# TARGET T0200 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0200.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 230 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.774 2 R 0.914 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.067 3 V 0.967 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 4 L 0.947 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.042 5 F 0.907 0.017 0.003 0.004 0.005 0.008 0.055 6 I 0.536 0.012 0.009 0.007 0.033 0.304 0.100 7 G 0.103 0.001 0.014 0.002 0.182 0.574 0.125 8 D 0.296 0.035 0.033 0.010 0.211 0.168 0.247 9 V 0.416 0.082 0.033 0.018 0.122 0.155 0.174 10 F 0.179 0.042 0.043 0.010 0.235 0.158 0.335 11 G 0.084 0.023 0.032 0.017 0.235 0.167 0.441 12 Q 0.035 0.017 0.018 0.032 0.288 0.081 0.529 13 P 0.020 0.022 0.049 0.143 0.158 0.401 0.208 14 G 0.015 0.010 0.045 0.270 0.100 0.345 0.216 15 R 0.009 0.005 0.023 0.779 0.037 0.028 0.119 16 R 0.007 0.003 0.016 0.915 0.012 0.011 0.037 17 V 0.005 0.002 0.024 0.949 0.005 0.007 0.009 18 L 0.004 0.001 0.032 0.945 0.002 0.012 0.004 19 Q 0.003 0.001 0.056 0.909 0.003 0.025 0.002 20 N 0.002 0.001 0.051 0.805 0.003 0.136 0.002 21 H 0.003 0.002 0.064 0.695 0.026 0.188 0.022 22 L 0.008 0.009 0.032 0.317 0.249 0.033 0.351 23 P 0.005 0.004 0.281 0.290 0.030 0.217 0.173 24 T 0.009 0.007 0.382 0.199 0.059 0.283 0.061 25 I 0.024 0.025 0.368 0.170 0.079 0.189 0.146 26 R 0.055 0.014 0.134 0.060 0.248 0.057 0.433 27 P 0.032 0.004 0.182 0.106 0.130 0.374 0.172 28 Q 0.043 0.012 0.111 0.015 0.154 0.496 0.169 29 F 0.116 0.008 0.015 0.002 0.156 0.042 0.661 30 D 0.248 0.001 0.004 0.001 0.456 0.035 0.255 31 F 0.968 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.024 32 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 V 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 35 N 0.491 0.004 0.001 0.001 0.031 0.003 0.470 36 M 0.111 0.009 0.037 0.026 0.268 0.231 0.317 37 E 0.032 0.010 0.109 0.036 0.240 0.368 0.205 38 N 0.032 0.026 0.231 0.045 0.164 0.155 0.348 39 S 0.023 0.018 0.176 0.071 0.112 0.443 0.158 40 A 0.029 0.021 0.179 0.059 0.110 0.484 0.118 41 G 0.026 0.022 0.102 0.051 0.160 0.448 0.191 42 G 0.020 0.018 0.070 0.029 0.236 0.291 0.337 43 F 0.032 0.025 0.065 0.017 0.340 0.188 0.334 44 G 0.025 0.027 0.080 0.019 0.241 0.252 0.355 45 M 0.014 0.030 0.015 0.028 0.196 0.062 0.655 46 H 0.006 0.010 0.005 0.035 0.056 0.012 0.876 47 R 0.001 0.001 0.027 0.921 0.009 0.013 0.027 48 D 0.001 0.001 0.022 0.966 0.001 0.009 0.002 49 A 0.001 0.001 0.027 0.960 0.001 0.008 0.003 50 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.001 0.006 0.002 51 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.006 0.001 52 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 53 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 54 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.011 0.001 55 E 0.001 0.001 0.010 0.903 0.004 0.082 0.002 56 A 0.001 0.001 0.008 0.380 0.010 0.596 0.005 57 G 0.002 0.001 0.002 0.013 0.016 0.927 0.039 58 A 0.035 0.005 0.004 0.002 0.027 0.011 0.916 59 G 0.281 0.005 0.017 0.005 0.392 0.013 0.288 60 C 0.907 0.003 0.022 0.004 0.019 0.010 0.036 61 L 0.969 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.017 