 0.338 0.011 0.100 0.006 0.178 0.367 65 N 0.188 0.012 0.246 0.009 0.263 0.281 66 H 0.270 0.010 0.365 0.015 0.139 0.201 67 A 0.213 0.025 0.354 0.085 0.198 0.125 68 W 0.113 0.094 0.081 0.072 0.254 0.387 69 H 0.057 0.049 0.040 0.092 0.464 0.298 70 H 0.043 0.012 0.105 0.122 0.569 0.149 71 K 0.021 0.009 0.130 0.093 0.601 0.146 72 D 0.025 0.023 0.110 0.117 0.472 0.253 73 I 0.016 0.014 0.131 0.574 0.159 0.105 74 Y 0.014 0.017 0.056 0.629 0.154 0.130 75 P 0.006 0.003 0.155 0.565 0.204 0.068 76 M 0.008 0.006 0.203 0.599 0.133 0.051 77 L 0.011 0.013 0.171 0.568 0.177 0.059 78 S 0.007 0.006 0.155 0.445 0.213 0.175 79 E 0.007 0.007 0.145 0.253 0.305 0.282 80 D 0.014 0.017 0.102 0.128 0.474 0.264 81 T 0.020 0.016 0.090 0.074 0.462 0.339 82 Y 0.023 0.013 0.039 0.018 0.430 0.477 83 P 0.040 0.006 0.069 0.010 0.406 0.469 84 I 0.282 0.064 0.073 0.013 0.240 0.328 85 V 0.368 0.110 0.022 0.009 0.171 0.321 86 R 0.281 0.033 0.014 0.008 0.202 0.462 87 P 0.163 0.012 0.019 0.013 0.237 0.556 88 L 0.139 0.033 0.043 0.020 0.275 0.490 89 N 0.155 0.079 0.034 0.014 0.313 0.406 90 Y 0.130 0.052 0.046 0.012 0.323 0.438 91 A 0.064 0.038 0.025 0.012 0.405 0.456 92 D 0.023 0.017 0.013 0.004 0.814 0.130 93 P 0.007 0.008 0.043 0.006 0.828 0.107 94 G 0.006 0.011 0.035 0.006 0.802 0.141 95 T 0.010 0.027 0.018 0.002 0.860 0.084 96 P 0.010 0.013 0.033 0.004 0.491 0.450 97 G 0.028 0.027 0.023 0.002 0.510 0.410 98 V 0.062 0.008 0.009 0.001 0.494 0.426 99 G 0.172 0.005 0.002 0.001 0.183 0.637 100 W 0.751 0.009 0.001 0.001 0.051 0.187 101 R 0.929 0.003 0.001 0.001 0.016 0.052 102 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 103 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 104 D 0.970 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 105 V 0.500 0.003 0.001 0.001 0.491 0.004 106 N 0.027 0.001 0.002 0.001 0.966 0.005 107 G 0.061 0.002 0.001 0.001 0.929 0.007 108 E 0.841 0.009 0.001 0.001 0.097 0.053 109 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 110 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 114 N 0.905 0.002 0.001 0.001 0.017 0.076 115 L 0.465 0.010 0.005 0.004 0.436 0.080 116 L 0.084 0.004 0.008 0.005 0.818 0.082 117 G 0.030 0.001 0.010 0.005 0.856 0.098 118 R 0.423 0.019 0.010 0.009 0.427 0.112 119 V 0.744 0.029 0.006 0.011 0.053 0.157 120 F 0.759 0.038 0.008 0.019 0.066 0.110 121 M 0.503 0.017 0.011 0.034 0.134 0.300 122 E 0.237 0.009 0.022 0.043 0.297 0.391 123 A 0.064 0.005 0.101 0.166 0.485 0.180 124 V 0.057 0.018 0.096 0.171 0.440 0.219 125 D 0.041 0.026 0.050 0.206 0.409 0.267 126 N 0.016 0.010 0.014 0.196 0.241 0.524 127 P 0.007 0.003 0.021 0.737 0.080 0.151 128 F 0.011 0.003 0.021 0.819 0.068 0.078 129 R 0.014 0.003 0.016 0.894 0.038 0.035 130 T 0.010 0.002 0.007 0.954 0.012 0.015 131 M 0.007 0.001 0.004 0.975 0.005 0.008 132 D 0.003 0.001 0.004 0.984 0.004 0.006 133 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 134 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 135 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 136 E 0.001 0.001 0.007 0.976 0.009 0.007 137 R 0.001 0.001 0.015 0.892 0.043 0.049 138 D 0.001 0.001 0.037 0.662 0.114 0.186 139 D 0.001 0.002 0.007 0.006 0.196 0.788 140 L 0.009 0.004 0.006 0.001 0.326 0.654 141 G 0.057 0.002 0.002 0.001 0.274 0.666 142 T 0.850 0.003 0.001 0.001 0.035 0.111 143 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 144 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 146 D 0.939 0.001 0.001 0.001 0.009 0.051 147 F 0.596 0.005 0.002 0.002 0.097 0.298 148 H 0.190 0.017 0.024 0.003 0.359 0.408 149 A 0.094 0.015 0.062 0.008 0.495 0.325 150 E 0.037 0.008 0.047 0.012 0.473 0.423 151 A 0.020 0.014 0.013 0.014 0.346 0.594 152 T 0.008 0.014 0.007 0.049 0.293 0.631 153 S 0.002 0.003 0.029 0.802 0.093 0.071 154 E 0.001 0.001 0.015 0.952 0.023 0.008 155 K 0.002 0.001 0.015 0.961 0.015 0.006 156 E 0.004 0.001 0.009 0.967 0.011 0.008 157 A 0.007 0.002 0.013 0.955 0.015 0.008 158 M 0.008 0.001 0.022 0.944 0.015 0.010 159 G 0.009 0.002 0.047 0.903 0.023 0.016 160 W 0.008 0.001 0.053 0.882 0.035 0.022 161 H 0.011 0.003 0.058 0.759 0.074 0.094 162 L 0.020 0.019 0.036 0.333 0.196 0.397 163 A 0.017 0.007 0.037 0.043 0.483 0.413 164 G 0.008 0.001 0.269 0.044 0.520 0.159 165 R 0.070 0.007 0.143 0.016 0.527 0.238 166 V 0.381 0.015 0.033 0.004 0.343 0.224 167 A 0.623 0.003 0.002 0.001 0.078 0.293 168 A 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 169 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 170 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 171 G 0.794 0.003 0.001 0.001 0.046 0.156 172 T 0.290 0.005 0.004 0.001 0.205 0.496 173 H 0.187 0.015 0.011 0.001 0.322 0.465 174 T 0.147 0.043 0.023 0.003 0.386 0.398 175 H 0.173 0.032 0.024 0.004 0.422 0.344 176 V 0.162 0.019 0.012 0.003 0.301 0.503 177 P 0.202 0.051 0.008 0.004 0.201 0.534 178 T 0.141 0.043 0.010 0.005 0.581 0.221 179 A 0.112 0.013 0.017 0.009 0.695 0.153 180 D 0.089 0.004 0.025 0.012 0.733 0.136 181 T 0.514 0.027 0.020 0.015 0.342 0.082 182 R 0.824 0.011 0.006 0.009 0.049 0.102 183 I 0.831 0.059 0.003 0.007 0.031 0.069 184 L 0.559 0.032 0.006 0.007 0.379 0.018 185 K 0.165 0.005 0.006 0.004 0.784 0.036 186 G 0.018 0.001 0.005 0.002 0.947 0.027 187 G 0.233 0.014 0.003 0.001 0.697 0.053 188 T 0.715 0.012 0.001 0.001 0.053 0.218 189 A 0.936 0.014 0.001 0.001 0.014 0.033 190 Y 0.933 0.004 0.001 0.002 0.016 0.045 191 Q 0.899 0.007 0.001 0.002 0.024 