62 T 0.960 0.006 0.002 0.003 0.003 0.001 0.024 63 L 0.649 0.007 0.009 0.012 0.041 0.026 0.257 64 G 0.131 0.004 0.011 0.009 0.234 0.118 0.494 65 N 0.061 0.010 0.062 0.043 0.241 0.159 0.425 66 H 0.076 0.029 0.205 0.109 0.122 0.130 0.330 67 A 0.109 0.021 0.246 0.162 0.085 0.254 0.123 68 W 0.056 0.019 0.221 0.138 0.101 0.278 0.187 69 H 0.058 0.040 0.099 0.118 0.177 0.318 0.191 70 H 0.035 0.014 0.067 0.073 0.224 0.359 0.229 71 K 0.013 0.006 0.155 0.103 0.202 0.364 0.158 72 D 0.020 0.017 0.218 0.114 0.112 0.309 0.210 73 I 0.028 0.049 0.235 0.224 0.076 0.145 0.244 74 Y 0.021 0.011 0.240 0.386 0.063 0.061 0.217 75 P 0.012 0.003 0.299 0.456 0.029 0.099 0.102 76 M 0.020 0.011 0.262 0.518 0.027 0.104 0.058 77 L 0.029 0.028 0.185 0.514 0.058 0.113 0.073 78 S 0.021 0.006 0.173 0.384 0.034 0.263 0.119 79 E 0.013 0.002 0.266 0.201 0.081 0.335 0.102 80 D 0.015 0.009 0.143 0.084 0.101 0.507 0.141 81 T 0.018 0.009 0.091 0.040 0.257 0.375 0.211 82 Y 0.043 0.008 0.011 0.008 0.472 0.014 0.444 83 P 0.163 0.021 0.033 0.017 0.185 0.104 0.477 84 I 0.516 0.089 0.028 0.010 0.103 0.085 0.170 85 V 0.474 0.051 0.003 0.005 0.035 0.004 0.429 86 R 0.282 0.015 0.004 0.003 0.017 0.003 0.677 87 P 0.285 0.028 0.105 0.036 0.035 0.051 0.461 88 L 0.157 0.028 0.213 0.034 0.102 0.135 0.330 89 N 0.115 0.019 0.131 0.021 0.134 0.134 0.446 90 Y 0.092 0.058 0.045 0.014 0.175 0.096 0.520 91 A 0.055 0.069 0.013 0.007 0.268 0.065 0.523 92 D 0.026 0.023 0.008 0.002 0.294 0.035 0.612 93 P 0.005 0.006 0.025 0.004 0.092 0.812 0.057 94 G 0.010 0.016 0.040 0.006 0.179 0.631 0.119 95 T 0.028 0.036 0.030 0.002 0.269 0.034 0.601 96 P 0.024 0.041 0.042 0.006 0.132 0.543 0.211 97 G 0.039 0.018 0.043 0.002 0.209 0.458 0.230 98 V 0.100 0.032 0.018 0.001 0.325 0.095 0.429 99 G 0.224 0.021 0.012 0.001 0.124 0.104 0.514 100 W 0.486 0.018 0.007 0.001 0.099 0.009 0.380 101 R 0.818 0.007 0.005 0.001 0.019 0.002 0.149 102 T 0.975 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 103 F 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 104 D 0.907 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.077 105 V 0.662 0.007 0.010 0.002 0.021 0.178 0.120 106 N 0.012 0.001 0.002 0.001 0.047 0.931 0.008 107 G 0.046 0.001 0.002 0.001 0.161 0.771 0.020 108 E 0.711 0.012 0.001 0.001 0.035 0.004 0.236 109 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 110 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 113 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 114 N 0.821 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.163 115 L 0.313 0.010 0.006 0.001 0.107 0.021 0.542 116 L 0.043 0.003 0.011 0.003 0.157 0.730 0.053 117 G 0.021 0.001 0.007 0.001 0.098 0.840 0.031 118 R 0.260 0.027 0.005 0.008 0.087 0.015 0.599 119 V 0.625 0.042 0.005 0.012 0.033 0.009 0.274 120 F 0.655 0.029 0.017 0.015 0.043 0.016 0.225 121 M 0.374 0.021 0.035 0.025 0.112 0.022 0.411 122 E 0.178 0.017 0.070 0.043 0.225 0.027 0.440 123 A 0.037 0.008 0.302 0.161 0.091 0.142 0.260 124 V 0.032 0.014 0.176 0.285 0.083 0.223 0.187 125 D 0.022 0.016 0.061 0.350 0.161 0.129 0.261 126 N 0.022 0.010 0.034 0.298 0.224 0.053 0.360 127 P 0.013 0.006 0.048 0.670 0.042 0.079 0.143 128 F 0.006 0.003 0.049 0.836 0.016 0.051 0.039 129 R 0.006 0.003 0.026 0.892 0.021 0.032 0.020 130 T 0.004 0.003 0.013 0.917 0.006 0.027 0.029 131 M 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.006 0.011 132 D 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.003 0.003 133 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 134 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.002 135 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.002 0.011 0.002 136 E 0.001 0.001 0.006 0.948 0.002 0.042 0.002 137 R 0.002 0.001 0.024 0.746 0.018 0.176 0.034 138 D 0.002 0.001 0.022 0.360 0.042 0.528 0.045 139 D 0.008 0.006 0.018 0.008 0.078 0.601 0.280 140 L 0.031 0.002 0.004 0.001 0.098 0.015 0.850 141 G 0.128 0.001 0.003 0.001 0.716 0.039 0.114 142 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 143 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 144 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 146 D 0.861 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.124 147 F 0.437 0.007 0.006 0.002 0.080 0.023 0.444 148 H 0.136 0.012 0.026 0.004 0.247 0.072 0.503 149 A 0.099 0.012 0.036 0.009 0.410 0.129 0.304 150 E 0.029 0.009 0.024 0.011 0.257 0.087 0.584 151 A 0.018 0.012 0.008 0.024 0.204 0.029 0.705 152 T 0.015 0.013 0.006 0.090 0.158 0.024 0.694 153 S 0.001 0.001 0.014 0.916 0.018 0.035 0.015 154 E 0.001 0.001 0.011 0.945 0.006 0.023 0.013 155 K 0.001 0.001 0.009 0.968 0.002 0.007 0.012 156 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.004 0.005 157 A 0.003 0.001 0.008 0.972 0.002 0.011 0.004 158 M 0.002 0.001 0.012 0.946 0.002 0.033 0.004 159 G 0.005 0.001 0.037 0.899 0.007 0.042 0.009 160 W 0.008 0.003 0.075 0.797 0.009 0.092 0.015 161 H 0.008 0.001 0.094 0.725 0.024 0.119 0.030 162 L 0.038 0.016 0.049 0.364 0.287 0.082 0.164 163 A 0.041 0.010 0.065 0.204 0.127 0.275 0.280 164 G 0.045 0.002 0.048 0.074 0.176 0.539 0.116 165 R 0.206 0.011 0.017 0.006 0.111 0.289 0.361 166 V 0.516 0.005 0.003 0.001 0.023 0.011 0.443 167 A 0.779 0.002 0.001 0.001 0.110 0.005 0.103 168 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 169 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 170 I 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 171 G 0.845 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.138 172 T 0.230 0.003 0.004 0.001 0.176 0.040 0.547 173 H 0.109 0.019 0.028 0.003 0.390 0.092 0.358 174 T 0.062 0.029 0.064 0.004 0.280 0.197 0.364 175 H 0.057 0.032 0.068 0.005 0.312 0.193 0.333 176 V 0.052 0.025 0.018 0.007 0.375 0.037 0.487 177 P 0.055 0.040 0.007 0.005 0.116 0.025 0.752 178 T 0.059 0.042 0.005 0.001 0.059 0.025 0.809 179 A 0.092 0.023 0.020 0.003 0.203 0.163 0.496 180 D 0.110 0.008 0.032 0.003 0.390 0.102 0.355 181 T 0.383 0.007 0.023 0.010 0.141 0.016 0.420 182 R 0.915 0.016 0.002 0.005 0.010 0.002 0.051 183 I 0.892 0.084 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 184 L 0.672 0.015 0.004 0.003 0.007 0.013 0.285 185 K 0.129 0.004 0.011 0.002 0.051 0.728 0.074 186 G 0.005 0.001 0.004 0.001 0.059 0.924 0.008 187 G 0.045 0.001 0.009 0.001 0.414 0.449 0.081 188 T 0.531 0.045 0.003 0.001 0.059 0.009 0.351 189 A 0.899 0.047 0.001 0.001 0.009 0.001 0.042 190 Y 0.948 0.003 0.002 