0.067 192 T 0.731 0.016 0.005 0.004 0.113 0.132 193 D 0.415 0.019 0.018 0.006 0.354 0.189 194 A 0.187 0.011 0.040 0.010 0.564 0.188 195 G 0.107 0.012 0.036 0.006 0.610 0.229 196 F 0.186 0.030 0.013 0.005 0.377 0.390 197 T 0.269 0.062 0.009 0.008 0.218 0.434 198 G 0.193 0.030 0.009 0.009 0.297 0.463 199 P 0.184 0.032 0.024 0.022 0.325 0.413 200 H 0.217 0.031 0.042 0.042 0.312 0.357 201 D 0.255 0.013 0.058 0.075 0.320 0.279 202 S 0.323 0.012 0.079 0.154 0.251 0.181 203 I 0.411 0.025 0.053 0.150 0.221 0.140 204 I 0.357 0.027 0.038 0.200 0.236 0.143 205 G 0.198 0.011 0.041 0.175 0.310 0.265 206 S 0.139 0.011 0.068 0.217 0.290 0.275 207 A 0.126 0.015 0.065 0.229 0.259 0.306 208 I 0.142 0.015 0.039 0.393 0.192 0.219 209 E 0.135 0.010 0.016 0.413 0.171 0.256 210 G 0.189 0.006 0.020 0.409 0.190 0.186 211 P 0.221 0.011 0.034 0.456 0.130 0.149 212 L 0.252 0.008 0.057 0.532 0.083 0.068 213 Q 0.250 0.004 0.066 0.503 0.094 0.082 214 R 0.308 0.006 0.064 0.454 0.075 0.094 215 F 0.405 0.013 0.036 0.322 0.083 0.140 216 L 0.430 0.014 0.034 0.195 0.139 0.188 217 T 0.328 0.013 0.024 0.121 0.217 0.297 218 E 0.217 0.016 0.023 0.053 0.313 0.379 219 R 0.125 0.015 0.012 0.017 0.411 0.420 220 P 0.112 0.009 0.021 0.012 0.423 0.424 221 H 0.230 0.014 0.025 0.013 0.345 0.373 222 R 0.519 0.023 0.013 0.012 0.171 0.263 223 Y 0.625 0.021 0.007 0.010 0.093 0.244 224 G 0.676 0.017 0.006 0.008 0.083 0.209 225 V 0.602 0.018 0.014 0.013 0.119 0.234 226 A 0.497 0.011 0.023 0.015 0.221 0.232 227 E 0.360 0.011 0.036 0.019 0.338 0.235 228 G 0.261 0.013 0.037 0.020 0.383 0.286 229 R 0.398 0.014 0.036 0.020 0.261 0.271 230 A 0.618 0.016 0.034 0.014 0.124 0.195 231 E 0.694 0.019 0.019 0.011 0.097 0.159 232 L 0.663 0.015 0.016 0.012 0.097 0.198 233 N 0.576 0.004 0.011 0.010 0.145 0.253 234 G 0.715 0.002 0.006 0.010 0.100 0.166 235 V 0.850 0.007 0.003 0.014 0.039 0.087 236 A 0.905 0.005 0.002 0.011 0.024 0.053 237 L 0.918 0.004 0.002 0.010 0.022 0.044 238 H 0.878 0.009 0.003 0.009 0.045 0.056 239 F 0.701 0.021 0.006 0.009 0.226 0.037 240 E 0.195 0.006 0.008 0.012 0.735 0.044 241 G 0.029 0.002 0.011 0.014 0.888 0.056 242 G 0.065 0.010 0.007 0.012 0.765 0.142 243 K 0.306 0.035 0.010 0.027 0.237 0.385 244 A 0.554 0.027 0.011 0.031 0.101 0.275 245 T 0.659 0.010 0.015 0.029 0.090 0.197 246 A 0.713 0.006 0.019 0.036 0.062 0.164 247 A 0.692 0.006 0.024 0.055 0.069 0.153 248 E 0.593 0.004 0.029 0.083 0.104 0.188 249 R 0.596 0.008 0.023 0.093 0.077 0.203 250 Y 0.559 0.018 0.016 0.110 0.068 0.229 251 R 0.490 0.012 0.021 0.103 0.091 0.284 252 F 0.394 0.010 0.021 0.083 0.149 0.342 253 I 0.287 0.021 0.020 0.076 0.200 0.396 254 E 0.232 0.035 0.007 0.046 0.181 0.499 255 D 0.060 0.008 0.002 0.014 0.140 0.777