0.001 0.008 0.002 0.037 191 Q 0.922 0.005 0.003 0.001 0.010 0.004 0.055 192 T 0.818 0.013 0.007 0.002 0.039 0.006 0.115 193 D 0.581 0.014 0.020 0.005 0.116 0.038 0.225 194 A 0.307 0.017 0.057 0.011 0.154 0.215 0.238 195 G 0.212 0.032 0.054 0.013 0.213 0.203 0.272 196 F 0.199 0.029 0.035 0.011 0.187 0.144 0.394 197 T 0.224 0.081 0.023 0.011 0.148 0.105 0.409 198 G 0.137 0.035 0.011 0.007 0.293 0.057 0.460 199 P 0.103 0.023 0.025 0.020 0.197 0.109 0.523 200 H 0.112 0.022 0.083 0.071 0.174 0.231 0.307 201 D 0.138 0.023 0.112 0.075 0.177 0.170 0.305 202 S 0.215 0.011 0.094 0.097 0.125 0.096 0.362 203 I 0.376 0.054 0.054 0.172 0.073 0.087 0.183 204 I 0.291 0.033 0.041 0.182 0.069 0.245 0.138 205 G 0.170 0.006 0.036 0.091 0.120 0.318 0.259 206 S 0.165 0.014 0.035 0.116 0.184 0.128 0.358 207 A 0.200 0.032 0.051 0.157 0.115 0.126 0.317 208 I 0.194 0.018 0.029 0.225 0.122 0.140 0.272 209 E 0.158 0.011 0.020 0.234 0.149 0.137 0.291 210 G 0.182 0.010 0.011 0.270 0.243 0.030 0.254 211 P 0.333 0.016 0.016 0.341 0.043 0.045 0.206 212 L 0.494 0.022 0.025 0.285 0.026 0.038 0.109 213 Q 0.522 0.010 0.025 0.219 0.065 0.026 0.133 214 R 0.577 0.004 0.040 0.207 0.050 0.039 0.083 215 F 0.667 0.015 0.016 0.176 0.021 0.047 0.059 216 L 0.681 0.018 0.014 0.100 0.028 0.042 0.118 217 T 0.645 0.011 0.011 0.051 0.046 0.085 0.151 218 E 0.390 0.017 0.012 0.037 0.134 0.177 0.233 219 R 0.224 0.015 0.005 0.009 0.277 0.043 0.426 220 P 0.102 0.008 0.033 0.015 0.183 0.383 0.277 221 H 0.263 0.006 0.043 0.009 0.220 0.284 0.175 222 R 0.695 0.028 0.017 0.008 0.036 0.022 0.194 223 Y 0.877 0.012 0.003 0.004 0.018 0.007 0.080 224 G 0.902 0.008 0.003 0.004 0.012 0.005 0.066 225 V 0.828 0.011 0.006 0.009 0.013 0.010 0.123 226 A 0.656 0.010 0.015 0.013 0.057 0.046 0.203 227 E 0.463 0.009 0.030 0.010 0.170 0.156 0.162 228 G 0.420 0.011 0.022 0.006 0.216 0.159 0.167 229 R 0.426 0.010 0.020 0.007 0.190 0.077 0.268 230 A 0.611 0.009 0.009 0.004 0.086 0.017 0.263 231 E 0.874 0.012 0.004 0.003 0.010 0.006 0.092 232 L 0.908 0.018 0.003 0.003 0.008 0.003 0.058 233 N 0.790 0.004 0.005 0.004 0.038 0.033 0.126 234 G 0.744 0.002 0.009 0.003 0.062 0.087 0.094 235 V 0.864 0.006 0.005 0.004 0.015 0.015 0.091 236 A 0.948 0.004 0.002 0.002 0.010 0.004 0.029 237 L 0.955 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.029 238 H 0.914 0.013 0.003 0.003 0.006 0.005 0.056 239 F 0.614 0.007 0.022 0.015 0.053 0.047 0.242 240 E 0.213 0.011 0.041 0.024 0.110 0.440 0.163 241 G 0.021 0.001 0.017 0.011 0.126 0.786 0.039 242 G 0.055 0.003 0.014 0.018 0.300 0.448 0.162 243 K 0.437 0.047 0.008 0.061 0.093 0.040 0.313 244 A 0.763 0.040 0.005 0.039 0.026 0.008 0.119 245 T 0.803 0.007 0.006 0.037 0.032 0.010 0.105 246 A 0.779 0.006 0.011 0.053 0.028 0.018 0.105 247 A 0.731 0.006 0.017 0.101 0.028 0.013 0.104 248 E 0.759 0.004 0.016 0.085 0.032 0.016 0.088 249 R 0.732 0.005 0.018 0.085 0.027 0.033 0.100 250 Y 0.685 0.008 0.009 0.090 0.028 0.028 0.152 251 R 0.697 0.012 0.006 0.089 0.024 0.019 0.154 252 F 0.607 0.014 0.008 0.065 0.040 0.026 0.239 253 I 0.330 0.015 0.014 0.049 0.113 0.069 0.410 254 E 0.155 0.017 0.007 0.026 0.093 0.042 0.661 255 D 0.018 0.003 0.003 0.004 0.027 0.009 0.936